# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1947 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.002 0.002 0.024 0.025 0.126 0.004 0.038 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.020 0.061 0.080 0.204 0.386 0.001 2 M 0.001 0.001 0.066 0.031 0.051 0.001 0.032 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.010 0.395 0.060 0.117 0.209 0.001 3 S 0.002 0.004 0.038 0.029 0.091 0.013 0.412 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.015 0.078 0.060 0.073 0.163 0.001 4 E 0.006 0.012 0.139 0.146 0.069 0.003 0.099 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.038 0.024 0.067 0.073 0.129 0.178 0.003 5 T 0.013 0.036 0.017 0.025 0.666 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.009 0.002 0.014 0.070 0.010 0.021 0.043 0.042 0.004 6 F 0.062 0.103 0.329 0.242 0.033 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.023 0.007 0.139 0.006 0.004 0.003 0.008 0.014 0.008 7 D 0.092 0.135 0.009 0.024 0.467 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.020 0.041 0.015 0.014 0.062 0.001 0.002 0.009 0.003 0.052 8 V 0.199 0.234 0.090 0.056 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.028 0.112 0.028 0.156 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 9 E 0.213 0.286 0.027 0.083 0.107 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.030 0.073 0.020 0.016 0.018 0.001 0.001 0.004 0.002 0.052 10 L 0.255 0.266 0.043 0.045 0.161 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.021 0.065 0.016 0.053 0.015 0.002 0.001 0.004 0.002 0.025 11 T 0.235 0.233 0.089 0.163 0.091 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.015 0.041 0.014 0.052 0.009 0.003 0.002 0.009 0.009 0.018 12 K 0.172 0.085 0.052 0.075 0.455 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.015 0.006 0.034 0.018 0.030 0.007 0.014 0.017 0.004 13 N 0.052 0.059 0.133 0.164 0.170 0.002 0.050 0.004 0.001 0.001 0.005 0.006 0.011 0.008 0.076 0.016 0.037 0.037 0.070 0.093 0.004 14 V 0.019 0.015 0.083 0.063 0.193 0.003 0.029 0.004 0.005 0.005 0.002 0.002 0.002 0.003 0.046 0.026 0.240 0.052 0.078 0.128 0.001 15 Q 0.007 0.010 0.041 0.056 0.079 0.013 0.279 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.050 0.020 0.232 0.030 0.036 0.126 0.001 16 G 0.010 0.017 0.040 0.045 0.107 0.007 0.331 0.004 0.002 0.004 0.004 0.004 0.005 0.006 0.024 0.029 0.066 0.139 0.064 0.087 0.004 17 L 0.026 0.044 0.110 0.063 0.186 0.002 0.037 0.002 0.001 0.001 0.013 0.009 0.020 0.015 0.084 0.074 0.049 0.034 0.066 0.155 0.010 18 G 0.063 0.126 0.107 0.085 0.150 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.032 0.021 0.058 0.044 0.114 0.032 0.017 0.022 0.030 0.027 0.055 19 I 0.116 0.132 0.035 0.030 0.170 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.061 0.042 0.088 0.084 0.061 0.092 0.003 0.004 0.018 0.007 0.050 20 T 0.129 0.113 0.111 0.075 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.037 0.131 0.142 0.120 0.012 0.003 0.002 0.008 0.004 0.035 21 I 0.093 0.098 0.015 0.045 0.115 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.053 0.099 0.237 0.048 0.108 0.005 0.003 0.008 0.005 0.026 22 A 0.079 0.084 0.068 0.084 0.043 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.026 0.036 0.089 0.211 0.194 0.026 0.009 0.004 0.011 0.011 0.012 23 G 0.051 0.078 0.048 0.092 0.187 0.002 0.025 0.003 0.001 0.001 0.013 0.016 0.035 0.097 0.084 0.120 0.027 0.041 0.023 0.050 0.008 24 Y 0.038 0.036 0.104 0.084 0.150 0.004 0.033 0.004 0.002 0.001 0.011 0.011 0.018 0.034 0.125 0.058 0.046 0.042 0.069 0.124 0.007 25 I 0.018 0.013 0.086 0.053 0.159 0.004 0.031 0.006 0.002 0.001 0.004 0.004 0.009 0.012 0.087 0.050 0.167 0.052 0.093 0.145 0.002 26 G 0.007 0.007 0.062 0.055 0.119 0.008 0.099 0.010 0.003 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.060 0.032 0.109 0.079 0.105 0.227 0.001 27 D 0.004 0.004 0.050 0.054 0.085 0.004 0.040 0.008 0.004 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.027 0.019 0.149 0.054 0.214 0.273 0.001 28 K 0.002 0.004 0.030 0.032 0.122 0.015 0.095 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.018 0.339 0.081 0.061 0.164 0.001 29 K 0.005 0.006 0.059 0.049 0.104 0.025 0.225 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.013 0.167 0.081 0.094 0.134 0.001 30 L 0.005 0.006 0.046 0.041 0.142 0.004 0.061 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.037 0.022 0.143 0.095 0.176 0.203 0.001 31 E 0.004 0.005 0.092 0.067 0.061 0.002 0.026 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.051 0.015 0.117 0.037 0.153 0.353 0.001 32 P 0.003 0.005 0.029 0.041 0.132 0.003 0.054 0.003 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.015 0.057 0.161 0.053 0.148 0.280 0.002 33 S 0.005 0.009 0.055 0.048 0.062 0.006 0.231 0.005 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.004 0.053 0.038 0.172 0.078 0.052 0.164 0.004 34 G 0.021 0.051 0.046 0.028 0.216 0.003 0.124 0.005 0.001 0.001 0.014 0.011 0.025 0.023 0.061 0.148 0.029 0.071 0.049 0.055 0.020 35 I 0.095 0.126 0.138 0.061 0.075 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.029 0.027 0.097 0.094 0.117 0.057 0.006 0.008 0.023 0.010 0.029 36 F 0.157 0.113 0.053 0.039 0.109 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.056 0.059 0.108 0.139 0.055 0.045 0.004 0.002 0.011 0.003 0.043 37 V 0.141 0.105 0.047 0.052 0.048 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.028 0.059 0.119 0.189 0.154 0.018 0.006 0.001 0.005 0.002 0.022 38 K 0.081 0.107 0.028 0.058 0.066 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.027 0.036 0.117 0.283 0.122 0.032 0.006 0.003 0.003 0.006 0.013 39 S 0.081 0.100 0.079 0.140 0.104 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.032 0.030 0.048 0.106 0.127 0.050 0.014 0.014 0.020 0.023 0.017 40 I 0.054 0.068 0.037 0.053 0.334 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.007 0.008 0.022 0.022 0.105 0.101 0.043 0.041 0.030 0.049 0.003 41 T 0.015 0.010 0.120 0.120 0.036 0.002 0.011 0.003 0.002 0.001 0.004 0.004 0.004 0.008 0.120 0.020 0.024 0.017 0.138 0.340 0.002 42 K 0.001 0.001 0.006 0.007 0.107 0.002 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.024 0.661 0.026 0.037 0.090 0.001 43 S 0.001 0.002 0.014 0.013 0.015 0.013 0.594 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.010 0.078 0.087 0.032 0.082 0.001 44 S 0.004 0.005 0.062 0.028 0.053 0.003 0.040 0.045 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.015 0.019 0.100 0.115 0.186 0.314 0.001 45 A 0.006 0.011 0.043 0.028 0.228 0.004 0.035 0.096 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.022 0.285 0.083 0.061 0.073 0.002 46 V 0.014 0.020 0.069 0.041 0.087 0.013 0.189 0.302 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.029 0.010 0.120 0.034 0.031 0.022 0.002 47 E 0.023 0.022 0.086 0.070 0.076 0.017 0.113 0.323 0.010 0.003 0.003 0.003 0.007 0.008 0.038 0.009 0.098 0.020 0.042 0.028 0.002 48 H 0.019 0.016 0.032 0.060 0.078 0.006 0.140 0.038 0.102 0.040 0.003 0.005 0.013 0.013 0.022 0.025 0.283 0.037 0.030 0.037 0.002 49 D 0.005 0.006 0.010 0.014 0.092 0.002 0.575 0.008 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.015 0.028 0.057 0.016 0.042 0.116 0.001 50 G 0.009 0.011 0.102 0.033 0.103 0.005 0.127 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.018 0.011 0.033 0.442 0.031 0.051 0.004 51 R 0.030 0.026 0.138 0.054 0.305 0.003 0.013 0.006 0.002 0.001 0.005 0.004 0.009 0.007 0.034 0.100 0.057 0.040 0.105 0.054 0.009 52 I 0.027 0.044 0.131 0.114 0.237 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.005 0.006 0.026 0.010 0.180 0.014 0.025 0.013 0.078 0.071 0.005 53 Q 0.013 0.019 0.127 0.156 0.167 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.011 0.007 0.005 0.004 0.046 0.037 0.024 0.023 0.098 0.242 0.007 54 I 0.006 0.006 0.031 0.029 0.196 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.002 0.051 0.041 0.476 0.019 0.021 0.091 0.002 55 G 0.011 0.030 0.050 0.056 0.094 0.005 0.529 0.008 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.006 0.057 0.021 0.028 0.029 0.018 0.038 0.003 56 D 0.126 0.159 0.127 0.074 0.275 0.001 0.034 0.006 0.001 0.001 0.009 0.007 0.020 0.006 0.018 0.035 0.012 0.027 0.032 0.021 0.007 57 Q 0.212 0.193 0.204 0.144 0.076 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.008 0.011 0.047 0.010 0.032 0.007 0.008 0.005 0.012 0.006 0.015 58 I 0.234 0.252 0.015 0.025 0.345 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.011 0.021 0.031 0.010 0.007 0.014 0.002 0.002 0.004 0.002 0.017 59 I 0.254 0.246 0.136 0.134 0.017 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.012 0.014 0.070 0.034 0.055 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 60 A 0.210 0.321 0.013 0.047 0.211 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.028 0.020 0.052 0.031 0.009 0.011 0.003 0.002 0.004 0.001 0.032 61 V 0.259 0.177 0.124 0.100 0.037 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.018 0.030 0.059 0.027 0.109 0.006 0.006 0.002 0.008 0.007 0.021 62 D 0.089 0.054 0.028 0.046 0.506 0.001 0.013 0.002 0.002 0.001 0.007 0.005 0.011 0.007 0.049 0.028 0.067 0.003 0.013 0.062 0.007 63 G 0.037 0.048 0.049 0.032 0.318 0.002 0.146 0.004 0.001 0.001 0.007 0.006 0.015 0.013 0.060 0.036 0.020 0.145 0.020 0.030 0.012 64 T 0.040 0.042 0.308 0.132 0.044 0.002 0.011 0.005 0.001 0.001 0.013 0.011 0.029 0.034 0.099 0.037 0.030 0.023 0.052 0.074 0.014 65 N 0.027 0.025 0.032 0.027 0.563 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.006 0.007 0.019 0.024 0.037 0.064 0.035 0.017 0.063 0.034 0.006 66 L 0.017 0.016 0.129 0.103 0.047 0.002 0.027 0.005 0.004 0.003 0.009 0.011 0.014 0.027 0.308 0.037 0.070 0.029 0.065 0.073 0.004 67 Q 0.008 0.006 0.029 0.049 0.122 0.010 0.084 0.013 0.002 0.001 0.004 0.004 0.007 0.014 0.057 0.052 0.286 0.026 0.059 0.166 0.001 68 G 0.002 0.004 0.009 0.012 0.061 0.009 0.345 0.017 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.007 0.047 0.078 0.074 0.234 0.044 0.047 0.001 69 F 0.007 0.005 0.099 0.069 0.015 0.002 0.037 0.016 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.002 0.059 0.018 0.103 0.066 0.148 0.342 0.001 70 T 0.002 0.002 0.008 0.009 0.116 0.001 0.010 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.035 0.027 0.147 0.579 0.001 71 N 0.001 0.001 0.022 0.003 0.006 0.001 0.006 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 0.769 0.044 0.024 0.031 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.830 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.001 0.002 0.002 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 75 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.955 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.092 0.745 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.002 0.001 0.002 0.001 80 H 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.341 0.039 0.351 0.085 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.025 0.005 0.002 0.001 81 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.490 0.004 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.097 0.021 0.208 0.150 0.001 82 G 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.001 0.069 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.766 0.075 0.041 0.001 83 Q 0.001 0.003 0.069 0.025 0.036 0.001 0.027 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.146 0.057 0.090 0.148 0.366 0.002 84 T 0.012 0.054 0.077 0.057 0.363 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.019 0.013 0.129 0.054 0.027 0.035 0.049 0.063 0.012 85 V 0.066 0.192 0.095 0.086 0.105 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.057 0.031 0.061 0.070 0.114 0.065 0.003 0.004 0.009 0.007 0.033 86 L 0.146 0.230 0.028 0.042 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.042 0.157 0.089 0.069 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.051 87 L 0.241 0.194 0.016 0.009 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.073 0.123 0.067 0.044 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 88 T 0.328 0.268 0.051 0.052 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.030 0.103 0.026 0.047 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 89 L 0.272 0.355 0.009 0.026 0.109 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.026 0.080 0.019 0.010 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 90 M 0.242 0.341 0.086 0.132 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.020 0.057 0.014 0.045 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.013 91 R 0.130 0.136 0.035 0.084 0.431 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.012 0.006 0.025 0.042 0.019 0.008 0.017 0.033 0.004 92 R 0.033 0.026 0.102 0.077 0.143 0.002 0.063 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.004 0.186 0.018 0.135 0.028 0.039 0.125 0.002 93 G 0.006 0.006 0.052 0.041 0.082 0.007 0.172 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.037 0.023 0.082 0.113 0.088 0.275 0.001 94 E 0.005 0.005 0.058 0.038 0.101 0.005 0.088 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.026 0.027 0.173 0.118 0.146 0.191 0.001 95 T 0.008 0.012 0.103 0.093 0.078 0.015 0.108 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.039 0.016 0.117 0.057 0.117 0.209 0.002 96 S 0.012 0.017 0.042 0.054 0.263 0.005 0.076 0.016 0.002 0.001 0.005 0.004 0.006 0.003 0.023 0.039 0.077 0.077 0.156 0.120 0.003 97 V 0.016 0.024 0.134 0.126 0.109 0.003 0.026 0.019 0.001 0.001 0.005 0.004 0.012 0.005 0.095 0.029 0.065 0.042 0.114 0.168 0.003