# TARGET T0359 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1518 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.002 0.027 0.704 0.009 0.022 0.006 0.001 0.001 0.004 0.078 0.066 0.021 0.060 2 M 0.007 0.024 0.563 0.010 0.025 0.007 0.001 0.001 0.003 0.144 0.092 0.036 0.089 3 S 0.008 0.025 0.510 0.014 0.009 0.004 0.001 0.001 0.006 0.223 0.043 0.042 0.115 4 E 0.020 0.011 0.356 0.014 0.007 0.012 0.004 0.001 0.014 0.173 0.050 0.222 0.116 5 T 0.037 0.005 0.292 0.053 0.001 0.005 0.008 0.001 0.010 0.057 0.013 0.026 0.494 6 F 0.085 0.003 0.078 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.009 0.005 0.001 0.747 0.057 7 D 0.128 0.001 0.024 0.011 0.001 0.001 0.014 0.001 0.005 0.003 0.001 0.020 0.792 8 V 0.250 0.001 0.025 0.043 0.001 0.001 0.025 0.001 0.004 0.002 0.001 0.576 0.073 9 E 0.365 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.039 0.552 10 L 0.378 0.001 0.025 0.011 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.374 0.188 11 T 0.200 0.003 0.041 0.016 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.011 0.002 0.066 0.642 12 K 0.027 0.013 0.275 0.013 0.011 0.004 0.001 0.001 0.003 0.157 0.043 0.225 0.227 13 N 0.001 0.003 0.092 0.010 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001 0.334 0.472 0.011 0.040 14 V 0.001 0.003 0.070 0.014 0.034 0.005 0.001 0.001 0.001 0.346 0.499 0.014 0.014 15 Q 0.002 0.008 0.161 0.015 0.040 0.007 0.001 0.001 0.001 0.471 0.235 0.032 0.028 16 G 0.020 0.016 0.457 0.028 0.021 0.005 0.002 0.001 0.004 0.182 0.095 0.025 0.146 17 L 0.191 0.039 0.215 0.031 0.008 0.003 0.022 0.002 0.011 0.067 0.024 0.206 0.180 18 G 0.404 0.011 0.078 0.024 0.002 0.003 0.063 0.008 0.020 0.015 0.009 0.132 0.233 19 I 0.600 0.004 0.031 0.011 0.002 0.002 0.112 0.018 0.013 0.007 0.003 0.077 0.120 20 T 0.681 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.101 0.016 0.021 0.001 0.001 0.105 0.053 21 I 0.620 0.004 0.023 0.004 0.002 0.002 0.094 0.021 0.026 0.002 0.002 0.025 0.176 22 A 0.548 0.006 0.060 0.035 0.002 0.002 0.033 0.009 0.049 0.017 0.006 0.160 0.074 23 G 0.196 0.013 0.206 0.027 0.007 0.005 0.008 0.004 0.042 0.099 0.031 0.094 0.270 24 Y 0.033 0.021 0.354 0.014 0.025 0.010 0.002 0.001 0.012 0.245 0.110 0.063 0.110 25 I 0.011 0.029 0.279 0.016 0.051 0.019 0.001 0.001 0.005 0.305 0.189 0.030 0.065 26 G 0.004 0.026 0.322 0.011 0.082 0.038 0.001 0.001 0.002 0.271 0.178 0.026 0.039 27 D 0.004 0.021 0.352 0.009 0.101 0.043 0.001 0.001 0.002 0.263 0.152 0.015 0.036 28 K 0.004 0.019 0.300 0.007 0.158 0.065 0.001 0.001 0.002 0.208 0.178 0.024 0.034 29 K 0.005 0.021 0.264 0.003 0.170 0.066 0.001 0.001 0.002 0.183 0.232 0.020 0.034 30 L 0.004 0.025 0.259 0.005 0.113 0.054 0.001 0.001 0.001 0.181 0.309 0.017 0.030 31 E 0.006 0.020 0.232 0.009 0.063 0.067 0.001 0.001 0.001 0.160 0.390 0.024 0.026 32 P 0.010 0.026 0.344 0.016 0.033 0.027 0.001 0.001 0.001 0.199 0.283 0.021 0.038 33 S 0.033 0.009 0.422 0.023 0.017 0.010 0.003 0.001 0.005 0.222 0.153 0.048 0.055 34 G 0.157 0.009 0.215 0.021 0.010 0.005 0.044 0.016 0.055 0.118 0.046 0.076 0.226 35 I 0.324 0.005 0.061 0.004 0.002 0.003 0.187 0.074 0.137 0.008 0.003 0.054 0.138 36 F 0.400 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.237 0.056 0.145 0.001 0.001 0.112 0.033 37 V 0.184 0.004 0.022 0.004 0.001 0.001 0.118 0.079 0.430 0.002 0.001 0.015 0.141 38 K 0.118 0.002 0.067 0.350 0.001 0.001 0.052 0.029 0.247 0.013 0.003 0.085 0.034 39 S 0.113 0.006 0.172 0.012 0.001 0.001 0.051 0.017 0.301 0.029 0.002 0.134 0.161 40 I 0.053 0.036 0.215 0.004 0.005 0.001 0.037 0.009 0.201 0.051 0.003 0.043 0.341 41 T 0.009 0.039 0.632 0.012 0.007 0.001 0.005 0.001 0.070 0.072 0.010 0.046 0.096 42 K 0.001 0.006 0.126 0.005 0.016 0.011 0.001 0.001 0.003 0.315 0.485 0.009 0.024 43 S 0.001 0.008 0.259 0.001 0.009 0.021 0.001 0.001 0.001 0.268 0.427 0.001 0.006 44 S 0.001 0.007 0.488 0.001 0.010 0.132 0.001 0.001 0.001 0.312 0.043 0.003 0.004 45 A 0.001 0.003 0.082 0.001 0.025 0.805 0.001 0.001 0.001 0.018 0.064 0.001 0.003 46 V 0.001 0.011 0.032 0.001 0.064 0.817 0.001 0.001 0.001 0.026 0.041 0.002 0.004 47 E 0.001 0.004 0.032 0.001 0.100 0.788 0.001 0.001 0.001 0.013 0.052 0.002 0.005 48 H 0.006 0.014 0.051 0.001 0.084 0.648 0.003 0.001 0.002 0.032 0.135 0.007 0.018 49 D 0.001 0.012 0.059 0.002 0.068 0.145 0.001 0.001 0.001 0.043 0.662 0.002 0.005 50 G 0.001 0.001 0.096 0.003 0.020 0.014 0.001 0.001 0.002 0.198 0.661 0.002 0.003 51 R 0.001 0.025 0.638 0.003 0.026 0.003 0.001 0.001 0.009 0.196 0.044 0.014 0.040 52 I 0.001 0.268 0.602 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.031 0.018 0.004 0.012 0.059 53 Q 0.001 0.014 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.002 0.002 0.017 54 I 0.001 0.001 0.048 0.009 0.028 0.014 0.001 0.001 0.001 0.098 0.789 0.006 0.007 55 G 0.004 0.001 0.042 0.016 0.036 0.009 0.001 0.001 0.001 0.129 0.741 0.006 0.016 56 D 0.059 0.007 0.529 0.003 0.018 0.032 0.005 0.001 0.017 0.062 0.016 0.034 0.218 57 Q 0.306 0.013 0.118 0.003 0.001 0.018 0.025 0.014 0.129 0.011 0.002 0.144 0.216 58 I 0.294 0.033 0.053 0.015 0.001 0.010 0.029 0.026 0.040 0.002 0.002 0.078 0.416 59 I 0.530 0.003 0.027 0.055 0.002 0.005 0.031 0.013 0.007 0.004 0.003 0.232 0.087 60 A 0.605 0.002 0.024 0.017 0.006 0.012 0.030 0.002 0.003 0.009 0.007 0.029 0.253 61 V 0.440 0.008 0.042 0.001 0.002 0.006 0.030 0.001 0.010 0.015 0.010 0.223 0.213 62 D 0.006 0.005 0.093 0.012 0.006 0.007 0.001 0.001 0.002 0.136 0.669 0.035 0.030 63 G 0.001 0.001 0.071 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.210 0.640 0.003 0.012 64 T 0.007 0.009 0.137 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.003 0.083 0.012 0.668 0.071 65 N 0.006 0.069 0.387 0.003 0.004 0.004 0.007 0.001 0.018 0.011 0.006 0.006 0.479 66 L 0.024 0.039 0.375 0.045 0.083 0.022 0.025 0.001 0.058 0.040 0.027 0.178 0.083 67 Q 0.008 0.009 0.125 0.117 0.151 0.024 0.009 0.001 0.033 0.127 0.273 0.034 0.088 68 G 0.002 0.004 0.086 0.034 0.099 0.010 0.002 0.001 0.014 0.128 0.561 0.032 0.029 69 F 0.002 0.051 0.596 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.022 0.175 0.009 0.057 0.075 70 T 0.001 0.066 0.697 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.043 0.045 0.007 0.004 0.111 71 N 0.001 0.001 0.021 0.001 0.006 0.933 0.001 0.001 0.001 0.014 0.023 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 78 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.012 0.001 0.007 0.827 0.001 0.001 0.001 0.008 0.145 0.001 0.001 80 H 0.001 0.001 0.043 0.001 0.010 0.493 0.001 0.001 0.001 0.052 0.400 0.001 0.001 81 T 0.001 0.004 0.379 0.001 0.022 0.103 0.001 0.001 0.001 0.199 0.285 0.002 0.004 82 G 0.001 0.003 0.228 0.001 0.033 0.009 0.001 0.001 0.001 0.282 0.439 0.001 0.003 83 Q 0.001 0.001 0.191 0.004 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.478 0.287 0.007 0.003 84 T 0.007 0.012 0.487 0.006 0.009 0.001 0.007 0.001 0.073 0.192 0.045 0.022 0.137 85 V 0.100 0.010 0.169 0.012 0.001 0.001 0.088 0.011 0.285 0.021 0.002 0.202 0.098 86 L 0.220 0.002 0.037 0.030 0.001 0.001 0.182 0.068 0.233 0.007 0.001 0.040 0.181 87 L 0.226 0.001 0.022 0.027 0.001 0.001 0.273 0.181 0.128 0.002 0.001 0.082 0.056 88 T 0.149 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.361 0.176 0.199 0.001 0.001 0.050 0.043 89 L 0.153 0.003 0.038 0.008 0.001 0.001 0.312 0.069 0.233 0.003 0.001 0.026 0.153 90 M 0.134 0.003 0.100 0.050 0.001 0.001 0.108 0.012 0.225 0.014 0.002 0.267 0.084 91 R 0.040 0.008 0.298 0.012 0.001 0.001 0.019 0.001 0.091 0.052 0.007 0.064 0.406 92 R 0.009 0.023 0.577 0.012 0.011 0.003 0.003 0.001 0.016 0.159 0.034 0.045 0.109 93 G 0.001 0.013 0.413 0.006 0.028 0.007 0.001 0.001 0.003 0.384 0.100 0.022 0.022 94 E 0.001 0.013 0.384 0.004 0.034 0.011 0.001 0.001 0.002 0.381 0.149 0.003 0.019 95 T 0.001 0.017 0.504 0.001 0.022 0.018 0.001 0.001 0.003 0.287 0.101 0.029 0.017 96 S 0.001 0.026 0.771 0.001 0.015 0.016 0.001 0.001 0.003 0.060 0.056 0.005 0.046 97 V 0.001 0.010 0.933 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.018 0.008 0.005 0.007