# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 540.766 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.118 0.042 0.004 0.020 0.061 0.069 0.104 0.006 0.001 0.006 0.568 2 M 0.068 0.021 0.005 0.018 0.027 0.034 0.052 0.003 0.001 0.006 0.766 3 S 0.081 0.012 0.005 0.017 0.043 0.052 0.248 0.002 0.001 0.017 0.522 4 E 0.170 0.011 0.014 0.033 0.040 0.052 0.147 0.002 0.001 0.022 0.509 5 T 0.075 0.015 0.014 0.082 0.096 0.172 0.145 0.001 0.001 0.014 0.385 6 F 0.019 0.006 0.005 0.190 0.312 0.322 0.056 0.001 0.001 0.005 0.084 7 D 0.005 0.007 0.002 0.168 0.212 0.388 0.038 0.001 0.001 0.001 0.179 8 V 0.002 0.003 0.001 0.199 0.335 0.408 0.010 0.001 0.001 0.001 0.043 9 E 0.002 0.005 0.001 0.164 0.233 0.449 0.026 0.001 0.001 0.001 0.119 10 L 0.005 0.006 0.001 0.120 0.264 0.452 0.027 0.001 0.001 0.002 0.121 11 T 0.010 0.006 0.001 0.092 0.241 0.409 0.049 0.001 0.001 0.004 0.187 12 K 0.008 0.004 0.001 0.047 0.120 0.226 0.074 0.001 0.001 0.005 0.513 13 N 0.035 0.005 0.002 0.030 0.103 0.109 0.159 0.002 0.001 0.011 0.544 14 V 0.086 0.011 0.005 0.023 0.047 0.058 0.133 0.002 0.001 0.019 0.617 15 Q 0.068 0.014 0.002 0.020 0.050 0.052 0.272 0.002 0.001 0.015 0.506 16 G 0.198 0.008 0.005 0.013 0.022 0.032 0.117 0.002 0.001 0.027 0.576 17 L 0.167 0.009 0.018 0.047 0.096 0.097 0.155 0.002 0.001 0.018 0.391 18 G 0.034 0.001 0.010 0.059 0.104 0.131 0.167 0.001 0.001 0.008 0.484 19 I 0.008 0.001 0.010 0.162 0.252 0.316 0.030 0.001 0.001 0.002 0.218 20 T 0.001 0.001 0.001 0.245 0.251 0.387 0.040 0.001 0.001 0.001 0.076 21 I 0.002 0.001 0.001 0.223 0.204 0.362 0.022 0.001 0.001 0.001 0.186 22 A 0.001 0.001 0.001 0.407 0.154 0.332 0.024 0.001 0.001 0.001 0.079 23 G 0.005 0.002 0.001 0.153 0.120 0.210 0.066 0.001 0.001 0.004 0.442 24 Y 0.020 0.003 0.001 0.181 0.117 0.187 0.072 0.001 0.001 0.009 0.409 25 I 0.009 0.003 0.001 0.053 0.104 0.180 0.103 0.001 0.001 0.004 0.542 26 G 0.016 0.005 0.001 0.034 0.085 0.128 0.127 0.001 0.001 0.007 0.596 27 D 0.078 0.016 0.002 0.018 0.046 0.062 0.163 0.001 0.001 0.010 0.604 28 K 0.101 0.028 0.002 0.011 0.026 0.028 0.150 0.002 0.001 0.012 0.640 29 K 0.207 0.027 0.005 0.008 0.024 0.030 0.250 0.002 0.001 0.022 0.424 30 L 0.171 0.034 0.011 0.013 0.025 0.041 0.177 0.003 0.001 0.014 0.510 31 E 0.099 0.034 0.006 0.021 0.053 0.069 0.119 0.004 0.001 0.008 0.588 32 P 0.025 0.004 0.003 0.004 0.007 0.011 0.023 0.001 0.001 0.002 0.920 33 S 0.058 0.005 0.004 0.022 0.066 0.096 0.076 0.002 0.001 0.006 0.665 34 G 0.145 0.004 0.005 0.048 0.059 0.084 0.085 0.002 0.001 0.011 0.558 35 I 0.049 0.004 0.011 0.164 0.167 0.235 0.060 0.001 0.001 0.005 0.305 36 F 0.004 0.001 0.001 0.353 0.212 0.301 0.042 0.001 0.001 0.001 0.084 37 V 0.003 0.002 0.001 0.417 0.143 0.252 0.024 0.001 0.001 0.001 0.157 38 K 0.002 0.002 0.001 0.379 0.210 0.330 0.018 0.001 0.001 0.001 0.058 39 S 0.007 0.004 0.001 0.147 0.206 0.305 0.046 0.001 0.001 0.003 0.281 40 I 0.014 0.005 0.001 0.238 0.168 0.274 0.057 0.001 0.001 0.006 0.236 41 T 0.022 0.005 0.002 0.107 0.125 0.220 0.227 0.002 0.001 0.010 0.280 42 K 0.013 0.003 0.004 0.029 0.020 0.038 0.059 0.001 0.001 0.007 0.826 43 S 0.056 0.005 0.003 0.026 0.027 0.047 0.302 0.002 0.001 0.025 0.507 44 S 0.317 0.006 0.004 0.005 0.005 0.006 0.206 0.001 0.001 0.031 0.419 45 A 0.018 0.009 0.004 0.003 0.003 0.003 0.071 0.001 0.001 0.002 0.887 46 V 0.021 0.011 0.001 0.011 0.031 0.080 0.545 0.001 0.001 0.017 0.282 47 E 0.153 0.128 0.001 0.041 0.080 0.176 0.216 0.003 0.001 0.021 0.181 48 H 0.126 0.418 0.001 0.005 0.025 0.028 0.040 0.005 0.001 0.003 0.350 49 D 0.223 0.388 0.004 0.006 0.037 0.064 0.058 0.014 0.001 0.011 0.195 50 G 0.458 0.085 0.015 0.011 0.034 0.031 0.095 0.047 0.001 0.029 0.194 51 R 0.130 0.047 0.498 0.019 0.024 0.024 0.079 0.005 0.001 0.007 0.168 52 I 0.017 0.028 0.024 0.132 0.156 0.202 0.102 0.004 0.001 0.003 0.332 53 Q 0.029 0.015 0.003 0.140 0.195 0.245 0.079 0.002 0.001 0.004 0.288 54 I 0.011 0.013 0.001 0.035 0.065 0.076 0.059 0.001 0.001 0.002 0.735 55 G 0.030 0.021 0.002 0.139 0.106 0.262 0.136 0.003 0.001 0.018 0.283 56 D 0.149 0.015 0.006 0.085 0.101 0.130 0.152 0.003 0.001 0.050 0.309 57 Q 0.053 0.014 0.008 0.222 0.188 0.186 0.128 0.002 0.001 0.016 0.183 58 I 0.029 0.008 0.010 0.164 0.246 0.341 0.057 0.001 0.001 0.007 0.137 59 I 0.002 0.003 0.001 0.315 0.327 0.316 0.013 0.001 0.001 0.001 0.022 60 A 0.001 0.004 0.001 0.189 0.235 0.340 0.033 0.001 0.001 0.001 0.197 61 V 0.004 0.003 0.001 0.210 0.277 0.460 0.014 0.001 0.001 0.001 0.030 62 D 0.004 0.004 0.001 0.068 0.111 0.276 0.194 0.001 0.001 0.004 0.338 63 G 0.041 0.002 0.002 0.080 0.071 0.103 0.124 0.002 0.001 0.039 0.535 64 T 0.123 0.004 0.044 0.084 0.054 0.074 0.320 0.001 0.001 0.047 0.249 65 N 0.018 0.004 0.003 0.067 0.072 0.059 0.226 0.001 0.001 0.008 0.543 66 L 0.026 0.008 0.005 0.080 0.095 0.167 0.104 0.001 0.001 0.009 0.507 67 Q 0.031 0.019 0.001 0.085 0.110 0.216 0.222 0.001 0.001 0.008 0.308 68 G 0.088 0.009 0.002 0.016 0.009 0.020 0.106 0.003 0.001 0.011 0.735 69 F 0.325 0.020 0.055 0.105 0.043 0.077 0.118 0.002 0.001 0.025 0.231 70 T 0.016 0.009 0.004 0.046 0.030 0.034 0.470 0.001 0.001 0.003 0.388 71 N 0.003 0.005 0.001 0.015 0.002 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.941 72 Q 0.003 0.023 0.001 0.013 0.004 0.010 0.264 0.001 0.001 0.004 0.678 73 Q 0.009 0.017 0.001 0.001 0.001 0.003 0.857 0.001 0.001 0.014 0.097 74 A 0.037 0.839 0.001 0.004 0.001 0.003 0.032 0.002 0.001 0.001 0.081 75 V 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 76 E 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 77 V 0.015 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 78 L 0.014 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 79 R 0.025 0.952 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.009 80 H 0.093 0.793 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.043 0.001 0.001 0.061 81 T 0.201 0.471 0.007 0.002 0.003 0.001 0.002 0.109 0.001 0.001 0.205 82 G 0.178 0.153 0.021 0.006 0.003 0.004 0.016 0.032 0.001 0.003 0.584 83 Q 0.074 0.034 0.170 0.012 0.010 0.012 0.117 0.009 0.001 0.005 0.557 84 T 0.204 0.020 0.025 0.066 0.024 0.031 0.101 0.003 0.001 0.007 0.519 85 V 0.075 0.011 0.022 0.293 0.116 0.128 0.080 0.001 0.001 0.005 0.269 86 L 0.004 0.003 0.003 0.400 0.208 0.284 0.028 0.001 0.001 0.001 0.068 87 L 0.001 0.001 0.001 0.413 0.235 0.321 0.007 0.001 0.001 0.001 0.022 88 T 0.001 0.001 0.001 0.385 0.232 0.344 0.007 0.001 0.001 0.001 0.030 89 L 0.001 0.001 0.001 0.340 0.242 0.360 0.009 0.001 0.001 0.001 0.046 90 M 0.001 0.001 0.001 0.301 0.245 0.370 0.014 0.001 0.001 0.001 0.065 91 R 0.003 0.001 0.001 0.130 0.213 0.435 0.035 0.001 0.001 0.003 0.179 92 R 0.005 0.001 0.001 0.066 0.115 0.257 0.048 0.001 0.001 0.004 0.502 93 G 0.009 0.001 0.001 0.026 0.060 0.127 0.092 0.001 0.001 0.006 0.676 94 E 0.059 0.003 0.004 0.016 0.027 0.046 0.071 0.001 0.001 0.011 0.762 95 T 0.069 0.008 0.002 0.020 0.043 0.054 0.093 0.001 0.001 0.008 0.702 96 S 0.105 0.011 0.003 0.022 0.057 0.062 0.097 0.001 0.001 0.007 0.635 97 V 0.046 0.019 0.004 0.027 0.074 0.114 0.089 0.001 0.001 0.004 0.623