# TARGET T0359 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1518 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.156 0.129 0.052 0.010 0.306 0.011 0.027 0.048 0.074 0.122 0.064 2 M 0.182 0.142 0.052 0.012 0.277 0.007 0.009 0.030 0.066 0.141 0.082 3 S 0.125 0.226 0.113 0.018 0.351 0.010 0.018 0.023 0.021 0.058 0.038 4 E 0.165 0.236 0.051 0.013 0.407 0.007 0.010 0.022 0.017 0.039 0.034 5 T 0.285 0.108 0.012 0.004 0.506 0.006 0.011 0.009 0.004 0.013 0.040 6 F 0.155 0.173 0.012 0.005 0.628 0.008 0.003 0.003 0.001 0.003 0.010 7 D 0.383 0.034 0.002 0.001 0.548 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 8 V 0.255 0.089 0.007 0.003 0.613 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.023 9 E 0.272 0.107 0.015 0.001 0.552 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.043 10 L 0.277 0.176 0.048 0.005 0.415 0.004 0.003 0.007 0.003 0.010 0.052 11 T 0.131 0.256 0.092 0.064 0.226 0.038 0.038 0.050 0.023 0.034 0.048 12 K 0.049 0.221 0.295 0.140 0.091 0.045 0.033 0.049 0.027 0.029 0.022 13 N 0.049 0.134 0.101 0.089 0.076 0.077 0.115 0.196 0.105 0.038 0.020 14 V 0.026 0.072 0.081 0.143 0.038 0.098 0.097 0.109 0.127 0.166 0.042 15 Q 0.019 0.193 0.271 0.228 0.065 0.055 0.041 0.031 0.032 0.050 0.015 16 G 0.086 0.091 0.069 0.050 0.114 0.067 0.095 0.103 0.110 0.135 0.079 17 L 0.185 0.215 0.053 0.012 0.339 0.006 0.006 0.013 0.020 0.059 0.090 18 G 0.161 0.095 0.064 0.117 0.325 0.036 0.019 0.013 0.015 0.057 0.097 19 I 0.271 0.155 0.014 0.002 0.522 0.001 0.002 0.005 0.004 0.005 0.020 20 T 0.182 0.168 0.028 0.002 0.578 0.001 0.003 0.005 0.002 0.004 0.028 21 I 0.459 0.063 0.011 0.004 0.303 0.007 0.006 0.018 0.010 0.022 0.096 22 A 0.066 0.206 0.113 0.089 0.210 0.067 0.093 0.057 0.027 0.043 0.027 23 G 0.091 0.168 0.104 0.155 0.123 0.058 0.037 0.050 0.041 0.104 0.069 24 Y 0.055 0.107 0.092 0.088 0.118 0.036 0.042 0.104 0.097 0.189 0.072 25 I 0.072 0.180 0.087 0.057 0.132 0.043 0.078 0.122 0.088 0.101 0.041 26 G 0.098 0.138 0.081 0.055 0.168 0.035 0.062 0.080 0.067 0.143 0.073 27 D 0.085 0.157 0.141 0.070 0.147 0.031 0.034 0.090 0.074 0.111 0.059 28 K 0.058 0.154 0.103 0.049 0.107 0.044 0.072 0.129 0.107 0.133 0.044 29 K 0.057 0.116 0.117 0.065 0.092 0.063 0.075 0.148 0.108 0.116 0.043 30 L 0.043 0.136 0.105 0.072 0.088 0.063 0.081 0.138 0.106 0.133 0.036 31 E 0.079 0.087 0.073 0.057 0.112 0.040 0.070 0.116 0.096 0.202 0.068 32 P 0.106 0.144 0.074 0.043 0.182 0.035 0.033 0.076 0.070 0.172 0.065 33 S 0.061 0.207 0.148 0.094 0.153 0.036 0.057 0.076 0.049 0.089 0.030 34 G 0.126 0.238 0.122 0.034 0.323 0.006 0.009 0.021 0.018 0.059 0.044 35 I 0.190 0.184 0.014 0.001 0.591 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.012 36 F 0.117 0.241 0.030 0.001 0.586 0.004 0.003 0.004 0.001 0.003 0.010 37 V 0.472 0.042 0.006 0.001 0.378 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.090 38 K 0.039 0.079 0.038 0.103 0.087 0.255 0.224 0.089 0.034 0.039 0.014 39 S 0.080 0.365 0.113 0.001 0.374 0.001 0.001 0.007 0.005 0.025 0.028 40 I 0.230 0.158 0.020 0.006 0.438 0.010 0.022 0.034 0.014 0.022 0.047 41 T 0.015 0.282 0.512 0.100 0.058 0.013 0.007 0.005 0.002 0.003 0.004 42 K 0.011 0.024 0.013 0.022 0.015 0.157 0.394 0.275 0.077 0.008 0.005 43 S 0.021 0.016 0.028 0.054 0.013 0.015 0.009 0.013 0.029 0.685 0.116 44 S 0.010 0.300 0.464 0.113 0.050 0.007 0.003 0.007 0.006 0.028 0.015 45 A 0.054 0.262 0.119 0.009 0.115 0.006 0.013 0.212 0.103 0.081 0.027 46 V 0.010 0.065 0.007 0.002 0.065 0.004 0.020 0.557 0.231 0.033 0.004 47 E 0.023 0.026 0.024 0.006 0.012 0.020 0.087 0.598 0.167 0.026 0.010 48 H 0.022 0.015 0.022 0.016 0.025 0.033 0.111 0.458 0.217 0.066 0.016 49 D 0.014 0.606 0.140 0.071 0.067 0.007 0.009 0.025 0.022 0.028 0.011 50 G 0.009 0.038 0.046 0.034 0.018 0.013 0.007 0.035 0.066 0.656 0.078 51 R 0.106 0.382 0.067 0.003 0.212 0.003 0.009 0.037 0.044 0.092 0.046 52 I 0.185 0.281 0.043 0.003 0.430 0.002 0.004 0.005 0.005 0.014 0.030 53 Q 0.019 0.327 0.519 0.036 0.087 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 54 I 0.004 0.004 0.003 0.015 0.007 0.114 0.463 0.303 0.082 0.005 0.001 55 G 0.013 0.010 0.021 0.064 0.012 0.007 0.006 0.037 0.059 0.656 0.117 56 D 0.099 0.286 0.049 0.010 0.405 0.011 0.033 0.029 0.013 0.054 0.013 57 Q 0.266 0.122 0.025 0.003 0.535 0.002 0.003 0.008 0.003 0.007 0.025 58 I 0.274 0.125 0.006 0.003 0.537 0.003 0.006 0.008 0.002 0.002 0.034 59 I 0.112 0.201 0.010 0.002 0.598 0.009 0.011 0.006 0.003 0.018 0.031 60 A 0.429 0.083 0.028 0.002 0.355 0.001 0.004 0.004 0.001 0.004 0.088 61 V 0.061 0.051 0.051 0.269 0.048 0.332 0.072 0.022 0.016 0.028 0.051 62 D 0.003 0.077 0.040 0.639 0.014 0.082 0.086 0.033 0.016 0.008 0.002 63 G 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.009 0.013 0.065 0.856 0.038 64 T 0.007 0.490 0.339 0.021 0.104 0.002 0.005 0.008 0.010 0.010 0.002 65 N 0.232 0.198 0.033 0.005 0.373 0.003 0.006 0.012 0.011 0.020 0.107 66 L 0.115 0.045 0.013 0.024 0.101 0.045 0.053 0.114 0.199 0.215 0.075 67 Q 0.010 0.032 0.030 0.044 0.022 0.213 0.385 0.154 0.070 0.034 0.008 68 G 0.077 0.042 0.032 0.011 0.037 0.005 0.003 0.009 0.029 0.562 0.192 69 F 0.024 0.432 0.327 0.044 0.119 0.008 0.006 0.011 0.007 0.012 0.010 70 T 0.010 0.598 0.323 0.004 0.033 0.001 0.001 0.016 0.004 0.007 0.004 71 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.831 0.147 0.008 0.001 72 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.048 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.045 0.007 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.042 0.002 0.001 75 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.051 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.954 0.040 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.908 0.077 0.006 0.001 78 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.755 0.198 0.027 0.002 79 R 0.001 0.008 0.002 0.002 0.003 0.009 0.085 0.730 0.142 0.018 0.001 80 H 0.028 0.021 0.010 0.005 0.023 0.012 0.100 0.351 0.117 0.295 0.038 81 T 0.060 0.220 0.252 0.056 0.140 0.035 0.039 0.083 0.042 0.048 0.026 82 G 0.016 0.078 0.039 0.089 0.033 0.137 0.297 0.169 0.085 0.045 0.011 83 Q 0.039 0.057 0.057 0.046 0.054 0.024 0.029 0.063 0.104 0.450 0.076 84 T 0.112 0.300 0.038 0.004 0.478 0.004 0.007 0.006 0.008 0.021 0.021 85 V 0.302 0.052 0.003 0.001 0.615 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 86 L 0.236 0.058 0.003 0.003 0.673 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.017 87 L 0.237 0.045 0.002 0.001 0.703 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 88 T 0.211 0.061 0.004 0.001 0.712 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 89 L 0.395 0.056 0.004 0.001 0.496 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 90 M 0.145 0.284 0.067 0.007 0.438 0.003 0.003 0.004 0.001 0.008 0.038 91 R 0.097 0.350 0.229 0.021 0.249 0.005 0.005 0.009 0.004 0.009 0.023 92 R 0.058 0.249 0.256 0.060 0.130 0.035 0.049 0.069 0.042 0.030 0.022 93 G 0.025 0.239 0.234 0.084 0.082 0.054 0.107 0.098 0.043 0.023 0.010 94 E 0.056 0.160 0.132 0.053 0.104 0.054 0.107 0.125 0.106 0.071 0.031 95 T 0.043 0.269 0.221 0.058 0.136 0.036 0.033 0.065 0.064 0.047 0.028 96 S 0.171 0.111 0.037 0.008 0.270 0.010 0.029 0.091 0.090 0.103 0.080 97 V 0.116 0.155 0.062 0.014 0.194 0.011 0.019 0.089 0.099 0.175 0.065