# TARGET T0360 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.0141 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.995 2 T 0.008 0.014 0.001 0.229 0.005 0.008 0.735 3 Q 0.004 0.002 0.004 0.830 0.029 0.019 0.112 4 E 0.005 0.001 0.012 0.868 0.014 0.021 0.078 5 T 0.007 0.001 0.016 0.893 0.017 0.013 0.052 6 A 0.007 0.004 0.019 0.858 0.025 0.025 0.062 7 L 0.004 0.003 0.012 0.780 0.023 0.122 0.056 8 G 0.006 0.004 0.015 0.505 0.049 0.245 0.176 9 A 0.019 0.007 0.031 0.369 0.135 0.067 0.372 10 A 0.030 0.012 0.052 0.412 0.063 0.074 0.357 11 L 0.020 0.010 0.083 0.447 0.068 0.081 0.291 12 K 0.025 0.007 0.106 0.436 0.068 0.111 0.247 13 S 0.039 0.007 0.123 0.378 0.113 0.117 0.223 14 A 0.077 0.011 0.059 0.312 0.098 0.082 0.360 15 V 0.125 0.025 0.063 0.270 0.084 0.092 0.341 16 Q 0.160 0.023 0.053 0.212 0.095 0.074 0.383 17 T 0.121 0.021 0.028 0.164 0.113 0.065 0.488 18 M 0.037 0.011 0.016 0.177 0.203 0.059 0.497 19 S 0.024 0.013 0.013 0.170 0.164 0.072 0.544 20 K 0.005 0.002 0.016 0.787 0.034 0.043 0.113 21 K 0.002 0.001 0.010 0.932 0.015 0.015 0.026 22 K 0.003 0.001 0.013 0.949 0.005 0.011 0.019 23 Q 0.001 0.001 0.008 0.977 0.001 0.007 0.006 24 T 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.004 0.002 25 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 26 M 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 27 I 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.007 0.001 28 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 29 D 0.001 0.001 0.003 0.973 0.001 0.024 0.001 30 H 0.001 0.001 0.006 0.933 0.001 0.058 0.001 31 I 0.001 0.001 0.018 0.890 0.014 0.055 0.022 32 Y 0.001 0.001 0.166 0.622 0.006 0.197 0.007 33 G 0.001 0.001 0.130 0.360 0.010 0.488 0.009 34 K 0.007 0.005 0.178 0.360 0.065 0.309 0.075 35 Y 0.026 0.047 0.027 0.104 0.499 0.055 0.243 36 D 0.019 0.017 0.084 0.067 0.069 0.212 0.533 37 V 0.007 0.004 0.150 0.067 0.050 0.683 0.039 38 F 0.012 0.007 0.171 0.050 0.091 0.574 0.096 39 K 0.031 0.008 0.148 0.042 0.208 0.315 0.248 40 R 0.089 0.029 0.037 0.019 0.183 0.119 0.524 41 F 0.199 0.052 0.005 0.006 0.080 0.015 0.643 42 K 0.353 0.067 0.004 0.009 0.037 0.010 0.519 43 P 0.415 0.036 0.030 0.041 0.044 0.029 0.405 44 L 0.282 0.010 0.068 0.073 0.162 0.170 0.235 45 A 0.330 0.014 0.091 0.104 0.100 0.202 0.160 46 L 0.376 0.029 0.033 0.186 0.076 0.072 0.228 47 G 0.332 0.015 0.021 0.162 0.152 0.101 0.216 48 I 0.168 0.021 0.033 0.374 0.063 0.048 0.292 49 D 0.046 0.005 0.025 0.678 0.029 0.028 0.189 50 Q 0.006 0.001 0.020 0.881 0.028 0.018 0.046 51 D 0.003 0.002 0.033 0.904 0.011 0.023 0.024 52 L 0.003 0.001 0.044 0.917 0.004 0.028 0.005 53 I 0.003 0.002 0.065 0.878 0.005 0.046 0.003 54 A 0.002 0.001 0.067 0.717 0.005 0.201 0.006 55 A 0.001 0.001 0.036 0.476 0.014 0.454 0.017 56 L 0.002 0.007 0.020 0.039 0.262 0.065 0.605 57 P 0.002 0.003 0.070 0.021 0.118 0.465 0.321 58 Q 0.006 0.006 0.049 0.018 0.142 0.521 0.258 59 Y 0.010 0.018 0.002 0.006 0.181 0.005 0.778 60 D 0.003 0.007 0.001 0.008 0.011 0.001 0.969 61 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.004 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 63 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 64 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.002 69 A 0.001 0.001 0.004 0.967 0.002 0.025 0.001 70 N 0.001 0.001 0.009 0.841 0.003 0.144 0.003 71 H 0.001 0.001 0.037 0.607 0.030 0.292 0.031 72 C 0.004 0.011 0.033 0.260 0.123 0.343 0.225 73 R 0.003 0.007 0.008 0.053 0.498 0.120 0.311 74 R 0.002 0.004 0.001 0.024 0.565 0.006 0.399 75 P 0.001 0.001 0.015 0.945 0.004 0.031 0.004 76 R 0.001 0.001 0.027 0.940 0.003 0.026 0.003 77 Y 0.002 0.001 0.043 0.928 0.002 0.017 0.008 78 L 0.003 0.001 0.022 0.941 0.003 0.023 0.007 79 K 0.004 0.001 0.012 0.916 0.005 0.053 0.009 80 A 0.013 0.001 0.026 0.876 0.015 0.050 0.019 81 L 0.045 0.014 0.015 0.837 0.029 0.026 0.035 82 A 0.105 0.012 0.021 0.657 0.040 0.044 0.121 83 R 0.004 0.001 0.013 0.154 0.025 0.797 0.005 84 G 0.002 0.001 0.002 0.002 0.008 0.980 0.007 85 G 0.050 0.005 0.003 0.001 0.037 0.017 0.888 86 K 0.495 0.007 0.003 0.001 0.046 0.003 0.445 87 R 0.922 0.004 0.002 0.001 0.010 0.001 0.061 88 F 0.943 0.015 0.001 0.001 0.004 0.001 0.036 89 D 0.741 0.016 0.001 0.001 0.008 0.003 0.229 90 L 0.310 0.012 0.008 0.002 0.060 0.282 0.327 91 N 0.049 0.006 0.007 0.001 0.170 0.672 0.096 92 N 0.062 0.013 0.013 0.002 0.526 0.256 0.128 93 R 0.112 0.039 0.009 0.003 0.219 0.067 0.551 94 F 0.182 0.094 0.027 0.006 0.178 0.197 0.316 95 K 0.146 0.029 0.033 0.007 0.259 0.278 0.248 96 G 0.225 0.011 0.026 0.009 0.345 0.145 0.239 97 E 0.282 0.043 0.007 0.005 0.084 0.041 0.537 98 V 0.173 0.146 0.001 0.002 0.085 0.004 0.589 99 T 0.024 0.027 0.001 0.003 0.029 0.001 0.916 100 P 0.001 0.001 0.010 0.980 0.001 0.008 0.002 101 E 0.001 0.001 0.020 0.971 0.001 0.008 0.001 102 E 0.001 0.001 0.012 0.984 0.001 0.003 0.001 103 Q 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.004 0.001 104 A 0.001 0.001 0.004 0.963 0.001 0.031 0.001 105 I 0.001 0.001 0.006 0.901 0.001 0.090 0.002 106 A 0.001 0.002 0.053 0.772 0.017 0.128 0.028 107 Q 0.001 0.002 0.092 0.497 0.015 0.370 0.024 108 N 0.001 0.001 0.044 0.355 0.056 0.513 0.031 109 H 0.001 0.001 0.004 0.037 0.469 0.021 0.467 110 P 0.002 0.004 0.030 0.331 0.119 0.231 0.284 111 F 0.006 0.005 0.024 0.698 0.062 0.104 0.099 112 V 0.010 0.008 0.016 0.826 0.025 0.023 0.093 113 Q 0.004 0.001 0.004 0.926 0.010 0.008 0.046 114 Q 0.001 0.001 0.003 0.963 0.009 0.010 0.014 115 A 0.001 0.001 0.004 0.964 0.006 0.014 0.011 116 L 0.001 0.001 0.005 0.954 0.007 0.017 0.018 117 Q 0.001 0.001 0.005 0.955 0.008 0.022 0.010 118 Q 0.001 0.001 0.003 0.945 0.006 0.038 0.007 119 Q 0.001 0.001 0.003 0.910 0.013 0.054 0.020 120 S 0.001 0.001 0.004 0.869 0.013 0.062 0.051 121 A 0.001 0.001 0.005 0.876 0.015 0.057 0.047 122 Q 0.001 0.001 0.005 0.900 0.022 0.032 0.040 123 A 0.001 0.001 0.009 0.878 0.027 0.024 0.061 124 A 0.001 0.002 0.012 0.889 0.020 0.031 0.046 125 A 0.001 0.003 0.029 0.809 0.023 0.078 0.058 126 E 0.001 0.002 0.033 0.691 0.032 0.179 0.063 127 T 0.001 0.002 0.031 0.504 0.056 0.251 0.156 128 L 0.001 0.003 0.013 0.251 0.183 0.109 0.439 129 S 0.002 0.004 0.018 0.242 0.116 0.125 0.493 130 V 0.003 0.004 0.051 0.557 0.091 0.073 0.221 131 E 0.005 0.004 0.068 0.674 0.037 0.050 0.162 132 A 0.004 0.002 0.063 0.747 0.029 0.026 0.128 133 E 0.003 0.002 0.043 0.865 0.013 0.023 0.051 134 A 0.005 0.003 0.056 0.815 0.014 0.049 0.058 135 A 0.006 0.005 0.059 0.703 0.021 0.078 0.127 136 E 0.009 0.005 0.052 0.646 0.037 0.106 0.144 137 S 0.007 0.003 0.043 0.513 0.071 0.143 0.220 138 S 0.004 0.003 0.042 0.373 0.113 0.184 0.281 139 A 0.004 0.005 0.025 0.210 0.163 0.213 0.381 140 A 0.005 0.006 0.017 0.078 0.039 0.100 0.755 141 E 0.001 0.001 0.003 0.006 0.008 0.004 0.978