# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1947 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.030 0.006 0.002 0.013 0.042 0.042 0.043 0.002 0.001 0.002 0.819 2 M 0.048 0.004 0.002 0.016 0.024 0.041 0.049 0.001 0.001 0.004 0.809 3 S 0.062 0.002 0.003 0.018 0.037 0.039 0.148 0.001 0.001 0.010 0.680 4 E 0.112 0.002 0.003 0.030 0.035 0.032 0.201 0.001 0.001 0.012 0.572 5 T 0.092 0.002 0.006 0.050 0.035 0.075 0.144 0.001 0.001 0.016 0.580 6 F 0.029 0.001 0.003 0.274 0.300 0.221 0.090 0.001 0.001 0.006 0.074 7 D 0.007 0.001 0.002 0.124 0.084 0.150 0.085 0.001 0.001 0.003 0.543 8 V 0.001 0.001 0.001 0.270 0.311 0.360 0.009 0.001 0.001 0.001 0.046 9 E 0.001 0.001 0.001 0.251 0.221 0.380 0.035 0.001 0.001 0.001 0.111 10 L 0.001 0.001 0.001 0.133 0.263 0.423 0.018 0.001 0.001 0.002 0.160 11 T 0.001 0.001 0.001 0.148 0.314 0.432 0.020 0.001 0.001 0.001 0.082 12 K 0.002 0.001 0.001 0.058 0.137 0.278 0.044 0.001 0.001 0.003 0.477 13 N 0.008 0.001 0.001 0.067 0.223 0.277 0.111 0.001 0.001 0.007 0.305 14 V 0.017 0.001 0.001 0.023 0.057 0.085 0.103 0.001 0.001 0.011 0.701 15 Q 0.035 0.004 0.001 0.014 0.044 0.045 0.302 0.001 0.001 0.016 0.539 16 G 0.323 0.004 0.002 0.008 0.014 0.019 0.129 0.002 0.001 0.054 0.446 17 L 0.284 0.007 0.016 0.019 0.048 0.039 0.178 0.001 0.001 0.026 0.382 18 G 0.044 0.001 0.015 0.037 0.096 0.114 0.222 0.001 0.001 0.010 0.460 19 I 0.007 0.001 0.014 0.106 0.240 0.325 0.032 0.001 0.001 0.002 0.275 20 T 0.001 0.001 0.001 0.171 0.286 0.440 0.039 0.001 0.001 0.001 0.063 21 I 0.001 0.001 0.001 0.135 0.224 0.418 0.020 0.001 0.001 0.001 0.200 22 A 0.001 0.001 0.001 0.377 0.163 0.360 0.023 0.001 0.001 0.001 0.075 23 G 0.004 0.001 0.001 0.161 0.098 0.194 0.073 0.001 0.001 0.004 0.464 24 Y 0.024 0.002 0.001 0.207 0.097 0.153 0.084 0.001 0.001 0.012 0.420 25 I 0.010 0.002 0.001 0.054 0.087 0.152 0.105 0.001 0.001 0.005 0.583 26 G 0.014 0.004 0.001 0.032 0.072 0.110 0.128 0.001 0.001 0.006 0.633 27 D 0.078 0.016 0.002 0.020 0.050 0.071 0.136 0.001 0.001 0.009 0.617 28 K 0.073 0.030 0.002 0.010 0.028 0.032 0.133 0.002 0.001 0.008 0.684 29 K 0.175 0.030 0.004 0.009 0.032 0.042 0.214 0.003 0.001 0.019 0.473 30 L 0.216 0.047 0.011 0.015 0.028 0.050 0.148 0.004 0.001 0.015 0.466 31 E 0.102 0.045 0.006 0.019 0.052 0.067 0.122 0.004 0.001 0.007 0.575 32 P 0.023 0.005 0.003 0.004 0.006 0.010 0.017 0.001 0.001 0.002 0.929 33 S 0.075 0.008 0.004 0.022 0.060 0.086 0.087 0.002 0.001 0.007 0.647 34 G 0.191 0.005 0.006 0.039 0.044 0.059 0.076 0.002 0.001 0.012 0.565 35 I 0.055 0.006 0.014 0.138 0.150 0.218 0.069 0.001 0.001 0.005 0.346 36 F 0.005 0.002 0.002 0.336 0.216 0.301 0.048 0.001 0.001 0.001 0.089 37 V 0.003 0.004 0.001 0.383 0.145 0.271 0.027 0.001 0.001 0.001 0.165 38 K 0.002 0.004 0.001 0.359 0.222 0.341 0.018 0.001 0.001 0.001 0.053 39 S 0.009 0.006 0.001 0.150 0.192 0.287 0.050 0.001 0.001 0.003 0.300 40 I 0.019 0.008 0.002 0.259 0.175 0.276 0.057 0.002 0.001 0.006 0.195 41 T 0.023 0.007 0.003 0.117 0.133 0.225 0.215 0.003 0.001 0.009 0.265 42 K 0.010 0.003 0.005 0.029 0.019 0.037 0.048 0.001 0.001 0.005 0.844 43 S 0.047 0.005 0.003 0.029 0.028 0.054 0.301 0.002 0.001 0.022 0.509 44 S 0.325 0.006 0.005 0.006 0.005 0.007 0.192 0.001 0.001 0.032 0.422 45 A 0.020 0.010 0.004 0.003 0.004 0.003 0.070 0.001 0.001 0.002 0.883 46 V 0.027 0.013 0.001 0.014 0.033 0.083 0.500 0.001 0.001 0.016 0.312 47 E 0.152 0.135 0.001 0.048 0.081 0.173 0.199 0.003 0.001 0.019 0.188 48 H 0.128 0.402 0.001 0.005 0.026 0.028 0.042 0.005 0.001 0.003 0.360 49 D 0.232 0.368 0.004 0.007 0.039 0.068 0.064 0.014 0.001 0.012 0.192 50 G 0.454 0.081 0.015 0.012 0.035 0.033 0.098 0.046 0.001 0.030 0.195 51 R 0.135 0.043 0.488 0.019 0.024 0.023 0.080 0.005 0.001 0.007 0.175 52 I 0.018 0.023 0.027 0.128 0.145 0.189 0.098 0.004 0.001 0.004 0.364 53 Q 0.029 0.011 0.003 0.141 0.203 0.249 0.081 0.001 0.001 0.004 0.277 54 I 0.009 0.009 0.001 0.035 0.060 0.069 0.051 0.001 0.001 0.002 0.764 55 G 0.020 0.015 0.001 0.145 0.108 0.280 0.132 0.002 0.001 0.014 0.281 56 D 0.132 0.012 0.005 0.091 0.105 0.142 0.153 0.003 0.001 0.050 0.308 57 Q 0.056 0.014 0.006 0.236 0.187 0.187 0.124 0.002 0.001 0.016 0.172 58 I 0.032 0.009 0.009 0.168 0.240 0.328 0.058 0.001 0.001 0.007 0.146 59 I 0.002 0.003 0.001 0.317 0.324 0.315 0.014 0.001 0.001 0.001 0.023 60 A 0.001 0.004 0.001 0.189 0.235 0.342 0.034 0.001 0.001 0.001 0.194 61 V 0.004 0.003 0.001 0.203 0.276 0.464 0.014 0.001 0.001 0.002 0.032 62 D 0.004 0.004 0.001 0.064 0.109 0.282 0.195 0.001 0.001 0.004 0.337 63 G 0.044 0.002 0.002 0.073 0.069 0.101 0.123 0.002 0.001 0.039 0.544 64 T 0.130 0.004 0.054 0.085 0.054 0.074 0.300 0.001 0.001 0.046 0.252 65 N 0.016 0.004 0.002 0.069 0.073 0.058 0.217 0.001 0.001 0.006 0.554 66 L 0.023 0.006 0.004 0.078 0.088 0.154 0.095 0.001 0.001 0.008 0.542 67 Q 0.029 0.017 0.001 0.082 0.104 0.208 0.233 0.001 0.001 0.007 0.317 68 G 0.093 0.008 0.002 0.015 0.008 0.017 0.111 0.003 0.001 0.012 0.731 69 F 0.352 0.020 0.053 0.099 0.036 0.066 0.117 0.002 0.001 0.026 0.228 70 T 0.018 0.009 0.004 0.043 0.027 0.029 0.478 0.001 0.001 0.003 0.389 71 N 0.003 0.005 0.001 0.015 0.002 0.003 0.030 0.001 0.001 0.001 0.940 72 Q 0.003 0.025 0.001 0.012 0.004 0.009 0.258 0.001 0.001 0.003 0.685 73 Q 0.008 0.017 0.001 0.001 0.001 0.002 0.865 0.001 0.001 0.013 0.094 74 A 0.033 0.849 0.001 0.003 0.001 0.003 0.031 0.001 0.001 0.001 0.077 75 V 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 76 E 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 77 V 0.014 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 78 L 0.014 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 79 R 0.024 0.954 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.008 80 H 0.084 0.805 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.050 0.001 0.001 0.052 81 T 0.216 0.405 0.005 0.002 0.003 0.001 0.002 0.176 0.001 0.001 0.191 82 G 0.270 0.102 0.029 0.007 0.003 0.003 0.016 0.048 0.001 0.005 0.518 83 Q 0.054 0.011 0.312 0.014 0.009 0.009 0.091 0.006 0.001 0.003 0.490 84 T 0.082 0.004 0.026 0.099 0.021 0.029 0.099 0.001 0.001 0.004 0.634 85 V 0.034 0.002 0.014 0.409 0.124 0.138 0.068 0.001 0.001 0.003 0.208 86 L 0.002 0.001 0.001 0.536 0.156 0.222 0.026 0.001 0.001 0.001 0.056 87 L 0.001 0.001 0.001 0.528 0.189 0.245 0.007 0.001 0.001 0.001 0.031 88 T 0.001 0.001 0.001 0.504 0.188 0.271 0.008 0.001 0.001 0.001 0.028 89 L 0.001 0.001 0.001 0.363 0.194 0.335 0.013 0.001 0.001 0.001 0.093 90 M 0.001 0.001 0.001 0.303 0.235 0.366 0.018 0.001 0.001 0.001 0.073 91 R 0.003 0.001 0.001 0.093 0.163 0.360 0.048 0.001 0.001 0.003 0.328 92 R 0.006 0.001 0.001 0.056 0.094 0.195 0.050 0.001 0.001 0.004 0.592 93 G 0.014 0.002 0.001 0.020 0.045 0.086 0.083 0.001 0.001 0.005 0.743 94 E 0.081 0.004 0.003 0.014 0.026 0.041 0.080 0.001 0.001 0.009 0.742 95 T 0.072 0.009 0.002 0.014 0.029 0.040 0.079 0.001 0.001 0.005 0.750 96 S 0.097 0.010 0.003 0.015 0.035 0.044 0.074 0.001 0.001 0.005 0.717 97 V 0.056 0.013 0.004 0.017 0.036 0.066 0.068 0.001 0.001 0.004 0.735