# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1947 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.531 0.187 0.134 0.065 0.043 0.021 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 2 M 0.238 0.137 0.148 0.168 0.160 0.075 0.035 0.018 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 3 S 0.292 0.179 0.127 0.147 0.108 0.061 0.039 0.025 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 4 E 0.258 0.202 0.170 0.138 0.104 0.058 0.032 0.018 0.010 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 5 T 0.050 0.061 0.079 0.131 0.169 0.149 0.133 0.100 0.060 0.038 0.018 0.007 0.003 0.002 6 F 0.017 0.017 0.031 0.065 0.100 0.136 0.152 0.148 0.109 0.108 0.068 0.029 0.014 0.007 7 D 0.012 0.019 0.032 0.062 0.111 0.104 0.117 0.157 0.122 0.110 0.076 0.045 0.019 0.015 8 V 0.005 0.002 0.003 0.006 0.009 0.025 0.038 0.074 0.114 0.206 0.188 0.187 0.110 0.034 9 E 0.007 0.012 0.024 0.066 0.097 0.084 0.123 0.180 0.149 0.112 0.064 0.048 0.018 0.015 10 L 0.004 0.003 0.004 0.011 0.018 0.050 0.060 0.138 0.145 0.219 0.175 0.108 0.050 0.015 11 T 0.024 0.040 0.065 0.137 0.179 0.149 0.119 0.105 0.104 0.044 0.018 0.010 0.003 0.003 12 K 0.059 0.078 0.090 0.181 0.164 0.114 0.087 0.083 0.066 0.043 0.025 0.007 0.002 0.001 13 N 0.218 0.241 0.186 0.134 0.086 0.065 0.030 0.016 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 14 V 0.209 0.251 0.175 0.150 0.100 0.049 0.027 0.018 0.013 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 15 Q 0.243 0.277 0.203 0.114 0.070 0.041 0.027 0.013 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 16 G 0.157 0.162 0.168 0.104 0.129 0.111 0.075 0.038 0.027 0.012 0.013 0.002 0.002 0.001 17 L 0.008 0.010 0.021 0.050 0.116 0.124 0.144 0.161 0.114 0.110 0.081 0.033 0.020 0.009 18 G 0.006 0.010 0.013 0.034 0.057 0.076 0.114 0.148 0.141 0.125 0.121 0.094 0.036 0.024 19 I 0.002 0.002 0.003 0.006 0.008 0.017 0.036 0.089 0.149 0.200 0.208 0.179 0.073 0.030 20 T 0.002 0.003 0.005 0.011 0.019 0.032 0.055 0.162 0.173 0.171 0.158 0.114 0.060 0.035 21 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.016 0.024 0.059 0.098 0.183 0.224 0.218 0.112 0.051 22 A 0.006 0.011 0.020 0.043 0.065 0.084 0.130 0.148 0.154 0.141 0.091 0.062 0.025 0.020 23 G 0.014 0.025 0.034 0.062 0.091 0.118 0.129 0.139 0.135 0.102 0.089 0.038 0.013 0.011 24 Y 0.025 0.045 0.066 0.104 0.138 0.162 0.145 0.137 0.088 0.046 0.028 0.010 0.004 0.002 25 I 0.098 0.129 0.125 0.146 0.149 0.113 0.083 0.068 0.046 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 26 G 0.244 0.184 0.170 0.133 0.106 0.072 0.040 0.024 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 27 D 0.364 0.199 0.156 0.114 0.080 0.040 0.021 0.011 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 28 K 0.457 0.224 0.138 0.090 0.047 0.022 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 K 0.494 0.230 0.142 0.063 0.036 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.221 0.146 0.142 0.156 0.140 0.088 0.053 0.030 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 31 E 0.326 0.247 0.153 0.101 0.071 0.044 0.028 0.018 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 32 P 0.147 0.154 0.157 0.132 0.143 0.104 0.065 0.046 0.024 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 33 S 0.028 0.037 0.062 0.110 0.172 0.164 0.150 0.088 0.071 0.059 0.032 0.016 0.006 0.004 34 G 0.011 0.016 0.027 0.054 0.097 0.133 0.143 0.112 0.122 0.112 0.094 0.046 0.018 0.014 35 I 0.005 0.004 0.007 0.017 0.023 0.051 0.079 0.103 0.156 0.150 0.189 0.123 0.058 0.035 36 F 0.002 0.003 0.005 0.012 0.020 0.035 0.060 0.125 0.174 0.157 0.178 0.132 0.061 0.035 37 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.018 0.035 0.128 0.140 0.167 0.205 0.158 0.108 0.026 38 K 0.013 0.019 0.026 0.045 0.056 0.072 0.101 0.169 0.135 0.133 0.109 0.060 0.040 0.024 39 S 0.016 0.028 0.044 0.072 0.128 0.118 0.127 0.112 0.124 0.105 0.064 0.037 0.012 0.014 40 I 0.010 0.012 0.021 0.045 0.082 0.133 0.166 0.168 0.142 0.114 0.061 0.028 0.012 0.005 41 T 0.042 0.088 0.132 0.156 0.151 0.156 0.120 0.072 0.048 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 42 K 0.132 0.107 0.130 0.131 0.172 0.115 0.078 0.064 0.037 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 43 S 0.140 0.169 0.165 0.156 0.160 0.078 0.052 0.042 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 44 S 0.189 0.139 0.129 0.152 0.139 0.108 0.060 0.040 0.022 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 45 A 0.128 0.104 0.122 0.164 0.197 0.130 0.070 0.036 0.031 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 46 V 0.178 0.089 0.095 0.163 0.143 0.133 0.096 0.036 0.029 0.018 0.014 0.004 0.002 0.001 47 E 0.386 0.307 0.152 0.077 0.035 0.020 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 H 0.215 0.130 0.163 0.127 0.150 0.099 0.051 0.030 0.018 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 49 D 0.211 0.157 0.150 0.171 0.152 0.067 0.043 0.023 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 50 G 0.426 0.156 0.113 0.089 0.075 0.059 0.032 0.022 0.013 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 51 R 0.083 0.082 0.123 0.206 0.237 0.115 0.067 0.038 0.027 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 52 I 0.036 0.023 0.036 0.081 0.125 0.168 0.162 0.140 0.091 0.082 0.029 0.016 0.009 0.002 53 Q 0.051 0.079 0.095 0.160 0.165 0.148 0.113 0.083 0.052 0.030 0.013 0.006 0.002 0.001 54 I 0.034 0.029 0.049 0.083 0.114 0.140 0.125 0.122 0.101 0.090 0.065 0.032 0.010 0.006 55 G 0.023 0.033 0.044 0.086 0.129 0.130 0.118 0.117 0.118 0.090 0.056 0.033 0.014 0.008 56 D 0.015 0.016 0.026 0.048 0.058 0.079 0.127 0.171 0.163 0.129 0.081 0.049 0.024 0.014 57 Q 0.008 0.009 0.018 0.036 0.062 0.094 0.110 0.207 0.160 0.138 0.082 0.037 0.023 0.016 58 I 0.007 0.005 0.007 0.013 0.031 0.049 0.058 0.082 0.131 0.156 0.158 0.151 0.099 0.052 59 I 0.015 0.012 0.019 0.047 0.052 0.073 0.127 0.117 0.137 0.140 0.115 0.078 0.042 0.025 60 A 0.026 0.039 0.056 0.089 0.105 0.123 0.147 0.122 0.121 0.058 0.070 0.026 0.010 0.009 61 V 0.018 0.015 0.023 0.039 0.068 0.130 0.131 0.171 0.133 0.104 0.092 0.042 0.026 0.007 62 D 0.079 0.108 0.112 0.144 0.163 0.120 0.100 0.078 0.046 0.025 0.013 0.007 0.003 0.002 63 G 0.101 0.096 0.125 0.148 0.194 0.115 0.080 0.050 0.044 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 64 T 0.180 0.151 0.141 0.159 0.124 0.095 0.060 0.038 0.027 0.013 0.009 0.002 0.001 0.001 65 N 0.261 0.184 0.145 0.121 0.099 0.077 0.052 0.029 0.018 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 66 L 0.062 0.048 0.067 0.108 0.171 0.173 0.139 0.107 0.065 0.035 0.016 0.005 0.002 0.001 67 Q 0.221 0.163 0.149 0.155 0.124 0.090 0.050 0.024 0.012 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 68 G 0.466 0.184 0.147 0.075 0.059 0.030 0.019 0.009 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 69 F 0.224 0.125 0.122 0.164 0.146 0.097 0.058 0.034 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 70 T 0.247 0.184 0.164 0.133 0.103 0.076 0.046 0.024 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 71 N 0.064 0.058 0.098 0.153 0.197 0.181 0.117 0.067 0.040 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.455 0.279 0.143 0.060 0.037 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.137 0.247 0.221 0.179 0.122 0.053 0.023 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.007 0.008 0.015 0.053 0.112 0.194 0.270 0.242 0.082 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 75 V 0.015 0.043 0.110 0.219 0.238 0.174 0.116 0.048 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 76 E 0.587 0.301 0.087 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.014 0.037 0.091 0.198 0.264 0.202 0.120 0.056 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.007 0.010 0.031 0.098 0.197 0.206 0.242 0.128 0.062 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 79 R 0.314 0.287 0.187 0.117 0.056 0.025 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 H 0.394 0.228 0.162 0.112 0.058 0.026 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 T 0.047 0.062 0.101 0.218 0.233 0.169 0.092 0.045 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 82 G 0.177 0.234 0.201 0.142 0.107 0.066 0.040 0.020 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 Q 0.179 0.148 0.159 0.152 0.146 0.097 0.061 0.027 0.016 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 84 T 0.032 0.053 0.078 0.141 0.196 0.178 0.138 0.067 0.051 0.031 0.021 0.007 0.004 0.003 85 V 0.005 0.004 0.010 0.020 0.045 0.084 0.121 0.123 0.160 0.157 0.126 0.082 0.042 0.020 86 L 0.004 0.006 0.011 0.034 0.061 0.075 0.118 0.186 0.148 0.129 0.104 0.067 0.032 0.024 87 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.017 0.043 0.093 0.157 0.260 0.240 0.126 0.045 88 T 0.003 0.003 0.006 0.017 0.029 0.038 0.074 0.175 0.189 0.180 0.118 0.095 0.043 0.030 89 L 0.002 0.002 0.002 0.005 0.009 0.022 0.038 0.118 0.147 0.200 0.222 0.139 0.071 0.023 90 M 0.009 0.016 0.029 0.059 0.090 0.138 0.152 0.170 0.143 0.094 0.050 0.029 0.012 0.008 91 R 0.047 0.064 0.070 0.113 0.153 0.122 0.113 0.095 0.091 0.069 0.041 0.015 0.005 0.004 92 R 0.101 0.118 0.154 0.145 0.151 0.121 0.084 0.053 0.042 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 93 G 0.278 0.178 0.152 0.120 0.101 0.071 0.042 0.028 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 94 E 0.342 0.192 0.176 0.110 0.090 0.040 0.023 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 95 T 0.376 0.150 0.121 0.110 0.100 0.062 0.036 0.023 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 96 S 0.305 0.177 0.140 0.119 0.109 0.062 0.042 0.024 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 97 V 0.137 0.072 0.085 0.119 0.141 0.149 0.117 0.081 0.041 0.032 0.015 0.007 0.003 0.001