# TARGET T0359 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1676 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.563 0.204 0.055 0.078 0.037 0.024 0.016 0.009 0.007 0.004 0.002 2 M 0.256 0.107 0.043 0.121 0.104 0.098 0.109 0.069 0.046 0.030 0.018 3 S 0.371 0.286 0.058 0.106 0.069 0.041 0.032 0.017 0.012 0.006 0.002 4 E 0.407 0.176 0.070 0.179 0.095 0.041 0.020 0.007 0.004 0.001 0.001 5 T 0.223 0.105 0.075 0.170 0.139 0.096 0.083 0.047 0.030 0.019 0.012 6 F 0.011 0.019 0.019 0.086 0.105 0.148 0.269 0.170 0.104 0.051 0.019 7 D 0.031 0.114 0.094 0.430 0.208 0.084 0.030 0.007 0.002 0.001 0.001 8 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.012 0.064 0.136 0.265 0.279 0.231 9 E 0.020 0.113 0.130 0.482 0.193 0.047 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 10 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.040 0.089 0.231 0.309 0.318 11 T 0.016 0.092 0.071 0.397 0.255 0.109 0.044 0.010 0.004 0.001 0.001 12 K 0.020 0.028 0.009 0.042 0.065 0.096 0.210 0.173 0.177 0.116 0.066 13 N 0.125 0.217 0.090 0.284 0.137 0.076 0.043 0.014 0.008 0.004 0.003 14 V 0.362 0.180 0.070 0.131 0.086 0.059 0.054 0.025 0.017 0.011 0.007 15 Q 0.457 0.219 0.054 0.157 0.063 0.025 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 16 G 0.107 0.173 0.064 0.236 0.188 0.122 0.065 0.025 0.012 0.005 0.002 17 L 0.001 0.005 0.003 0.022 0.042 0.073 0.172 0.196 0.210 0.160 0.115 18 G 0.011 0.041 0.031 0.175 0.215 0.209 0.163 0.076 0.042 0.022 0.014 19 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.051 0.127 0.254 0.288 0.261 20 T 0.017 0.043 0.026 0.181 0.193 0.146 0.164 0.101 0.059 0.036 0.033 21 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.033 0.079 0.189 0.320 0.364 22 A 0.005 0.019 0.018 0.121 0.145 0.157 0.213 0.121 0.094 0.060 0.048 23 G 0.014 0.024 0.013 0.056 0.067 0.084 0.181 0.164 0.160 0.147 0.090 24 Y 0.029 0.042 0.034 0.124 0.123 0.129 0.168 0.109 0.092 0.088 0.063 25 I 0.063 0.079 0.038 0.129 0.129 0.108 0.158 0.098 0.084 0.067 0.046 26 G 0.193 0.164 0.038 0.117 0.110 0.099 0.107 0.063 0.052 0.035 0.022 27 D 0.245 0.218 0.084 0.187 0.098 0.056 0.048 0.024 0.018 0.013 0.009 28 K 0.471 0.174 0.056 0.119 0.064 0.044 0.035 0.013 0.011 0.008 0.005 29 K 0.450 0.196 0.068 0.128 0.068 0.038 0.026 0.012 0.008 0.004 0.002 30 L 0.150 0.083 0.035 0.094 0.080 0.098 0.141 0.097 0.089 0.071 0.062 31 E 0.193 0.208 0.089 0.155 0.112 0.087 0.071 0.034 0.026 0.015 0.010 32 P 0.340 0.163 0.099 0.159 0.095 0.060 0.040 0.020 0.012 0.008 0.003 33 S 0.028 0.054 0.028 0.157 0.185 0.164 0.181 0.095 0.057 0.036 0.015 34 G 0.005 0.025 0.025 0.143 0.201 0.198 0.184 0.105 0.060 0.036 0.018 35 I 0.001 0.001 0.001 0.007 0.020 0.050 0.157 0.222 0.237 0.197 0.109 36 F 0.001 0.008 0.011 0.082 0.143 0.160 0.255 0.164 0.096 0.052 0.028 37 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.036 0.103 0.206 0.280 0.363 38 K 0.013 0.029 0.024 0.200 0.258 0.175 0.163 0.073 0.040 0.016 0.009 39 S 0.066 0.222 0.045 0.255 0.178 0.101 0.084 0.028 0.013 0.006 0.002 40 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.030 0.070 0.166 0.285 0.434 41 T 0.046 0.153 0.066 0.252 0.232 0.124 0.084 0.024 0.011 0.004 0.003 42 K 0.289 0.242 0.080 0.193 0.088 0.048 0.036 0.013 0.006 0.003 0.001 43 S 0.387 0.119 0.051 0.136 0.096 0.075 0.061 0.028 0.022 0.015 0.010 44 S 0.144 0.183 0.041 0.108 0.084 0.085 0.097 0.074 0.081 0.058 0.045 45 A 0.149 0.137 0.044 0.124 0.115 0.101 0.111 0.075 0.069 0.046 0.030 46 V 0.137 0.055 0.026 0.060 0.056 0.072 0.126 0.105 0.131 0.114 0.117 47 E 0.134 0.101 0.074 0.191 0.159 0.115 0.097 0.055 0.039 0.023 0.013 48 H 0.137 0.136 0.104 0.212 0.151 0.104 0.063 0.035 0.027 0.017 0.013 49 D 0.173 0.110 0.061 0.109 0.099 0.095 0.113 0.085 0.071 0.050 0.035 50 G 0.492 0.118 0.043 0.098 0.076 0.060 0.055 0.026 0.016 0.010 0.005 51 R 0.080 0.137 0.059 0.194 0.162 0.121 0.129 0.052 0.035 0.019 0.010 52 I 0.003 0.002 0.002 0.005 0.006 0.009 0.031 0.064 0.147 0.219 0.513 53 Q 0.091 0.180 0.155 0.253 0.150 0.089 0.053 0.015 0.008 0.003 0.003 54 I 0.101 0.141 0.101 0.203 0.129 0.113 0.111 0.051 0.029 0.016 0.006 55 G 0.469 0.158 0.073 0.130 0.073 0.041 0.024 0.011 0.009 0.006 0.007 56 D 0.001 0.010 0.012 0.071 0.117 0.151 0.247 0.163 0.128 0.069 0.031 57 Q 0.009 0.060 0.054 0.229 0.250 0.190 0.134 0.040 0.019 0.009 0.006 58 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.010 0.047 0.095 0.186 0.275 0.373 59 I 0.002 0.004 0.007 0.033 0.068 0.110 0.235 0.197 0.174 0.110 0.059 60 A 0.004 0.037 0.034 0.159 0.144 0.124 0.161 0.116 0.105 0.066 0.051 61 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.014 0.026 0.084 0.133 0.249 0.261 0.222 62 D 0.037 0.108 0.075 0.299 0.238 0.117 0.083 0.027 0.010 0.003 0.001 63 G 0.448 0.203 0.059 0.151 0.071 0.031 0.021 0.008 0.004 0.002 0.002 64 T 0.075 0.152 0.079 0.238 0.182 0.128 0.082 0.034 0.017 0.008 0.004 65 N 0.199 0.331 0.077 0.204 0.110 0.046 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 66 L 0.005 0.002 0.001 0.004 0.008 0.016 0.061 0.099 0.244 0.236 0.325 67 Q 0.093 0.193 0.081 0.264 0.168 0.094 0.072 0.021 0.009 0.003 0.002 68 G 0.452 0.192 0.056 0.134 0.070 0.045 0.032 0.009 0.006 0.002 0.002 69 F 0.009 0.009 0.006 0.026 0.042 0.073 0.149 0.178 0.178 0.179 0.151 70 T 0.052 0.668 0.055 0.100 0.047 0.029 0.021 0.010 0.007 0.006 0.004 71 N 0.011 0.022 0.015 0.084 0.190 0.248 0.231 0.103 0.060 0.024 0.011 72 Q 0.779 0.123 0.026 0.035 0.018 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.002 0.022 0.045 0.359 0.289 0.161 0.089 0.024 0.007 0.002 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.079 0.207 0.334 0.352 75 V 0.001 0.001 0.008 0.038 0.117 0.319 0.315 0.115 0.052 0.024 0.012 76 E 0.002 0.020 0.570 0.268 0.089 0.032 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.079 0.335 0.235 0.146 0.113 0.065 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.064 0.191 0.334 0.389 79 R 0.001 0.004 0.106 0.195 0.321 0.204 0.120 0.032 0.010 0.004 0.002 80 H 0.007 0.051 0.554 0.161 0.107 0.081 0.032 0.005 0.002 0.001 0.001 81 T 0.001 0.004 0.003 0.011 0.022 0.064 0.286 0.226 0.179 0.133 0.070 82 G 0.648 0.226 0.027 0.056 0.022 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 83 Q 0.242 0.152 0.108 0.215 0.120 0.079 0.054 0.017 0.007 0.003 0.002 84 T 0.051 0.136 0.128 0.354 0.185 0.101 0.034 0.007 0.002 0.001 0.001 85 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.078 0.175 0.297 0.258 0.182 86 L 0.004 0.038 0.049 0.463 0.294 0.120 0.025 0.005 0.002 0.001 0.001 87 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.076 0.239 0.330 0.325 88 T 0.004 0.022 0.034 0.347 0.335 0.157 0.075 0.018 0.006 0.001 0.001 89 L 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 0.010 0.064 0.122 0.261 0.318 0.215 90 M 0.003 0.024 0.033 0.288 0.331 0.163 0.095 0.036 0.019 0.005 0.002 91 R 0.038 0.100 0.042 0.130 0.153 0.154 0.207 0.100 0.053 0.019 0.005 92 R 0.125 0.128 0.064 0.278 0.185 0.093 0.071 0.034 0.015 0.006 0.001 93 G 0.532 0.224 0.037 0.090 0.049 0.028 0.021 0.010 0.005 0.003 0.001 94 E 0.442 0.247 0.047 0.111 0.059 0.032 0.028 0.016 0.010 0.006 0.002 95 T 0.463 0.182 0.038 0.095 0.067 0.054 0.045 0.025 0.018 0.009 0.003 96 S 0.518 0.236 0.042 0.081 0.045 0.029 0.022 0.012 0.009 0.005 0.002 97 V 0.376 0.174 0.050 0.127 0.099 0.059 0.047 0.030 0.021 0.012 0.005