# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1947 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.091 0.003 0.005 0.015 0.021 0.058 0.044 0.764 2 M 0.097 0.002 0.005 0.013 0.029 0.098 0.037 0.720 3 S 0.040 0.002 0.012 0.016 0.034 0.093 0.041 0.763 4 E 0.041 0.002 0.033 0.054 0.159 0.121 0.026 0.563 5 T 0.005 0.001 0.057 0.054 0.161 0.069 0.028 0.625 6 F 0.003 0.001 0.128 0.253 0.372 0.042 0.016 0.185 7 D 0.001 0.001 0.135 0.202 0.464 0.016 0.033 0.148 8 V 0.001 0.001 0.114 0.423 0.308 0.014 0.019 0.120 9 E 0.001 0.001 0.139 0.403 0.393 0.008 0.010 0.045 10 L 0.004 0.001 0.058 0.329 0.300 0.025 0.015 0.267 11 T 0.019 0.003 0.090 0.301 0.312 0.038 0.052 0.186 12 K 0.034 0.001 0.036 0.112 0.105 0.075 0.022 0.613 13 N 0.352 0.004 0.013 0.034 0.042 0.068 0.048 0.437 14 V 0.076 0.003 0.020 0.016 0.021 0.106 0.040 0.717 15 Q 0.055 0.002 0.024 0.015 0.057 0.171 0.020 0.657 16 G 0.020 0.002 0.024 0.030 0.055 0.090 0.065 0.714 17 L 0.003 0.002 0.145 0.122 0.214 0.139 0.033 0.343 18 G 0.003 0.002 0.261 0.112 0.335 0.038 0.061 0.187 19 I 0.003 0.001 0.239 0.320 0.211 0.029 0.043 0.154 20 T 0.004 0.001 0.651 0.106 0.140 0.016 0.030 0.051 21 I 0.034 0.005 0.220 0.186 0.218 0.061 0.067 0.207 22 A 0.018 0.004 0.310 0.083 0.123 0.076 0.047 0.340 23 G 0.038 0.007 0.130 0.064 0.136 0.116 0.056 0.453 24 Y 0.070 0.011 0.070 0.055 0.076 0.129 0.074 0.515 25 I 0.039 0.008 0.042 0.062 0.067 0.123 0.039 0.620 26 G 0.071 0.010 0.019 0.026 0.048 0.104 0.052 0.669 27 D 0.110 0.012 0.015 0.036 0.045 0.112 0.059 0.610 28 K 0.070 0.006 0.014 0.035 0.043 0.108 0.037 0.689 29 K 0.028 0.003 0.014 0.031 0.065 0.120 0.063 0.676 30 L 0.020 0.002 0.021 0.030 0.050 0.127 0.047 0.702 31 E 0.183 0.006 0.021 0.035 0.053 0.117 0.062 0.523 32 P 0.058 0.008 0.017 0.023 0.034 0.107 0.044 0.709 33 S 0.013 0.011 0.068 0.041 0.155 0.133 0.024 0.556 34 G 0.007 0.007 0.121 0.081 0.284 0.073 0.048 0.380 35 I 0.002 0.003 0.200 0.314 0.283 0.033 0.045 0.121 36 F 0.006 0.008 0.249 0.214 0.310 0.026 0.065 0.122 37 V 0.012 0.008 0.197 0.273 0.228 0.033 0.105 0.144 38 K 0.018 0.010 0.173 0.212 0.250 0.044 0.081 0.212 39 S 0.022 0.010 0.133 0.121 0.230 0.062 0.080 0.343 40 I 0.036 0.007 0.063 0.102 0.136 0.087 0.039 0.530 41 T 0.286 0.022 0.039 0.086 0.081 0.086 0.048 0.352 42 K 0.026 0.033 0.005 0.012 0.027 0.102 0.008 0.788 43 S 0.015 0.073 0.010 0.007 0.016 0.067 0.008 0.804 44 S 0.115 0.506 0.015 0.066 0.025 0.044 0.046 0.182 45 A 0.171 0.340 0.055 0.045 0.033 0.053 0.084 0.219 46 V 0.227 0.071 0.095 0.051 0.057 0.053 0.172 0.274 47 E 0.632 0.013 0.016 0.010 0.013 0.041 0.068 0.206 48 H 0.152 0.010 0.003 0.004 0.007 0.045 0.023 0.756 49 D 0.005 0.003 0.006 0.005 0.026 0.090 0.005 0.859 50 G 0.017 0.008 0.038 0.055 0.153 0.117 0.049 0.563 51 R 0.009 0.008 0.047 0.244 0.167 0.093 0.060 0.371 52 I 0.020 0.006 0.118 0.096 0.099 0.082 0.041 0.539 53 Q 0.244 0.021 0.073 0.110 0.077 0.084 0.118 0.273 54 I 0.092 0.030 0.045 0.022 0.036 0.082 0.040 0.654 55 G 0.040 0.032 0.037 0.032 0.148 0.105 0.062 0.545 56 D 0.011 0.014 0.040 0.140 0.307 0.080 0.087 0.321 57 Q 0.004 0.004 0.066 0.372 0.408 0.028 0.027 0.092 58 I 0.006 0.002 0.054 0.268 0.442 0.029 0.040 0.160 59 I 0.002 0.001 0.075 0.354 0.453 0.021 0.027 0.069 60 A 0.016 0.001 0.065 0.191 0.432 0.043 0.029 0.223 61 V 0.156 0.003 0.028 0.240 0.165 0.069 0.105 0.235 62 D 0.026 0.004 0.016 0.036 0.080 0.130 0.012 0.696 63 G 0.023 0.003 0.013 0.012 0.048 0.098 0.013 0.789 64 T 0.022 0.006 0.050 0.119 0.087 0.143 0.059 0.513 65 N 0.116 0.015 0.040 0.049 0.067 0.110 0.057 0.546 66 L 0.267 0.011 0.027 0.048 0.039 0.071 0.105 0.432 67 Q 0.023 0.012 0.039 0.031 0.053 0.104 0.066 0.672 68 G 0.021 0.031 0.015 0.011 0.033 0.085 0.034 0.770 69 F 0.024 0.088 0.029 0.078 0.047 0.139 0.049 0.546 70 T 0.028 0.759 0.007 0.008 0.012 0.025 0.031 0.129 71 N 0.014 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.009 72 Q 0.005 0.931 0.004 0.004 0.004 0.006 0.023 0.022 73 Q 0.002 0.973 0.001 0.002 0.002 0.001 0.013 0.005 74 A 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 75 V 0.009 0.940 0.006 0.003 0.003 0.001 0.033 0.005 76 E 0.037 0.727 0.016 0.026 0.018 0.009 0.087 0.080 77 V 0.063 0.058 0.030 0.017 0.017 0.030 0.675 0.111 78 L 0.068 0.022 0.038 0.051 0.027 0.042 0.573 0.179 79 R 0.286 0.003 0.005 0.007 0.014 0.035 0.037 0.614 80 H 0.048 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.013 0.900 81 T 0.038 0.001 0.009 0.006 0.017 0.163 0.017 0.750 82 G 0.014 0.001 0.014 0.004 0.022 0.115 0.013 0.817 83 Q 0.006 0.001 0.107 0.108 0.220 0.106 0.023 0.427 84 T 0.001 0.001 0.295 0.110 0.255 0.031 0.031 0.277 85 V 0.001 0.001 0.173 0.449 0.311 0.007 0.011 0.049 86 L 0.001 0.001 0.288 0.354 0.309 0.004 0.012 0.032 87 L 0.001 0.001 0.188 0.391 0.345 0.005 0.010 0.061 88 T 0.001 0.001 0.169 0.448 0.356 0.003 0.008 0.014 89 L 0.003 0.002 0.114 0.337 0.404 0.015 0.026 0.099 90 M 0.018 0.003 0.120 0.329 0.350 0.025 0.033 0.123 91 R 0.108 0.004 0.026 0.156 0.175 0.054 0.063 0.414 92 R 0.032 0.003 0.016 0.030 0.047 0.096 0.055 0.720 93 G 0.044 0.004 0.012 0.034 0.064 0.088 0.035 0.719 94 E 0.053 0.004 0.012 0.031 0.043 0.093 0.044 0.721 95 T 0.020 0.004 0.019 0.053 0.066 0.096 0.031 0.711 96 S 0.025 0.005 0.022 0.040 0.077 0.105 0.040 0.686 97 V 0.034 0.006 0.026 0.053 0.059 0.102 0.044 0.676