# TARGET T0359 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1518 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.010 0.005 0.001 0.001 0.038 0.945 2 M 0.046 0.067 0.003 0.002 0.073 0.809 3 S 0.088 0.031 0.007 0.003 0.297 0.574 4 E 0.154 0.012 0.029 0.011 0.380 0.415 5 T 0.299 0.013 0.035 0.014 0.411 0.228 6 F 0.754 0.020 0.010 0.006 0.124 0.086 7 D 0.910 0.006 0.002 0.003 0.027 0.052 8 V 0.925 0.004 0.001 0.003 0.019 0.048 9 E 0.931 0.003 0.001 0.003 0.018 0.043 10 L 0.824 0.008 0.003 0.006 0.051 0.107 11 T 0.655 0.018 0.005 0.005 0.114 0.203 12 K 0.253 0.011 0.015 0.005 0.477 0.238 13 N 0.070 0.009 0.031 0.006 0.671 0.214 14 V 0.063 0.010 0.054 0.005 0.680 0.188 15 Q 0.134 0.013 0.050 0.006 0.562 0.235 16 G 0.297 0.005 0.014 0.003 0.326 0.355 17 L 0.645 0.015 0.007 0.002 0.148 0.183 18 G 0.876 0.006 0.002 0.001 0.045 0.070 19 I 0.959 0.002 0.001 0.001 0.009 0.030 20 T 0.970 0.001 0.001 0.001 0.007 0.021 21 I 0.953 0.005 0.001 0.001 0.010 0.030 22 A 0.830 0.004 0.003 0.004 0.052 0.108 23 G 0.569 0.011 0.007 0.005 0.165 0.244 24 Y 0.304 0.021 0.009 0.007 0.342 0.318 25 I 0.248 0.038 0.020 0.012 0.378 0.305 26 G 0.178 0.028 0.033 0.018 0.440 0.302 27 D 0.107 0.031 0.062 0.023 0.534 0.244 28 K 0.064 0.015 0.086 0.038 0.544 0.253 29 K 0.041 0.013 0.090 0.041 0.567 0.247 30 L 0.058 0.021 0.100 0.036 0.559 0.225 31 E 0.085 0.021 0.055 0.020 0.470 0.349 32 P 0.159 0.031 0.032 0.007 0.385 0.387 33 S 0.275 0.023 0.013 0.003 0.289 0.397 34 G 0.537 0.008 0.005 0.001 0.129 0.320 35 I 0.883 0.004 0.001 0.001 0.028 0.083 36 F 0.973 0.001 0.001 0.001 0.007 0.018 37 V 0.982 0.002 0.001 0.001 0.004 0.012 38 K 0.961 0.001 0.001 0.001 0.009 0.028 39 S 0.912 0.002 0.001 0.001 0.020 0.064 40 I 0.738 0.025 0.001 0.002 0.060 0.174 41 T 0.301 0.038 0.003 0.005 0.544 0.109 42 K 0.055 0.009 0.007 0.009 0.829 0.091 43 S 0.014 0.005 0.003 0.010 0.795 0.173 44 S 0.071 0.064 0.007 0.045 0.728 0.085 45 A 0.053 0.032 0.022 0.320 0.316 0.257 46 V 0.045 0.022 0.105 0.436 0.245 0.148 47 E 0.023 0.003 0.335 0.373 0.229 0.037 48 H 0.013 0.002 0.329 0.395 0.221 0.040 49 D 0.012 0.008 0.116 0.301 0.413 0.150 50 G 0.012 0.006 0.027 0.027 0.446 0.484 51 R 0.064 0.015 0.021 0.015 0.414 0.472 52 I 0.199 0.149 0.020 0.011 0.348 0.273 53 Q 0.084 0.020 0.015 0.013 0.770 0.097 54 I 0.092 0.007 0.054 0.015 0.763 0.070 55 G 0.150 0.004 0.022 0.006 0.750 0.068 56 D 0.556 0.007 0.014 0.004 0.372 0.047 57 Q 0.915 0.007 0.002 0.002 0.030 0.044 58 I 0.973 0.004 0.001 0.001 0.009 0.012 59 I 0.983 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 60 A 0.982 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 61 V 0.949 0.003 0.001 0.001 0.030 0.017 62 D 0.332 0.002 0.009 0.006 0.572 0.079 63 G 0.072 0.004 0.054 0.025 0.766 0.079 64 T 0.318 0.084 0.027 0.022 0.427 0.123 65 N 0.279 0.061 0.023 0.030 0.372 0.236 66 L 0.181 0.040 0.059 0.021 0.561 0.138 67 Q 0.172 0.012 0.066 0.014 0.665 0.071 68 G 0.074 0.003 0.074 0.014 0.736 0.100 69 F 0.148 0.047 0.011 0.014 0.545 0.236 70 T 0.034 0.027 0.002 0.015 0.110 0.811 71 N 0.002 0.001 0.013 0.941 0.022 0.021 72 Q 0.001 0.001 0.004 0.983 0.009 0.003 73 Q 0.001 0.001 0.004 0.992 0.003 0.001 74 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 75 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 77 V 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 78 L 0.001 0.001 0.005 0.985 0.006 0.003 79 R 0.001 0.001 0.012 0.967 0.012 0.008 80 H 0.007 0.003 0.021 0.654 0.149 0.167 81 T 0.018 0.008 0.039 0.171 0.437 0.327 82 G 0.017 0.007 0.016 0.018 0.575 0.367 83 Q 0.025 0.008 0.028 0.009 0.631 0.298 84 T 0.185 0.009 0.010 0.002 0.341 0.454 85 V 0.754 0.008 0.002 0.001 0.071 0.164 86 L 0.957 0.003 0.001 0.001 0.007 0.033 87 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 88 T 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 89 L 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 90 M 0.913 0.002 0.001 0.001 0.013 0.071 91 R 0.654 0.008 0.001 0.001 0.058 0.279 92 R 0.250 0.014 0.003 0.001 0.153 0.579 93 G 0.070 0.008 0.005 0.002 0.229 0.686 94 E 0.058 0.016 0.014 0.004 0.320 0.589 95 T 0.061 0.021 0.014 0.007 0.259 0.639 96 S 0.063 0.027 0.013 0.012 0.186 0.698 97 V 0.014 0.012 0.014 0.027 0.156 0.776