# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0359/T0359.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1947 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.093 0.060 0.179 0.194 0.032 0.246 0.025 0.016 0.014 0.020 0.020 0.028 0.039 0.005 0.007 0.023 2 M 0.045 0.076 0.096 0.130 0.017 0.214 0.013 0.054 0.008 0.008 0.259 0.023 0.036 0.004 0.008 0.008 3 S 0.019 0.456 0.070 0.208 0.002 0.038 0.003 0.014 0.040 0.005 0.020 0.092 0.012 0.001 0.006 0.014 4 E 0.083 0.060 0.221 0.501 0.002 0.033 0.006 0.002 0.017 0.003 0.011 0.012 0.015 0.001 0.002 0.030 5 T 0.034 0.041 0.650 0.248 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 6 F 0.006 0.037 0.149 0.793 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 D 0.001 0.002 0.043 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 V 0.001 0.001 0.031 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 L 0.001 0.002 0.002 0.923 0.028 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 T 0.001 0.034 0.001 0.519 0.121 0.302 0.001 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 K 0.001 0.243 0.003 0.431 0.048 0.060 0.001 0.089 0.013 0.007 0.094 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 13 N 0.008 0.142 0.030 0.139 0.067 0.275 0.007 0.048 0.065 0.044 0.045 0.111 0.008 0.002 0.005 0.004 14 V 0.023 0.056 0.066 0.052 0.190 0.076 0.081 0.036 0.015 0.012 0.288 0.029 0.020 0.036 0.007 0.012 15 Q 0.019 0.170 0.064 0.094 0.009 0.030 0.005 0.249 0.019 0.007 0.037 0.095 0.013 0.002 0.178 0.009 16 G 0.049 0.038 0.078 0.060 0.041 0.023 0.056 0.005 0.216 0.058 0.012 0.013 0.015 0.047 0.005 0.282 17 L 0.422 0.053 0.196 0.156 0.001 0.016 0.007 0.071 0.005 0.003 0.011 0.011 0.012 0.001 0.031 0.005 18 G 0.013 0.051 0.402 0.404 0.001 0.009 0.001 0.002 0.057 0.009 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.041 19 I 0.101 0.004 0.071 0.817 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 T 0.002 0.003 0.201 0.759 0.007 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 I 0.001 0.005 0.004 0.352 0.453 0.171 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 A 0.001 0.213 0.004 0.399 0.089 0.028 0.002 0.228 0.004 0.001 0.019 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 23 G 0.004 0.066 0.017 0.361 0.012 0.073 0.002 0.054 0.240 0.110 0.012 0.017 0.009 0.001 0.007 0.016 24 Y 0.142 0.035 0.078 0.091 0.181 0.125 0.087 0.010 0.025 0.059 0.093 0.029 0.018 0.012 0.001 0.015 25 I 0.033 0.187 0.085 0.132 0.014 0.077 0.005 0.238 0.004 0.003 0.095 0.074 0.017 0.002 0.031 0.004 26 G 0.008 0.073 0.072 0.208 0.031 0.081 0.013 0.024 0.128 0.121 0.046 0.099 0.032 0.012 0.007 0.046 27 D 0.104 0.054 0.052 0.127 0.022 0.258 0.025 0.024 0.011 0.011 0.082 0.081 0.115 0.005 0.021 0.009 28 K 0.018 0.108 0.106 0.094 0.006 0.041 0.011 0.033 0.018 0.011 0.294 0.098 0.109 0.007 0.011 0.034 29 K 0.067 0.075 0.085 0.142 0.016 0.065 0.031 0.011 0.043 0.008 0.030 0.255 0.100 0.021 0.016 0.034 30 L 0.031 0.077 0.403 0.155 0.008 0.027 0.029 0.013 0.006 0.003 0.027 0.020 0.124 0.005 0.027 0.045 31 E 0.032 0.040 0.229 0.151 0.050 0.210 0.035 0.011 0.013 0.016 0.021 0.040 0.096 0.007 0.008 0.042 32 P 0.051 0.069 0.065 0.066 0.110 0.087 0.157 0.021 0.005 0.005 0.144 0.016 0.045 0.138 0.007 0.012 33 S 0.013 0.310 0.070 0.144 0.001 0.013 0.006 0.160 0.019 0.004 0.012 0.063 0.015 0.001 0.159 0.010 34 G 0.038 0.021 0.193 0.297 0.001 0.005 0.001 0.001 0.169 0.013 0.005 0.004 0.013 0.001 0.002 0.236 35 I 0.277 0.009 0.374 0.334 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 36 F 0.002 0.002 0.166 0.672 0.002 0.152 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.001 0.008 0.003 0.174 0.019 0.742 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 38 K 0.001 0.505 0.002 0.312 0.002 0.012 0.001 0.023 0.002 0.001 0.086 0.052 0.003 0.001 0.001 0.001 39 S 0.005 0.028 0.040 0.687 0.008 0.032 0.004 0.005 0.041 0.003 0.016 0.050 0.059 0.002 0.002 0.018 40 I 0.016 0.025 0.629 0.207 0.009 0.011 0.025 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.049 0.002 0.003 0.011 41 T 0.005 0.018 0.055 0.179 0.150 0.416 0.057 0.012 0.001 0.006 0.011 0.012 0.049 0.017 0.003 0.007 42 K 0.006 0.104 0.018 0.094 0.025 0.174 0.007 0.138 0.007 0.006 0.316 0.009 0.049 0.008 0.027 0.011 43 S 0.013 0.468 0.027 0.143 0.001 0.010 0.002 0.014 0.108 0.024 0.018 0.097 0.014 0.003 0.012 0.046 44 S 0.148 0.009 0.088 0.040 0.003 0.429 0.013 0.004 0.008 0.012 0.018 0.069 0.137 0.001 0.005 0.015 45 A 0.009 0.039 0.103 0.017 0.001 0.051 0.003 0.005 0.001 0.001 0.640 0.022 0.100 0.002 0.001 0.006 46 V 0.005 0.056 0.019 0.100 0.004 0.017 0.006 0.005 0.003 0.001 0.026 0.638 0.113 0.003 0.003 0.004 47 E 0.005 0.009 0.057 0.042 0.022 0.118 0.019 0.009 0.004 0.002 0.013 0.029 0.634 0.007 0.011 0.019 48 H 0.001 0.003 0.014 0.003 0.065 0.003 0.162 0.004 0.001 0.001 0.045 0.002 0.029 0.654 0.003 0.010 49 D 0.002 0.014 0.014 0.006 0.001 0.002 0.004 0.080 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.001 0.854 0.002 50 G 0.005 0.004 0.020 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.183 0.027 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.735 51 R 0.938 0.005 0.028 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 52 I 0.009 0.005 0.847 0.121 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 53 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 54 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 55 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.854 0.133 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 56 D 0.985 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 57 Q 0.011 0.038 0.843 0.012 0.001 0.049 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.015 0.011 0.001 0.001 0.014 58 I 0.017 0.015 0.146 0.329 0.010 0.140 0.003 0.003 0.001 0.001 0.276 0.011 0.040 0.004 0.001 0.002 59 I 0.001 0.186 0.230 0.467 0.009 0.005 0.003 0.006 0.002 0.001 0.004 0.031 0.047 0.001 0.003 0.003 60 A 0.007 0.008 0.042 0.527 0.145 0.039 0.035 0.003 0.008 0.007 0.002 0.004 0.101 0.031 0.001 0.039 61 V 0.004 0.004 0.052 0.028 0.472 0.037 0.306 0.010 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 0.064 0.004 0.001 62 D 0.001 0.069 0.005 0.034 0.001 0.030 0.001 0.752 0.007 0.008 0.012 0.004 0.004 0.001 0.067 0.004 63 G 0.011 0.022 0.005 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.768 0.036 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.115 64 T 0.789 0.011 0.118 0.054 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.002 65 N 0.003 0.017 0.335 0.034 0.008 0.564 0.003 0.002 0.001 0.003 0.008 0.007 0.011 0.001 0.001 0.003 66 L 0.003 0.034 0.004 0.040 0.383 0.056 0.039 0.003 0.001 0.001 0.375 0.013 0.005 0.043 0.001 0.001 67 Q 0.002 0.104 0.014 0.034 0.002 0.006 0.002 0.449 0.005 0.001 0.010 0.190 0.006 0.001 0.172 0.001 68 G 0.003 0.009 0.026 0.019 0.001 0.010 0.003 0.002 0.300 0.097 0.005 0.005 0.028 0.001 0.004 0.488 69 F 0.739 0.022 0.134 0.045 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.012 0.012 0.016 0.001 0.001 0.008 70 T 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 0.017 0.001 0.001 0.001 71 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.004 0.024 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.972 0.018 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.983 0.001 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 75 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.001 0.003 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.007 0.004 0.002 79 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.005 0.007 0.012 80 H 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.800 0.004 0.070 81 T 0.004 0.002 0.032 0.001 0.001 0.002 0.024 0.014 0.001 0.001 0.002 0.001 0.095 0.004 0.810 0.007 82 G 0.008 0.027 0.043 0.007 0.001 0.005 0.006 0.003 0.042 0.012 0.004 0.002 0.046 0.004 0.008 0.784 83 Q 0.830 0.035 0.027 0.077 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.011 84 T 0.023 0.023 0.817 0.129 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 85 V 0.003 0.007 0.175 0.812 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 L 0.001 0.001 0.031 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 L 0.001 0.001 0.006 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 T 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.001 0.001 0.001 0.933 0.027 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 M 0.001 0.043 0.001 0.883 0.029 0.038 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 R 0.001 0.023 0.001 0.207 0.571 0.168 0.005 0.005 0.002 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 R 0.002 0.244 0.013 0.153 0.011 0.056 0.001 0.449 0.005 0.003 0.046 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 93 G 0.004 0.076 0.014 0.152 0.009 0.079 0.003 0.017 0.314 0.198 0.052 0.054 0.006 0.001 0.002 0.019 94 E 0.305 0.133 0.096 0.167 0.027 0.037 0.021 0.011 0.016 0.005 0.077 0.067 0.021 0.005 0.005 0.008 95 T 0.023 0.074 0.343 0.243 0.016 0.072 0.013 0.034 0.011 0.006 0.026 0.075 0.034 0.004 0.014 0.012 96 S 0.019 0.055 0.130 0.254 0.103 0.157 0.038 0.016 0.025 0.022 0.049 0.037 0.054 0.011 0.005 0.023 97 V 0.046 0.108 0.080 0.303 0.053 0.057 0.025 0.066 0.013 0.008 0.101 0.050 0.055 0.010 0.014 0.012