# TARGET T0359 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1518 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.031 0.010 0.054 0.010 0.094 0.090 0.711 2 M 0.071 0.020 0.043 0.015 0.087 0.067 0.697 3 S 0.158 0.022 0.038 0.016 0.172 0.078 0.515 4 E 0.368 0.020 0.029 0.023 0.137 0.042 0.382 5 T 0.596 0.008 0.011 0.012 0.046 0.014 0.312 6 F 0.851 0.006 0.007 0.008 0.015 0.003 0.110 7 D 0.948 0.002 0.003 0.004 0.005 0.002 0.036 8 V 0.958 0.002 0.002 0.004 0.004 0.001 0.029 9 E 0.965 0.004 0.001 0.004 0.003 0.001 0.022 10 L 0.904 0.007 0.001 0.004 0.007 0.002 0.075 11 T 0.711 0.011 0.005 0.007 0.054 0.022 0.192 12 K 0.301 0.013 0.010 0.005 0.194 0.109 0.368 13 N 0.041 0.006 0.019 0.002 0.324 0.411 0.197 14 V 0.042 0.011 0.033 0.002 0.399 0.333 0.181 15 Q 0.093 0.009 0.024 0.002 0.448 0.137 0.286 16 G 0.292 0.028 0.022 0.002 0.164 0.091 0.401 17 L 0.530 0.024 0.014 0.002 0.105 0.051 0.275 18 G 0.829 0.009 0.005 0.001 0.044 0.025 0.087 19 I 0.920 0.007 0.001 0.001 0.006 0.001 0.064 20 T 0.940 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.049 21 I 0.932 0.010 0.001 0.001 0.005 0.002 0.048 22 A 0.888 0.011 0.001 0.001 0.017 0.009 0.072 23 G 0.521 0.013 0.008 0.005 0.119 0.063 0.271 24 Y 0.254 0.021 0.019 0.008 0.249 0.140 0.310 25 I 0.226 0.035 0.031 0.015 0.248 0.169 0.276 26 G 0.180 0.038 0.038 0.025 0.256 0.168 0.296 27 D 0.094 0.028 0.048 0.032 0.234 0.203 0.362 28 K 0.062 0.017 0.082 0.038 0.226 0.357 0.218 29 K 0.051 0.009 0.086 0.034 0.232 0.388 0.200 30 L 0.084 0.013 0.085 0.028 0.263 0.313 0.214 31 E 0.129 0.017 0.056 0.027 0.239 0.228 0.305 32 P 0.219 0.024 0.040 0.022 0.192 0.086 0.416 33 S 0.314 0.024 0.034 0.019 0.176 0.072 0.362 34 G 0.559 0.012 0.012 0.005 0.080 0.039 0.293 35 I 0.845 0.011 0.004 0.003 0.016 0.003 0.118 36 F 0.933 0.008 0.001 0.002 0.004 0.001 0.051 37 V 0.926 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.062 38 K 0.921 0.002 0.004 0.002 0.012 0.003 0.057 39 S 0.849 0.013 0.006 0.003 0.027 0.006 0.096 40 I 0.570 0.050 0.007 0.006 0.048 0.008 0.311 41 T 0.164 0.014 0.011 0.004 0.058 0.021 0.728 42 K 0.008 0.003 0.014 0.005 0.136 0.779 0.056 43 S 0.003 0.003 0.009 0.004 0.283 0.629 0.069 44 S 0.009 0.025 0.004 0.016 0.304 0.011 0.631 45 A 0.008 0.015 0.053 0.617 0.065 0.100 0.142 46 V 0.020 0.015 0.147 0.565 0.038 0.142 0.072 47 E 0.023 0.010 0.233 0.523 0.039 0.107 0.065 48 H 0.031 0.012 0.101 0.561 0.049 0.172 0.074 49 D 0.041 0.010 0.076 0.201 0.082 0.499 0.093 50 G 0.035 0.002 0.024 0.037 0.093 0.713 0.096 51 R 0.122 0.017 0.011 0.009 0.208 0.117 0.517 52 I 0.168 0.153 0.003 0.004 0.056 0.005 0.612 53 Q 0.075 0.014 0.005 0.001 0.039 0.008 0.859 54 I 0.024 0.008 0.064 0.003 0.210 0.628 0.064 55 G 0.024 0.002 0.025 0.001 0.109 0.811 0.029 56 D 0.239 0.007 0.046 0.001 0.086 0.054 0.567 57 Q 0.857 0.006 0.001 0.001 0.017 0.001 0.117 58 I 0.982 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 59 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 60 A 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 61 V 0.884 0.002 0.003 0.001 0.011 0.032 0.068 62 D 0.045 0.001 0.008 0.001 0.047 0.890 0.009 63 G 0.021 0.001 0.008 0.001 0.144 0.805 0.021 64 T 0.600 0.032 0.002 0.001 0.072 0.010 0.283 65 N 0.674 0.156 0.001 0.001 0.006 0.002 0.162 66 L 0.683 0.035 0.011 0.003 0.033 0.026 0.209 67 Q 0.186 0.006 0.036 0.010 0.143 0.505 0.112 68 G 0.047 0.003 0.044 0.019 0.281 0.531 0.075 69 F 0.087 0.025 0.011 0.027 0.251 0.051 0.549 70 T 0.052 0.057 0.003 0.049 0.115 0.021 0.703 71 N 0.001 0.001 0.010 0.965 0.009 0.009 0.006 72 Q 0.001 0.001 0.004 0.989 0.002 0.005 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 75 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 76 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 77 V 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.009 0.001 78 L 0.002 0.001 0.008 0.972 0.002 0.013 0.003 79 R 0.003 0.001 0.014 0.903 0.004 0.072 0.004 80 H 0.004 0.001 0.009 0.712 0.024 0.235 0.015 81 T 0.010 0.006 0.018 0.220 0.237 0.192 0.317 82 G 0.006 0.003 0.021 0.016 0.281 0.523 0.150 83 Q 0.016 0.003 0.017 0.002 0.379 0.480 0.102 84 T 0.269 0.006 0.009 0.001 0.185 0.059 0.471 85 V 0.764 0.004 0.001 0.001 0.013 0.002 0.217 86 L 0.980 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 87 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 88 T 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 89 L 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 90 M 0.867 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.120 91 R 0.591 0.012 0.001 0.001 0.044 0.004 0.347 92 R 0.156 0.009 0.005 0.002 0.195 0.036 0.598 93 G 0.035 0.011 0.005 0.002 0.287 0.067 0.594 94 E 0.015 0.010 0.007 0.004 0.338 0.079 0.548 95 T 0.009 0.009 0.005 0.006 0.322 0.042 0.606 96 S 0.019 0.021 0.007 0.011 0.036 0.060 0.846 97 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.993