# TARGET T0359 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1676 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.082 0.898 2 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.011 0.957 3 S 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.004 0.088 0.839 4 E 0.207 0.002 0.003 0.001 0.005 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.020 0.098 0.539 5 T 0.154 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.006 0.063 0.711 6 F 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.873 0.003 0.012 0.087 7 D 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.240 0.004 0.190 0.532 8 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.903 0.001 0.014 0.076 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.880 0.001 0.020 0.076 10 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.036 0.143 0.035 0.567 0.001 0.023 0.185 11 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.085 0.228 0.026 0.006 0.577 0.001 0.014 0.048 12 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.096 0.020 0.125 0.025 0.010 0.003 0.208 0.002 0.064 0.428 13 N 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.171 0.012 0.009 0.011 0.002 0.001 0.001 0.288 0.008 0.073 0.386 14 V 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.003 0.068 0.711 15 Q 0.079 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.006 0.172 0.677 16 G 0.150 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.026 0.093 0.679 17 L 0.139 0.008 0.029 0.015 0.020 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.027 0.198 0.441 18 G 0.019 0.002 0.004 0.003 0.110 0.053 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.421 0.006 0.100 0.260 19 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.089 0.104 0.033 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.539 0.001 0.048 0.172 20 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.018 0.022 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.870 0.001 0.012 0.042 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.841 0.001 0.018 0.128 22 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.909 0.002 0.017 0.059 23 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.002 0.006 0.005 0.002 0.007 0.449 0.005 0.092 0.421 24 Y 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.005 0.414 0.017 0.107 0.429 25 I 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.003 0.004 0.009 0.008 0.034 0.042 0.219 0.005 0.116 0.529 26 G 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.002 0.004 0.003 0.006 0.014 0.004 0.133 0.005 0.100 0.652 27 D 0.133 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.009 0.014 0.002 0.004 0.002 0.002 0.078 0.008 0.086 0.626 28 K 0.131 0.018 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.004 0.008 0.003 0.003 0.001 0.035 0.009 0.195 0.574 29 K 0.170 0.021 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.024 0.026 0.242 0.496 30 L 0.302 0.047 0.007 0.005 0.005 0.004 0.009 0.003 0.011 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.021 0.123 0.418 31 E 0.125 0.081 0.004 0.002 0.004 0.005 0.003 0.002 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.016 0.148 0.539 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.991 33 S 0.044 0.004 0.002 0.001 0.003 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.008 0.103 0.726 34 G 0.099 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.042 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.243 0.016 0.088 0.490 35 I 0.012 0.004 0.008 0.003 0.010 0.002 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.534 0.002 0.115 0.288 36 F 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.830 0.001 0.040 0.106 37 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.751 0.002 0.038 0.196 38 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.936 0.001 0.015 0.040 39 S 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.005 0.003 0.005 0.415 0.006 0.076 0.474 40 I 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.800 0.004 0.027 0.148 41 T 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.009 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.377 0.004 0.134 0.435 42 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.015 0.955 43 S 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.005 0.220 0.590 44 S 0.329 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.021 0.088 0.537 45 A 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.092 0.849 46 V 0.034 0.013 0.003 0.003 0.005 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.009 0.003 0.001 0.001 0.100 0.007 0.190 0.612 47 E 0.138 0.031 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.044 0.005 0.196 0.557 48 H 0.185 0.232 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.002 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.010 0.039 0.455 49 D 0.119 0.198 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.034 0.052 0.532 50 G 0.261 0.063 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.062 0.035 0.488 51 R 0.176 0.015 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.034 0.131 0.569 52 I 0.035 0.005 0.015 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.001 0.001 0.173 0.002 0.085 0.645 53 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.111 0.001 0.677 0.186 54 I 0.013 0.007 0.001 0.001 0.008 0.006 0.002 0.002 0.070 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.002 0.080 0.622 55 G 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.846 0.002 0.017 0.123 56 D 0.833 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.009 0.005 0.132 57 Q 0.178 0.052 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.366 0.014 0.109 0.269 58 I 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.917 0.001 0.017 0.046 59 I 0.001 0.009 0.001 0.001 0.018 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.127 0.051 0.004 0.001 0.703 0.001 0.021 0.054 60 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.002 0.001 0.012 0.003 0.001 0.013 0.001 0.002 0.001 0.896 0.001 0.011 0.044 61 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.725 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.201 0.001 0.008 0.048 62 D 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.004 0.002 0.002 0.003 0.002 0.007 0.596 0.019 0.054 0.295 63 G 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.086 0.028 0.126 0.721 64 T 0.263 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.005 0.002 0.001 0.040 0.009 0.350 0.307 65 N 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.006 0.162 0.707 66 L 0.005 0.004 0.002 0.003 0.635 0.017 0.004 0.002 0.062 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 0.026 0.182 67 Q 0.022 0.011 0.002 0.001 0.008 0.054 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.004 0.410 0.437 68 G 0.118 0.009 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.035 0.123 0.657 69 F 0.649 0.011 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.013 0.057 0.218 70 T 0.022 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.544 0.407 71 N 0.014 0.007 0.006 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.006 0.044 0.846 72 Q 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.181 0.781 73 Q 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.836 0.152 74 A 0.004 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.054 75 V 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 76 E 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 77 V 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 78 L 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 79 R 0.015 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.010 80 H 0.112 0.757 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.001 0.040 81 T 0.205 0.542 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.001 0.101 82 G 0.224 0.121 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.056 0.019 0.553 83 Q 0.005 0.002 0.258 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.002 0.315 0.378 84 T 0.068 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.150 0.002 0.143 0.614 85 V 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.822 0.001 0.051 0.121 86 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.004 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.815 0.001 0.044 0.090 87 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.001 0.007 0.026 88 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.001 0.006 0.016 89 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.004 0.890 0.001 0.013 0.085 90 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.942 0.001 0.011 0.036 91 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.003 0.001 0.004 0.002 0.003 0.483 0.005 0.087 0.400 92 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.478 0.009 0.073 0.421 93 G 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.007 0.105 0.743 94 E 0.133 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.007 0.080 0.699 95 T 0.050 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.004 0.060 0.849 96 S 0.040 0.008 0.001 0.001 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.008 0.094 0.757 97 V 0.065 0.008 0.005 0.002 0.006 0.005 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.004 0.077 0.791