# TARGET T0359 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1947 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.086 0.890 2 M 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.013 0.949 3 S 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.004 0.094 0.842 4 E 0.209 0.002 0.003 0.001 0.005 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.022 0.111 0.533 5 T 0.173 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.006 0.061 0.693 6 F 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.874 0.003 0.012 0.086 7 D 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.233 0.004 0.184 0.543 8 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.001 0.013 0.071 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.867 0.001 0.022 0.086 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.038 0.153 0.037 0.572 0.001 0.021 0.167 11 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.082 0.234 0.025 0.006 0.568 0.001 0.015 0.054 12 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.104 0.021 0.129 0.026 0.011 0.003 0.212 0.002 0.062 0.410 13 N 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.166 0.012 0.009 0.012 0.003 0.001 0.001 0.271 0.007 0.077 0.402 14 V 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.003 0.067 0.714 15 Q 0.082 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.006 0.173 0.671 16 G 0.158 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.026 0.095 0.667 17 L 0.138 0.007 0.030 0.015 0.021 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.026 0.194 0.447 18 G 0.019 0.001 0.003 0.003 0.103 0.055 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.426 0.006 0.097 0.261 19 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.089 0.101 0.033 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.539 0.001 0.049 0.173 20 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 0.020 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.880 0.001 0.011 0.040 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.841 0.001 0.017 0.127 22 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.906 0.002 0.016 0.061 23 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.002 0.005 0.005 0.003 0.007 0.456 0.005 0.088 0.417 24 Y 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.005 0.002 0.005 0.386 0.016 0.118 0.448 25 I 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.003 0.003 0.010 0.008 0.036 0.048 0.196 0.005 0.117 0.538 26 G 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.004 0.002 0.006 0.016 0.004 0.120 0.005 0.093 0.670 27 D 0.161 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.013 0.011 0.009 0.018 0.002 0.005 0.003 0.002 0.076 0.008 0.084 0.592 28 K 0.119 0.016 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.005 0.009 0.003 0.003 0.001 0.030 0.008 0.170 0.614 29 K 0.182 0.018 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.028 0.026 0.203 0.519 30 L 0.329 0.035 0.009 0.007 0.005 0.005 0.012 0.003 0.013 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.017 0.112 0.405 31 E 0.139 0.063 0.003 0.002 0.006 0.006 0.004 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.014 0.165 0.523 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.992 33 S 0.048 0.004 0.002 0.001 0.003 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.011 0.091 0.708 34 G 0.105 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.034 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.246 0.017 0.094 0.482 35 I 0.013 0.003 0.008 0.003 0.011 0.002 0.006 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.536 0.002 0.110 0.287 36 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.834 0.001 0.041 0.107 37 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.731 0.002 0.042 0.213 38 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.935 0.001 0.015 0.041 39 S 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.005 0.003 0.005 0.389 0.005 0.076 0.500 40 I 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.778 0.004 0.030 0.166 41 T 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.011 0.011 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.363 0.004 0.130 0.449 42 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.016 0.953 43 S 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.146 0.006 0.239 0.592 44 S 0.313 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.022 0.100 0.538 45 A 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.004 0.099 0.836 46 V 0.033 0.012 0.003 0.003 0.005 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.009 0.003 0.001 0.001 0.095 0.007 0.193 0.614 47 E 0.139 0.028 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.005 0.202 0.555 48 H 0.191 0.238 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.002 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.009 0.037 0.448 49 D 0.118 0.200 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.033 0.051 0.534 50 G 0.255 0.063 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.062 0.034 0.492 51 R 0.181 0.014 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.034 0.118 0.577 52 I 0.033 0.005 0.013 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.001 0.001 0.175 0.002 0.081 0.649 53 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.108 0.001 0.683 0.184 54 I 0.013 0.006 0.001 0.001 0.008 0.006 0.002 0.001 0.071 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.185 0.002 0.078 0.622 55 G 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.850 0.002 0.017 0.122 56 D 0.834 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.009 0.005 0.131 57 Q 0.184 0.051 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.354 0.014 0.108 0.275 58 I 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.914 0.001 0.018 0.047 59 I 0.001 0.008 0.001 0.001 0.017 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.171 0.066 0.004 0.001 0.645 0.001 0.020 0.055 60 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.003 0.002 0.001 0.016 0.003 0.001 0.015 0.001 0.002 0.001 0.888 0.001 0.011 0.046 61 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.794 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.145 0.001 0.007 0.038 62 D 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.583 0.019 0.055 0.306 63 G 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.077 0.028 0.126 0.731 64 T 0.294 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.005 0.002 0.001 0.035 0.009 0.333 0.296 65 N 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.005 0.139 0.758 66 L 0.004 0.003 0.001 0.003 0.719 0.017 0.004 0.002 0.049 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.019 0.136 67 Q 0.023 0.010 0.003 0.001 0.010 0.066 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 0.003 0.363 0.464 68 G 0.098 0.008 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.028 0.110 0.694 69 F 0.628 0.008 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.012 0.060 0.236 70 T 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.533 0.422 71 N 0.014 0.006 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.006 0.045 0.850 72 Q 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.183 0.781 73 Q 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.832 0.156 74 A 0.004 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.057 75 V 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 76 E 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 77 V 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 78 L 0.004 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 79 R 0.016 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.010 80 H 0.115 0.750 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.001 0.043 81 T 0.204 0.535 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.001 0.112 82 G 0.231 0.114 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.056 0.018 0.554 83 Q 0.005 0.002 0.265 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.002 0.328 0.356 84 T 0.058 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.002 0.139 0.632 85 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.827 0.001 0.050 0.117 86 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.004 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.815 0.001 0.042 0.090 87 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.001 0.007 0.027 88 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.006 0.017 89 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.004 0.006 0.862 0.001 0.015 0.103 90 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.003 0.933 0.001 0.011 0.039 91 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.441 0.004 0.092 0.437 92 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.461 0.009 0.076 0.423 93 G 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.006 0.092 0.769 94 E 0.138 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.008 0.082 0.689 95 T 0.133 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.083 0.009 0.097 0.659 96 S 0.033 0.010 0.001 0.001 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.008 0.092 0.762 97 V 0.064 0.014 0.015 0.005 0.022 0.016 0.006 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.006 0.097 0.649