# TARGET T0360 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49.6402 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.096 0.149 0.038 0.011 0.175 0.015 0.030 0.317 0.069 0.063 0.039 2 T 0.042 0.239 0.112 0.017 0.102 0.012 0.017 0.353 0.050 0.040 0.016 3 Q 0.023 0.029 0.017 0.005 0.033 0.004 0.009 0.727 0.110 0.031 0.012 4 E 0.020 0.028 0.007 0.004 0.036 0.007 0.020 0.739 0.104 0.024 0.009 5 T 0.035 0.028 0.008 0.003 0.036 0.004 0.024 0.727 0.089 0.031 0.013 6 A 0.023 0.028 0.032 0.009 0.034 0.014 0.046 0.690 0.077 0.040 0.008 7 L 0.022 0.183 0.061 0.028 0.060 0.023 0.049 0.472 0.059 0.033 0.010 8 G 0.049 0.041 0.037 0.038 0.039 0.024 0.020 0.252 0.122 0.305 0.073 9 A 0.014 0.236 0.123 0.011 0.082 0.008 0.029 0.387 0.086 0.021 0.004 10 A 0.096 0.155 0.043 0.004 0.138 0.006 0.031 0.357 0.069 0.061 0.038 11 L 0.064 0.119 0.054 0.017 0.116 0.017 0.034 0.356 0.120 0.078 0.026 12 K 0.044 0.110 0.041 0.019 0.088 0.038 0.080 0.377 0.107 0.070 0.026 13 S 0.085 0.192 0.105 0.011 0.173 0.005 0.015 0.183 0.072 0.115 0.044 14 A 0.049 0.089 0.041 0.011 0.089 0.013 0.032 0.428 0.170 0.061 0.018 15 V 0.056 0.140 0.037 0.008 0.133 0.012 0.038 0.378 0.125 0.051 0.023 16 Q 0.093 0.086 0.026 0.006 0.135 0.011 0.053 0.387 0.096 0.067 0.039 17 T 0.061 0.156 0.071 0.015 0.121 0.014 0.041 0.355 0.070 0.071 0.026 18 M 0.035 0.209 0.105 0.032 0.096 0.033 0.035 0.309 0.071 0.057 0.021 19 S 0.042 0.209 0.092 0.010 0.106 0.006 0.017 0.433 0.045 0.025 0.015 20 K 0.005 0.010 0.004 0.002 0.009 0.002 0.005 0.814 0.105 0.039 0.005 21 K 0.002 0.013 0.004 0.001 0.008 0.003 0.006 0.909 0.045 0.007 0.001 22 K 0.004 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.934 0.037 0.009 0.003 23 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.943 0.038 0.010 0.001 24 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.030 0.002 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.966 0.030 0.001 0.001 26 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.014 0.001 0.001 27 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.838 0.125 0.036 0.001 28 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.874 0.120 0.003 0.001 29 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.900 0.055 0.002 0.001 30 H 0.001 0.003 0.004 0.004 0.001 0.011 0.124 0.705 0.088 0.057 0.001 31 I 0.035 0.012 0.003 0.003 0.020 0.003 0.011 0.581 0.164 0.141 0.027 32 Y 0.006 0.052 0.013 0.016 0.017 0.043 0.100 0.522 0.211 0.018 0.003 33 G 0.014 0.016 0.014 0.024 0.018 0.019 0.082 0.364 0.140 0.275 0.035 34 K 0.035 0.048 0.028 0.017 0.069 0.051 0.253 0.264 0.127 0.088 0.019 35 Y 0.109 0.189 0.044 0.008 0.217 0.005 0.013 0.136 0.085 0.106 0.087 36 D 0.131 0.145 0.048 0.009 0.215 0.022 0.056 0.165 0.099 0.067 0.042 37 V 0.053 0.126 0.044 0.012 0.114 0.011 0.039 0.357 0.142 0.077 0.023 38 F 0.049 0.058 0.029 0.033 0.055 0.035 0.057 0.229 0.203 0.206 0.047 39 K 0.016 0.139 0.173 0.139 0.055 0.078 0.083 0.165 0.084 0.056 0.012 40 R 0.099 0.086 0.036 0.017 0.143 0.023 0.092 0.226 0.110 0.102 0.065 41 F 0.094 0.245 0.164 0.026 0.181 0.011 0.022 0.051 0.049 0.110 0.048 42 K 0.035 0.379 0.316 0.021 0.136 0.007 0.016 0.057 0.018 0.008 0.008 43 P 0.107 0.269 0.089 0.016 0.181 0.014 0.041 0.181 0.056 0.015 0.030 44 L 0.062 0.076 0.022 0.026 0.104 0.087 0.101 0.274 0.130 0.075 0.044 45 A 0.125 0.123 0.028 0.007 0.285 0.008 0.019 0.250 0.066 0.059 0.029 46 L 0.104 0.121 0.038 0.024 0.152 0.031 0.039 0.302 0.071 0.061 0.057 47 G 0.039 0.065 0.068 0.057 0.066 0.023 0.037 0.392 0.086 0.123 0.044 48 I 0.037 0.088 0.025 0.004 0.050 0.004 0.011 0.564 0.117 0.074 0.024 49 D 0.010 0.021 0.008 0.004 0.023 0.003 0.005 0.820 0.087 0.015 0.005 50 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.894 0.089 0.002 0.001 51 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.936 0.041 0.007 0.001 52 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.744 0.204 0.046 0.001 53 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.656 0.313 0.009 0.001 54 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.098 0.648 0.209 0.033 0.001 55 A 0.002 0.003 0.003 0.003 0.003 0.011 0.137 0.170 0.254 0.409 0.006 56 L 0.232 0.201 0.050 0.001 0.254 0.001 0.003 0.051 0.076 0.040 0.091 57 P 0.001 0.008 0.010 0.012 0.002 0.081 0.169 0.462 0.248 0.008 0.001 58 Q 0.026 0.008 0.002 0.001 0.014 0.001 0.006 0.056 0.073 0.745 0.069 59 Y 0.056 0.480 0.095 0.002 0.315 0.001 0.002 0.003 0.002 0.019 0.025 60 D 0.062 0.496 0.117 0.001 0.312 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.723 0.273 0.002 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.037 0.002 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.023 0.007 0.001 64 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.016 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.020 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.029 0.002 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.892 0.097 0.009 0.001 69 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.823 0.145 0.010 0.001 70 N 0.001 0.006 0.004 0.003 0.004 0.007 0.123 0.720 0.115 0.016 0.001 71 H 0.010 0.009 0.005 0.006 0.008 0.017 0.092 0.369 0.199 0.267 0.018 72 C 0.082 0.117 0.025 0.010 0.114 0.019 0.074 0.239 0.112 0.146 0.060 73 R 0.015 0.030 0.017 0.032 0.033 0.082 0.180 0.205 0.134 0.247 0.024 74 R 0.106 0.313 0.165 0.008 0.294 0.001 0.003 0.033 0.015 0.024 0.037 75 P 0.004 0.011 0.002 0.001 0.013 0.001 0.005 0.485 0.459 0.015 0.003 76 R 0.005 0.007 0.003 0.001 0.009 0.003 0.030 0.742 0.171 0.026 0.003 77 Y 0.007 0.021 0.004 0.002 0.014 0.002 0.009 0.660 0.164 0.113 0.003 78 L 0.025 0.011 0.001 0.001 0.028 0.003 0.013 0.664 0.213 0.030 0.012 79 K 0.006 0.023 0.010 0.003 0.018 0.006 0.033 0.701 0.163 0.034 0.004 80 A 0.014 0.044 0.010 0.002 0.057 0.004 0.024 0.533 0.178 0.128 0.005 81 L 0.210 0.091 0.019 0.004 0.131 0.004 0.017 0.271 0.109 0.074 0.071 82 A 0.010 0.085 0.521 0.114 0.028 0.022 0.011 0.061 0.065 0.076 0.009 83 R 0.001 0.007 0.005 0.047 0.002 0.131 0.682 0.117 0.009 0.001 0.001 84 G 0.013 0.003 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.718 0.242 85 G 0.015 0.700 0.123 0.001 0.154 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 86 K 0.264 0.126 0.015 0.001 0.551 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.032 87 R 0.262 0.152 0.025 0.005 0.500 0.007 0.008 0.003 0.003 0.003 0.031 88 F 0.099 0.259 0.022 0.006 0.548 0.007 0.005 0.006 0.004 0.016 0.029 89 D 0.380 0.093 0.120 0.003 0.314 0.001 0.001 0.010 0.003 0.007 0.068 90 L 0.015 0.011 0.019 0.056 0.008 0.107 0.125 0.436 0.170 0.039 0.014 91 N 0.002 0.515 0.189 0.182 0.032 0.023 0.036 0.012 0.004 0.004 0.001 92 N 0.030 0.016 0.014 0.015 0.012 0.003 0.001 0.003 0.012 0.641 0.252 93 R 0.019 0.408 0.265 0.025 0.140 0.019 0.017 0.044 0.032 0.027 0.004 94 F 0.580 0.024 0.010 0.004 0.160 0.007 0.007 0.008 0.005 0.019 0.176 95 K 0.007 0.013 0.023 0.417 0.008 0.159 0.169 0.027 0.040 0.118 0.017 96 G 0.009 0.193 0.401 0.280 0.041 0.026 0.003 0.006 0.007 0.025 0.009 97 E 0.173 0.348 0.056 0.001 0.359 0.001 0.003 0.014 0.009 0.014 0.023 98 V 0.166 0.296 0.090 0.008 0.336 0.004 0.007 0.022 0.007 0.016 0.049 99 T 0.002 0.638 0.329 0.004 0.017 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.765 0.228 0.002 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.044 0.002 0.001 102 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.916 0.055 0.028 0.001 103 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.048 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.960 0.034 0.002 0.001 105 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.914 0.066 0.015 0.001 106 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.804 0.165 0.021 0.001 107 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.071 0.813 0.101 0.005 0.001 108 N 0.002 0.004 0.003 0.002 0.003 0.005 0.043 0.200 0.143 0.587 0.008 109 H 0.060 0.248 0.089 0.002 0.147 0.001 0.010 0.359 0.051 0.015 0.017 110 P 0.003 0.016 0.003 0.001 0.010 0.002 0.006 0.867 0.086 0.004 0.002 111 F 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.922 0.047 0.008 0.002 112 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.941 0.035 0.013 0.001 113 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.960 0.029 0.004 0.001 114 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.019 0.001 0.001 115 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.009 0.001 0.001 116 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.015 0.001 0.001 117 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.015 0.001 0.001 118 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.012 0.001 0.001 119 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 0.013 0.002 0.001 120 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.018 0.007 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.019 0.002 0.001 122 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.017 0.001 0.001 123 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.016 0.001 0.001 124 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.034 0.005 0.001 125 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.930 0.059 0.006 0.001 126 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.906 0.064 0.006 0.001 127 T 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.029 0.844 0.066 0.044 0.002 128 L 0.016 0.123 0.040 0.004 0.051 0.005 0.019 0.653 0.055 0.028 0.007 129 S 0.046 0.048 0.012 0.003 0.050 0.004 0.012 0.708 0.061 0.035 0.021 130 V 0.008 0.020 0.006 0.001 0.018 0.002 0.008 0.819 0.092 0.020 0.004 131 E 0.008 0.027 0.013 0.002 0.016 0.003 0.013 0.828 0.065 0.021 0.004 132 A 0.005 0.012 0.005 0.002 0.008 0.002 0.008 0.861 0.079 0.016 0.002 133 E 0.004 0.018 0.009 0.002 0.010 0.004 0.019 0.837 0.082 0.013 0.002 134 A 0.007 0.013 0.007 0.002 0.010 0.003 0.016 0.787 0.112 0.037 0.005 135 A 0.011 0.051 0.032 0.007 0.026 0.009 0.038 0.663 0.120 0.038 0.006 136 E 0.027 0.062 0.034 0.013 0.045 0.018 0.056 0.492 0.135 0.100 0.018 137 S 0.021 0.146 0.091 0.025 0.060 0.026 0.091 0.374 0.109 0.046 0.012 138 S 0.039 0.067 0.047 0.017 0.051 0.018 0.058 0.302 0.133 0.215 0.053 139 A 0.045 0.165 0.073 0.020 0.085 0.017 0.042 0.255 0.150 0.118 0.027 140 A 0.025 0.173 0.133 0.048 0.072 0.033 0.050 0.269 0.119 0.059 0.018 141 E 0.036 0.140 0.099 0.030 0.084 0.031 0.083 0.297 0.121 0.058 0.021