# TARGET T0360 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0360.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48.0141 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.760 0.156 0.052 0.023 0.007 0.001 0.001 2 T 0.808 0.139 0.036 0.013 0.003 0.001 0.001 3 Q 0.812 0.148 0.032 0.008 0.001 0.001 0.001 4 E 0.726 0.203 0.054 0.015 0.003 0.001 0.001 5 T 0.655 0.218 0.090 0.032 0.006 0.001 0.001 6 A 0.519 0.292 0.126 0.051 0.011 0.001 0.001 7 L 0.331 0.230 0.226 0.163 0.046 0.004 0.001 8 G 0.519 0.287 0.130 0.050 0.013 0.002 0.001 9 A 0.486 0.277 0.151 0.068 0.016 0.002 0.001 10 A 0.469 0.278 0.146 0.078 0.024 0.004 0.001 11 L 0.260 0.216 0.226 0.198 0.085 0.015 0.001 12 K 0.674 0.228 0.067 0.023 0.006 0.001 0.001 13 S 0.606 0.241 0.099 0.042 0.011 0.002 0.001 14 A 0.348 0.243 0.207 0.142 0.052 0.008 0.001 15 V 0.484 0.290 0.142 0.066 0.016 0.002 0.001 16 Q 0.388 0.375 0.171 0.055 0.010 0.001 0.001 17 T 0.327 0.259 0.203 0.144 0.057 0.009 0.001 18 M 0.549 0.254 0.109 0.056 0.024 0.007 0.001 19 S 0.478 0.302 0.127 0.066 0.021 0.005 0.001 20 K 0.189 0.229 0.227 0.224 0.105 0.024 0.001 21 K 0.223 0.318 0.276 0.136 0.040 0.007 0.001 22 K 0.342 0.468 0.147 0.034 0.007 0.001 0.001 23 Q 0.019 0.040 0.106 0.274 0.404 0.152 0.006 24 T 0.016 0.054 0.115 0.330 0.355 0.127 0.004 25 E 0.085 0.419 0.344 0.132 0.018 0.002 0.001 26 M 0.011 0.056 0.285 0.439 0.189 0.019 0.001 27 I 0.002 0.002 0.003 0.015 0.169 0.731 0.078 28 A 0.004 0.029 0.149 0.449 0.301 0.065 0.002 29 D 0.050 0.416 0.338 0.143 0.042 0.010 0.001 30 H 0.006 0.050 0.218 0.432 0.245 0.048 0.002 31 I 0.004 0.008 0.024 0.143 0.400 0.387 0.033 32 Y 0.066 0.253 0.324 0.224 0.108 0.023 0.002 33 G 0.291 0.377 0.175 0.099 0.043 0.014 0.002 34 K 0.061 0.182 0.256 0.274 0.154 0.064 0.010 35 Y 0.056 0.097 0.195 0.312 0.247 0.085 0.008 36 D 0.339 0.359 0.175 0.080 0.033 0.011 0.002 37 V 0.323 0.298 0.189 0.129 0.049 0.011 0.001 38 F 0.446 0.250 0.157 0.100 0.039 0.007 0.001 39 K 0.504 0.286 0.132 0.057 0.017 0.004 0.001 40 R 0.254 0.322 0.239 0.127 0.044 0.013 0.001 41 F 0.039 0.060 0.118 0.280 0.348 0.144 0.011 42 K 0.070 0.127 0.219 0.277 0.198 0.095 0.014 43 P 0.066 0.117 0.136 0.170 0.196 0.246 0.068 44 L 0.010 0.020 0.033 0.078 0.179 0.403 0.277 45 A 0.005 0.018 0.033 0.088 0.190 0.367 0.300 46 L 0.007 0.029 0.064 0.134 0.216 0.357 0.192 47 G 0.006 0.034 0.108 0.222 0.312 0.265 0.053 48 I 0.002 0.005 0.011 0.034 0.168 0.555 0.226 49 D 0.005 0.029 0.086 0.249 0.340 0.256 0.036 50 Q 0.074 0.341 0.303 0.179 0.073 0.026 0.004 51 D 0.010 0.062 0.227 0.428 0.226 0.045 0.003 52 L 0.004 0.004 0.010 0.072 0.354 0.516 0.040 53 I 0.029 0.138 0.319 0.359 0.139 0.016 0.001 54 A 0.290 0.548 0.133 0.025 0.003 0.001 0.001 55 A 0.069 0.199 0.334 0.290 0.094 0.014 0.001 56 L 0.060 0.104 0.209 0.339 0.239 0.047 0.001 57 P 0.610 0.298 0.069 0.018 0.004 0.001 0.001 58 Q 0.814 0.143 0.030 0.010 0.002 0.001 0.001 59 Y 0.265 0.257 0.232 0.164 0.067 0.015 0.001 60 D 0.391 0.369 0.149 0.068 0.019 0.004 0.001 61 A 0.147 0.250 0.281 0.214 0.091 0.015 0.001 62 A 0.437 0.352 0.143 0.050 0.015 0.003 0.001 63 L 0.058 0.217 0.361 0.266 0.084 0.013 0.001 64 I 0.017 0.015 0.032 0.148 0.399 0.358 0.031 65 A 0.041 0.153 0.294 0.326 0.151 0.034 0.002 66 R 0.084 0.337 0.280 0.192 0.077 0.027 0.003 67 V 0.035 0.031 0.078 0.237 0.345 0.237 0.037 68 L 0.060 0.067 0.082 0.145 0.249 0.315 0.082 69 A 0.171 0.242 0.247 0.194 0.092 0.046 0.009 70 N 0.198 0.253 0.217 0.179 0.094 0.051 0.008 71 H 0.198 0.156 0.155 0.184 0.175 0.115 0.017 72 C 0.183 0.160 0.137 0.181 0.165 0.148 0.025 73 R 0.193 0.196 0.190 0.208 0.132 0.067 0.015 74 R 0.151 0.172 0.163 0.183 0.177 0.119 0.034 75 P 0.143 0.237 0.245 0.228 0.106 0.034 0.007 76 R 0.100 0.251 0.285 0.220 0.106 0.034 0.005 77 Y 0.029 0.057 0.103 0.167 0.317 0.286 0.040 78 L 0.022 0.031 0.049 0.149 0.322 0.375 0.052 79 K 0.065 0.322 0.300 0.221 0.071 0.018 0.002 80 A 0.014 0.047 0.153 0.401 0.305 0.076 0.004 81 L 0.009 0.019 0.039 0.173 0.386 0.343 0.031 82 A 0.055 0.186 0.306 0.308 0.124 0.020 0.001 83 R 0.362 0.395 0.164 0.060 0.016 0.003 0.001 84 G 0.246 0.322 0.252 0.130 0.041 0.009 0.001 85 G 0.110 0.151 0.228 0.284 0.177 0.047 0.003 86 K 0.335 0.343 0.177 0.087 0.039 0.016 0.003 87 R 0.145 0.179 0.201 0.228 0.171 0.068 0.008 88 F 0.072 0.101 0.133 0.221 0.256 0.185 0.032 89 D 0.091 0.203 0.225 0.202 0.136 0.106 0.037 90 L 0.069 0.089 0.116 0.195 0.252 0.215 0.063 91 N 0.203 0.249 0.223 0.180 0.098 0.040 0.007 92 N 0.310 0.251 0.179 0.142 0.083 0.030 0.005 93 R 0.310 0.296 0.231 0.111 0.040 0.010 0.001 94 F 0.174 0.268 0.249 0.197 0.093 0.018 0.001 95 K 0.292 0.338 0.224 0.109 0.031 0.006 0.001 96 G 0.660 0.212 0.080 0.035 0.011 0.002 0.001 97 E 0.266 0.449 0.218 0.059 0.008 0.001 0.001 98 V 0.031 0.074 0.194 0.428 0.249 0.024 0.001 99 T 0.210 0.484 0.243 0.053 0.009 0.001 0.001 100 P 0.872 0.117 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 101 E 0.453 0.242 0.152 0.114 0.034 0.005 0.001 102 E 0.153 0.113 0.179 0.321 0.206 0.027 0.001 103 Q 0.239 0.388 0.296 0.068 0.008 0.001 0.001 104 A 0.707 0.266 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 105 I 0.183 0.148 0.257 0.283 0.118 0.011 0.001 106 A 0.197 0.100 0.182 0.307 0.192 0.022 0.001 107 Q 0.573 0.340 0.076 0.010 0.001 0.001 0.001 108 N 0.674 0.238 0.069 0.017 0.002 0.001 0.001 109 H 0.317 0.271 0.226 0.128 0.050 0.008 0.001 110 P 0.819 0.113 0.039 0.021 0.007 0.001 0.001 111 F 0.806 0.146 0.034 0.012 0.003 0.001 0.001 112 V 0.657 0.205 0.093 0.036 0.008 0.001 0.001 113 Q 0.593 0.274 0.096 0.032 0.005 0.001 0.001 114 Q 0.878 0.106 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 115 A 0.877 0.084 0.023 0.012 0.003 0.001 0.001 116 L 0.634 0.193 0.113 0.049 0.010 0.001 0.001 117 Q 0.692 0.224 0.065 0.017 0.002 0.001 0.001 118 Q 0.870 0.109 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 119 Q 0.849 0.113 0.028 0.008 0.002 0.001 0.001 120 S 0.813 0.124 0.042 0.018 0.003 0.001 0.001 121 A 0.730 0.180 0.063 0.022 0.004 0.001 0.001 122 Q 0.851 0.121 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 123 A 0.813 0.140 0.034 0.010 0.002 0.001 0.001 124 A 0.710 0.181 0.078 0.027 0.004 0.001 0.001 125 A 0.790 0.146 0.046 0.016 0.003 0.001 0.001 126 E 0.800 0.160 0.033 0.006 0.001 0.001 0.001 127 T 0.773 0.156 0.047 0.019 0.004 0.001 0.001 128 L 0.664 0.203 0.088 0.036 0.008 0.001 0.001 129 S 0.794 0.161 0.034 0.010 0.002 0.001 0.001 130 V 0.736 0.167 0.064 0.028 0.005 0.001 0.001 131 E 0.730 0.199 0.053 0.015 0.003 0.001 0.001 132 A 0.721 0.181 0.071 0.023 0.003 0.001 0.001 133 E 0.771 0.178 0.041 0.009 0.001 0.001 0.001 134 A 0.631 0.241 0.095 0.029 0.004 0.001 0.001 135 A 0.559 0.237 0.128 0.064 0.012 0.001 0.001 136 E 0.814 0.153 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 137 S 0.788 0.157 0.040 0.012 0.002 0.001 0.001 138 S 0.791 0.161 0.036 0.010 0.002 0.001 0.001 139 A 0.785 0.157 0.042 0.013 0.002 0.001 0.001 140 A 0.769 0.159 0.052 0.018 0.003 0.001 0.001 141 E 0.808 0.146 0.034 0.010 0.002 0.001 0.001