# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 540.766 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.008 0.007 0.047 0.060 0.180 0.004 0.082 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.017 0.048 0.078 0.213 0.225 0.001 2 M 0.005 0.005 0.117 0.102 0.081 0.001 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.006 0.176 0.069 0.084 0.298 0.001 3 S 0.006 0.010 0.042 0.061 0.301 0.003 0.067 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.019 0.046 0.154 0.262 0.001 4 E 0.014 0.016 0.198 0.230 0.129 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.004 0.197 0.029 0.052 0.090 0.001 5 T 0.025 0.049 0.017 0.046 0.678 0.002 0.074 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.007 0.016 0.014 0.023 0.022 0.001 6 F 0.099 0.183 0.175 0.264 0.144 0.001 0.011 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.001 0.042 0.005 0.009 0.005 0.016 0.024 0.002 7 D 0.144 0.171 0.019 0.063 0.538 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.007 0.004 0.013 0.001 0.004 0.005 0.003 0.003 0.007 0.004 0.006 8 V 0.311 0.291 0.105 0.095 0.126 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.005 0.014 0.001 0.023 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.006 9 E 0.267 0.266 0.040 0.095 0.257 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.007 0.005 0.018 0.001 0.011 0.003 0.002 0.001 0.004 0.003 0.012 10 L 0.287 0.233 0.068 0.111 0.228 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.004 0.015 0.001 0.018 0.002 0.004 0.002 0.005 0.004 0.007 11 T 0.165 0.187 0.076 0.208 0.254 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.005 0.005 0.014 0.002 0.022 0.004 0.008 0.005 0.013 0.015 0.007 12 K 0.116 0.073 0.090 0.128 0.404 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.001 0.025 0.005 0.068 0.009 0.021 0.028 0.003 13 N 0.036 0.039 0.077 0.113 0.331 0.003 0.100 0.012 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.030 0.008 0.070 0.048 0.044 0.075 0.002 14 V 0.018 0.016 0.120 0.104 0.161 0.003 0.055 0.010 0.005 0.005 0.002 0.002 0.002 0.002 0.037 0.013 0.132 0.060 0.100 0.153 0.002 15 Q 0.009 0.014 0.060 0.086 0.137 0.009 0.122 0.008 0.003 0.003 0.002 0.002 0.004 0.003 0.035 0.018 0.257 0.036 0.049 0.143 0.001 16 G 0.015 0.030 0.046 0.072 0.181 0.007 0.256 0.005 0.003 0.004 0.005 0.005 0.007 0.006 0.023 0.030 0.061 0.097 0.063 0.080 0.005 17 L 0.036 0.060 0.121 0.081 0.202 0.002 0.040 0.003 0.001 0.001 0.013 0.009 0.021 0.013 0.083 0.052 0.044 0.030 0.055 0.123 0.009 18 G 0.071 0.141 0.099 0.099 0.153 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.029 0.020 0.056 0.038 0.095 0.030 0.016 0.023 0.030 0.026 0.054 19 I 0.141 0.165 0.034 0.028 0.178 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.055 0.039 0.085 0.067 0.048 0.080 0.003 0.004 0.016 0.006 0.046 20 T 0.176 0.151 0.118 0.085 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.032 0.126 0.098 0.096 0.008 0.002 0.001 0.006 0.003 0.032 21 I 0.133 0.140 0.016 0.043 0.137 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.044 0.055 0.096 0.158 0.037 0.081 0.004 0.003 0.008 0.004 0.038 22 A 0.111 0.122 0.076 0.092 0.039 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.024 0.037 0.099 0.157 0.175 0.018 0.007 0.003 0.008 0.009 0.014 23 G 0.072 0.114 0.046 0.098 0.210 0.002 0.019 0.003 0.001 0.001 0.015 0.018 0.040 0.084 0.063 0.100 0.020 0.030 0.018 0.036 0.010 24 Y 0.055 0.052 0.128 0.101 0.150 0.003 0.026 0.004 0.002 0.001 0.012 0.012 0.021 0.031 0.127 0.045 0.040 0.033 0.054 0.094 0.008 25 I 0.027 0.019 0.079 0.060 0.199 0.003 0.034 0.006 0.002 0.001 0.005 0.005 0.011 0.014 0.082 0.051 0.136 0.047 0.088 0.127 0.003 26 G 0.009 0.008 0.076 0.070 0.117 0.006 0.077 0.009 0.003 0.001 0.002 0.003 0.005 0.006 0.070 0.028 0.112 0.065 0.099 0.233 0.002 27 D 0.004 0.004 0.044 0.051 0.106 0.005 0.046 0.009 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.022 0.021 0.139 0.064 0.196 0.275 0.001 28 K 0.003 0.004 0.035 0.033 0.113 0.012 0.088 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.017 0.349 0.088 0.067 0.151 0.001 29 K 0.005 0.005 0.059 0.050 0.111 0.024 0.204 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.012 0.168 0.068 0.095 0.156 0.001 30 L 0.005 0.005 0.045 0.041 0.145 0.004 0.072 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.035 0.021 0.145 0.099 0.165 0.199 0.001 31 E 0.003 0.005 0.088 0.069 0.065 0.002 0.028 0.005 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.050 0.016 0.119 0.043 0.165 0.331 0.001 32 P 0.004 0.005 0.032 0.042 0.134 0.003 0.050 0.003 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.016 0.050 0.152 0.047 0.149 0.299 0.001 33 S 0.005 0.009 0.060 0.052 0.070 0.005 0.194 0.005 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.004 0.054 0.039 0.185 0.079 0.054 0.169 0.004 34 G 0.019 0.050 0.045 0.031 0.207 0.003 0.127 0.004 0.001 0.001 0.015 0.011 0.026 0.029 0.074 0.143 0.026 0.061 0.049 0.058 0.022 35 I 0.086 0.128 0.122 0.062 0.075 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.032 0.028 0.095 0.106 0.119 0.061 0.005 0.007 0.024 0.011 0.030 36 F 0.147 0.111 0.049 0.037 0.110 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.057 0.112 0.152 0.057 0.050 0.003 0.002 0.010 0.003 0.040 37 V 0.135 0.104 0.048 0.052 0.048 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.059 0.115 0.172 0.164 0.018 0.005 0.001 0.005 0.002 0.030 38 K 0.079 0.106 0.023 0.045 0.073 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.029 0.035 0.130 0.273 0.130 0.040 0.004 0.003 0.003 0.005 0.015 39 S 0.087 0.093 0.090 0.154 0.076 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.046 0.036 0.057 0.117 0.112 0.042 0.009 0.010 0.021 0.021 0.020 40 I 0.049 0.062 0.029 0.041 0.398 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.020 0.020 0.080 0.127 0.038 0.037 0.026 0.042 0.003 41 T 0.015 0.011 0.126 0.128 0.032 0.002 0.013 0.002 0.002 0.001 0.004 0.004 0.004 0.008 0.161 0.018 0.023 0.015 0.123 0.306 0.002 42 K 0.002 0.001 0.007 0.009 0.119 0.002 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.027 0.622 0.030 0.044 0.100 0.001 43 S 0.001 0.002 0.016 0.014 0.017 0.013 0.566 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.011 0.082 0.090 0.035 0.092 0.001 44 S 0.004 0.005 0.067 0.030 0.055 0.004 0.043 0.044 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.015 0.018 0.105 0.115 0.181 0.306 0.001 45 A 0.006 0.011 0.043 0.030 0.230 0.004 0.036 0.097 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.021 0.285 0.083 0.060 0.071 0.002 46 V 0.014 0.020 0.067 0.042 0.088 0.014 0.193 0.307 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.027 0.009 0.116 0.033 0.031 0.021 0.002 47 E 0.023 0.023 0.087 0.072 0.078 0.017 0.111 0.323 0.009 0.003 0.003 0.003 0.007 0.008 0.037 0.009 0.096 0.020 0.041 0.028 0.002 48 H 0.020 0.016 0.033 0.061 0.079 0.006 0.135 0.038 0.103 0.041 0.003 0.005 0.013 0.013 0.022 0.024 0.284 0.036 0.030 0.038 0.002 49 D 0.005 0.007 0.010 0.014 0.095 0.002 0.570 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.015 0.028 0.056 0.016 0.042 0.117 0.001 50 G 0.010 0.011 0.103 0.033 0.105 0.005 0.125 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.018 0.011 0.032 0.443 0.031 0.049 0.004 51 R 0.032 0.027 0.139 0.053 0.304 0.002 0.013 0.006 0.002 0.001 0.005 0.004 0.009 0.007 0.035 0.103 0.056 0.038 0.103 0.052 0.010 52 I 0.028 0.047 0.130 0.112 0.234 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.005 0.006 0.028 0.011 0.185 0.014 0.025 0.012 0.076 0.067 0.006 53 Q 0.014 0.020 0.126 0.154 0.166 0.001 0.005 0.004 0.002 0.002 0.012 0.008 0.006 0.005 0.050 0.040 0.026 0.024 0.097 0.229 0.008 54 I 0.006 0.007 0.031 0.028 0.191 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.002 0.054 0.043 0.474 0.018 0.022 0.090 0.002 55 G 0.011 0.029 0.048 0.052 0.086 0.005 0.538 0.009 0.001 0.001 0.004 0.004 0.009 0.007 0.060 0.022 0.028 0.031 0.017 0.035 0.003 56 D 0.127 0.155 0.129 0.072 0.259 0.002 0.035 0.008 0.001 0.001 0.010 0.008 0.022 0.008 0.020 0.040 0.013 0.027 0.035 0.023 0.009 57 Q 0.213 0.183 0.206 0.132 0.078 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.008 0.012 0.051 0.014 0.036 0.008 0.009 0.005 0.012 0.006 0.016 58 I 0.245 0.248 0.018 0.029 0.306 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.013 0.025 0.036 0.016 0.009 0.016 0.003 0.002 0.005 0.002 0.019 59 I 0.243 0.228 0.126 0.130 0.018 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.014 0.017 0.079 0.052 0.062 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.016 60 A 0.197 0.297 0.014 0.052 0.193 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.031 0.024 0.061 0.050 0.013 0.014 0.003 0.002 0.004 0.002 0.034 61 V 0.233 0.163 0.116 0.095 0.041 0.001 0.003 0.002 0.004 0.002 0.022 0.034 0.065 0.040 0.122 0.008 0.008 0.003 0.009 0.008 0.024 62 D 0.084 0.054 0.033 0.049 0.447 0.001 0.016 0.002 0.002 0.001 0.008 0.006 0.013 0.011 0.062 0.038 0.066 0.005 0.018 0.076 0.008 63 G 0.033 0.043 0.048 0.033 0.291 0.003 0.134 0.004 0.001 0.001 0.008 0.007 0.016 0.017 0.069 0.045 0.025 0.152 0.023 0.035 0.013 64 T 0.036 0.036 0.276 0.111 0.045 0.003 0.013 0.006 0.001 0.001 0.015 0.012 0.030 0.044 0.117 0.046 0.034 0.024 0.057 0.079 0.015 65 N 0.027 0.025 0.036 0.031 0.490 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.007 0.008 0.022 0.035 0.047 0.077 0.042 0.020 0.071 0.038 0.007 66 L 0.017 0.016 0.116 0.095 0.047 0.003 0.029 0.005 0.004 0.004 0.010 0.012 0.015 0.037 0.296 0.045 0.074 0.032 0.067 0.072 0.004 67 Q 0.008 0.006 0.030 0.048 0.105 0.010 0.086 0.013 0.002 0.001 0.004 0.004 0.008 0.018 0.065 0.056 0.282 0.027 0.061 0.163 0.002 68 G 0.002 0.004 0.008 0.011 0.060 0.009 0.332 0.017 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.009 0.052 0.090 0.076 0.230 0.043 0.048 0.001 69 F 0.006 0.005 0.099 0.065 0.014 0.002 0.038 0.017 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.003 0.065 0.020 0.108 0.067 0.142 0.337 0.001 70 T 0.002 0.002 0.007 0.009 0.115 0.001 0.011 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.042 0.036 0.029 0.145 0.572 0.001 71 N 0.001 0.001 0.022 0.003 0.005 0.001 0.006 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 0.783 0.041 0.020 0.028 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.032 0.836 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.001 0.002 0.002 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 75 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.941 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.114 0.695 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.146 0.002 0.001 0.003 0.001 80 H 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.404 0.056 0.251 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.149 0.037 0.007 0.004 0.001 81 T 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.373 0.007 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.129 0.031 0.258 0.162 0.001 82 G 0.001 0.001 0.006 0.002 0.006 0.001 0.099 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.054 0.664 0.095 0.057 0.001 83 Q 0.001 0.001 0.035 0.015 0.028 0.002 0.054 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.149 0.069 0.103 0.176 0.341 0.002 84 T 0.007 0.028 0.096 0.052 0.272 0.001 0.038 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.008 0.106 0.063 0.038 0.068 0.082 0.109 0.008 85 V 0.048 0.121 0.156 0.100 0.138 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.034 0.021 0.041 0.048 0.120 0.090 0.008 0.010 0.015 0.015 0.025 86 L 0.127 0.196 0.040 0.062 0.073 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.040 0.139 0.108 0.101 0.025 0.002 0.001 0.003 0.002 0.035 87 L 0.214 0.196 0.019 0.014 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.068 0.125 0.101 0.055 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 88 T 0.291 0.267 0.058 0.081 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.034 0.106 0.034 0.048 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 89 L 0.253 0.319 0.010 0.023 0.154 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.030 0.077 0.019 0.013 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 90 M 0.251 0.300 0.116 0.130 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.017 0.054 0.011 0.061 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.015 91 R 0.144 0.143 0.025 0.079 0.470 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.014 0.005 0.015 0.033 0.012 0.007 0.014 0.019 0.005 92 R 0.046 0.037 0.150 0.130 0.124 0.001 0.025 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.003 0.175 0.013 0.063 0.021 0.046 0.144 0.002 93 G 0.006 0.006 0.046 0.044 0.122 0.004 0.055 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.024 0.078 0.065 0.109 0.396 0.001 94 E 0.003 0.003 0.047 0.042 0.083 0.005 0.082 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.019 0.187 0.123 0.157 0.206 0.001 95 T 0.003 0.004 0.070 0.066 0.050 0.012 0.092 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.013 0.083 0.053 0.155 0.351 0.001 96 S 0.005 0.006 0.037 0.046 0.178 0.005 0.053 0.014 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.020 0.030 0.084 0.080 0.229 0.200 0.002 97 V 0.009 0.015 0.087 0.096 0.148 0.004 0.038 0.021 0.001 0.001 0.004 0.003 0.008 0.003 0.078 0.042 0.092 0.060 0.130 0.157 0.003