# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1676 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.002 0.002 0.024 0.027 0.123 0.004 0.032 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.019 0.058 0.073 0.209 0.403 0.001 2 M 0.001 0.001 0.063 0.033 0.057 0.001 0.033 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.010 0.397 0.058 0.115 0.203 0.001 3 S 0.002 0.004 0.041 0.033 0.097 0.013 0.404 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.071 0.061 0.077 0.160 0.001 4 E 0.006 0.013 0.143 0.159 0.075 0.003 0.083 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.038 0.023 0.065 0.065 0.130 0.182 0.003 5 T 0.013 0.036 0.016 0.025 0.687 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.008 0.002 0.013 0.063 0.009 0.019 0.040 0.038 0.003 6 F 0.066 0.107 0.322 0.253 0.034 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.023 0.007 0.129 0.005 0.004 0.003 0.008 0.014 0.008 7 D 0.097 0.142 0.009 0.025 0.475 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.019 0.040 0.013 0.013 0.055 0.001 0.002 0.009 0.003 0.050 8 V 0.212 0.248 0.090 0.056 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.027 0.107 0.024 0.141 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 9 E 0.224 0.299 0.027 0.082 0.104 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.028 0.069 0.018 0.014 0.016 0.001 0.001 0.003 0.002 0.051 10 L 0.266 0.276 0.040 0.043 0.158 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.020 0.063 0.014 0.048 0.014 0.002 0.001 0.004 0.002 0.025 11 T 0.242 0.240 0.089 0.161 0.085 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.015 0.041 0.013 0.050 0.008 0.003 0.002 0.008 0.008 0.018 12 K 0.174 0.089 0.049 0.073 0.458 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.015 0.006 0.032 0.018 0.029 0.007 0.013 0.016 0.004 13 N 0.055 0.062 0.133 0.166 0.163 0.002 0.053 0.004 0.001 0.001 0.005 0.006 0.012 0.009 0.079 0.016 0.037 0.037 0.067 0.089 0.004 14 V 0.020 0.015 0.079 0.060 0.196 0.003 0.032 0.005 0.004 0.004 0.002 0.002 0.003 0.003 0.046 0.028 0.236 0.054 0.079 0.127 0.001 15 Q 0.007 0.010 0.043 0.055 0.079 0.014 0.269 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.053 0.020 0.228 0.033 0.039 0.127 0.001 16 G 0.009 0.016 0.042 0.045 0.105 0.008 0.305 0.005 0.002 0.004 0.005 0.004 0.005 0.006 0.026 0.031 0.074 0.139 0.070 0.095 0.004 17 L 0.023 0.037 0.107 0.059 0.174 0.002 0.042 0.003 0.001 0.001 0.012 0.008 0.018 0.014 0.082 0.071 0.062 0.038 0.069 0.169 0.009 18 G 0.057 0.111 0.108 0.084 0.158 0.002 0.020 0.003 0.001 0.001 0.028 0.019 0.052 0.043 0.113 0.035 0.023 0.029 0.034 0.033 0.047 19 I 0.107 0.120 0.040 0.035 0.167 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.055 0.040 0.084 0.092 0.070 0.096 0.005 0.005 0.022 0.009 0.045 20 T 0.119 0.103 0.115 0.076 0.031 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.045 0.036 0.122 0.159 0.122 0.013 0.004 0.002 0.010 0.005 0.032 21 I 0.082 0.088 0.015 0.046 0.103 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.034 0.053 0.095 0.273 0.052 0.107 0.006 0.004 0.009 0.005 0.023 22 A 0.065 0.076 0.064 0.083 0.044 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.025 0.034 0.081 0.224 0.205 0.028 0.012 0.005 0.012 0.013 0.012 23 G 0.044 0.071 0.044 0.081 0.179 0.002 0.028 0.004 0.001 0.001 0.013 0.016 0.035 0.105 0.093 0.130 0.028 0.045 0.023 0.051 0.008 24 Y 0.037 0.034 0.112 0.090 0.130 0.004 0.031 0.005 0.002 0.001 0.013 0.012 0.019 0.037 0.127 0.059 0.045 0.038 0.071 0.125 0.007 25 I 0.019 0.013 0.072 0.050 0.173 0.003 0.030 0.006 0.002 0.001 0.004 0.004 0.009 0.013 0.085 0.059 0.162 0.053 0.096 0.144 0.002 26 G 0.006 0.006 0.064 0.058 0.096 0.007 0.082 0.009 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.069 0.031 0.098 0.070 0.116 0.267 0.001 27 D 0.003 0.003 0.040 0.044 0.087 0.004 0.033 0.008 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.022 0.020 0.155 0.059 0.231 0.279 0.001 28 K 0.002 0.003 0.027 0.027 0.093 0.014 0.096 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.017 0.366 0.090 0.063 0.160 0.001 29 K 0.004 0.004 0.051 0.044 0.084 0.028 0.228 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.012 0.167 0.070 0.106 0.158 0.001 30 L 0.004 0.004 0.037 0.034 0.127 0.004 0.082 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.021 0.191 0.117 0.152 0.176 0.001 31 E 0.003 0.005 0.087 0.067 0.058 0.003 0.047 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 0.015 0.116 0.041 0.166 0.334 0.001 32 P 0.004 0.005 0.032 0.042 0.130 0.003 0.059 0.004 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.014 0.049 0.154 0.068 0.150 0.269 0.001 33 S 0.005 0.010 0.060 0.054 0.072 0.005 0.187 0.006 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.004 0.052 0.042 0.166 0.074 0.060 0.187 0.004 34 G 0.024 0.056 0.047 0.031 0.247 0.003 0.121 0.007 0.001 0.001 0.012 0.010 0.025 0.019 0.054 0.128 0.027 0.069 0.050 0.053 0.017 35 I 0.107 0.132 0.158 0.071 0.073 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.027 0.025 0.095 0.077 0.103 0.047 0.006 0.008 0.024 0.010 0.027 36 F 0.174 0.118 0.053 0.040 0.117 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.053 0.057 0.107 0.120 0.048 0.042 0.004 0.002 0.012 0.003 0.045 37 V 0.160 0.117 0.053 0.056 0.048 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.024 0.056 0.115 0.170 0.145 0.016 0.006 0.001 0.005 0.002 0.019 38 K 0.095 0.130 0.032 0.073 0.070 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.025 0.036 0.112 0.245 0.106 0.027 0.007 0.003 0.003 0.006 0.013 39 S 0.084 0.114 0.077 0.139 0.118 0.002 0.013 0.005 0.001 0.001 0.026 0.026 0.043 0.086 0.130 0.046 0.017 0.015 0.018 0.024 0.016 40 I 0.060 0.074 0.042 0.061 0.306 0.001 0.021 0.003 0.002 0.001 0.008 0.008 0.023 0.022 0.110 0.085 0.046 0.042 0.031 0.051 0.004 41 T 0.016 0.010 0.118 0.116 0.040 0.002 0.010 0.003 0.003 0.001 0.004 0.004 0.004 0.007 0.099 0.020 0.024 0.017 0.141 0.359 0.002 42 K 0.001 0.001 0.006 0.007 0.103 0.002 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.023 0.667 0.027 0.037 0.088 0.001 43 S 0.001 0.002 0.015 0.014 0.015 0.014 0.578 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.010 0.082 0.085 0.034 0.086 0.001 44 S 0.003 0.004 0.057 0.026 0.054 0.004 0.042 0.049 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.015 0.020 0.102 0.115 0.185 0.314 0.001 45 A 0.006 0.011 0.044 0.029 0.215 0.004 0.038 0.100 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.023 0.284 0.086 0.061 0.074 0.002 46 V 0.014 0.020 0.067 0.041 0.088 0.013 0.191 0.299 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.028 0.010 0.121 0.034 0.032 0.022 0.002 47 E 0.023 0.022 0.087 0.069 0.076 0.017 0.114 0.322 0.010 0.003 0.003 0.003 0.007 0.008 0.038 0.009 0.096 0.021 0.043 0.028 0.002 48 H 0.019 0.016 0.032 0.060 0.080 0.006 0.136 0.039 0.101 0.038 0.003 0.005 0.013 0.013 0.023 0.025 0.281 0.037 0.031 0.038 0.002 49 D 0.005 0.007 0.011 0.015 0.097 0.002 0.557 0.008 0.003 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.016 0.028 0.059 0.017 0.044 0.119 0.001 50 G 0.009 0.011 0.100 0.033 0.107 0.005 0.127 0.008 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.018 0.012 0.034 0.436 0.032 0.051 0.004 51 R 0.031 0.027 0.142 0.057 0.303 0.003 0.013 0.007 0.002 0.001 0.005 0.004 0.009 0.007 0.034 0.094 0.058 0.040 0.102 0.054 0.009 52 I 0.028 0.046 0.129 0.112 0.253 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.005 0.005 0.025 0.010 0.170 0.014 0.026 0.013 0.076 0.069 0.005 53 Q 0.014 0.020 0.133 0.166 0.166 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.011 0.007 0.005 0.004 0.047 0.035 0.025 0.023 0.094 0.227 0.007 54 I 0.007 0.007 0.031 0.030 0.212 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.002 0.048 0.041 0.460 0.018 0.022 0.092 0.002 55 G 0.012 0.032 0.051 0.058 0.098 0.005 0.523 0.007 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.006 0.055 0.021 0.028 0.030 0.017 0.039 0.003 56 D 0.129 0.162 0.127 0.074 0.279 0.001 0.033 0.006 0.001 0.001 0.009 0.007 0.019 0.006 0.016 0.033 0.012 0.027 0.031 0.021 0.007 57 Q 0.217 0.195 0.207 0.143 0.075 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.007 0.011 0.045 0.009 0.030 0.007 0.007 0.004 0.012 0.006 0.014 58 I 0.237 0.258 0.015 0.025 0.339 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.011 0.020 0.030 0.010 0.007 0.014 0.002 0.002 0.004 0.002 0.017 59 I 0.257 0.256 0.130 0.132 0.016 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.012 0.014 0.070 0.033 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 60 A 0.213 0.328 0.013 0.046 0.198 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.030 0.020 0.053 0.031 0.009 0.011 0.002 0.002 0.004 0.001 0.034 61 V 0.268 0.184 0.118 0.095 0.037 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.018 0.031 0.061 0.027 0.103 0.006 0.006 0.002 0.007 0.006 0.022 62 D 0.097 0.060 0.031 0.048 0.489 0.001 0.013 0.002 0.002 0.001 0.007 0.005 0.012 0.007 0.050 0.028 0.062 0.004 0.014 0.061 0.007 63 G 0.039 0.051 0.050 0.035 0.320 0.003 0.134 0.004 0.001 0.001 0.007 0.006 0.015 0.013 0.062 0.036 0.021 0.138 0.020 0.031 0.012 64 T 0.041 0.042 0.298 0.130 0.046 0.002 0.012 0.005 0.001 0.001 0.013 0.011 0.029 0.034 0.099 0.038 0.032 0.024 0.054 0.074 0.014 65 N 0.027 0.025 0.034 0.028 0.549 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.006 0.007 0.018 0.025 0.037 0.065 0.038 0.018 0.066 0.037 0.006 66 L 0.016 0.015 0.127 0.103 0.045 0.003 0.028 0.005 0.005 0.004 0.009 0.010 0.013 0.026 0.295 0.037 0.080 0.032 0.067 0.078 0.004 67 Q 0.007 0.006 0.025 0.043 0.115 0.010 0.095 0.014 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.013 0.052 0.051 0.304 0.025 0.058 0.166 0.001 68 G 0.002 0.004 0.009 0.011 0.053 0.010 0.368 0.019 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.043 0.067 0.073 0.241 0.041 0.045 0.001 69 F 0.007 0.005 0.098 0.065 0.016 0.002 0.040 0.020 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.002 0.054 0.020 0.110 0.069 0.152 0.329 0.001 70 T 0.003 0.003 0.009 0.011 0.123 0.002 0.012 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.038 0.041 0.029 0.152 0.543 0.001 71 N 0.001 0.001 0.024 0.004 0.007 0.001 0.007 0.085 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.005 0.740 0.045 0.025 0.034 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.832 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.001 0.002 0.002 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 75 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.091 0.754 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.002 0.001 0.002 0.001 80 H 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.343 0.040 0.353 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.024 0.004 0.002 0.001 81 T 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.500 0.004 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.096 0.021 0.204 0.144 0.001 82 G 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.001 0.067 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.767 0.077 0.041 0.001 83 Q 0.001 0.002 0.061 0.022 0.034 0.001 0.028 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.146 0.060 0.092 0.150 0.372 0.002 84 T 0.012 0.052 0.080 0.056 0.343 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.019 0.013 0.135 0.054 0.029 0.038 0.051 0.066 0.012 85 V 0.062 0.179 0.093 0.081 0.100 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.059 0.032 0.061 0.082 0.120 0.069 0.003 0.004 0.009 0.007 0.035 86 L 0.138 0.219 0.029 0.042 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.045 0.159 0.101 0.075 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.052 87 L 0.230 0.185 0.016 0.009 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.075 0.125 0.075 0.045 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 88 T 0.315 0.258 0.051 0.054 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.029 0.110 0.031 0.056 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 89 L 0.255 0.334 0.008 0.025 0.115 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.029 0.088 0.023 0.011 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 90 M 0.231 0.316 0.097 0.140 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.023 0.067 0.017 0.047 0.004 0.001 0.001 0.004 0.004 0.012 91 R 0.095 0.117 0.035 0.081 0.427 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.011 0.007 0.025 0.066 0.021 0.011 0.023 0.055 0.004 92 R 0.023 0.019 0.092 0.069 0.121 0.003 0.072 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.175 0.018 0.180 0.029 0.048 0.133 0.002 93 G 0.005 0.005 0.051 0.032 0.062 0.011 0.257 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.037 0.019 0.092 0.129 0.075 0.211 0.001 94 E 0.003 0.003 0.057 0.043 0.065 0.005 0.057 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.022 0.097 0.087 0.236 0.293 0.001 95 T 0.003 0.005 0.053 0.049 0.088 0.005 0.040 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 0.017 0.133 0.068 0.142 0.348 0.001 96 S 0.004 0.006 0.053 0.058 0.127 0.006 0.060 0.019 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.029 0.026 0.102 0.063 0.168 0.267 0.002 97 V 0.007 0.010 0.068 0.076 0.147 0.005 0.049 0.027 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.052 0.035 0.127 0.067 0.132 0.180 0.002