# TARGET T0359 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1947 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.457 0.244 0.057 0.104 0.051 0.032 0.023 0.012 0.010 0.006 0.004 2 M 0.464 0.124 0.041 0.105 0.075 0.055 0.053 0.030 0.024 0.017 0.013 3 S 0.360 0.276 0.048 0.108 0.073 0.053 0.038 0.019 0.015 0.007 0.003 4 E 0.227 0.280 0.096 0.246 0.092 0.034 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 5 T 0.177 0.109 0.069 0.163 0.140 0.113 0.100 0.054 0.038 0.024 0.015 6 F 0.018 0.028 0.024 0.094 0.114 0.152 0.254 0.154 0.102 0.044 0.016 7 D 0.034 0.104 0.094 0.446 0.205 0.073 0.030 0.007 0.004 0.002 0.001 8 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.014 0.067 0.126 0.258 0.293 0.230 9 E 0.015 0.117 0.110 0.465 0.210 0.056 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.038 0.097 0.230 0.302 0.322 11 T 0.016 0.095 0.070 0.433 0.253 0.090 0.032 0.006 0.003 0.001 0.001 12 K 0.022 0.028 0.013 0.051 0.076 0.123 0.227 0.163 0.150 0.097 0.048 13 N 0.133 0.245 0.093 0.300 0.126 0.059 0.029 0.008 0.004 0.002 0.001 14 V 0.349 0.156 0.053 0.153 0.104 0.067 0.056 0.024 0.017 0.012 0.009 15 Q 0.328 0.246 0.058 0.215 0.087 0.036 0.019 0.006 0.003 0.002 0.001 16 G 0.046 0.101 0.048 0.232 0.227 0.166 0.106 0.039 0.021 0.010 0.004 17 L 0.002 0.005 0.004 0.023 0.041 0.068 0.165 0.186 0.224 0.166 0.115 18 G 0.009 0.040 0.032 0.183 0.230 0.205 0.164 0.067 0.038 0.020 0.013 19 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.041 0.093 0.215 0.302 0.335 20 T 0.009 0.025 0.024 0.170 0.172 0.131 0.193 0.120 0.076 0.044 0.036 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.022 0.066 0.183 0.316 0.404 22 A 0.004 0.021 0.026 0.190 0.203 0.157 0.177 0.089 0.068 0.039 0.026 23 G 0.021 0.026 0.016 0.061 0.078 0.108 0.192 0.156 0.152 0.119 0.070 24 Y 0.034 0.076 0.072 0.238 0.162 0.113 0.116 0.064 0.052 0.039 0.033 25 I 0.067 0.077 0.032 0.119 0.116 0.102 0.149 0.096 0.090 0.080 0.072 26 G 0.230 0.188 0.048 0.153 0.111 0.089 0.078 0.039 0.030 0.020 0.014 27 D 0.185 0.182 0.069 0.191 0.121 0.075 0.071 0.037 0.031 0.021 0.017 28 K 0.396 0.192 0.084 0.137 0.078 0.045 0.032 0.013 0.011 0.007 0.006 29 K 0.302 0.247 0.079 0.195 0.091 0.044 0.023 0.008 0.006 0.003 0.002 30 L 0.110 0.049 0.030 0.079 0.079 0.094 0.134 0.100 0.116 0.106 0.103 31 E 0.210 0.213 0.098 0.181 0.110 0.072 0.056 0.023 0.017 0.010 0.009 32 P 0.275 0.167 0.097 0.189 0.112 0.067 0.047 0.020 0.014 0.009 0.005 33 S 0.065 0.077 0.039 0.181 0.195 0.157 0.144 0.064 0.044 0.024 0.011 34 G 0.009 0.032 0.027 0.164 0.212 0.184 0.168 0.081 0.062 0.037 0.023 35 I 0.001 0.001 0.002 0.012 0.027 0.053 0.153 0.201 0.230 0.207 0.113 36 F 0.002 0.012 0.017 0.109 0.175 0.171 0.237 0.141 0.082 0.037 0.017 37 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.027 0.071 0.169 0.263 0.458 38 K 0.013 0.024 0.024 0.185 0.240 0.177 0.188 0.080 0.043 0.018 0.008 39 S 0.047 0.143 0.061 0.277 0.195 0.114 0.090 0.039 0.023 0.008 0.003 40 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.028 0.063 0.170 0.277 0.446 41 T 0.037 0.145 0.060 0.259 0.215 0.133 0.094 0.028 0.016 0.007 0.005 42 K 0.292 0.242 0.071 0.199 0.093 0.047 0.032 0.013 0.007 0.003 0.001 43 S 0.470 0.128 0.049 0.133 0.089 0.059 0.037 0.015 0.010 0.006 0.004 44 S 0.156 0.173 0.040 0.126 0.093 0.092 0.111 0.068 0.064 0.044 0.032 45 A 0.134 0.131 0.045 0.129 0.112 0.107 0.125 0.078 0.069 0.043 0.027 46 V 0.081 0.048 0.028 0.045 0.048 0.065 0.115 0.110 0.163 0.145 0.154 47 E 0.108 0.125 0.110 0.237 0.172 0.107 0.069 0.030 0.022 0.013 0.008 48 H 0.138 0.143 0.107 0.210 0.147 0.100 0.069 0.032 0.025 0.016 0.012 49 D 0.166 0.094 0.050 0.106 0.102 0.105 0.124 0.088 0.076 0.050 0.040 50 G 0.498 0.138 0.052 0.092 0.061 0.049 0.051 0.023 0.018 0.011 0.007 51 R 0.086 0.129 0.054 0.200 0.164 0.133 0.120 0.050 0.035 0.019 0.010 52 I 0.005 0.002 0.001 0.004 0.005 0.009 0.029 0.056 0.147 0.213 0.528 53 Q 0.110 0.258 0.118 0.242 0.127 0.070 0.043 0.014 0.009 0.005 0.005 54 I 0.055 0.106 0.068 0.208 0.162 0.143 0.145 0.060 0.033 0.014 0.005 55 G 0.485 0.176 0.066 0.132 0.067 0.030 0.017 0.007 0.007 0.005 0.007 56 D 0.002 0.013 0.013 0.067 0.098 0.135 0.241 0.174 0.135 0.080 0.042 57 Q 0.007 0.038 0.040 0.216 0.250 0.191 0.157 0.054 0.029 0.013 0.006 58 I 0.001 0.002 0.001 0.005 0.005 0.008 0.036 0.077 0.161 0.249 0.455 59 I 0.002 0.004 0.009 0.038 0.063 0.107 0.232 0.182 0.179 0.118 0.065 60 A 0.004 0.021 0.027 0.103 0.109 0.097 0.169 0.144 0.152 0.098 0.075 61 V 0.001 0.002 0.002 0.008 0.014 0.025 0.070 0.117 0.237 0.290 0.234 62 D 0.013 0.061 0.053 0.264 0.238 0.175 0.126 0.041 0.019 0.007 0.003 63 G 0.318 0.211 0.068 0.162 0.093 0.056 0.047 0.020 0.012 0.007 0.005 64 T 0.056 0.102 0.064 0.234 0.199 0.139 0.117 0.046 0.024 0.012 0.006 65 N 0.211 0.308 0.083 0.216 0.108 0.042 0.021 0.006 0.003 0.002 0.001 66 L 0.005 0.003 0.001 0.006 0.010 0.020 0.059 0.088 0.209 0.230 0.369 67 Q 0.130 0.175 0.085 0.217 0.164 0.106 0.080 0.022 0.013 0.005 0.003 68 G 0.347 0.203 0.054 0.178 0.089 0.057 0.042 0.015 0.008 0.004 0.002 69 F 0.007 0.007 0.004 0.022 0.046 0.077 0.193 0.206 0.180 0.145 0.112 70 T 0.030 0.744 0.057 0.097 0.033 0.017 0.010 0.004 0.004 0.002 0.002 71 N 0.012 0.014 0.010 0.078 0.230 0.276 0.218 0.090 0.047 0.019 0.007 72 Q 0.817 0.103 0.025 0.028 0.013 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.018 0.036 0.457 0.290 0.129 0.053 0.012 0.003 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.066 0.201 0.303 0.407 75 V 0.001 0.001 0.017 0.061 0.172 0.353 0.259 0.080 0.039 0.015 0.004 76 E 0.003 0.019 0.693 0.188 0.055 0.023 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.027 0.103 0.367 0.214 0.144 0.088 0.047 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.056 0.195 0.329 0.397 79 R 0.001 0.010 0.140 0.271 0.293 0.166 0.087 0.020 0.008 0.003 0.002 80 H 0.009 0.057 0.503 0.168 0.120 0.091 0.041 0.007 0.003 0.001 0.001 81 T 0.002 0.005 0.003 0.016 0.029 0.083 0.297 0.193 0.163 0.124 0.084 82 G 0.677 0.169 0.035 0.061 0.026 0.014 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 83 Q 0.108 0.128 0.080 0.240 0.161 0.117 0.098 0.036 0.020 0.009 0.005 84 T 0.054 0.141 0.112 0.329 0.204 0.104 0.039 0.010 0.005 0.002 0.001 85 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.088 0.179 0.300 0.252 0.163 86 L 0.004 0.059 0.061 0.412 0.300 0.118 0.035 0.006 0.002 0.001 0.001 87 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.053 0.192 0.350 0.391 88 T 0.005 0.025 0.020 0.298 0.337 0.174 0.101 0.028 0.009 0.002 0.001 89 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.037 0.106 0.258 0.329 0.254 90 M 0.003 0.023 0.025 0.303 0.313 0.175 0.099 0.034 0.017 0.005 0.002 91 R 0.041 0.091 0.035 0.118 0.134 0.149 0.191 0.114 0.077 0.037 0.013 92 R 0.118 0.124 0.060 0.286 0.191 0.106 0.064 0.028 0.015 0.006 0.002 93 G 0.550 0.211 0.038 0.087 0.049 0.027 0.020 0.008 0.005 0.003 0.002 94 E 0.502 0.204 0.045 0.117 0.059 0.033 0.020 0.010 0.006 0.003 0.001 95 T 0.308 0.217 0.051 0.124 0.085 0.065 0.061 0.035 0.029 0.016 0.009 96 S 0.324 0.252 0.065 0.138 0.081 0.054 0.038 0.019 0.015 0.009 0.005 97 V 0.318 0.119 0.045 0.107 0.087 0.075 0.077 0.055 0.057 0.038 0.022