# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 540.766 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.035 0.180 0.148 0.201 0.016 0.023 0.118 0.025 0.004 0.004 0.009 0.007 0.004 0.004 0.007 0.014 0.014 0.114 0.013 0.009 0.016 0.035 2 M 0.083 0.116 0.271 0.093 0.025 0.058 0.112 0.019 0.007 0.003 0.005 0.019 0.006 0.009 0.003 0.028 0.025 0.007 0.024 0.016 0.026 0.043 3 S 0.016 0.378 0.072 0.221 0.009 0.020 0.050 0.018 0.004 0.005 0.005 0.005 0.003 0.003 0.007 0.013 0.019 0.056 0.037 0.009 0.018 0.034 4 E 0.023 0.075 0.319 0.145 0.013 0.105 0.027 0.029 0.012 0.003 0.004 0.014 0.011 0.006 0.003 0.041 0.064 0.006 0.030 0.013 0.018 0.041 5 T 0.038 0.105 0.075 0.084 0.005 0.020 0.198 0.068 0.008 0.004 0.009 0.009 0.008 0.008 0.020 0.034 0.092 0.008 0.032 0.017 0.023 0.135 6 F 0.013 0.078 0.032 0.044 0.002 0.015 0.020 0.023 0.011 0.007 0.011 0.024 0.011 0.011 0.004 0.072 0.282 0.008 0.086 0.097 0.098 0.051 7 D 0.017 0.057 0.024 0.046 0.003 0.008 0.016 0.021 0.011 0.006 0.011 0.010 0.009 0.010 0.017 0.071 0.184 0.010 0.047 0.070 0.053 0.301 8 V 0.004 0.047 0.015 0.017 0.001 0.007 0.006 0.010 0.013 0.008 0.011 0.014 0.008 0.010 0.009 0.083 0.193 0.047 0.049 0.177 0.133 0.137 9 E 0.006 0.043 0.019 0.040 0.004 0.005 0.008 0.016 0.014 0.006 0.011 0.011 0.011 0.009 0.009 0.069 0.146 0.079 0.020 0.157 0.079 0.237 10 L 0.004 0.061 0.027 0.036 0.002 0.005 0.009 0.012 0.005 0.006 0.007 0.009 0.005 0.007 0.010 0.045 0.044 0.183 0.008 0.251 0.082 0.183 11 T 0.009 0.115 0.053 0.078 0.007 0.010 0.014 0.009 0.006 0.006 0.008 0.011 0.006 0.005 0.005 0.040 0.034 0.269 0.006 0.149 0.082 0.078 12 K 0.028 0.076 0.139 0.147 0.023 0.016 0.045 0.011 0.004 0.004 0.010 0.006 0.003 0.004 0.003 0.024 0.019 0.170 0.007 0.112 0.056 0.091 13 N 0.143 0.104 0.139 0.080 0.067 0.019 0.106 0.014 0.005 0.002 0.004 0.011 0.003 0.004 0.003 0.027 0.021 0.101 0.019 0.039 0.043 0.045 14 V 0.050 0.134 0.241 0.088 0.016 0.062 0.137 0.011 0.004 0.002 0.007 0.006 0.004 0.003 0.003 0.018 0.013 0.033 0.032 0.022 0.027 0.086 15 Q 0.046 0.151 0.170 0.180 0.024 0.012 0.091 0.009 0.008 0.003 0.004 0.009 0.005 0.007 0.001 0.050 0.044 0.020 0.075 0.023 0.041 0.027 16 G 0.116 0.077 0.040 0.097 0.040 0.018 0.113 0.008 0.010 0.003 0.005 0.006 0.010 0.006 0.010 0.043 0.046 0.003 0.155 0.012 0.030 0.150 17 L 0.003 0.172 0.033 0.070 0.001 0.005 0.010 0.003 0.014 0.020 0.014 0.011 0.013 0.017 0.009 0.094 0.166 0.008 0.151 0.042 0.105 0.040 18 G 0.014 0.017 0.008 0.014 0.008 0.002 0.009 0.002 0.024 0.013 0.014 0.038 0.033 0.015 0.010 0.129 0.161 0.005 0.104 0.143 0.098 0.139 19 I 0.001 0.020 0.004 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.023 0.024 0.037 0.012 0.019 0.026 0.038 0.141 0.243 0.011 0.052 0.068 0.099 0.171 20 T 0.001 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.031 0.028 0.087 0.051 0.026 0.007 0.101 0.179 0.023 0.011 0.235 0.130 0.048 21 I 0.002 0.013 0.005 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.018 0.023 0.042 0.021 0.017 0.016 0.052 0.098 0.106 0.048 0.004 0.231 0.114 0.183 22 A 0.005 0.020 0.018 0.013 0.003 0.004 0.006 0.002 0.026 0.046 0.051 0.061 0.053 0.027 0.009 0.100 0.098 0.092 0.004 0.203 0.117 0.040 23 G 0.063 0.043 0.029 0.035 0.055 0.010 0.033 0.006 0.012 0.016 0.030 0.020 0.014 0.018 0.024 0.065 0.079 0.091 0.010 0.153 0.108 0.086 24 Y 0.031 0.145 0.106 0.059 0.013 0.031 0.040 0.014 0.009 0.016 0.016 0.021 0.019 0.012 0.018 0.055 0.044 0.063 0.027 0.068 0.056 0.135 25 I 0.015 0.283 0.119 0.170 0.006 0.013 0.026 0.009 0.003 0.007 0.008 0.008 0.006 0.004 0.005 0.030 0.032 0.118 0.017 0.034 0.045 0.045 26 G 0.127 0.111 0.156 0.138 0.071 0.029 0.087 0.015 0.002 0.002 0.004 0.008 0.003 0.004 0.003 0.017 0.017 0.033 0.047 0.025 0.024 0.079 27 D 0.031 0.269 0.143 0.157 0.023 0.049 0.063 0.020 0.002 0.001 0.003 0.005 0.002 0.002 0.003 0.012 0.020 0.042 0.100 0.011 0.017 0.023 28 K 0.020 0.059 0.456 0.098 0.019 0.054 0.079 0.042 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.002 0.001 0.007 0.010 0.028 0.028 0.020 0.007 0.060 29 K 0.054 0.135 0.185 0.108 0.011 0.013 0.233 0.055 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 0.002 0.013 0.015 0.063 0.030 0.025 0.014 0.031 30 L 0.087 0.132 0.132 0.130 0.015 0.041 0.164 0.010 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.002 0.009 0.007 0.036 0.054 0.019 0.017 0.134 31 E 0.029 0.239 0.121 0.181 0.035 0.012 0.028 0.008 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.003 0.001 0.026 0.022 0.055 0.132 0.040 0.039 0.018 32 P 0.033 0.077 0.195 0.283 0.024 0.032 0.063 0.009 0.004 0.001 0.002 0.004 0.003 0.002 0.005 0.011 0.012 0.010 0.047 0.012 0.012 0.158 33 S 0.019 0.152 0.093 0.153 0.007 0.010 0.128 0.006 0.011 0.005 0.005 0.010 0.006 0.007 0.002 0.079 0.115 0.010 0.038 0.046 0.077 0.022 34 G 0.082 0.047 0.013 0.097 0.033 0.007 0.047 0.004 0.015 0.003 0.004 0.007 0.015 0.012 0.015 0.084 0.093 0.003 0.180 0.042 0.046 0.153 35 I 0.001 0.049 0.004 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.030 0.021 0.013 0.015 0.013 0.016 0.115 0.219 0.006 0.060 0.142 0.213 0.053 36 F 0.001 0.013 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.029 0.020 0.040 0.044 0.035 0.013 0.136 0.139 0.003 0.022 0.189 0.141 0.134 37 V 0.001 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.050 0.051 0.016 0.020 0.018 0.035 0.151 0.150 0.009 0.009 0.155 0.242 0.056 38 K 0.001 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.050 0.056 0.055 0.074 0.090 0.057 0.028 0.128 0.052 0.026 0.006 0.162 0.142 0.054 39 S 0.003 0.015 0.003 0.003 0.002 0.001 0.005 0.002 0.029 0.057 0.075 0.045 0.042 0.033 0.028 0.072 0.024 0.055 0.002 0.348 0.119 0.036 40 I 0.004 0.081 0.036 0.025 0.001 0.007 0.005 0.002 0.054 0.066 0.051 0.034 0.074 0.068 0.047 0.106 0.080 0.010 0.005 0.062 0.074 0.108 41 T 0.004 0.299 0.037 0.133 0.009 0.007 0.006 0.005 0.017 0.035 0.027 0.037 0.032 0.021 0.013 0.057 0.016 0.061 0.006 0.063 0.098 0.018 42 K 0.021 0.105 0.260 0.309 0.025 0.062 0.027 0.010 0.007 0.012 0.018 0.010 0.015 0.013 0.015 0.020 0.007 0.012 0.003 0.008 0.017 0.022 43 S 0.050 0.177 0.190 0.095 0.025 0.024 0.277 0.010 0.004 0.009 0.006 0.016 0.004 0.012 0.003 0.018 0.005 0.001 0.010 0.017 0.039 0.009 44 S 0.005 0.505 0.022 0.342 0.017 0.034 0.008 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.006 0.014 0.003 0.007 0.003 45 A 0.004 0.028 0.419 0.094 0.007 0.338 0.006 0.062 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.010 0.002 0.002 0.002 0.013 46 V 0.002 0.020 0.052 0.013 0.001 0.023 0.239 0.607 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.017 0.003 0.002 0.002 0.009 47 E 0.004 0.050 0.068 0.032 0.001 0.023 0.157 0.560 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.009 0.009 0.023 0.005 0.007 0.007 0.034 48 H 0.011 0.141 0.297 0.095 0.002 0.008 0.105 0.227 0.003 0.001 0.002 0.005 0.002 0.003 0.002 0.009 0.011 0.034 0.003 0.010 0.012 0.015 49 D 0.049 0.076 0.178 0.169 0.004 0.008 0.440 0.008 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.007 0.005 0.008 0.005 0.013 0.004 50 G 0.522 0.008 0.009 0.007 0.262 0.002 0.141 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.003 0.001 0.023 0.002 0.006 0.002 51 R 0.003 0.076 0.016 0.078 0.001 0.005 0.006 0.003 0.003 0.003 0.006 0.003 0.004 0.005 0.009 0.005 0.004 0.006 0.734 0.005 0.007 0.020 52 I 0.005 0.213 0.055 0.114 0.003 0.007 0.008 0.004 0.020 0.016 0.018 0.086 0.046 0.035 0.004 0.029 0.043 0.018 0.019 0.020 0.044 0.193 53 Q 0.004 0.345 0.058 0.149 0.003 0.006 0.007 0.002 0.026 0.010 0.011 0.010 0.014 0.013 0.032 0.037 0.011 0.035 0.117 0.006 0.024 0.079 54 I 0.005 0.154 0.078 0.357 0.007 0.016 0.010 0.003 0.029 0.023 0.018 0.030 0.058 0.018 0.017 0.035 0.019 0.047 0.018 0.007 0.029 0.022 55 G 0.030 0.052 0.067 0.101 0.085 0.016 0.119 0.008 0.028 0.014 0.027 0.108 0.048 0.030 0.013 0.035 0.029 0.007 0.004 0.098 0.044 0.036 56 D 0.006 0.123 0.041 0.111 0.002 0.013 0.038 0.009 0.065 0.043 0.030 0.020 0.052 0.024 0.020 0.138 0.137 0.003 0.014 0.026 0.054 0.028 57 Q 0.005 0.035 0.023 0.022 0.003 0.004 0.015 0.008 0.035 0.029 0.020 0.016 0.041 0.030 0.020 0.123 0.405 0.002 0.007 0.025 0.073 0.058 58 I 0.002 0.026 0.006 0.005 0.001 0.002 0.006 0.005 0.032 0.034 0.047 0.024 0.032 0.024 0.026 0.176 0.205 0.038 0.017 0.077 0.140 0.075 59 I 0.001 0.010 0.004 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.020 0.044 0.049 0.031 0.040 0.048 0.016 0.115 0.058 0.188 0.015 0.062 0.108 0.178 60 A 0.001 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 0.038 0.036 0.054 0.018 0.030 0.010 0.090 0.055 0.135 0.006 0.185 0.174 0.119 61 V 0.002 0.058 0.018 0.015 0.001 0.003 0.001 0.004 0.032 0.053 0.037 0.016 0.033 0.016 0.061 0.049 0.029 0.456 0.002 0.021 0.042 0.051 62 D 0.038 0.035 0.110 0.111 0.017 0.009 0.056 0.004 0.027 0.051 0.076 0.043 0.052 0.021 0.021 0.055 0.033 0.119 0.001 0.056 0.049 0.016 63 G 0.550 0.008 0.005 0.003 0.219 0.004 0.160 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.005 0.002 0.004 0.003 0.007 0.004 0.003 0.008 0.004 64 T 0.008 0.108 0.039 0.064 0.006 0.013 0.012 0.003 0.003 0.008 0.010 0.006 0.005 0.006 0.002 0.011 0.010 0.016 0.635 0.007 0.013 0.014 65 N 0.015 0.295 0.073 0.207 0.011 0.012 0.013 0.014 0.004 0.004 0.006 0.015 0.016 0.006 0.005 0.014 0.018 0.024 0.028 0.006 0.015 0.200 66 L 0.023 0.140 0.384 0.070 0.006 0.048 0.025 0.016 0.003 0.002 0.008 0.006 0.004 0.005 0.012 0.013 0.020 0.012 0.129 0.004 0.011 0.058 67 Q 0.034 0.108 0.185 0.129 0.012 0.010 0.232 0.031 0.003 0.001 0.005 0.014 0.005 0.004 0.002 0.012 0.006 0.009 0.171 0.006 0.012 0.010 68 G 0.240 0.070 0.039 0.056 0.075 0.043 0.330 0.022 0.001 0.001 0.003 0.006 0.002 0.005 0.008 0.005 0.001 0.003 0.047 0.017 0.006 0.019 69 F 0.021 0.273 0.164 0.190 0.008 0.065 0.053 0.029 0.002 0.001 0.002 0.008 0.003 0.008 0.002 0.012 0.003 0.001 0.097 0.028 0.018 0.011 70 T 0.009 0.306 0.045 0.498 0.011 0.031 0.014 0.028 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.018 0.011 0.012 0.006 71 N 0.007 0.017 0.071 0.033 0.009 0.799 0.006 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 72 Q 0.001 0.003 0.022 0.004 0.001 0.402 0.012 0.554 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.003 0.007 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.001 0.002 0.107 0.002 0.001 0.003 0.030 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.011 0.005 0.145 0.002 0.001 0.007 0.142 0.662 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.002 0.005 80 H 0.010 0.013 0.543 0.006 0.001 0.009 0.245 0.139 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.002 0.002 0.009 81 T 0.069 0.142 0.359 0.190 0.003 0.015 0.149 0.017 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.026 0.006 0.001 0.004 0.003 82 G 0.651 0.016 0.059 0.030 0.095 0.012 0.105 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 0.001 0.002 0.003 83 Q 0.026 0.145 0.060 0.126 0.011 0.015 0.097 0.005 0.007 0.006 0.008 0.007 0.009 0.010 0.005 0.024 0.021 0.009 0.381 0.002 0.015 0.011 84 T 0.008 0.121 0.031 0.090 0.004 0.009 0.020 0.004 0.032 0.018 0.018 0.050 0.117 0.029 0.014 0.071 0.111 0.003 0.074 0.006 0.026 0.143 85 V 0.002 0.067 0.010 0.015 0.001 0.002 0.003 0.001 0.035 0.090 0.058 0.038 0.051 0.035 0.051 0.097 0.228 0.007 0.063 0.010 0.075 0.063 86 L 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.035 0.033 0.067 0.183 0.034 0.027 0.177 0.212 0.001 0.041 0.014 0.039 0.061 87 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.073 0.113 0.039 0.050 0.051 0.064 0.091 0.288 0.005 0.008 0.073 0.063 0.044 88 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.074 0.058 0.101 0.085 0.040 0.012 0.106 0.157 0.011 0.003 0.163 0.096 0.035 89 L 0.001 0.010 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.087 0.054 0.015 0.051 0.036 0.085 0.088 0.052 0.099 0.001 0.090 0.086 0.204 90 M 0.001 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.046 0.029 0.036 0.032 0.027 0.006 0.081 0.041 0.130 0.001 0.301 0.181 0.044 91 R 0.003 0.156 0.020 0.073 0.002 0.002 0.004 0.001 0.017 0.056 0.029 0.011 0.018 0.012 0.039 0.063 0.028 0.164 0.002 0.097 0.103 0.099 92 R 0.016 0.144 0.095 0.246 0.019 0.012 0.013 0.001 0.014 0.046 0.026 0.016 0.016 0.011 0.008 0.044 0.033 0.089 0.002 0.045 0.080 0.023 93 G 0.121 0.086 0.096 0.157 0.249 0.019 0.105 0.005 0.006 0.004 0.011 0.013 0.007 0.008 0.004 0.017 0.014 0.013 0.008 0.014 0.028 0.013 94 E 0.030 0.180 0.191 0.169 0.015 0.061 0.127 0.010 0.009 0.007 0.011 0.008 0.006 0.007 0.007 0.020 0.024 0.007 0.041 0.013 0.020 0.037 95 T 0.019 0.314 0.104 0.209 0.012 0.020 0.053 0.020 0.010 0.005 0.007 0.010 0.009 0.010 0.004 0.034 0.041 0.007 0.038 0.012 0.027 0.035 96 S 0.017 0.260 0.055 0.311 0.006 0.020 0.024 0.018 0.007 0.004 0.007 0.005 0.007 0.008 0.024 0.023 0.021 0.008 0.056 0.008 0.020 0.091 97 V 0.010 0.234 0.090 0.120 0.006 0.023 0.028 0.021 0.013 0.012 0.015 0.025 0.014 0.017 0.009 0.051 0.044 0.021 0.079 0.039 0.077 0.054