# TARGET T0359 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0359.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1676 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.092 0.292 0.161 0.022 0.223 0.014 0.028 0.060 0.036 0.038 0.034 2 M 0.136 0.152 0.045 0.014 0.193 0.014 0.040 0.125 0.153 0.072 0.056 3 S 0.110 0.100 0.037 0.020 0.138 0.038 0.060 0.108 0.151 0.171 0.067 4 E 0.143 0.216 0.063 0.009 0.410 0.006 0.018 0.026 0.028 0.057 0.023 5 T 0.483 0.046 0.010 0.002 0.324 0.005 0.010 0.005 0.007 0.022 0.087 6 F 0.103 0.269 0.051 0.016 0.512 0.014 0.009 0.004 0.002 0.005 0.016 7 D 0.435 0.032 0.003 0.001 0.479 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.043 8 V 0.185 0.119 0.004 0.001 0.677 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 9 E 0.239 0.060 0.004 0.001 0.672 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 10 L 0.357 0.101 0.012 0.002 0.448 0.002 0.002 0.002 0.001 0.008 0.065 11 T 0.159 0.230 0.070 0.008 0.486 0.003 0.006 0.002 0.001 0.007 0.029 12 K 0.097 0.098 0.030 0.065 0.150 0.125 0.127 0.109 0.082 0.058 0.058 13 N 0.093 0.165 0.262 0.078 0.148 0.021 0.015 0.031 0.052 0.075 0.059 14 V 0.120 0.078 0.041 0.080 0.117 0.065 0.056 0.139 0.136 0.113 0.055 15 Q 0.014 0.150 0.146 0.153 0.043 0.068 0.206 0.089 0.064 0.055 0.012 16 G 0.083 0.052 0.065 0.140 0.051 0.066 0.021 0.028 0.037 0.321 0.136 17 L 0.132 0.242 0.064 0.046 0.293 0.024 0.034 0.022 0.023 0.064 0.055 18 G 0.282 0.063 0.052 0.074 0.261 0.042 0.011 0.006 0.008 0.057 0.144 19 I 0.231 0.164 0.012 0.001 0.570 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 20 T 0.242 0.108 0.012 0.001 0.606 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.022 21 I 0.514 0.030 0.008 0.004 0.267 0.005 0.003 0.003 0.003 0.018 0.144 22 A 0.072 0.069 0.057 0.213 0.116 0.173 0.176 0.030 0.027 0.034 0.033 23 G 0.049 0.131 0.178 0.218 0.088 0.056 0.015 0.027 0.035 0.146 0.056 24 Y 0.124 0.195 0.131 0.043 0.261 0.017 0.017 0.038 0.037 0.086 0.051 25 I 0.078 0.137 0.052 0.053 0.126 0.086 0.125 0.124 0.088 0.083 0.048 26 G 0.055 0.102 0.169 0.189 0.095 0.073 0.034 0.033 0.046 0.139 0.065 27 D 0.156 0.116 0.059 0.022 0.279 0.012 0.025 0.087 0.086 0.100 0.058 28 K 0.042 0.074 0.041 0.011 0.069 0.017 0.036 0.241 0.329 0.117 0.024 29 K 0.079 0.096 0.054 0.031 0.123 0.033 0.094 0.193 0.109 0.138 0.049 30 L 0.121 0.106 0.036 0.027 0.112 0.033 0.054 0.101 0.089 0.239 0.080 31 E 0.061 0.202 0.329 0.069 0.143 0.028 0.022 0.050 0.025 0.038 0.033 32 P 0.042 0.100 0.147 0.057 0.067 0.071 0.085 0.236 0.124 0.059 0.012 33 S 0.028 0.182 0.201 0.120 0.069 0.051 0.088 0.089 0.059 0.080 0.031 34 G 0.073 0.143 0.108 0.188 0.096 0.058 0.014 0.021 0.023 0.165 0.110 35 I 0.139 0.239 0.024 0.001 0.573 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.014 36 F 0.058 0.429 0.022 0.001 0.484 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 37 V 0.702 0.005 0.001 0.001 0.171 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.116 38 K 0.007 0.012 0.006 0.068 0.026 0.460 0.353 0.046 0.017 0.003 0.002 39 S 0.254 0.134 0.017 0.001 0.499 0.001 0.001 0.004 0.004 0.018 0.069 40 I 0.367 0.098 0.012 0.007 0.329 0.005 0.003 0.010 0.009 0.037 0.121 41 T 0.056 0.176 0.224 0.173 0.169 0.053 0.018 0.026 0.020 0.049 0.036 42 K 0.070 0.136 0.064 0.063 0.118 0.089 0.170 0.155 0.059 0.033 0.042 43 S 0.035 0.050 0.031 0.059 0.048 0.022 0.025 0.046 0.075 0.500 0.109 44 S 0.087 0.245 0.246 0.041 0.172 0.014 0.015 0.069 0.035 0.042 0.034 45 A 0.063 0.141 0.045 0.007 0.137 0.007 0.017 0.333 0.148 0.073 0.030 46 V 0.049 0.126 0.033 0.007 0.153 0.011 0.025 0.335 0.154 0.084 0.022 47 E 0.097 0.058 0.046 0.011 0.062 0.015 0.072 0.486 0.090 0.035 0.028 48 H 0.029 0.055 0.089 0.055 0.043 0.064 0.122 0.317 0.107 0.101 0.019 49 D 0.021 0.551 0.127 0.068 0.119 0.022 0.034 0.030 0.009 0.010 0.009 50 G 0.018 0.015 0.016 0.025 0.010 0.009 0.004 0.017 0.048 0.648 0.191 51 R 0.049 0.373 0.103 0.008 0.209 0.011 0.031 0.073 0.062 0.066 0.015 52 I 0.310 0.167 0.015 0.002 0.352 0.001 0.003 0.013 0.015 0.031 0.092 53 Q 0.054 0.239 0.438 0.038 0.172 0.009 0.006 0.011 0.012 0.010 0.011 54 I 0.018 0.022 0.031 0.042 0.018 0.132 0.372 0.247 0.092 0.015 0.010 55 G 0.060 0.082 0.097 0.156 0.049 0.027 0.014 0.015 0.029 0.313 0.156 56 D 0.241 0.207 0.037 0.005 0.334 0.004 0.004 0.003 0.008 0.079 0.077 57 Q 0.053 0.266 0.036 0.001 0.632 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.003 58 I 0.603 0.009 0.001 0.001 0.351 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 59 I 0.129 0.149 0.011 0.005 0.664 0.016 0.005 0.002 0.001 0.002 0.016 60 A 0.418 0.047 0.007 0.001 0.459 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.063 61 V 0.207 0.050 0.029 0.190 0.106 0.206 0.027 0.019 0.015 0.048 0.104 62 D 0.002 0.040 0.078 0.644 0.010 0.100 0.085 0.028 0.009 0.004 0.001 63 G 0.018 0.013 0.029 0.032 0.015 0.010 0.005 0.023 0.069 0.704 0.081 64 T 0.007 0.624 0.189 0.004 0.153 0.002 0.004 0.009 0.006 0.002 0.001 65 N 0.345 0.107 0.032 0.001 0.390 0.002 0.006 0.012 0.004 0.007 0.094 66 L 0.212 0.067 0.040 0.044 0.168 0.047 0.037 0.060 0.091 0.099 0.134 67 Q 0.002 0.021 0.029 0.173 0.006 0.252 0.310 0.147 0.043 0.016 0.003 68 G 0.021 0.014 0.036 0.026 0.008 0.009 0.002 0.009 0.017 0.727 0.132 69 F 0.045 0.513 0.114 0.007 0.278 0.002 0.003 0.007 0.003 0.015 0.012 70 T 0.007 0.646 0.288 0.002 0.036 0.001 0.001 0.010 0.002 0.007 0.002 71 N 0.004 0.007 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 0.850 0.115 0.006 0.002 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.035 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.020 0.003 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.002 0.001 75 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.021 0.001 0.001 76 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.009 0.001 0.001 77 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.030 0.003 0.001 78 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.880 0.107 0.009 0.001 79 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.860 0.110 0.003 0.001 80 H 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.017 0.202 0.551 0.103 0.115 0.004 81 T 0.021 0.536 0.221 0.010 0.195 0.001 0.004 0.003 0.001 0.002 0.005 82 G 0.035 0.010 0.014 0.047 0.009 0.042 0.020 0.046 0.071 0.506 0.202 83 Q 0.039 0.409 0.203 0.019 0.203 0.009 0.012 0.025 0.021 0.048 0.012 84 T 0.270 0.065 0.008 0.003 0.541 0.008 0.024 0.012 0.012 0.017 0.041 85 V 0.147 0.163 0.009 0.001 0.667 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 86 L 0.284 0.029 0.002 0.001 0.666 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 87 L 0.286 0.053 0.003 0.001 0.640 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 88 T 0.149 0.120 0.005 0.001 0.705 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 89 L 0.411 0.076 0.013 0.001 0.425 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.065 90 M 0.144 0.244 0.067 0.018 0.404 0.015 0.019 0.009 0.007 0.026 0.047 91 R 0.146 0.233 0.206 0.056 0.246 0.028 0.014 0.013 0.010 0.015 0.032 92 R 0.024 0.072 0.059 0.236 0.043 0.123 0.135 0.125 0.095 0.066 0.022 93 G 0.012 0.058 0.165 0.379 0.025 0.079 0.021 0.037 0.063 0.142 0.018 94 E 0.060 0.329 0.154 0.018 0.215 0.011 0.036 0.065 0.046 0.043 0.024 95 T 0.090 0.274 0.098 0.014 0.218 0.018 0.057 0.087 0.056 0.045 0.044 96 S 0.132 0.228 0.107 0.017 0.244 0.016 0.028 0.065 0.052 0.057 0.056 97 V 0.121 0.166 0.056 0.015 0.195 0.022 0.041 0.139 0.114 0.085 0.045