# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 540.766 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.021 0.022 0.030 0.058 0.142 0.138 0.080 0.509 2 M 0.049 0.035 0.025 0.074 0.147 0.115 0.070 0.484 3 S 0.135 0.113 0.025 0.082 0.096 0.101 0.071 0.377 4 E 0.063 0.142 0.023 0.079 0.201 0.093 0.028 0.371 5 T 0.021 0.064 0.031 0.079 0.313 0.072 0.045 0.376 6 F 0.026 0.039 0.023 0.278 0.433 0.037 0.038 0.126 7 D 0.006 0.006 0.016 0.293 0.520 0.020 0.051 0.087 8 V 0.004 0.005 0.014 0.325 0.500 0.025 0.024 0.103 9 E 0.003 0.002 0.012 0.341 0.568 0.013 0.011 0.050 10 L 0.007 0.002 0.011 0.305 0.392 0.032 0.014 0.237 11 T 0.079 0.014 0.015 0.263 0.328 0.042 0.079 0.179 12 K 0.072 0.005 0.013 0.119 0.117 0.084 0.024 0.566 13 N 0.185 0.007 0.010 0.029 0.053 0.093 0.039 0.585 14 V 0.064 0.005 0.021 0.024 0.032 0.118 0.051 0.685 15 Q 0.065 0.004 0.029 0.026 0.081 0.166 0.027 0.602 16 G 0.021 0.003 0.029 0.037 0.060 0.086 0.073 0.690 17 L 0.003 0.002 0.175 0.122 0.225 0.125 0.032 0.316 18 G 0.003 0.002 0.251 0.113 0.343 0.041 0.060 0.187 19 I 0.003 0.002 0.233 0.317 0.222 0.031 0.043 0.150 20 T 0.005 0.002 0.588 0.122 0.178 0.018 0.035 0.051 21 I 0.030 0.005 0.196 0.205 0.250 0.057 0.068 0.189 22 A 0.017 0.004 0.309 0.094 0.149 0.074 0.047 0.305 23 G 0.033 0.008 0.125 0.076 0.159 0.117 0.057 0.424 24 Y 0.062 0.012 0.069 0.061 0.082 0.132 0.062 0.520 25 I 0.057 0.013 0.039 0.064 0.076 0.119 0.047 0.585 26 G 0.061 0.012 0.021 0.030 0.056 0.108 0.056 0.655 27 D 0.118 0.014 0.015 0.043 0.054 0.106 0.059 0.591 28 K 0.097 0.007 0.011 0.043 0.045 0.102 0.040 0.655 29 K 0.022 0.003 0.011 0.031 0.068 0.125 0.049 0.689 30 L 0.018 0.002 0.018 0.029 0.058 0.123 0.046 0.707 31 E 0.211 0.006 0.017 0.038 0.050 0.110 0.062 0.506 32 P 0.070 0.007 0.016 0.026 0.035 0.106 0.049 0.691 33 S 0.011 0.007 0.064 0.040 0.170 0.131 0.023 0.554 34 G 0.006 0.004 0.120 0.081 0.301 0.069 0.046 0.373 35 I 0.002 0.002 0.191 0.325 0.283 0.032 0.038 0.126 36 F 0.005 0.005 0.260 0.217 0.313 0.026 0.050 0.125 37 V 0.010 0.005 0.198 0.274 0.234 0.034 0.082 0.163 38 K 0.019 0.008 0.193 0.202 0.229 0.047 0.076 0.226 39 S 0.025 0.009 0.137 0.120 0.212 0.065 0.080 0.353 40 I 0.036 0.007 0.061 0.090 0.117 0.088 0.038 0.563 41 T 0.296 0.023 0.038 0.075 0.072 0.086 0.050 0.359 42 K 0.029 0.035 0.005 0.012 0.026 0.103 0.008 0.782 43 S 0.016 0.078 0.009 0.006 0.014 0.065 0.008 0.804 44 S 0.108 0.553 0.013 0.054 0.021 0.041 0.044 0.167 45 A 0.169 0.378 0.051 0.042 0.030 0.050 0.080 0.200 46 V 0.227 0.080 0.093 0.049 0.055 0.053 0.176 0.267 47 E 0.640 0.015 0.016 0.010 0.013 0.040 0.069 0.197 48 H 0.163 0.012 0.003 0.004 0.007 0.046 0.025 0.740 49 D 0.005 0.004 0.006 0.005 0.023 0.085 0.006 0.866 50 G 0.017 0.011 0.041 0.055 0.155 0.118 0.053 0.551 51 R 0.010 0.010 0.052 0.247 0.163 0.091 0.068 0.360 52 I 0.025 0.007 0.132 0.105 0.101 0.080 0.045 0.505 53 Q 0.246 0.023 0.076 0.102 0.075 0.084 0.120 0.274 54 I 0.084 0.030 0.045 0.021 0.036 0.084 0.040 0.659 55 G 0.039 0.033 0.037 0.031 0.142 0.105 0.064 0.550 56 D 0.011 0.016 0.042 0.139 0.295 0.081 0.095 0.321 57 Q 0.004 0.004 0.072 0.362 0.402 0.030 0.030 0.096 58 I 0.006 0.002 0.058 0.269 0.430 0.030 0.043 0.162 59 I 0.002 0.001 0.082 0.347 0.441 0.023 0.029 0.076 60 A 0.016 0.001 0.070 0.182 0.422 0.047 0.031 0.232 61 V 0.150 0.003 0.030 0.232 0.160 0.073 0.107 0.245 62 D 0.028 0.004 0.018 0.036 0.079 0.131 0.013 0.692 63 G 0.024 0.003 0.014 0.012 0.048 0.100 0.014 0.784 64 T 0.021 0.006 0.054 0.118 0.087 0.146 0.059 0.509 65 N 0.110 0.016 0.043 0.048 0.065 0.112 0.057 0.549 66 L 0.260 0.012 0.029 0.048 0.038 0.073 0.111 0.429 67 Q 0.023 0.014 0.042 0.031 0.053 0.106 0.072 0.659 68 G 0.022 0.036 0.017 0.011 0.034 0.087 0.037 0.755 69 F 0.027 0.102 0.032 0.078 0.047 0.137 0.051 0.525 70 T 0.028 0.771 0.007 0.008 0.012 0.024 0.030 0.120 71 N 0.014 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.010 72 Q 0.005 0.927 0.004 0.004 0.005 0.007 0.025 0.023 73 Q 0.002 0.971 0.001 0.003 0.003 0.002 0.014 0.005 74 A 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 75 V 0.009 0.936 0.006 0.003 0.003 0.001 0.036 0.005 76 E 0.033 0.741 0.016 0.022 0.017 0.009 0.090 0.071 77 V 0.080 0.087 0.032 0.017 0.017 0.032 0.617 0.118 78 L 0.075 0.038 0.036 0.050 0.028 0.046 0.540 0.186 79 R 0.173 0.006 0.005 0.008 0.016 0.043 0.043 0.706 80 H 0.051 0.001 0.002 0.002 0.003 0.044 0.024 0.872 81 T 0.064 0.003 0.008 0.008 0.016 0.147 0.029 0.726 82 G 0.034 0.001 0.011 0.005 0.019 0.114 0.014 0.802 83 Q 0.011 0.003 0.058 0.064 0.175 0.123 0.025 0.540 84 T 0.001 0.001 0.211 0.110 0.296 0.051 0.042 0.286 85 V 0.001 0.001 0.133 0.405 0.383 0.009 0.016 0.053 86 L 0.001 0.001 0.160 0.399 0.379 0.005 0.015 0.040 87 L 0.001 0.001 0.118 0.419 0.400 0.005 0.009 0.047 88 T 0.001 0.001 0.091 0.456 0.432 0.002 0.007 0.011 89 L 0.002 0.001 0.062 0.353 0.491 0.010 0.016 0.067 90 M 0.004 0.001 0.073 0.368 0.456 0.015 0.017 0.067 91 R 0.035 0.001 0.024 0.257 0.305 0.042 0.038 0.299 92 R 0.044 0.002 0.020 0.061 0.086 0.106 0.054 0.627 93 G 0.034 0.003 0.014 0.042 0.081 0.107 0.032 0.687 94 E 0.025 0.003 0.016 0.025 0.044 0.108 0.033 0.746 95 T 0.028 0.007 0.033 0.067 0.071 0.106 0.052 0.635 96 S 0.051 0.016 0.035 0.058 0.081 0.110 0.065 0.584 97 V 0.046 0.014 0.037 0.056 0.068 0.097 0.046 0.635