# TARGET T0360 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.0141 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.040 0.182 0.003 0.015 0.017 0.011 0.056 0.009 0.001 0.269 0.396 2 T 0.024 0.608 0.002 0.002 0.006 0.010 0.037 0.008 0.001 0.081 0.221 3 Q 0.046 0.804 0.010 0.003 0.002 0.003 0.011 0.011 0.002 0.026 0.082 4 E 0.087 0.514 0.060 0.004 0.005 0.006 0.029 0.018 0.032 0.052 0.195 5 T 0.209 0.479 0.001 0.001 0.003 0.004 0.032 0.009 0.001 0.019 0.242 6 A 0.064 0.496 0.009 0.006 0.003 0.006 0.034 0.016 0.005 0.034 0.328 7 L 0.081 0.523 0.016 0.006 0.003 0.006 0.056 0.010 0.004 0.019 0.277 8 G 0.064 0.350 0.007 0.006 0.011 0.021 0.057 0.007 0.004 0.031 0.444 9 A 0.109 0.163 0.010 0.006 0.014 0.016 0.079 0.008 0.003 0.063 0.531 10 A 0.125 0.222 0.009 0.014 0.012 0.024 0.082 0.013 0.005 0.064 0.428 11 L 0.188 0.151 0.008 0.009 0.012 0.022 0.063 0.010 0.003 0.035 0.499 12 K 0.073 0.077 0.004 0.012 0.013 0.023 0.065 0.005 0.002 0.029 0.697 13 S 0.057 0.031 0.003 0.013 0.029 0.048 0.082 0.007 0.001 0.060 0.668 14 A 0.058 0.055 0.003 0.026 0.024 0.044 0.085 0.007 0.001 0.055 0.642 15 V 0.101 0.024 0.002 0.018 0.032 0.034 0.081 0.003 0.001 0.034 0.671 16 Q 0.018 0.028 0.001 0.018 0.039 0.031 0.107 0.002 0.001 0.019 0.736 17 T 0.024 0.065 0.001 0.007 0.009 0.010 0.085 0.004 0.001 0.012 0.782 18 M 0.066 0.284 0.001 0.012 0.015 0.010 0.089 0.038 0.001 0.083 0.401 19 S 0.058 0.706 0.002 0.004 0.001 0.001 0.025 0.005 0.001 0.039 0.158 20 K 0.027 0.234 0.004 0.008 0.001 0.002 0.016 0.002 0.001 0.599 0.107 21 K 0.006 0.225 0.002 0.003 0.002 0.002 0.016 0.002 0.001 0.662 0.079 22 K 0.008 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.017 0.048 23 Q 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.016 24 T 0.014 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.020 25 E 0.008 0.846 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.004 0.084 0.041 26 M 0.037 0.557 0.105 0.001 0.001 0.001 0.018 0.021 0.059 0.153 0.050 27 I 0.189 0.580 0.014 0.001 0.001 0.001 0.022 0.057 0.009 0.035 0.094 28 A 0.178 0.135 0.003 0.003 0.001 0.001 0.060 0.004 0.002 0.059 0.553 29 D 0.009 0.095 0.013 0.010 0.001 0.004 0.140 0.001 0.005 0.045 0.678 30 H 0.044 0.093 0.036 0.009 0.002 0.007 0.079 0.011 0.014 0.049 0.656 31 I 0.723 0.080 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 0.030 0.002 0.046 0.095 32 Y 0.262 0.033 0.001 0.003 0.001 0.001 0.050 0.002 0.001 0.024 0.621 33 G 0.031 0.044 0.002 0.014 0.002 0.012 0.067 0.001 0.001 0.021 0.806 34 K 0.021 0.046 0.002 0.013 0.034 0.048 0.123 0.002 0.001 0.038 0.673 35 Y 0.045 0.043 0.006 0.021 0.067 0.062 0.103 0.008 0.004 0.045 0.595 36 D 0.221 0.101 0.005 0.013 0.027 0.030 0.066 0.012 0.003 0.044 0.479 37 V 0.398 0.042 0.002 0.007 0.006 0.013 0.058 0.012 0.001 0.037 0.423 38 F 0.118 0.065 0.002 0.017 0.005 0.017 0.076 0.007 0.001 0.035 0.657 39 K 0.044 0.016 0.001 0.014 0.019 0.027 0.085 0.001 0.001 0.017 0.776 40 R 0.006 0.012 0.001 0.016 0.121 0.076 0.103 0.002 0.001 0.014 0.647 41 F 0.021 0.046 0.001 0.010 0.034 0.023 0.084 0.004 0.001 0.011 0.765 42 K 0.296 0.130 0.002 0.023 0.076 0.041 0.092 0.044 0.001 0.071 0.224 43 P 0.115 0.145 0.008 0.049 0.007 0.018 0.110 0.006 0.003 0.057 0.483 44 L 0.101 0.118 0.004 0.068 0.034 0.062 0.084 0.010 0.001 0.052 0.467 45 A 0.079 0.086 0.001 0.102 0.072 0.075 0.092 0.004 0.001 0.056 0.432 46 L 0.007 0.021 0.001 0.093 0.038 0.048 0.131 0.002 0.001 0.024 0.635 47 G 0.020 0.141 0.003 0.154 0.065 0.067 0.113 0.005 0.001 0.065 0.366 48 I 0.012 0.669 0.002 0.019 0.008 0.006 0.030 0.005 0.001 0.007 0.240 49 D 0.021 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.003 0.024 50 Q 0.017 0.822 0.005 0.003 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.072 0.068 51 D 0.048 0.466 0.054 0.002 0.002 0.002 0.024 0.021 0.027 0.269 0.085 52 L 0.450 0.242 0.017 0.002 0.001 0.002 0.017 0.056 0.008 0.108 0.096 53 I 0.257 0.041 0.009 0.007 0.003 0.006 0.052 0.008 0.010 0.087 0.519 54 A 0.023 0.023 0.003 0.011 0.002 0.006 0.105 0.001 0.001 0.019 0.806 55 A 0.020 0.031 0.005 0.008 0.003 0.007 0.081 0.003 0.002 0.022 0.817 56 L 0.410 0.029 0.002 0.003 0.003 0.003 0.085 0.022 0.001 0.082 0.361 57 P 0.081 0.054 0.001 0.007 0.001 0.003 0.088 0.003 0.001 0.035 0.727 58 Q 0.045 0.133 0.002 0.008 0.001 0.003 0.071 0.001 0.001 0.026 0.709 59 Y 0.016 0.555 0.002 0.011 0.006 0.006 0.057 0.009 0.001 0.028 0.310 60 D 0.014 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.007 0.032 61 A 0.006 0.959 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.014 62 A 0.011 0.779 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.163 0.031 63 L 0.003 0.883 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.090 0.014 64 I 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 65 A 0.005 0.926 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.049 0.013 66 R 0.008 0.793 0.005 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.148 0.034 67 V 0.047 0.755 0.017 0.002 0.001 0.001 0.012 0.016 0.005 0.105 0.039 68 L 0.102 0.608 0.033 0.007 0.001 0.002 0.024 0.021 0.016 0.089 0.098 69 A 0.166 0.288 0.006 0.008 0.002 0.004 0.091 0.006 0.004 0.063 0.363 70 N 0.076 0.160 0.003 0.022 0.002 0.005 0.134 0.008 0.001 0.061 0.527 71 H 0.146 0.047 0.007 0.031 0.003 0.005 0.177 0.006 0.002 0.223 0.354 72 C 0.030 0.057 0.005 0.060 0.004 0.010 0.183 0.004 0.002 0.161 0.483 73 R 0.038 0.462 0.003 0.006 0.002 0.003 0.065 0.006 0.001 0.065 0.350 74 R 0.033 0.874 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.006 0.001 0.024 0.048 75 P 0.017 0.902 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.021 0.045 76 R 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.006 0.016 77 Y 0.006 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.008 0.021 78 L 0.010 0.957 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.010 0.012 79 K 0.013 0.883 0.003 0.002 0.001 0.002 0.007 0.002 0.001 0.044 0.043 80 A 0.016 0.023 0.493 0.002 0.002 0.002 0.016 0.005 0.188 0.190 0.063 81 L 0.571 0.023 0.012 0.004 0.002 0.003 0.055 0.027 0.008 0.101 0.194 82 A 0.163 0.003 0.004 0.005 0.002 0.005 0.050 0.004 0.005 0.049 0.711 83 R 0.015 0.002 0.001 0.008 0.001 0.002 0.109 0.001 0.001 0.011 0.850 84 G 0.003 0.001 0.001 0.009 0.009 0.029 0.106 0.004 0.001 0.033 0.806 85 G 0.018 0.003 0.001 0.019 0.019 0.019 0.139 0.002 0.001 0.047 0.732 86 K 0.009 0.002 0.001 0.229 0.056 0.149 0.073 0.002 0.001 0.074 0.405 87 R 0.013 0.003 0.001 0.124 0.048 0.111 0.085 0.001 0.001 0.081 0.533 88 F 0.002 0.001 0.002 0.393 0.097 0.108 0.090 0.002 0.001 0.033 0.272 89 D 0.420 0.011 0.002 0.136 0.029 0.041 0.055 0.011 0.003 0.090 0.203 90 L 0.322 0.003 0.001 0.058 0.006 0.009 0.063 0.003 0.001 0.054 0.481 91 N 0.004 0.001 0.001 0.011 0.005 0.020 0.092 0.001 0.001 0.012 0.856 92 N 0.009 0.001 0.002 0.032 0.013 0.029 0.119 0.001 0.001 0.023 0.771 93 R 0.199 0.009 0.002 0.027 0.077 0.039 0.111 0.008 0.001 0.123 0.403 94 F 0.113 0.007 0.001 0.014 0.012 0.012 0.101 0.005 0.001 0.049 0.684 95 K 0.020 0.008 0.001 0.013 0.013 0.029 0.171 0.006 0.001 0.018 0.721 96 G 0.043 0.010 0.001 0.030 0.023 0.035 0.178 0.002 0.001 0.037 0.641 97 E 0.006 0.009 0.001 0.039 0.036 0.044 0.170 0.001 0.001 0.045 0.651 98 V 0.004 0.085 0.001 0.031 0.020 0.026 0.103 0.003 0.001 0.025 0.702 99 T 0.030 0.880 0.001 0.004 0.002 0.002 0.011 0.005 0.001 0.022 0.044 100 P 0.014 0.942 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 0.020 101 E 0.005 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.019 0.029 102 E 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.009 103 Q 0.027 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.044 0.017 104 A 0.005 0.064 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.891 0.026 105 I 0.044 0.371 0.011 0.002 0.001 0.001 0.031 0.008 0.003 0.420 0.109 106 A 0.096 0.301 0.055 0.006 0.001 0.001 0.034 0.024 0.014 0.243 0.227 107 Q 0.076 0.339 0.008 0.005 0.001 0.001 0.066 0.005 0.003 0.091 0.405 108 N 0.021 0.649 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.001 0.013 0.289 109 H 0.027 0.808 0.005 0.001 0.001 0.001 0.013 0.016 0.001 0.032 0.097 110 P 0.035 0.864 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.002 0.030 0.048 111 F 0.015 0.894 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.024 0.054 112 V 0.007 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.008 0.020 113 Q 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.008 0.017 114 Q 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.012 115 A 0.013 0.901 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.052 0.023 116 L 0.007 0.244 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.707 0.024 117 Q 0.012 0.805 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.122 0.043 118 Q 0.013 0.887 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.030 0.054 119 Q 0.007 0.921 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.019 0.042 120 S 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.019 121 A 0.006 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.009 122 Q 0.020 0.889 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.054 0.025 123 A 0.024 0.115 0.017 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.006 0.756 0.062 124 A 0.069 0.505 0.023 0.002 0.001 0.001 0.033 0.022 0.007 0.233 0.105 125 A 0.213 0.142 0.034 0.005 0.001 0.002 0.050 0.019 0.016 0.134 0.384 126 E 0.050 0.313 0.004 0.007 0.001 0.002 0.054 0.003 0.002 0.030 0.534 127 T 0.061 0.334 0.001 0.001 0.001 0.003 0.044 0.005 0.001 0.014 0.535 128 L 0.030 0.573 0.007 0.005 0.001 0.002 0.033 0.018 0.002 0.031 0.298 129 S 0.058 0.772 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 0.006 0.001 0.013 0.124 130 V 0.049 0.797 0.004 0.002 0.001 0.001 0.013 0.006 0.001 0.017 0.112 131 E 0.041 0.790 0.005 0.002 0.001 0.002 0.018 0.009 0.002 0.030 0.100 132 A 0.080 0.650 0.016 0.004 0.001 0.003 0.027 0.013 0.007 0.050 0.149 133 E 0.128 0.403 0.020 0.006 0.004 0.008 0.040 0.017 0.010 0.086 0.278 134 A 0.147 0.177 0.017 0.005 0.004 0.010 0.061 0.010 0.009 0.076 0.485 135 A 0.124 0.101 0.009 0.006 0.005 0.012 0.056 0.006 0.004 0.041 0.635 136 E 0.093 0.061 0.006 0.006 0.005 0.012 0.060 0.004 0.002 0.041 0.710 137 S 0.051 0.013 0.002 0.004 0.008 0.013 0.065 0.003 0.001 0.030 0.809 138 S 0.065 0.009 0.001 0.005 0.006 0.012 0.069 0.004 0.001 0.034 0.793 139 A 0.086 0.012 0.001 0.006 0.007 0.009 0.079 0.004 0.001 0.034 0.763 140 A 0.058 0.010 0.001 0.008 0.007 0.010 0.088 0.004 0.001 0.024 0.790 141 E 0.031 0.007 0.001 0.010 0.014 0.017 0.112 0.006 0.001 0.024 0.777