# TARGET T0360 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.0141 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.086 0.131 0.037 0.008 0.138 0.008 0.017 0.402 0.073 0.063 0.037 2 T 0.028 0.194 0.081 0.011 0.082 0.010 0.019 0.468 0.064 0.033 0.011 3 Q 0.014 0.036 0.022 0.004 0.025 0.003 0.007 0.751 0.107 0.026 0.006 4 E 0.013 0.020 0.006 0.002 0.026 0.004 0.013 0.790 0.095 0.023 0.006 5 T 0.023 0.042 0.015 0.004 0.034 0.006 0.023 0.747 0.073 0.026 0.007 6 A 0.026 0.025 0.018 0.007 0.033 0.009 0.026 0.729 0.067 0.049 0.010 7 L 0.015 0.223 0.094 0.023 0.055 0.019 0.035 0.464 0.043 0.023 0.006 8 G 0.027 0.033 0.027 0.031 0.029 0.024 0.026 0.458 0.112 0.193 0.040 9 A 0.025 0.193 0.073 0.006 0.107 0.007 0.025 0.457 0.075 0.025 0.007 10 A 0.079 0.120 0.036 0.005 0.122 0.008 0.027 0.425 0.066 0.077 0.035 11 L 0.077 0.136 0.051 0.011 0.162 0.010 0.025 0.331 0.103 0.068 0.025 12 K 0.036 0.084 0.042 0.015 0.064 0.036 0.073 0.402 0.130 0.096 0.023 13 S 0.047 0.165 0.093 0.010 0.127 0.004 0.018 0.293 0.110 0.114 0.020 14 A 0.051 0.060 0.020 0.005 0.079 0.009 0.026 0.504 0.169 0.058 0.019 15 V 0.029 0.164 0.047 0.010 0.111 0.011 0.033 0.411 0.126 0.047 0.011 16 Q 0.112 0.094 0.024 0.004 0.185 0.008 0.036 0.364 0.068 0.066 0.040 17 T 0.083 0.169 0.065 0.009 0.165 0.010 0.030 0.235 0.070 0.122 0.042 18 M 0.034 0.247 0.190 0.025 0.101 0.020 0.026 0.229 0.059 0.051 0.019 19 S 0.051 0.297 0.094 0.005 0.137 0.004 0.017 0.308 0.044 0.027 0.016 20 K 0.006 0.017 0.006 0.001 0.009 0.001 0.004 0.651 0.205 0.094 0.007 21 K 0.001 0.015 0.006 0.001 0.007 0.002 0.007 0.888 0.064 0.007 0.001 22 K 0.003 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.921 0.044 0.014 0.002 23 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.046 0.014 0.001 24 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.036 0.003 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.967 0.028 0.001 0.001 26 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.970 0.021 0.003 0.001 27 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.877 0.099 0.021 0.001 28 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.827 0.163 0.003 0.001 29 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.086 0.818 0.082 0.006 0.001 30 H 0.001 0.005 0.008 0.006 0.002 0.025 0.234 0.414 0.137 0.165 0.003 31 I 0.058 0.067 0.025 0.007 0.052 0.003 0.011 0.314 0.180 0.231 0.053 32 Y 0.008 0.048 0.013 0.011 0.020 0.047 0.076 0.422 0.327 0.023 0.004 33 G 0.007 0.021 0.017 0.020 0.014 0.013 0.085 0.490 0.207 0.111 0.016 34 K 0.028 0.023 0.009 0.004 0.043 0.019 0.194 0.318 0.182 0.158 0.021 35 Y 0.060 0.251 0.053 0.005 0.212 0.004 0.012 0.183 0.089 0.090 0.041 36 D 0.070 0.193 0.111 0.008 0.136 0.009 0.032 0.275 0.103 0.040 0.024 37 V 0.018 0.042 0.026 0.007 0.027 0.014 0.055 0.459 0.238 0.101 0.013 38 F 0.022 0.313 0.112 0.049 0.098 0.031 0.072 0.181 0.070 0.039 0.013 39 K 0.024 0.024 0.027 0.031 0.020 0.026 0.038 0.136 0.143 0.447 0.084 40 R 0.031 0.206 0.135 0.025 0.117 0.020 0.072 0.211 0.089 0.078 0.016 41 F 0.147 0.231 0.106 0.010 0.234 0.007 0.016 0.047 0.046 0.094 0.063 42 K 0.032 0.391 0.321 0.017 0.147 0.005 0.016 0.047 0.012 0.004 0.008 43 P 0.118 0.287 0.080 0.007 0.255 0.007 0.019 0.129 0.042 0.019 0.037 44 L 0.078 0.136 0.038 0.016 0.155 0.062 0.130 0.243 0.079 0.036 0.028 45 A 0.168 0.127 0.024 0.007 0.332 0.010 0.027 0.174 0.042 0.044 0.045 46 L 0.078 0.210 0.056 0.029 0.168 0.060 0.067 0.206 0.051 0.040 0.036 47 G 0.070 0.126 0.083 0.051 0.129 0.019 0.023 0.229 0.039 0.167 0.064 48 I 0.080 0.124 0.028 0.005 0.084 0.007 0.013 0.447 0.084 0.080 0.049 49 D 0.017 0.032 0.013 0.007 0.047 0.004 0.011 0.787 0.063 0.009 0.010 50 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.899 0.083 0.003 0.001 51 D 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.011 0.900 0.059 0.014 0.002 52 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.726 0.229 0.038 0.001 53 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.645 0.312 0.006 0.001 54 A 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.002 0.072 0.738 0.145 0.031 0.001 55 A 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.018 0.129 0.169 0.230 0.436 0.008 56 L 0.139 0.195 0.055 0.002 0.278 0.001 0.002 0.085 0.110 0.040 0.093 57 P 0.001 0.010 0.008 0.003 0.003 0.039 0.148 0.531 0.250 0.006 0.001 58 Q 0.019 0.010 0.003 0.001 0.015 0.001 0.008 0.064 0.071 0.769 0.040 59 Y 0.056 0.511 0.099 0.003 0.255 0.003 0.005 0.007 0.004 0.027 0.030 60 D 0.047 0.534 0.140 0.001 0.269 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 61 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.704 0.291 0.003 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.024 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.016 0.004 0.001 64 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.013 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.015 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.035 0.003 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.871 0.116 0.009 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.829 0.134 0.005 0.001 70 N 0.001 0.007 0.008 0.004 0.003 0.010 0.137 0.694 0.124 0.011 0.001 71 H 0.009 0.007 0.003 0.005 0.007 0.009 0.057 0.371 0.205 0.310 0.015 72 C 0.051 0.128 0.024 0.007 0.093 0.020 0.069 0.262 0.134 0.168 0.044 73 R 0.014 0.047 0.028 0.028 0.030 0.062 0.148 0.203 0.151 0.251 0.037 74 R 0.128 0.254 0.145 0.007 0.312 0.002 0.006 0.043 0.025 0.034 0.044 75 P 0.007 0.018 0.004 0.001 0.021 0.001 0.005 0.500 0.418 0.021 0.005 76 R 0.004 0.011 0.004 0.001 0.007 0.003 0.023 0.738 0.176 0.031 0.003 77 Y 0.005 0.019 0.004 0.001 0.011 0.001 0.006 0.759 0.116 0.076 0.002 78 L 0.014 0.005 0.001 0.001 0.017 0.001 0.003 0.779 0.145 0.026 0.008 79 K 0.002 0.007 0.002 0.001 0.004 0.003 0.014 0.841 0.116 0.008 0.001 80 A 0.003 0.009 0.005 0.001 0.013 0.001 0.015 0.819 0.099 0.035 0.001 81 L 0.032 0.030 0.012 0.002 0.025 0.004 0.029 0.642 0.151 0.058 0.015 82 A 0.012 0.043 0.085 0.041 0.018 0.027 0.059 0.424 0.186 0.092 0.013 83 R 0.002 0.159 0.124 0.075 0.016 0.148 0.360 0.096 0.015 0.005 0.002 84 G 0.017 0.008 0.010 0.015 0.006 0.002 0.001 0.002 0.009 0.712 0.218 85 G 0.112 0.385 0.148 0.011 0.252 0.006 0.007 0.007 0.015 0.027 0.030 86 K 0.162 0.201 0.039 0.004 0.507 0.006 0.014 0.012 0.011 0.013 0.031 87 R 0.272 0.144 0.027 0.001 0.507 0.002 0.008 0.003 0.003 0.006 0.027 88 F 0.073 0.296 0.028 0.004 0.546 0.010 0.005 0.008 0.004 0.010 0.017 89 D 0.346 0.133 0.133 0.002 0.321 0.001 0.002 0.011 0.003 0.005 0.043 90 L 0.025 0.015 0.019 0.089 0.012 0.158 0.096 0.289 0.175 0.091 0.031 91 N 0.001 0.484 0.134 0.274 0.026 0.026 0.039 0.010 0.003 0.002 0.001 92 N 0.012 0.007 0.005 0.006 0.004 0.001 0.001 0.002 0.009 0.695 0.258 93 R 0.028 0.363 0.264 0.015 0.195 0.012 0.022 0.037 0.030 0.029 0.005 94 F 0.536 0.038 0.014 0.006 0.212 0.010 0.009 0.025 0.015 0.025 0.109 95 K 0.011 0.047 0.056 0.470 0.015 0.076 0.149 0.047 0.043 0.070 0.016 96 G 0.008 0.098 0.183 0.341 0.027 0.053 0.005 0.033 0.038 0.195 0.018 97 E 0.059 0.429 0.140 0.002 0.206 0.003 0.009 0.066 0.037 0.037 0.012 98 V 0.175 0.301 0.061 0.002 0.349 0.001 0.003 0.025 0.006 0.012 0.063 99 T 0.002 0.646 0.325 0.001 0.013 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.790 0.206 0.002 0.001 101 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.029 0.001 0.001 102 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.042 0.018 0.001 103 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.051 0.001 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.939 0.053 0.002 0.001 105 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.901 0.065 0.024 0.001 106 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.786 0.183 0.019 0.002 107 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.049 0.811 0.125 0.005 0.001 108 N 0.003 0.006 0.006 0.004 0.005 0.004 0.052 0.271 0.141 0.501 0.008 109 H 0.093 0.198 0.082 0.002 0.153 0.002 0.011 0.313 0.062 0.056 0.028 110 P 0.004 0.013 0.002 0.001 0.010 0.001 0.004 0.829 0.128 0.006 0.003 111 F 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.912 0.058 0.010 0.001 112 V 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.918 0.039 0.024 0.001 113 Q 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.966 0.021 0.004 0.001 114 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.025 0.002 0.001 115 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.010 0.001 0.001 116 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.014 0.001 0.001 117 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.015 0.001 0.001 118 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.011 0.002 0.001 119 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.973 0.018 0.005 0.001 120 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.016 0.005 0.001 121 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.020 0.002 0.001 122 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.012 0.001 0.001 123 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.017 0.002 0.001 124 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.032 0.003 0.001 125 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.941 0.051 0.003 0.001 126 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.022 0.880 0.077 0.012 0.001 127 T 0.003 0.006 0.002 0.001 0.004 0.002 0.033 0.759 0.105 0.081 0.003 128 L 0.019 0.278 0.084 0.005 0.076 0.006 0.020 0.390 0.065 0.045 0.010 129 S 0.081 0.115 0.034 0.005 0.092 0.004 0.016 0.438 0.080 0.081 0.054 130 V 0.011 0.024 0.007 0.001 0.018 0.002 0.009 0.672 0.203 0.045 0.007 131 E 0.005 0.047 0.020 0.003 0.017 0.003 0.015 0.728 0.133 0.026 0.003 132 A 0.004 0.014 0.005 0.001 0.010 0.002 0.012 0.795 0.132 0.022 0.002 133 E 0.004 0.019 0.010 0.002 0.011 0.004 0.025 0.764 0.135 0.023 0.003 134 A 0.007 0.020 0.008 0.002 0.013 0.004 0.025 0.693 0.152 0.068 0.007 135 A 0.017 0.066 0.029 0.005 0.039 0.007 0.032 0.521 0.180 0.093 0.012 136 E 0.024 0.143 0.063 0.010 0.068 0.011 0.044 0.381 0.156 0.083 0.017 137 S 0.029 0.126 0.055 0.009 0.072 0.013 0.069 0.358 0.177 0.074 0.017 138 S 0.031 0.098 0.045 0.012 0.066 0.015 0.079 0.315 0.191 0.123 0.024 139 A 0.064 0.143 0.064 0.016 0.100 0.015 0.056 0.216 0.143 0.142 0.040 140 A 0.046 0.185 0.102 0.027 0.111 0.022 0.042 0.234 0.134 0.069 0.029 141 E 0.049 0.188 0.078 0.018 0.119 0.025 0.067 0.249 0.116 0.065 0.026