# TARGET T0359 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1947 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.023 0.061 0.842 2 M 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.036 0.099 0.782 3 S 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.017 0.102 0.849 4 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.012 0.006 0.009 0.007 0.009 0.005 0.409 0.052 0.068 0.411 5 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.018 0.091 0.797 6 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.057 0.029 0.729 0.037 0.017 0.107 7 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.019 0.296 0.048 0.055 0.569 8 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.925 0.028 0.005 0.034 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.456 0.072 0.038 0.385 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.065 0.059 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.616 0.050 0.022 0.138 11 T 0.019 0.002 0.001 0.010 0.121 0.069 0.061 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.202 0.069 0.066 0.368 12 K 0.070 0.001 0.001 0.003 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.046 0.094 0.644 13 N 0.230 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.067 0.085 0.574 14 V 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.045 0.130 0.714 15 Q 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.042 0.136 0.721 16 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.090 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.066 0.112 0.489 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.020 0.015 0.009 0.025 0.004 0.004 0.001 0.322 0.086 0.089 0.407 18 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.024 0.028 0.235 0.220 0.024 0.013 0.332 0.067 0.008 0.041 19 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.090 0.021 0.008 0.642 0.052 0.026 0.131 20 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.025 0.008 0.852 0.050 0.008 0.036 21 I 0.008 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.009 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.627 0.072 0.051 0.207 22 A 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.666 0.072 0.056 0.166 23 G 0.034 0.006 0.002 0.003 0.012 0.029 0.011 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.203 0.052 0.126 0.512 24 Y 0.061 0.011 0.004 0.004 0.042 0.013 0.019 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.205 0.071 0.117 0.443 25 I 0.105 0.016 0.005 0.005 0.004 0.007 0.011 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.046 0.123 0.559 26 G 0.181 0.016 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.044 0.096 0.620 27 D 0.179 0.020 0.004 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.057 0.100 0.592 28 K 0.148 0.010 0.001 0.002 0.002 0.006 0.002 0.001 0.011 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.032 0.096 0.649 29 K 0.037 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.053 0.018 0.014 0.009 0.004 0.002 0.002 0.001 0.024 0.055 0.076 0.692 30 L 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 0.005 0.006 0.013 0.004 0.004 0.002 0.034 0.048 0.096 0.739 31 E 0.097 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.016 0.006 0.077 0.036 0.015 0.004 0.042 0.030 0.093 0.570 32 P 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.005 0.003 0.009 0.004 0.007 0.062 0.024 0.144 0.721 33 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.012 0.005 0.219 0.037 0.127 0.584 34 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.003 0.009 0.003 0.011 0.022 0.020 0.502 0.067 0.061 0.290 35 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.699 0.034 0.035 0.219 36 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.005 0.008 0.871 0.041 0.008 0.053 37 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.493 0.061 0.053 0.381 38 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.752 0.033 0.034 0.171 39 S 0.005 0.004 0.001 0.001 0.005 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.272 0.051 0.116 0.535 40 I 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.286 0.048 0.116 0.542 41 T 0.234 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.136 0.070 0.389 42 K 0.060 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.038 0.114 0.700 43 S 0.041 0.101 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.025 0.094 0.679 44 S 0.155 0.377 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.130 0.061 0.220 45 A 0.151 0.323 0.021 0.005 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.172 0.050 0.224 46 V 0.063 0.064 0.099 0.009 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.023 0.225 0.069 0.416 47 E 0.495 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 0.063 0.058 0.339 48 H 0.175 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.032 0.094 0.658 49 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.011 0.098 0.866 50 G 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.185 0.046 0.125 0.629 51 R 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.029 0.055 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.032 0.124 0.599 52 I 0.008 0.004 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.479 0.022 0.082 0.377 53 Q 0.411 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.005 0.002 0.168 0.097 0.045 0.233 54 I 0.134 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.004 0.001 0.207 0.080 0.106 0.449 55 G 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.183 0.034 0.147 0.616 56 D 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.673 0.060 0.048 0.199 57 Q 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.642 0.114 0.029 0.173 58 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.866 0.050 0.006 0.057 59 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.600 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.297 0.033 0.005 0.049 60 A 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.847 0.009 0.012 0.101 61 V 0.530 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.156 0.036 0.038 0.230 62 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.019 0.121 0.799 63 G 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.026 0.070 0.804 64 T 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.781 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.011 0.015 0.133 65 N 0.182 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.033 0.059 0.550 66 L 0.229 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.218 0.001 0.006 0.001 0.024 0.058 0.068 0.389 67 Q 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.069 0.008 0.017 0.073 0.042 0.119 0.633 68 G 0.010 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.024 0.111 0.771 69 F 0.008 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.033 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.047 0.128 0.566 70 T 0.013 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.011 0.072 71 N 0.007 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.002 0.016 72 Q 0.003 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.017 73 Q 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.013 74 A 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.015 75 V 0.006 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.017 76 E 0.015 0.762 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.011 0.057 77 V 0.065 0.173 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.600 0.044 0.095 78 L 0.133 0.021 0.084 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.582 0.034 0.141 79 R 0.199 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.073 0.684 80 H 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.039 0.949 81 T 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.028 0.127 0.815 82 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.023 0.199 0.761 83 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.254 0.057 0.114 0.573 84 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.449 0.070 0.092 0.384 85 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.874 0.031 0.019 0.071 86 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.005 0.856 0.070 0.008 0.052 87 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.035 0.007 0.032 88 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.914 0.062 0.003 0.018 89 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.038 0.024 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.581 0.095 0.033 0.181 90 M 0.003 0.001 0.001 0.003 0.014 0.004 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.702 0.063 0.032 0.166 91 R 0.164 0.003 0.001 0.017 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.087 0.097 0.493 92 R 0.024 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.083 0.082 0.767 93 G 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.030 0.066 0.854 94 E 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.015 0.067 0.851 95 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.015 0.077 0.834 96 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.024 0.008 0.076 0.880 97 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.010 0.022 0.009 0.006 0.021 0.010 0.091 0.818