# TARGET T0359 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1676 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.015 0.915 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 0.008 0.001 0.024 2 M 0.001 0.010 0.795 0.003 0.054 0.005 0.001 0.001 0.001 0.057 0.065 0.004 0.007 3 S 0.001 0.005 0.294 0.024 0.155 0.006 0.001 0.001 0.001 0.266 0.234 0.007 0.009 4 E 0.001 0.006 0.332 0.008 0.122 0.006 0.001 0.001 0.004 0.379 0.110 0.021 0.011 5 T 0.005 0.009 0.499 0.029 0.012 0.001 0.005 0.001 0.045 0.106 0.032 0.013 0.244 6 F 0.024 0.007 0.124 0.005 0.001 0.001 0.015 0.002 0.157 0.028 0.001 0.602 0.034 7 D 0.118 0.005 0.042 0.004 0.001 0.001 0.047 0.018 0.167 0.005 0.001 0.023 0.570 8 V 0.354 0.001 0.033 0.067 0.001 0.001 0.127 0.030 0.061 0.003 0.001 0.283 0.040 9 E 0.566 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.130 0.017 0.036 0.001 0.001 0.074 0.159 10 L 0.464 0.001 0.048 0.013 0.001 0.001 0.128 0.013 0.037 0.003 0.002 0.127 0.163 11 T 0.328 0.002 0.161 0.025 0.001 0.001 0.050 0.003 0.042 0.019 0.006 0.170 0.191 12 K 0.092 0.017 0.207 0.014 0.003 0.001 0.014 0.002 0.036 0.093 0.025 0.157 0.340 13 N 0.014 0.018 0.349 0.033 0.008 0.001 0.002 0.001 0.010 0.188 0.080 0.130 0.167 14 V 0.003 0.008 0.229 0.016 0.033 0.002 0.001 0.001 0.002 0.254 0.373 0.025 0.053 15 Q 0.009 0.010 0.087 0.009 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.315 0.456 0.045 0.027 16 G 0.032 0.012 0.206 0.011 0.051 0.001 0.003 0.001 0.003 0.216 0.293 0.066 0.106 17 L 0.122 0.007 0.319 0.041 0.020 0.001 0.011 0.002 0.005 0.152 0.081 0.058 0.180 18 G 0.501 0.006 0.051 0.030 0.004 0.001 0.046 0.004 0.006 0.033 0.009 0.181 0.129 19 I 0.644 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.068 0.014 0.009 0.003 0.001 0.094 0.146 20 T 0.631 0.002 0.016 0.008 0.001 0.001 0.087 0.028 0.023 0.002 0.001 0.155 0.046 21 I 0.433 0.003 0.052 0.005 0.001 0.001 0.079 0.019 0.036 0.002 0.001 0.062 0.308 22 A 0.235 0.003 0.115 0.202 0.008 0.001 0.053 0.011 0.046 0.030 0.027 0.150 0.120 23 G 0.086 0.004 0.123 0.074 0.013 0.001 0.018 0.005 0.044 0.237 0.089 0.212 0.095 24 Y 0.046 0.020 0.208 0.008 0.013 0.002 0.020 0.011 0.091 0.152 0.051 0.081 0.299 25 I 0.033 0.103 0.227 0.010 0.012 0.007 0.021 0.021 0.072 0.112 0.067 0.192 0.124 26 G 0.015 0.065 0.415 0.012 0.014 0.008 0.007 0.007 0.027 0.123 0.131 0.055 0.121 27 D 0.002 0.009 0.497 0.008 0.037 0.009 0.001 0.001 0.004 0.221 0.181 0.007 0.024 28 K 0.002 0.009 0.137 0.004 0.208 0.026 0.001 0.001 0.001 0.197 0.392 0.010 0.014 29 K 0.002 0.012 0.154 0.003 0.255 0.034 0.001 0.001 0.002 0.214 0.298 0.012 0.014 30 L 0.003 0.049 0.274 0.005 0.171 0.038 0.001 0.001 0.002 0.239 0.174 0.009 0.035 31 E 0.004 0.054 0.467 0.014 0.038 0.017 0.001 0.001 0.003 0.246 0.091 0.031 0.032 32 P 0.002 0.016 0.503 0.010 0.057 0.013 0.001 0.001 0.002 0.147 0.220 0.009 0.021 33 S 0.002 0.009 0.271 0.023 0.055 0.007 0.001 0.001 0.004 0.244 0.362 0.010 0.012 34 G 0.016 0.006 0.264 0.115 0.042 0.003 0.004 0.002 0.015 0.246 0.185 0.045 0.057 35 I 0.235 0.010 0.153 0.009 0.006 0.001 0.072 0.057 0.077 0.032 0.005 0.114 0.227 36 F 0.365 0.012 0.022 0.002 0.001 0.001 0.141 0.089 0.083 0.001 0.001 0.210 0.074 37 V 0.295 0.006 0.046 0.011 0.002 0.004 0.144 0.055 0.090 0.001 0.001 0.041 0.303 38 K 0.051 0.001 0.048 0.611 0.003 0.003 0.036 0.025 0.090 0.013 0.011 0.083 0.025 39 S 0.078 0.003 0.148 0.028 0.010 0.003 0.042 0.029 0.204 0.090 0.048 0.158 0.159 40 I 0.055 0.035 0.169 0.008 0.004 0.005 0.032 0.013 0.131 0.051 0.006 0.051 0.439 41 T 0.009 0.034 0.436 0.027 0.007 0.010 0.006 0.002 0.072 0.074 0.011 0.277 0.034 42 K 0.001 0.011 0.165 0.005 0.030 0.027 0.001 0.001 0.015 0.147 0.546 0.005 0.045 43 S 0.001 0.004 0.226 0.009 0.013 0.010 0.001 0.001 0.003 0.214 0.508 0.005 0.006 44 S 0.001 0.032 0.461 0.002 0.030 0.034 0.001 0.001 0.005 0.362 0.047 0.013 0.012 45 A 0.001 0.028 0.195 0.003 0.140 0.322 0.001 0.001 0.003 0.091 0.190 0.003 0.023 46 V 0.009 0.030 0.109 0.006 0.220 0.280 0.002 0.002 0.004 0.110 0.195 0.021 0.013 47 E 0.010 0.020 0.228 0.008 0.185 0.269 0.003 0.002 0.005 0.076 0.152 0.006 0.034 48 H 0.015 0.022 0.185 0.003 0.082 0.279 0.005 0.002 0.010 0.071 0.267 0.040 0.018 49 D 0.001 0.010 0.087 0.005 0.015 0.084 0.001 0.001 0.003 0.089 0.696 0.003 0.007 50 G 0.001 0.005 0.161 0.010 0.006 0.010 0.001 0.001 0.003 0.200 0.585 0.014 0.005 51 R 0.003 0.046 0.672 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.026 0.101 0.014 0.015 0.112 52 I 0.003 0.181 0.446 0.004 0.001 0.002 0.005 0.002 0.073 0.069 0.005 0.150 0.059 53 Q 0.002 0.034 0.739 0.010 0.002 0.003 0.002 0.001 0.040 0.041 0.010 0.037 0.078 54 I 0.001 0.011 0.051 0.016 0.057 0.009 0.001 0.001 0.002 0.057 0.777 0.008 0.011 55 G 0.001 0.001 0.048 0.066 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.801 0.004 0.005 56 D 0.028 0.003 0.547 0.021 0.022 0.001 0.005 0.001 0.008 0.096 0.025 0.057 0.187 57 Q 0.305 0.015 0.118 0.011 0.005 0.001 0.033 0.001 0.013 0.035 0.008 0.207 0.248 58 I 0.288 0.015 0.027 0.019 0.003 0.002 0.079 0.024 0.063 0.007 0.001 0.158 0.315 59 I 0.457 0.002 0.011 0.138 0.001 0.001 0.071 0.032 0.021 0.006 0.004 0.163 0.094 60 A 0.695 0.001 0.022 0.004 0.001 0.001 0.070 0.015 0.023 0.002 0.003 0.040 0.125 61 V 0.467 0.006 0.027 0.002 0.001 0.001 0.037 0.002 0.010 0.004 0.004 0.327 0.111 62 D 0.014 0.002 0.057 0.068 0.003 0.002 0.004 0.001 0.013 0.048 0.689 0.062 0.038 63 G 0.005 0.001 0.032 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.772 0.005 0.018 64 T 0.031 0.031 0.278 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.016 0.046 0.003 0.484 0.096 65 N 0.037 0.128 0.148 0.005 0.002 0.001 0.027 0.009 0.079 0.014 0.006 0.036 0.507 66 L 0.044 0.043 0.398 0.068 0.037 0.012 0.046 0.025 0.032 0.024 0.104 0.112 0.054 67 Q 0.011 0.009 0.043 0.014 0.034 0.010 0.010 0.009 0.014 0.138 0.659 0.020 0.031 68 G 0.003 0.004 0.171 0.010 0.021 0.004 0.002 0.001 0.008 0.312 0.426 0.018 0.022 69 F 0.002 0.053 0.690 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.006 0.152 0.009 0.039 0.041 70 T 0.001 0.084 0.708 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.003 0.112 0.019 0.006 0.050 71 N 0.001 0.001 0.007 0.001 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.001 0.001 80 H 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.609 0.001 0.001 0.001 0.006 0.371 0.001 0.001 81 T 0.001 0.004 0.360 0.001 0.011 0.160 0.001 0.001 0.001 0.148 0.316 0.001 0.001 82 G 0.001 0.003 0.183 0.003 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.191 0.596 0.001 0.001 83 Q 0.001 0.004 0.446 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.361 0.147 0.014 0.006 84 T 0.019 0.012 0.458 0.022 0.005 0.001 0.011 0.003 0.057 0.106 0.031 0.026 0.250 85 V 0.204 0.009 0.090 0.013 0.001 0.001 0.137 0.014 0.111 0.014 0.002 0.260 0.145 86 L 0.418 0.002 0.028 0.012 0.001 0.001 0.194 0.037 0.068 0.005 0.001 0.108 0.128 87 L 0.615 0.001 0.009 0.020 0.001 0.001 0.158 0.028 0.026 0.002 0.001 0.081 0.060 88 T 0.656 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.173 0.013 0.023 0.001 0.001 0.065 0.057 89 L 0.623 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.108 0.004 0.017 0.001 0.001 0.067 0.166 90 M 0.341 0.002 0.126 0.039 0.001 0.001 0.053 0.002 0.034 0.016 0.002 0.239 0.146 91 R 0.064 0.011 0.309 0.006 0.001 0.001 0.012 0.001 0.032 0.065 0.011 0.113 0.375 92 R 0.007 0.025 0.364 0.032 0.012 0.001 0.002 0.001 0.005 0.176 0.237 0.052 0.086 93 G 0.001 0.004 0.373 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.341 0.239 0.015 0.013 94 E 0.001 0.010 0.678 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.243 0.033 0.009 0.020 95 T 0.001 0.010 0.832 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.009 0.020 0.012 96 S 0.001 0.012 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.005 0.002 0.021 97 V 0.001 0.012 0.930 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.030 0.007 0.010 0.005