# TARGET T0359 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1947 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.120 0.274 0.142 0.022 0.240 0.015 0.037 0.046 0.028 0.038 0.040 2 M 0.119 0.187 0.072 0.025 0.170 0.023 0.051 0.101 0.123 0.080 0.049 3 S 0.114 0.105 0.052 0.041 0.137 0.066 0.080 0.075 0.116 0.149 0.066 4 E 0.129 0.245 0.086 0.013 0.395 0.009 0.014 0.020 0.021 0.046 0.023 5 T 0.470 0.046 0.008 0.003 0.376 0.005 0.007 0.004 0.004 0.014 0.062 6 F 0.090 0.290 0.034 0.009 0.551 0.006 0.003 0.002 0.001 0.002 0.011 7 D 0.485 0.017 0.001 0.001 0.454 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 8 V 0.185 0.090 0.004 0.001 0.713 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 9 E 0.193 0.082 0.004 0.001 0.704 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 10 L 0.395 0.084 0.010 0.002 0.436 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.066 11 T 0.210 0.167 0.042 0.006 0.487 0.003 0.005 0.003 0.002 0.018 0.056 12 K 0.115 0.125 0.031 0.099 0.176 0.162 0.099 0.062 0.043 0.044 0.045 13 N 0.122 0.160 0.262 0.069 0.183 0.015 0.017 0.035 0.036 0.046 0.055 14 V 0.115 0.072 0.035 0.063 0.094 0.068 0.070 0.157 0.152 0.115 0.060 15 Q 0.014 0.151 0.158 0.177 0.050 0.083 0.139 0.071 0.068 0.078 0.012 16 G 0.063 0.052 0.080 0.217 0.039 0.104 0.039 0.036 0.036 0.251 0.084 17 L 0.119 0.189 0.083 0.066 0.198 0.043 0.034 0.030 0.033 0.121 0.083 18 G 0.200 0.092 0.098 0.121 0.224 0.048 0.013 0.010 0.010 0.071 0.114 19 I 0.277 0.135 0.016 0.001 0.543 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 20 T 0.195 0.173 0.018 0.001 0.589 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.014 21 I 0.600 0.023 0.007 0.003 0.232 0.003 0.003 0.003 0.002 0.010 0.116 22 A 0.053 0.051 0.044 0.277 0.073 0.231 0.140 0.032 0.024 0.042 0.033 23 G 0.039 0.108 0.221 0.336 0.060 0.061 0.016 0.015 0.020 0.082 0.042 24 Y 0.109 0.184 0.201 0.086 0.203 0.023 0.017 0.040 0.030 0.068 0.039 25 I 0.060 0.086 0.039 0.104 0.072 0.158 0.159 0.131 0.090 0.061 0.040 26 G 0.033 0.062 0.122 0.269 0.047 0.084 0.034 0.026 0.044 0.202 0.076 27 D 0.152 0.122 0.063 0.029 0.250 0.015 0.023 0.060 0.084 0.136 0.066 28 K 0.062 0.123 0.060 0.023 0.111 0.031 0.057 0.181 0.214 0.106 0.031 29 K 0.118 0.106 0.050 0.025 0.154 0.028 0.111 0.126 0.083 0.134 0.065 30 L 0.153 0.125 0.050 0.025 0.136 0.032 0.050 0.072 0.082 0.164 0.110 31 E 0.054 0.232 0.275 0.069 0.150 0.030 0.030 0.055 0.035 0.046 0.024 32 P 0.077 0.113 0.132 0.062 0.095 0.056 0.068 0.188 0.102 0.080 0.026 33 S 0.025 0.119 0.160 0.136 0.051 0.051 0.090 0.119 0.078 0.138 0.033 34 G 0.037 0.139 0.205 0.313 0.084 0.048 0.011 0.018 0.020 0.083 0.043 35 I 0.220 0.163 0.019 0.001 0.576 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.014 36 F 0.076 0.431 0.039 0.001 0.445 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 37 V 0.677 0.012 0.003 0.001 0.202 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.099 38 K 0.010 0.032 0.009 0.075 0.039 0.446 0.267 0.066 0.042 0.009 0.005 39 S 0.289 0.128 0.023 0.001 0.456 0.001 0.001 0.004 0.007 0.033 0.059 40 I 0.409 0.088 0.010 0.017 0.278 0.011 0.005 0.010 0.015 0.032 0.125 41 T 0.032 0.198 0.315 0.172 0.165 0.031 0.014 0.022 0.024 0.017 0.011 42 K 0.044 0.052 0.029 0.076 0.050 0.150 0.263 0.194 0.070 0.043 0.029 43 S 0.055 0.064 0.060 0.090 0.070 0.021 0.025 0.037 0.049 0.423 0.106 44 S 0.057 0.303 0.294 0.072 0.133 0.017 0.012 0.049 0.018 0.023 0.022 45 A 0.054 0.147 0.060 0.010 0.150 0.008 0.017 0.315 0.153 0.055 0.030 46 V 0.052 0.095 0.024 0.009 0.106 0.016 0.038 0.357 0.209 0.071 0.023 47 E 0.052 0.045 0.050 0.014 0.041 0.019 0.072 0.484 0.138 0.056 0.028 48 H 0.023 0.041 0.065 0.040 0.031 0.054 0.127 0.333 0.131 0.132 0.021 49 D 0.031 0.481 0.127 0.068 0.119 0.028 0.039 0.043 0.023 0.029 0.014 50 G 0.024 0.033 0.041 0.038 0.021 0.018 0.006 0.030 0.073 0.566 0.150 51 R 0.073 0.303 0.056 0.007 0.197 0.009 0.042 0.107 0.100 0.081 0.025 52 I 0.304 0.171 0.017 0.002 0.335 0.001 0.002 0.013 0.019 0.034 0.104 53 Q 0.008 0.196 0.665 0.037 0.060 0.006 0.002 0.007 0.010 0.009 0.001 54 I 0.016 0.011 0.014 0.030 0.010 0.096 0.460 0.286 0.058 0.008 0.011 55 G 0.036 0.032 0.050 0.124 0.024 0.025 0.018 0.010 0.031 0.441 0.208 56 D 0.218 0.294 0.045 0.001 0.394 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.028 57 Q 0.036 0.494 0.041 0.001 0.425 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 I 0.771 0.004 0.001 0.001 0.155 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 59 I 0.048 0.115 0.011 0.089 0.242 0.406 0.047 0.010 0.008 0.006 0.017 60 A 0.412 0.063 0.010 0.001 0.465 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.039 61 V 0.172 0.014 0.009 0.332 0.043 0.278 0.020 0.012 0.010 0.030 0.082 62 D 0.001 0.015 0.042 0.824 0.006 0.065 0.033 0.009 0.003 0.001 0.001 63 G 0.016 0.008 0.027 0.077 0.008 0.014 0.006 0.018 0.054 0.668 0.105 64 T 0.006 0.602 0.241 0.012 0.107 0.002 0.005 0.012 0.008 0.003 0.001 65 N 0.400 0.101 0.013 0.001 0.360 0.001 0.004 0.007 0.003 0.007 0.103 66 L 0.215 0.060 0.034 0.038 0.168 0.046 0.034 0.040 0.108 0.109 0.148 67 Q 0.002 0.007 0.006 0.060 0.004 0.185 0.417 0.221 0.074 0.021 0.003 68 G 0.041 0.030 0.050 0.023 0.023 0.006 0.005 0.018 0.030 0.639 0.134 69 F 0.075 0.431 0.093 0.008 0.341 0.003 0.003 0.011 0.005 0.017 0.014 70 T 0.008 0.625 0.295 0.004 0.041 0.001 0.001 0.018 0.002 0.004 0.002 71 N 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.820 0.158 0.006 0.003 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.042 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.037 0.006 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 75 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.026 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.011 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.028 0.003 0.001 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.918 0.074 0.004 0.001 79 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.901 0.076 0.002 0.001 80 H 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.171 0.601 0.124 0.081 0.003 81 T 0.019 0.567 0.239 0.006 0.161 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 82 G 0.023 0.008 0.008 0.034 0.005 0.028 0.017 0.060 0.119 0.532 0.166 83 Q 0.024 0.435 0.170 0.014 0.171 0.008 0.013 0.055 0.046 0.055 0.008 84 T 0.263 0.052 0.003 0.001 0.571 0.002 0.007 0.017 0.020 0.030 0.034 85 V 0.190 0.157 0.014 0.001 0.620 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 86 L 0.229 0.038 0.003 0.001 0.707 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 87 L 0.285 0.058 0.006 0.001 0.631 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 88 T 0.141 0.144 0.007 0.001 0.691 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 89 L 0.374 0.074 0.014 0.002 0.444 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.078 90 M 0.136 0.309 0.086 0.009 0.364 0.005 0.011 0.009 0.007 0.021 0.042 91 R 0.113 0.257 0.248 0.052 0.233 0.028 0.017 0.008 0.006 0.013 0.027 92 R 0.027 0.074 0.075 0.210 0.042 0.112 0.177 0.114 0.090 0.056 0.023 93 G 0.021 0.102 0.201 0.278 0.046 0.090 0.036 0.042 0.063 0.096 0.027 94 E 0.097 0.148 0.051 0.027 0.193 0.028 0.049 0.078 0.111 0.162 0.054 95 T 0.092 0.181 0.097 0.035 0.191 0.025 0.045 0.092 0.090 0.096 0.056 96 S 0.156 0.145 0.068 0.021 0.219 0.020 0.046 0.097 0.068 0.091 0.070 97 V 0.108 0.205 0.076 0.021 0.188 0.020 0.030 0.121 0.091 0.092 0.047