# TARGET T0359 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1947 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.006 0.940 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.009 0.001 0.016 2 M 0.001 0.010 0.818 0.003 0.032 0.006 0.001 0.001 0.001 0.055 0.052 0.009 0.013 3 S 0.001 0.004 0.409 0.060 0.053 0.003 0.001 0.001 0.001 0.325 0.119 0.006 0.018 4 E 0.002 0.006 0.404 0.006 0.043 0.003 0.001 0.001 0.012 0.328 0.057 0.098 0.040 5 T 0.007 0.008 0.412 0.011 0.004 0.001 0.007 0.001 0.070 0.055 0.008 0.013 0.405 6 F 0.058 0.003 0.137 0.012 0.001 0.001 0.034 0.003 0.159 0.017 0.001 0.521 0.055 7 D 0.233 0.002 0.040 0.003 0.001 0.001 0.097 0.010 0.121 0.002 0.001 0.028 0.463 8 V 0.306 0.001 0.022 0.008 0.001 0.001 0.127 0.019 0.085 0.002 0.001 0.390 0.040 9 E 0.395 0.001 0.030 0.003 0.001 0.001 0.159 0.014 0.070 0.001 0.001 0.035 0.289 10 L 0.323 0.002 0.064 0.011 0.001 0.001 0.114 0.015 0.088 0.003 0.001 0.249 0.128 11 T 0.193 0.004 0.234 0.044 0.001 0.001 0.045 0.006 0.095 0.025 0.007 0.081 0.264 12 K 0.063 0.017 0.327 0.009 0.004 0.001 0.012 0.002 0.052 0.090 0.023 0.181 0.219 13 N 0.006 0.016 0.487 0.009 0.012 0.001 0.002 0.001 0.011 0.210 0.075 0.058 0.112 14 V 0.002 0.012 0.321 0.010 0.046 0.004 0.001 0.001 0.002 0.232 0.309 0.021 0.042 15 Q 0.004 0.009 0.113 0.008 0.057 0.003 0.001 0.001 0.001 0.352 0.405 0.028 0.021 16 G 0.015 0.013 0.224 0.010 0.052 0.003 0.002 0.001 0.002 0.273 0.269 0.059 0.078 17 L 0.080 0.011 0.321 0.047 0.019 0.002 0.006 0.001 0.004 0.169 0.084 0.046 0.211 18 G 0.323 0.005 0.135 0.022 0.004 0.001 0.021 0.001 0.006 0.049 0.015 0.262 0.157 19 I 0.520 0.003 0.028 0.003 0.001 0.001 0.041 0.004 0.011 0.010 0.001 0.110 0.270 20 T 0.488 0.002 0.029 0.009 0.001 0.001 0.045 0.008 0.026 0.003 0.001 0.309 0.079 21 I 0.391 0.004 0.044 0.006 0.002 0.002 0.068 0.010 0.033 0.002 0.002 0.036 0.402 22 A 0.286 0.004 0.056 0.226 0.004 0.002 0.056 0.015 0.035 0.015 0.014 0.213 0.073 23 G 0.146 0.003 0.116 0.058 0.006 0.001 0.023 0.006 0.032 0.099 0.064 0.210 0.233 24 Y 0.055 0.012 0.224 0.019 0.012 0.002 0.015 0.006 0.064 0.155 0.067 0.081 0.288 25 I 0.036 0.065 0.182 0.025 0.025 0.011 0.013 0.005 0.052 0.156 0.148 0.174 0.107 26 G 0.020 0.026 0.253 0.011 0.031 0.013 0.005 0.004 0.016 0.226 0.239 0.061 0.096 27 D 0.007 0.015 0.410 0.013 0.041 0.013 0.002 0.001 0.006 0.264 0.158 0.019 0.050 28 K 0.010 0.017 0.201 0.004 0.117 0.028 0.002 0.001 0.003 0.282 0.255 0.035 0.046 29 K 0.010 0.023 0.216 0.004 0.120 0.036 0.002 0.001 0.004 0.219 0.273 0.026 0.067 30 L 0.011 0.057 0.312 0.012 0.091 0.036 0.002 0.002 0.005 0.204 0.171 0.032 0.066 31 E 0.004 0.027 0.451 0.023 0.028 0.013 0.001 0.001 0.004 0.286 0.100 0.030 0.033 32 P 0.002 0.008 0.466 0.017 0.047 0.009 0.001 0.001 0.004 0.196 0.203 0.010 0.037 33 S 0.008 0.012 0.308 0.046 0.046 0.007 0.001 0.001 0.007 0.257 0.239 0.031 0.038 34 G 0.041 0.009 0.279 0.042 0.022 0.004 0.012 0.001 0.021 0.218 0.086 0.140 0.125 35 I 0.213 0.008 0.151 0.017 0.003 0.001 0.077 0.019 0.056 0.022 0.003 0.073 0.358 36 F 0.369 0.007 0.027 0.003 0.001 0.001 0.131 0.030 0.050 0.002 0.001 0.310 0.069 37 V 0.191 0.004 0.074 0.015 0.005 0.005 0.106 0.022 0.082 0.003 0.003 0.038 0.453 38 K 0.061 0.001 0.047 0.662 0.004 0.002 0.033 0.012 0.056 0.014 0.005 0.075 0.029 39 S 0.110 0.003 0.102 0.024 0.005 0.002 0.044 0.014 0.164 0.037 0.010 0.227 0.256 40 I 0.051 0.018 0.128 0.010 0.004 0.003 0.033 0.023 0.161 0.018 0.003 0.041 0.507 41 T 0.012 0.027 0.395 0.074 0.005 0.008 0.008 0.004 0.101 0.045 0.006 0.240 0.076 42 K 0.002 0.005 0.076 0.019 0.042 0.055 0.002 0.002 0.010 0.173 0.562 0.007 0.047 43 S 0.001 0.002 0.153 0.018 0.025 0.022 0.001 0.001 0.002 0.147 0.616 0.007 0.005 44 S 0.002 0.041 0.509 0.006 0.027 0.055 0.001 0.001 0.005 0.239 0.070 0.022 0.024 45 A 0.003 0.025 0.319 0.003 0.065 0.255 0.001 0.003 0.008 0.077 0.192 0.005 0.045 46 V 0.013 0.039 0.139 0.033 0.148 0.283 0.003 0.011 0.011 0.086 0.188 0.025 0.022 47 E 0.020 0.027 0.179 0.009 0.188 0.242 0.005 0.019 0.011 0.065 0.173 0.015 0.046 48 H 0.029 0.025 0.154 0.002 0.111 0.295 0.010 0.007 0.011 0.084 0.191 0.046 0.035 49 D 0.003 0.014 0.139 0.015 0.030 0.109 0.001 0.002 0.004 0.076 0.591 0.005 0.011 50 G 0.001 0.001 0.047 0.008 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.151 0.771 0.005 0.002 51 R 0.008 0.035 0.552 0.008 0.001 0.002 0.004 0.001 0.015 0.213 0.049 0.029 0.083 52 I 0.007 0.162 0.456 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.040 0.118 0.004 0.142 0.061 53 Q 0.001 0.031 0.817 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.033 0.001 0.010 0.084 54 I 0.001 0.011 0.069 0.029 0.074 0.029 0.001 0.001 0.001 0.070 0.700 0.006 0.009 55 G 0.001 0.001 0.059 0.029 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.093 0.767 0.003 0.005 56 D 0.011 0.002 0.489 0.053 0.042 0.009 0.002 0.001 0.004 0.217 0.058 0.023 0.089 57 Q 0.261 0.042 0.155 0.010 0.013 0.011 0.023 0.002 0.008 0.049 0.021 0.160 0.244 58 I 0.264 0.026 0.044 0.012 0.003 0.018 0.047 0.015 0.025 0.009 0.005 0.155 0.376 59 I 0.255 0.001 0.054 0.443 0.001 0.007 0.020 0.008 0.012 0.009 0.007 0.059 0.124 60 A 0.793 0.001 0.011 0.003 0.001 0.005 0.043 0.006 0.006 0.003 0.008 0.041 0.079 61 V 0.593 0.005 0.013 0.001 0.002 0.004 0.031 0.002 0.007 0.003 0.004 0.187 0.150 62 D 0.015 0.002 0.020 0.116 0.007 0.010 0.001 0.001 0.002 0.042 0.713 0.054 0.018 63 G 0.006 0.001 0.008 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.879 0.001 0.014 64 T 0.055 0.014 0.117 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.004 0.016 0.002 0.731 0.045 65 N 0.026 0.068 0.110 0.010 0.001 0.001 0.018 0.002 0.036 0.009 0.003 0.013 0.704 66 L 0.039 0.020 0.399 0.136 0.038 0.018 0.029 0.013 0.023 0.035 0.086 0.109 0.054 67 Q 0.009 0.019 0.076 0.013 0.047 0.018 0.008 0.006 0.008 0.133 0.618 0.012 0.035 68 G 0.003 0.003 0.168 0.014 0.025 0.004 0.002 0.001 0.007 0.255 0.486 0.010 0.021 69 F 0.003 0.038 0.649 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.189 0.010 0.058 0.040 70 T 0.001 0.066 0.740 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.005 0.075 0.013 0.007 0.074 71 N 0.001 0.001 0.020 0.001 0.012 0.926 0.001 0.001 0.001 0.017 0.023 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 80 H 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 0.667 0.001 0.001 0.001 0.017 0.304 0.001 0.001 81 T 0.001 0.004 0.315 0.001 0.009 0.130 0.001 0.001 0.001 0.214 0.325 0.001 0.001 82 G 0.001 0.003 0.169 0.005 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.207 0.597 0.001 0.001 83 Q 0.001 0.005 0.428 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.447 0.072 0.019 0.012 84 T 0.017 0.011 0.626 0.023 0.002 0.001 0.011 0.001 0.031 0.060 0.008 0.016 0.194 85 V 0.232 0.004 0.118 0.008 0.001 0.001 0.095 0.008 0.043 0.012 0.001 0.382 0.096 86 L 0.502 0.001 0.028 0.006 0.001 0.001 0.146 0.014 0.024 0.003 0.001 0.107 0.168 87 L 0.732 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.126 0.013 0.010 0.001 0.001 0.049 0.058 88 T 0.744 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.132 0.008 0.009 0.001 0.001 0.066 0.036 89 L 0.683 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.091 0.002 0.011 0.001 0.001 0.052 0.148 90 M 0.396 0.004 0.099 0.021 0.001 0.001 0.046 0.001 0.027 0.014 0.002 0.237 0.152 91 R 0.043 0.013 0.342 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.031 0.076 0.017 0.075 0.389 92 R 0.005 0.008 0.276 0.010 0.019 0.001 0.002 0.001 0.010 0.231 0.328 0.052 0.058 93 G 0.003 0.007 0.182 0.005 0.027 0.002 0.001 0.001 0.003 0.320 0.397 0.026 0.027 94 E 0.003 0.009 0.413 0.005 0.018 0.003 0.001 0.001 0.002 0.402 0.090 0.012 0.042 95 T 0.004 0.025 0.626 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.003 0.194 0.029 0.055 0.051 96 S 0.002 0.042 0.816 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.035 0.007 0.010 0.079 97 V 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003