# TARGET T0360 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.6402 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.037 0.010 0.006 0.008 0.004 0.007 0.024 0.001 0.001 0.001 0.901 2 T 0.034 0.011 0.003 0.013 0.009 0.016 0.120 0.002 0.001 0.003 0.789 3 Q 0.096 0.019 0.004 0.008 0.006 0.008 0.114 0.001 0.001 0.006 0.738 4 E 0.064 0.078 0.001 0.012 0.008 0.013 0.221 0.002 0.001 0.006 0.595 5 T 0.123 0.181 0.003 0.011 0.008 0.012 0.228 0.002 0.001 0.011 0.422 6 A 0.117 0.403 0.004 0.010 0.010 0.015 0.168 0.004 0.001 0.008 0.261 7 L 0.080 0.614 0.006 0.010 0.011 0.020 0.063 0.006 0.001 0.004 0.185 8 G 0.084 0.581 0.004 0.007 0.009 0.011 0.036 0.013 0.001 0.004 0.253 9 A 0.104 0.547 0.014 0.002 0.003 0.005 0.028 0.005 0.001 0.002 0.288 10 A 0.068 0.488 0.007 0.006 0.008 0.011 0.040 0.023 0.001 0.002 0.348 11 L 0.191 0.505 0.008 0.010 0.006 0.015 0.030 0.028 0.001 0.005 0.202 12 K 0.109 0.631 0.011 0.007 0.004 0.013 0.022 0.017 0.001 0.002 0.185 13 S 0.111 0.522 0.004 0.005 0.005 0.004 0.014 0.022 0.001 0.001 0.312 14 A 0.140 0.448 0.007 0.005 0.003 0.004 0.016 0.013 0.001 0.001 0.361 15 V 0.085 0.386 0.016 0.010 0.011 0.020 0.091 0.016 0.001 0.005 0.360 16 Q 0.175 0.359 0.020 0.011 0.008 0.018 0.115 0.015 0.001 0.005 0.274 17 T 0.222 0.423 0.010 0.011 0.003 0.006 0.028 0.013 0.001 0.002 0.282 18 M 0.114 0.327 0.011 0.012 0.004 0.005 0.042 0.009 0.001 0.002 0.474 19 S 0.092 0.150 0.011 0.003 0.002 0.003 0.175 0.006 0.001 0.004 0.555 20 K 0.077 0.285 0.014 0.006 0.002 0.004 0.126 0.008 0.001 0.004 0.473 21 K 0.039 0.471 0.003 0.003 0.001 0.002 0.119 0.005 0.001 0.005 0.353 22 K 0.023 0.541 0.001 0.001 0.001 0.001 0.198 0.003 0.001 0.004 0.229 23 Q 0.009 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.055 24 T 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 25 E 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 26 M 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 27 I 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 28 A 0.023 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.010 29 D 0.039 0.881 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.036 30 H 0.215 0.650 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.001 0.001 0.040 31 I 0.478 0.321 0.033 0.002 0.001 0.001 0.007 0.048 0.001 0.001 0.107 32 Y 0.004 0.012 0.075 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.898 33 G 0.012 0.008 0.003 0.019 0.004 0.009 0.085 0.002 0.001 0.001 0.857 34 K 0.592 0.018 0.003 0.013 0.002 0.003 0.038 0.002 0.001 0.006 0.322 35 Y 0.207 0.175 0.005 0.078 0.013 0.023 0.093 0.004 0.001 0.003 0.399 36 D 0.070 0.041 0.004 0.050 0.014 0.023 0.075 0.001 0.001 0.002 0.720 37 V 0.081 0.046 0.002 0.033 0.011 0.023 0.055 0.001 0.001 0.002 0.744 38 F 0.071 0.049 0.002 0.021 0.017 0.029 0.081 0.002 0.001 0.003 0.725 39 K 0.156 0.080 0.004 0.018 0.019 0.030 0.098 0.004 0.001 0.005 0.587 40 R 0.175 0.082 0.003 0.016 0.012 0.021 0.049 0.006 0.001 0.004 0.633 41 F 0.299 0.116 0.020 0.025 0.016 0.043 0.053 0.004 0.001 0.007 0.416 42 K 0.111 0.063 0.006 0.042 0.045 0.051 0.084 0.005 0.001 0.001 0.591 43 P 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.985 44 L 0.018 0.020 0.002 0.064 0.045 0.152 0.157 0.001 0.001 0.003 0.538 45 A 0.178 0.059 0.002 0.023 0.013 0.040 0.081 0.002 0.001 0.005 0.597 46 L 0.205 0.352 0.001 0.060 0.013 0.022 0.023 0.006 0.001 0.002 0.315 47 G 0.200 0.270 0.009 0.038 0.012 0.016 0.067 0.003 0.001 0.004 0.380 48 I 0.113 0.260 0.024 0.037 0.013 0.027 0.142 0.002 0.001 0.004 0.378 49 D 0.016 0.313 0.009 0.047 0.009 0.044 0.153 0.003 0.001 0.001 0.402 50 Q 0.013 0.343 0.001 0.014 0.006 0.004 0.046 0.003 0.001 0.001 0.569 51 D 0.023 0.484 0.001 0.001 0.001 0.001 0.250 0.001 0.001 0.003 0.236 52 L 0.008 0.806 0.001 0.002 0.002 0.002 0.058 0.004 0.001 0.001 0.118 53 I 0.022 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 54 A 0.022 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.010 55 A 0.098 0.821 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 0.022 56 L 0.520 0.411 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.027 57 P 0.006 0.013 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.905 58 Q 0.016 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.014 0.009 0.001 0.001 0.954 59 Y 0.851 0.006 0.016 0.007 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 0.105 60 D 0.076 0.036 0.002 0.020 0.001 0.002 0.224 0.002 0.001 0.001 0.636 61 A 0.013 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.938 62 A 0.042 0.042 0.001 0.011 0.001 0.002 0.439 0.001 0.001 0.009 0.453 63 L 0.071 0.100 0.001 0.005 0.002 0.004 0.676 0.002 0.001 0.014 0.126 64 I 0.031 0.877 0.001 0.008 0.002 0.004 0.015 0.002 0.001 0.001 0.060 65 A 0.006 0.947 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.036 66 R 0.017 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.051 67 V 0.017 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.014 68 L 0.012 0.972 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 69 A 0.016 0.943 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 0.024 70 N 0.061 0.883 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.030 71 H 0.181 0.703 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.001 0.001 0.066 72 C 0.114 0.585 0.098 0.009 0.003 0.005 0.008 0.032 0.001 0.001 0.145 73 R 0.088 0.303 0.053 0.041 0.012 0.029 0.072 0.041 0.001 0.002 0.359 74 R 0.173 0.114 0.025 0.017 0.003 0.007 0.054 0.006 0.001 0.001 0.599 75 P 0.006 0.014 0.003 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.961 76 R 0.013 0.027 0.002 0.018 0.005 0.013 0.327 0.001 0.001 0.005 0.589 77 Y 0.231 0.219 0.002 0.018 0.009 0.017 0.113 0.003 0.001 0.005 0.383 78 L 0.033 0.870 0.001 0.013 0.007 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.058 79 K 0.029 0.838 0.001 0.004 0.005 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.102 80 A 0.084 0.794 0.001 0.004 0.009 0.015 0.006 0.009 0.001 0.001 0.077 81 L 0.077 0.818 0.004 0.010 0.013 0.015 0.003 0.022 0.001 0.001 0.037 82 A 0.101 0.591 0.022 0.012 0.020 0.039 0.014 0.031 0.001 0.002 0.168 83 R 0.050 0.172 0.026 0.024 0.034 0.059 0.029 0.037 0.001 0.001 0.568 84 G 0.256 0.048 0.014 0.034 0.025 0.028 0.046 0.047 0.001 0.006 0.498 85 G 0.200 0.019 0.276 0.044 0.021 0.027 0.042 0.004 0.001 0.011 0.355 86 K 0.012 0.006 0.016 0.151 0.114 0.113 0.113 0.002 0.001 0.003 0.471 87 R 0.027 0.002 0.005 0.108 0.065 0.102 0.051 0.001 0.001 0.004 0.636 88 F 0.018 0.003 0.001 0.311 0.182 0.271 0.057 0.001 0.001 0.003 0.153 89 D 0.011 0.004 0.001 0.218 0.150 0.173 0.135 0.001 0.001 0.004 0.303 90 L 0.018 0.006 0.002 0.228 0.121 0.162 0.097 0.001 0.001 0.009 0.356 91 N 0.024 0.006 0.001 0.081 0.054 0.091 0.486 0.001 0.001 0.018 0.238 92 N 0.234 0.008 0.004 0.044 0.024 0.027 0.246 0.002 0.001 0.081 0.331 93 R 0.133 0.022 0.017 0.038 0.031 0.044 0.471 0.001 0.001 0.035 0.206 94 F 0.025 0.017 0.009 0.026 0.054 0.086 0.227 0.001 0.001 0.013 0.542 95 K 0.024 0.032 0.003 0.067 0.107 0.220 0.104 0.001 0.001 0.006 0.435 96 G 0.075 0.025 0.002 0.017 0.046 0.079 0.094 0.003 0.001 0.006 0.653 97 E 0.277 0.044 0.011 0.023 0.025 0.057 0.068 0.004 0.001 0.008 0.484 98 V 0.111 0.039 0.020 0.067 0.048 0.106 0.154 0.005 0.001 0.008 0.441 99 T 0.036 0.029 0.006 0.061 0.012 0.037 0.372 0.002 0.001 0.002 0.443 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.994 101 E 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.497 0.001 0.001 0.003 0.483 102 E 0.015 0.050 0.001 0.001 0.001 0.002 0.819 0.001 0.001 0.008 0.103 103 Q 0.028 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 104 A 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 105 I 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 106 A 0.017 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 107 Q 0.022 0.957 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.003 108 N 0.108 0.783 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.001 0.001 0.027 109 H 0.161 0.722 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.065 110 P 0.005 0.116 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.864 111 F 0.022 0.208 0.006 0.002 0.001 0.001 0.034 0.005 0.001 0.001 0.722 112 V 0.124 0.557 0.003 0.002 0.001 0.001 0.085 0.007 0.001 0.001 0.222 113 Q 0.038 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.046 114 Q 0.020 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.049 115 A 0.007 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.042 116 L 0.012 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.029 117 Q 0.010 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.015 118 Q 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 119 Q 0.014 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.016 120 S 0.012 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.020 121 A 0.006 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.021 122 Q 0.010 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.021 123 A 0.012 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.013 124 A 0.014 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.015 125 A 0.016 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 126 E 0.018 0.930 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.026 127 T 0.087 0.825 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 0.026 128 L 0.106 0.789 0.019 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.001 0.001 0.047 129 S 0.053 0.663 0.022 0.002 0.001 0.001 0.012 0.024 0.001 0.001 0.222 130 V 0.032 0.535 0.013 0.003 0.001 0.001 0.029 0.009 0.001 0.001 0.378 131 E 0.051 0.596 0.003 0.003 0.001 0.002 0.072 0.011 0.001 0.002 0.260 132 A 0.059 0.785 0.002 0.002 0.001 0.001 0.019 0.008 0.001 0.001 0.121 133 E 0.047 0.861 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.077 134 A 0.053 0.861 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.070 135 A 0.066 0.839 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.073 136 E 0.124 0.759 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.001 0.001 0.071 137 S 0.157 0.628 0.021 0.002 0.001 0.002 0.009 0.035 0.001 0.001 0.143 138 S 0.163 0.304 0.016 0.005 0.003 0.002 0.021 0.038 0.001 0.001 0.447 139 A 0.152 0.167 0.035 0.009 0.004 0.005 0.049 0.013 0.001 0.004 0.562 140 A 0.113 0.105 0.015 0.017 0.010 0.016 0.128 0.011 0.001 0.005 0.580 141 E 0.143 0.104 0.014 0.018 0.007 0.012 0.082 0.005 0.001 0.005 0.608