# TARGET T0359 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1676 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.093 0.256 0.351 0.077 0.096 0.029 0.033 0.019 0.024 0.021 0.002 2 M 0.130 0.218 0.383 0.077 0.064 0.033 0.028 0.009 0.038 0.018 0.001 3 S 0.238 0.092 0.263 0.172 0.083 0.018 0.045 0.048 0.009 0.028 0.004 4 E 0.049 0.361 0.300 0.070 0.126 0.030 0.024 0.005 0.028 0.005 0.001 5 T 0.022 0.415 0.487 0.015 0.030 0.018 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 6 F 0.008 0.707 0.111 0.013 0.093 0.018 0.004 0.001 0.045 0.001 0.001 7 D 0.003 0.384 0.558 0.002 0.014 0.029 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 8 V 0.001 0.830 0.084 0.002 0.042 0.013 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 9 E 0.001 0.619 0.306 0.001 0.007 0.039 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 10 L 0.006 0.570 0.323 0.004 0.017 0.059 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 11 T 0.005 0.712 0.148 0.007 0.054 0.031 0.002 0.001 0.041 0.001 0.001 12 K 0.025 0.355 0.441 0.047 0.062 0.038 0.006 0.002 0.020 0.004 0.001 13 N 0.008 0.154 0.412 0.014 0.248 0.053 0.026 0.011 0.043 0.031 0.001 14 V 0.505 0.067 0.071 0.226 0.023 0.026 0.034 0.025 0.011 0.009 0.002 15 Q 0.162 0.091 0.115 0.448 0.044 0.008 0.076 0.020 0.026 0.008 0.001 16 G 0.054 0.022 0.102 0.031 0.138 0.003 0.039 0.326 0.002 0.280 0.002 17 L 0.062 0.303 0.260 0.193 0.091 0.021 0.039 0.004 0.021 0.004 0.003 18 G 0.010 0.160 0.152 0.029 0.490 0.008 0.022 0.041 0.005 0.081 0.001 19 I 0.002 0.808 0.094 0.002 0.087 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 20 T 0.002 0.827 0.107 0.001 0.035 0.014 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 21 I 0.005 0.746 0.158 0.002 0.024 0.042 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 22 A 0.023 0.648 0.109 0.040 0.092 0.029 0.009 0.001 0.048 0.001 0.001 23 G 0.019 0.112 0.092 0.015 0.548 0.005 0.047 0.075 0.006 0.081 0.001 24 Y 0.072 0.300 0.340 0.070 0.140 0.023 0.014 0.011 0.015 0.011 0.003 25 I 0.071 0.425 0.333 0.065 0.046 0.014 0.009 0.002 0.027 0.006 0.001 26 G 0.041 0.017 0.080 0.018 0.134 0.006 0.041 0.133 0.003 0.527 0.001 27 D 0.162 0.122 0.362 0.139 0.051 0.074 0.023 0.004 0.053 0.004 0.006 28 K 0.601 0.054 0.107 0.176 0.016 0.013 0.014 0.007 0.007 0.003 0.002 29 K 0.357 0.128 0.213 0.178 0.036 0.028 0.030 0.007 0.017 0.003 0.001 30 L 0.217 0.168 0.229 0.286 0.016 0.041 0.014 0.003 0.022 0.001 0.002 31 E 0.060 0.195 0.436 0.007 0.077 0.017 0.030 0.003 0.160 0.015 0.001 32 P 0.294 0.008 0.533 0.023 0.001 0.028 0.001 0.001 0.002 0.001 0.109 33 S 0.189 0.112 0.362 0.244 0.032 0.014 0.025 0.007 0.010 0.003 0.002 34 G 0.029 0.028 0.112 0.023 0.167 0.004 0.037 0.331 0.002 0.267 0.001 35 I 0.011 0.682 0.225 0.006 0.058 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 36 F 0.007 0.590 0.336 0.003 0.007 0.045 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 37 V 0.011 0.505 0.371 0.002 0.006 0.088 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 38 K 0.541 0.144 0.027 0.247 0.028 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 39 S 0.004 0.542 0.044 0.006 0.376 0.006 0.012 0.001 0.010 0.001 0.001 40 I 0.015 0.753 0.171 0.008 0.020 0.013 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 41 T 0.009 0.576 0.220 0.004 0.049 0.025 0.002 0.001 0.113 0.001 0.001 42 K 0.113 0.053 0.771 0.025 0.007 0.020 0.003 0.001 0.002 0.005 0.001 43 S 0.121 0.024 0.090 0.329 0.037 0.014 0.093 0.267 0.011 0.014 0.001 44 S 0.033 0.143 0.644 0.016 0.103 0.015 0.008 0.004 0.015 0.020 0.001 45 A 0.523 0.068 0.250 0.079 0.022 0.024 0.008 0.009 0.007 0.004 0.007 46 V 0.446 0.183 0.204 0.087 0.030 0.023 0.004 0.003 0.013 0.006 0.001 47 E 0.498 0.153 0.193 0.092 0.027 0.020 0.005 0.002 0.008 0.002 0.001 48 H 0.542 0.145 0.085 0.129 0.027 0.021 0.019 0.003 0.025 0.003 0.001 49 D 0.102 0.051 0.210 0.419 0.021 0.018 0.147 0.007 0.021 0.004 0.001 50 G 0.007 0.003 0.017 0.010 0.035 0.001 0.093 0.720 0.001 0.114 0.001 51 R 0.061 0.409 0.379 0.057 0.031 0.040 0.010 0.001 0.011 0.001 0.001 52 I 0.012 0.354 0.570 0.004 0.009 0.035 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 53 Q 0.010 0.464 0.455 0.003 0.016 0.023 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 54 I 0.060 0.035 0.884 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 55 G 0.029 0.004 0.020 0.009 0.026 0.001 0.023 0.555 0.001 0.332 0.001 56 D 0.073 0.102 0.538 0.124 0.036 0.049 0.053 0.004 0.016 0.001 0.002 57 Q 0.015 0.644 0.281 0.009 0.021 0.016 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 58 I 0.007 0.486 0.452 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 59 I 0.203 0.617 0.057 0.066 0.017 0.019 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 60 A 0.009 0.695 0.133 0.002 0.143 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 61 V 0.069 0.744 0.041 0.018 0.011 0.033 0.001 0.001 0.084 0.001 0.001 62 D 0.029 0.134 0.104 0.191 0.043 0.053 0.259 0.003 0.178 0.005 0.001 63 G 0.009 0.003 0.019 0.012 0.037 0.002 0.138 0.698 0.001 0.080 0.001 64 T 0.093 0.537 0.247 0.054 0.049 0.009 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 65 N 0.049 0.125 0.572 0.013 0.031 0.134 0.026 0.002 0.036 0.009 0.002 66 L 0.414 0.135 0.156 0.190 0.016 0.055 0.012 0.002 0.018 0.001 0.001 67 Q 0.253 0.099 0.405 0.187 0.014 0.013 0.017 0.001 0.010 0.001 0.001 68 G 0.019 0.003 0.007 0.078 0.016 0.002 0.110 0.730 0.002 0.033 0.001 69 F 0.005 0.195 0.704 0.011 0.022 0.038 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 70 T 0.003 0.105 0.829 0.001 0.021 0.031 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 71 N 0.942 0.004 0.020 0.007 0.003 0.015 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 72 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 L 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.988 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 H 0.777 0.004 0.008 0.202 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 81 T 0.399 0.016 0.170 0.393 0.004 0.004 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 82 G 0.020 0.001 0.011 0.009 0.008 0.001 0.045 0.731 0.001 0.174 0.001 83 Q 0.053 0.063 0.624 0.149 0.026 0.046 0.025 0.003 0.005 0.003 0.003 84 T 0.009 0.578 0.337 0.015 0.037 0.015 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 85 V 0.001 0.825 0.134 0.001 0.012 0.010 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 86 L 0.002 0.769 0.181 0.001 0.006 0.027 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 87 L 0.001 0.807 0.155 0.001 0.021 0.010 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 88 T 0.001 0.868 0.085 0.001 0.008 0.016 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 89 L 0.001 0.609 0.343 0.001 0.006 0.033 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 90 M 0.012 0.769 0.095 0.010 0.042 0.026 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 91 R 0.018 0.299 0.591 0.007 0.019 0.044 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 92 R 0.084 0.280 0.389 0.109 0.036 0.038 0.016 0.003 0.040 0.003 0.002 93 G 0.059 0.061 0.145 0.031 0.211 0.010 0.068 0.154 0.009 0.250 0.001 94 E 0.153 0.229 0.354 0.136 0.055 0.027 0.009 0.004 0.024 0.005 0.003 95 T 0.136 0.223 0.403 0.117 0.050 0.031 0.011 0.006 0.015 0.006 0.002 96 S 0.089 0.256 0.366 0.075 0.087 0.044 0.027 0.015 0.026 0.014 0.001 97 V 0.155 0.299 0.286 0.082 0.079 0.030 0.016 0.009 0.029 0.013 0.001