# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0359/T0359.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 540.766 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.036 0.080 0.125 0.130 0.008 0.168 0.016 0.083 0.022 0.011 0.013 0.047 0.066 0.003 0.157 0.034 2 M 0.049 0.099 0.233 0.151 0.003 0.017 0.009 0.010 0.048 0.032 0.107 0.009 0.038 0.003 0.005 0.188 3 S 0.246 0.076 0.078 0.109 0.002 0.314 0.006 0.003 0.007 0.003 0.006 0.122 0.021 0.001 0.003 0.004 4 E 0.017 0.124 0.291 0.165 0.002 0.083 0.005 0.005 0.003 0.001 0.251 0.007 0.029 0.001 0.001 0.015 5 T 0.009 0.310 0.139 0.477 0.001 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.040 0.004 0.001 0.001 0.003 6 F 0.008 0.012 0.283 0.666 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 7 D 0.003 0.016 0.210 0.758 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 8 V 0.001 0.002 0.021 0.968 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.001 0.004 0.019 0.966 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.001 0.007 0.005 0.908 0.023 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 T 0.001 0.040 0.006 0.295 0.185 0.433 0.004 0.011 0.001 0.003 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 12 K 0.002 0.230 0.007 0.223 0.038 0.093 0.003 0.181 0.009 0.006 0.183 0.015 0.004 0.001 0.003 0.001 13 N 0.010 0.177 0.031 0.120 0.030 0.104 0.007 0.048 0.134 0.048 0.074 0.175 0.018 0.003 0.011 0.013 14 V 0.068 0.046 0.093 0.051 0.137 0.065 0.148 0.020 0.022 0.013 0.144 0.046 0.047 0.059 0.011 0.030 15 Q 0.033 0.166 0.157 0.092 0.006 0.028 0.007 0.184 0.013 0.004 0.030 0.058 0.024 0.002 0.180 0.016 16 G 0.050 0.036 0.110 0.085 0.051 0.033 0.065 0.004 0.167 0.053 0.013 0.013 0.017 0.051 0.003 0.250 17 L 0.333 0.070 0.220 0.206 0.001 0.013 0.005 0.084 0.004 0.002 0.009 0.009 0.010 0.001 0.029 0.004 18 G 0.008 0.037 0.325 0.516 0.001 0.010 0.001 0.002 0.049 0.008 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.034 19 I 0.101 0.004 0.074 0.814 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 T 0.001 0.004 0.155 0.798 0.007 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 I 0.001 0.006 0.004 0.396 0.402 0.176 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 A 0.001 0.240 0.006 0.447 0.064 0.027 0.001 0.182 0.004 0.001 0.015 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 23 G 0.004 0.058 0.021 0.461 0.013 0.072 0.002 0.041 0.181 0.087 0.012 0.014 0.010 0.001 0.006 0.018 24 Y 0.137 0.037 0.092 0.113 0.193 0.128 0.083 0.011 0.018 0.043 0.079 0.022 0.017 0.012 0.001 0.013 25 I 0.028 0.187 0.081 0.157 0.013 0.088 0.004 0.241 0.005 0.003 0.083 0.061 0.016 0.002 0.029 0.004 26 G 0.008 0.071 0.064 0.220 0.042 0.088 0.016 0.018 0.120 0.124 0.052 0.089 0.030 0.012 0.004 0.041 27 D 0.096 0.064 0.047 0.123 0.021 0.269 0.022 0.031 0.009 0.008 0.079 0.092 0.103 0.004 0.023 0.007 28 K 0.012 0.096 0.097 0.088 0.008 0.043 0.012 0.033 0.022 0.014 0.319 0.093 0.107 0.009 0.011 0.038 29 K 0.080 0.082 0.085 0.154 0.014 0.048 0.026 0.013 0.043 0.008 0.031 0.248 0.095 0.018 0.022 0.033 30 L 0.037 0.070 0.398 0.151 0.009 0.030 0.032 0.012 0.008 0.004 0.022 0.019 0.119 0.006 0.024 0.060 31 E 0.038 0.043 0.271 0.160 0.048 0.178 0.034 0.012 0.011 0.012 0.024 0.030 0.085 0.006 0.009 0.038 32 P 0.049 0.075 0.077 0.077 0.111 0.119 0.149 0.023 0.005 0.006 0.118 0.019 0.042 0.112 0.007 0.012 33 S 0.014 0.367 0.066 0.165 0.001 0.012 0.005 0.146 0.018 0.003 0.012 0.049 0.012 0.001 0.117 0.010 34 G 0.037 0.020 0.193 0.374 0.001 0.005 0.001 0.001 0.161 0.009 0.004 0.003 0.009 0.001 0.002 0.180 35 I 0.233 0.007 0.434 0.321 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 36 F 0.002 0.002 0.143 0.755 0.002 0.095 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.001 0.006 0.002 0.199 0.022 0.733 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 38 K 0.001 0.563 0.002 0.314 0.002 0.009 0.001 0.021 0.002 0.001 0.051 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 39 S 0.004 0.022 0.028 0.759 0.007 0.037 0.003 0.005 0.035 0.003 0.015 0.032 0.034 0.001 0.002 0.012 40 I 0.015 0.029 0.641 0.212 0.010 0.011 0.021 0.002 0.001 0.001 0.006 0.005 0.034 0.001 0.002 0.009 41 T 0.005 0.018 0.046 0.199 0.123 0.465 0.041 0.014 0.001 0.006 0.010 0.015 0.037 0.011 0.003 0.005 42 K 0.005 0.112 0.018 0.095 0.023 0.181 0.006 0.111 0.007 0.007 0.346 0.008 0.043 0.006 0.020 0.011 43 S 0.015 0.473 0.025 0.152 0.001 0.012 0.002 0.013 0.093 0.021 0.019 0.112 0.013 0.002 0.010 0.037 44 S 0.113 0.010 0.088 0.037 0.003 0.473 0.012 0.004 0.007 0.011 0.019 0.073 0.133 0.001 0.005 0.013 45 A 0.007 0.033 0.079 0.014 0.001 0.048 0.003 0.004 0.001 0.001 0.679 0.021 0.100 0.002 0.001 0.005 46 V 0.004 0.052 0.016 0.080 0.003 0.014 0.005 0.004 0.003 0.001 0.025 0.667 0.119 0.003 0.003 0.003 47 E 0.004 0.007 0.051 0.035 0.019 0.091 0.020 0.008 0.003 0.002 0.012 0.026 0.684 0.008 0.010 0.020 48 H 0.001 0.002 0.014 0.003 0.054 0.002 0.161 0.004 0.001 0.001 0.037 0.001 0.029 0.677 0.003 0.010 49 D 0.002 0.012 0.014 0.006 0.001 0.002 0.003 0.077 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.001 0.861 0.002 50 G 0.005 0.004 0.017 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.176 0.025 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.747 51 R 0.939 0.005 0.026 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 52 I 0.008 0.005 0.856 0.110 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 53 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 54 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 55 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.842 0.142 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 56 D 0.985 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 57 Q 0.013 0.041 0.831 0.012 0.001 0.051 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.016 0.013 0.001 0.001 0.016 58 I 0.018 0.015 0.147 0.298 0.011 0.159 0.004 0.003 0.001 0.001 0.279 0.012 0.045 0.005 0.001 0.002 59 I 0.001 0.207 0.235 0.432 0.009 0.005 0.004 0.007 0.002 0.001 0.005 0.034 0.052 0.001 0.003 0.003 60 A 0.008 0.008 0.044 0.516 0.132 0.038 0.037 0.003 0.010 0.007 0.002 0.004 0.108 0.034 0.001 0.047 61 V 0.004 0.005 0.066 0.031 0.434 0.038 0.322 0.011 0.001 0.001 0.008 0.001 0.011 0.062 0.005 0.001 62 D 0.001 0.073 0.006 0.036 0.002 0.038 0.002 0.732 0.007 0.008 0.013 0.005 0.005 0.001 0.067 0.004 63 G 0.013 0.025 0.005 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.749 0.040 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 0.116 64 T 0.768 0.014 0.123 0.058 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.004 0.001 0.002 0.002 65 N 0.004 0.020 0.349 0.036 0.009 0.533 0.004 0.003 0.001 0.003 0.010 0.008 0.015 0.001 0.001 0.004 66 L 0.003 0.035 0.005 0.042 0.386 0.058 0.046 0.003 0.001 0.001 0.349 0.016 0.007 0.048 0.001 0.001 67 Q 0.002 0.102 0.017 0.035 0.002 0.007 0.003 0.451 0.005 0.001 0.011 0.175 0.007 0.001 0.179 0.001 68 G 0.004 0.009 0.026 0.021 0.001 0.010 0.003 0.002 0.303 0.098 0.005 0.005 0.030 0.001 0.004 0.480 69 F 0.729 0.024 0.133 0.049 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.012 0.013 0.018 0.001 0.002 0.009 70 T 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.944 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.020 0.001 0.001 0.001 71 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.005 0.027 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.971 0.019 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.983 0.001 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 75 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.001 0.002 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.011 0.005 0.002 79 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.007 0.013 0.015 80 H 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.757 0.005 0.090 81 T 0.006 0.003 0.036 0.001 0.001 0.002 0.037 0.014 0.001 0.001 0.003 0.002 0.123 0.007 0.757 0.007 82 G 0.007 0.031 0.046 0.008 0.001 0.008 0.008 0.007 0.038 0.013 0.008 0.003 0.061 0.006 0.015 0.743 83 Q 0.720 0.084 0.042 0.100 0.001 0.002 0.002 0.001 0.011 0.001 0.002 0.006 0.008 0.001 0.002 0.021 84 T 0.034 0.029 0.806 0.120 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 85 V 0.003 0.008 0.329 0.656 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 L 0.001 0.002 0.041 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 L 0.001 0.001 0.006 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 T 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.001 0.001 0.001 0.978 0.010 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 M 0.001 0.011 0.001 0.965 0.009 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 R 0.001 0.012 0.001 0.270 0.579 0.127 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 R 0.001 0.278 0.007 0.242 0.008 0.071 0.001 0.365 0.002 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 93 G 0.002 0.086 0.009 0.184 0.007 0.117 0.002 0.010 0.252 0.241 0.048 0.028 0.002 0.001 0.001 0.010 94 E 0.315 0.209 0.070 0.154 0.015 0.046 0.012 0.006 0.011 0.003 0.090 0.053 0.007 0.002 0.002 0.005 95 T 0.014 0.144 0.370 0.299 0.002 0.039 0.004 0.018 0.006 0.003 0.016 0.061 0.010 0.001 0.008 0.006 96 S 0.012 0.034 0.106 0.192 0.024 0.481 0.012 0.003 0.016 0.015 0.024 0.034 0.034 0.001 0.001 0.010 97 V 0.032 0.137 0.059 0.194 0.021 0.056 0.012 0.017 0.003 0.002 0.384 0.034 0.038 0.005 0.002 0.005