# TARGET T0359 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1676 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.028 0.006 0.001 0.013 0.039 0.039 0.039 0.002 0.001 0.001 0.831 2 M 0.047 0.004 0.002 0.015 0.023 0.039 0.048 0.002 0.001 0.004 0.817 3 S 0.074 0.002 0.003 0.019 0.039 0.040 0.140 0.001 0.001 0.010 0.671 4 E 0.108 0.002 0.003 0.034 0.039 0.035 0.201 0.001 0.001 0.011 0.567 5 T 0.073 0.002 0.006 0.050 0.034 0.075 0.135 0.001 0.001 0.013 0.611 6 F 0.025 0.001 0.003 0.288 0.301 0.228 0.083 0.001 0.001 0.005 0.066 7 D 0.007 0.001 0.002 0.131 0.083 0.147 0.086 0.001 0.001 0.003 0.541 8 V 0.001 0.001 0.001 0.285 0.309 0.350 0.009 0.001 0.001 0.001 0.044 9 E 0.001 0.001 0.001 0.265 0.218 0.377 0.034 0.001 0.001 0.001 0.105 10 L 0.001 0.001 0.001 0.139 0.262 0.420 0.018 0.001 0.001 0.002 0.158 11 T 0.001 0.001 0.001 0.147 0.319 0.433 0.019 0.001 0.001 0.001 0.079 12 K 0.002 0.001 0.001 0.056 0.138 0.281 0.043 0.001 0.001 0.003 0.477 13 N 0.008 0.001 0.001 0.067 0.227 0.285 0.106 0.001 0.001 0.007 0.300 14 V 0.017 0.001 0.001 0.023 0.059 0.089 0.103 0.001 0.001 0.011 0.695 15 Q 0.036 0.004 0.001 0.014 0.045 0.045 0.301 0.001 0.001 0.016 0.538 16 G 0.319 0.004 0.002 0.008 0.014 0.019 0.130 0.002 0.001 0.053 0.448 17 L 0.285 0.007 0.015 0.019 0.046 0.037 0.182 0.001 0.001 0.027 0.381 18 G 0.048 0.001 0.015 0.036 0.093 0.108 0.232 0.001 0.001 0.011 0.455 19 I 0.008 0.001 0.015 0.108 0.235 0.318 0.034 0.001 0.001 0.002 0.280 20 T 0.001 0.001 0.001 0.172 0.283 0.439 0.041 0.001 0.001 0.001 0.063 21 I 0.001 0.001 0.001 0.139 0.223 0.423 0.021 0.001 0.001 0.001 0.190 22 A 0.001 0.001 0.001 0.390 0.160 0.353 0.024 0.001 0.001 0.001 0.071 23 G 0.004 0.001 0.001 0.171 0.103 0.192 0.077 0.001 0.001 0.004 0.447 24 Y 0.026 0.003 0.001 0.233 0.104 0.164 0.083 0.001 0.001 0.013 0.373 25 I 0.009 0.003 0.001 0.062 0.103 0.171 0.108 0.001 0.001 0.005 0.538 26 G 0.015 0.004 0.001 0.037 0.086 0.130 0.123 0.001 0.001 0.006 0.596 27 D 0.067 0.016 0.002 0.023 0.056 0.083 0.133 0.001 0.001 0.008 0.611 28 K 0.066 0.026 0.002 0.012 0.032 0.038 0.139 0.002 0.001 0.008 0.675 29 K 0.177 0.027 0.004 0.009 0.026 0.037 0.228 0.002 0.001 0.019 0.471 30 L 0.207 0.040 0.009 0.014 0.022 0.035 0.143 0.004 0.001 0.014 0.510 31 E 0.136 0.040 0.006 0.017 0.039 0.046 0.134 0.004 0.001 0.009 0.569 32 P 0.032 0.006 0.005 0.004 0.006 0.010 0.023 0.001 0.001 0.003 0.911 33 S 0.056 0.008 0.004 0.023 0.059 0.087 0.086 0.002 0.001 0.006 0.670 34 G 0.159 0.005 0.005 0.044 0.050 0.072 0.078 0.002 0.001 0.011 0.575 35 I 0.053 0.006 0.010 0.138 0.163 0.239 0.063 0.001 0.001 0.005 0.322 36 F 0.005 0.003 0.002 0.327 0.215 0.310 0.046 0.001 0.001 0.001 0.092 37 V 0.004 0.005 0.001 0.392 0.146 0.277 0.027 0.001 0.001 0.001 0.149 38 K 0.003 0.005 0.001 0.365 0.216 0.338 0.019 0.001 0.001 0.001 0.053 39 S 0.012 0.009 0.001 0.146 0.189 0.279 0.054 0.002 0.001 0.004 0.306 40 I 0.024 0.010 0.002 0.255 0.176 0.275 0.059 0.003 0.001 0.007 0.187 41 T 0.025 0.008 0.003 0.116 0.138 0.223 0.214 0.003 0.001 0.009 0.259 42 K 0.009 0.003 0.005 0.027 0.018 0.034 0.043 0.001 0.001 0.005 0.855 43 S 0.045 0.005 0.003 0.030 0.028 0.055 0.301 0.002 0.001 0.021 0.509 44 S 0.342 0.005 0.005 0.006 0.006 0.007 0.186 0.001 0.001 0.033 0.408 45 A 0.023 0.010 0.004 0.004 0.004 0.004 0.075 0.001 0.001 0.002 0.872 46 V 0.030 0.014 0.001 0.017 0.035 0.086 0.466 0.001 0.001 0.016 0.335 47 E 0.152 0.124 0.001 0.053 0.083 0.179 0.194 0.003 0.001 0.018 0.193 48 H 0.127 0.354 0.001 0.006 0.029 0.032 0.046 0.005 0.001 0.003 0.397 49 D 0.228 0.325 0.004 0.008 0.043 0.077 0.073 0.013 0.001 0.013 0.218 50 G 0.434 0.077 0.015 0.013 0.038 0.036 0.104 0.039 0.001 0.031 0.214 51 R 0.148 0.048 0.418 0.021 0.029 0.028 0.097 0.005 0.001 0.008 0.197 52 I 0.019 0.025 0.025 0.117 0.145 0.192 0.101 0.004 0.001 0.004 0.367 53 Q 0.029 0.013 0.003 0.130 0.207 0.261 0.081 0.001 0.001 0.004 0.270 54 I 0.010 0.010 0.001 0.032 0.063 0.072 0.054 0.001 0.001 0.002 0.755 55 G 0.024 0.018 0.001 0.127 0.110 0.282 0.131 0.002 0.001 0.015 0.290 56 D 0.138 0.014 0.005 0.083 0.108 0.144 0.152 0.003 0.001 0.050 0.303 57 Q 0.056 0.015 0.006 0.220 0.188 0.188 0.128 0.002 0.001 0.016 0.179 58 I 0.034 0.010 0.010 0.163 0.240 0.330 0.058 0.001 0.001 0.007 0.148 59 I 0.002 0.003 0.001 0.322 0.320 0.315 0.014 0.001 0.001 0.001 0.022 60 A 0.001 0.005 0.001 0.189 0.230 0.338 0.035 0.001 0.001 0.001 0.201 61 V 0.004 0.003 0.001 0.209 0.275 0.461 0.014 0.001 0.001 0.001 0.031 62 D 0.004 0.005 0.001 0.066 0.108 0.280 0.193 0.001 0.001 0.004 0.340 63 G 0.043 0.002 0.002 0.075 0.072 0.103 0.121 0.002 0.001 0.038 0.542 64 T 0.128 0.004 0.054 0.084 0.053 0.075 0.302 0.001 0.001 0.045 0.253 65 N 0.016 0.004 0.002 0.068 0.072 0.059 0.221 0.001 0.001 0.006 0.551 66 L 0.025 0.008 0.004 0.077 0.087 0.148 0.095 0.001 0.001 0.009 0.547 67 Q 0.032 0.020 0.001 0.073 0.095 0.192 0.248 0.001 0.001 0.008 0.330 68 G 0.107 0.009 0.002 0.015 0.008 0.017 0.115 0.003 0.001 0.013 0.709 69 F 0.388 0.023 0.059 0.089 0.033 0.058 0.112 0.002 0.001 0.026 0.209 70 T 0.018 0.011 0.004 0.045 0.029 0.030 0.477 0.001 0.001 0.003 0.381 71 N 0.003 0.006 0.001 0.016 0.002 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.938 72 Q 0.003 0.028 0.001 0.013 0.004 0.010 0.260 0.001 0.001 0.003 0.678 73 Q 0.008 0.018 0.001 0.001 0.001 0.003 0.863 0.001 0.001 0.013 0.094 74 A 0.033 0.853 0.001 0.003 0.001 0.003 0.031 0.001 0.001 0.001 0.073 75 V 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 76 E 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 77 V 0.013 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 78 L 0.014 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 79 R 0.023 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.008 80 H 0.079 0.818 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.046 0.001 0.001 0.048 81 T 0.210 0.426 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.173 0.001 0.001 0.179 82 G 0.281 0.121 0.028 0.006 0.003 0.003 0.015 0.050 0.001 0.004 0.488 83 Q 0.053 0.013 0.310 0.013 0.008 0.009 0.084 0.006 0.001 0.003 0.502 84 T 0.089 0.005 0.027 0.096 0.021 0.030 0.099 0.001 0.001 0.004 0.627 85 V 0.040 0.003 0.016 0.395 0.121 0.135 0.070 0.001 0.001 0.004 0.216 86 L 0.002 0.001 0.001 0.526 0.159 0.228 0.026 0.001 0.001 0.001 0.056 87 L 0.001 0.001 0.001 0.519 0.190 0.253 0.007 0.001 0.001 0.001 0.030 88 T 0.001 0.001 0.001 0.495 0.187 0.281 0.008 0.001 0.001 0.001 0.029 89 L 0.001 0.001 0.001 0.372 0.192 0.337 0.013 0.001 0.001 0.001 0.084 90 M 0.001 0.001 0.001 0.324 0.226 0.353 0.018 0.001 0.001 0.001 0.074 91 R 0.003 0.001 0.001 0.101 0.164 0.368 0.047 0.001 0.001 0.003 0.312 92 R 0.007 0.001 0.001 0.054 0.087 0.191 0.044 0.001 0.001 0.003 0.610 93 G 0.018 0.002 0.001 0.024 0.045 0.101 0.076 0.001 0.001 0.006 0.726 94 E 0.077 0.004 0.004 0.014 0.025 0.043 0.078 0.001 0.001 0.007 0.748 95 T 0.035 0.004 0.001 0.009 0.015 0.020 0.045 0.001 0.001 0.002 0.868 96 S 0.075 0.007 0.002 0.013 0.025 0.034 0.078 0.001 0.001 0.004 0.761 97 V 0.074 0.012 0.003 0.013 0.023 0.039 0.097 0.001 0.001 0.005 0.733