# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.86819 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.142 0.172 0.088 0.005 0.033 0.078 0.111 0.016 0.009 0.009 0.019 0.018 0.018 0.005 0.052 0.058 0.011 0.044 0.021 0.042 0.029 2 T 0.023 0.156 0.181 0.120 0.006 0.023 0.083 0.088 0.015 0.010 0.014 0.014 0.018 0.025 0.013 0.034 0.023 0.011 0.034 0.017 0.032 0.061 3 Q 0.015 0.136 0.196 0.082 0.006 0.022 0.065 0.061 0.024 0.017 0.025 0.031 0.021 0.040 0.006 0.052 0.025 0.009 0.037 0.034 0.075 0.023 4 S 0.022 0.092 0.215 0.080 0.007 0.012 0.125 0.061 0.036 0.013 0.027 0.023 0.025 0.046 0.015 0.035 0.018 0.007 0.027 0.022 0.038 0.053 5 V 0.029 0.152 0.134 0.039 0.005 0.008 0.097 0.028 0.056 0.023 0.027 0.030 0.021 0.059 0.013 0.055 0.022 0.022 0.029 0.045 0.073 0.032 6 L 0.034 0.223 0.161 0.081 0.006 0.014 0.053 0.008 0.047 0.019 0.024 0.019 0.028 0.040 0.026 0.046 0.029 0.008 0.031 0.015 0.034 0.055 7 L 0.005 0.296 0.122 0.242 0.007 0.011 0.010 0.002 0.033 0.019 0.019 0.015 0.011 0.030 0.007 0.036 0.026 0.011 0.030 0.019 0.032 0.018 8 P 0.003 0.096 0.034 0.750 0.033 0.006 0.006 0.003 0.009 0.003 0.006 0.004 0.006 0.005 0.003 0.008 0.010 0.004 0.003 0.002 0.004 0.004 9 P 0.004 0.097 0.113 0.679 0.007 0.012 0.021 0.002 0.006 0.005 0.006 0.003 0.003 0.006 0.009 0.005 0.007 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 10 G 0.012 0.234 0.047 0.402 0.072 0.013 0.081 0.012 0.008 0.006 0.012 0.015 0.005 0.008 0.003 0.013 0.009 0.011 0.003 0.010 0.019 0.003 11 P 0.013 0.162 0.184 0.355 0.011 0.105 0.051 0.017 0.006 0.003 0.007 0.003 0.004 0.005 0.022 0.013 0.004 0.004 0.002 0.002 0.005 0.021 12 F 0.025 0.255 0.136 0.113 0.013 0.047 0.171 0.061 0.010 0.011 0.011 0.019 0.006 0.011 0.009 0.026 0.008 0.013 0.006 0.008 0.030 0.011 13 T 0.024 0.207 0.080 0.261 0.015 0.098 0.057 0.147 0.006 0.002 0.004 0.006 0.005 0.005 0.006 0.015 0.008 0.008 0.011 0.003 0.011 0.020 14 R 0.013 0.071 0.198 0.051 0.006 0.368 0.056 0.157 0.005 0.002 0.002 0.004 0.004 0.003 0.002 0.015 0.005 0.003 0.005 0.004 0.011 0.014 15 R 0.007 0.028 0.075 0.030 0.004 0.067 0.129 0.603 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.006 0.006 0.003 0.008 0.007 0.010 0.006 16 Q 0.008 0.025 0.055 0.049 0.001 0.084 0.077 0.637 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.008 0.007 0.001 0.004 0.009 0.010 0.014 17 A 0.006 0.041 0.048 0.046 0.001 0.083 0.035 0.627 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.010 0.018 0.002 0.010 0.018 0.026 0.017 18 Q 0.004 0.014 0.054 0.025 0.001 0.028 0.029 0.690 0.005 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.015 0.023 0.001 0.022 0.029 0.033 0.015 19 A 0.004 0.017 0.041 0.023 0.001 0.016 0.031 0.681 0.008 0.001 0.002 0.002 0.004 0.007 0.002 0.015 0.038 0.002 0.011 0.013 0.019 0.063 20 V 0.005 0.023 0.096 0.015 0.001 0.022 0.024 0.418 0.013 0.004 0.007 0.014 0.011 0.015 0.002 0.038 0.088 0.007 0.019 0.057 0.084 0.039 21 T 0.008 0.029 0.114 0.034 0.001 0.017 0.030 0.367 0.018 0.005 0.008 0.011 0.014 0.015 0.004 0.045 0.041 0.018 0.015 0.042 0.058 0.105 22 T 0.011 0.027 0.154 0.029 0.002 0.014 0.054 0.207 0.020 0.012 0.012 0.020 0.018 0.020 0.004 0.054 0.046 0.039 0.009 0.080 0.104 0.065 23 T 0.019 0.049 0.182 0.039 0.003 0.011 0.086 0.127 0.025 0.009 0.010 0.014 0.020 0.023 0.005 0.070 0.053 0.015 0.008 0.056 0.077 0.098 24 Y 0.019 0.114 0.159 0.043 0.002 0.011 0.049 0.036 0.021 0.032 0.017 0.015 0.024 0.017 0.013 0.097 0.062 0.019 0.011 0.054 0.143 0.042 25 S 0.027 0.053 0.182 0.048 0.007 0.008 0.080 0.023 0.028 0.033 0.026 0.023 0.027 0.033 0.011 0.099 0.099 0.008 0.015 0.035 0.095 0.041 26 N 0.044 0.068 0.045 0.022 0.007 0.006 0.081 0.010 0.039 0.041 0.036 0.030 0.038 0.042 0.019 0.139 0.106 0.006 0.037 0.043 0.095 0.043 27 I 0.006 0.123 0.033 0.042 0.002 0.007 0.008 0.004 0.036 0.066 0.053 0.019 0.035 0.060 0.045 0.093 0.119 0.016 0.061 0.027 0.076 0.068 28 T 0.004 0.107 0.019 0.044 0.005 0.004 0.005 0.004 0.041 0.064 0.066 0.063 0.053 0.049 0.020 0.094 0.077 0.031 0.016 0.072 0.115 0.049 29 L 0.003 0.143 0.027 0.084 0.002 0.008 0.005 0.003 0.038 0.056 0.047 0.017 0.032 0.032 0.090 0.057 0.020 0.157 0.009 0.017 0.047 0.105 30 E 0.007 0.093 0.070 0.067 0.013 0.014 0.019 0.008 0.044 0.035 0.064 0.099 0.053 0.041 0.013 0.065 0.035 0.134 0.005 0.038 0.054 0.029 31 D 0.019 0.218 0.095 0.139 0.019 0.027 0.042 0.011 0.027 0.016 0.032 0.028 0.019 0.018 0.037 0.039 0.017 0.083 0.004 0.016 0.026 0.067 32 D 0.021 0.124 0.346 0.112 0.027 0.070 0.035 0.018 0.015 0.011 0.018 0.020 0.013 0.011 0.005 0.027 0.018 0.061 0.005 0.009 0.017 0.017 33 Q 0.058 0.088 0.262 0.177 0.031 0.047 0.178 0.028 0.006 0.003 0.010 0.007 0.005 0.006 0.003 0.016 0.011 0.015 0.007 0.006 0.016 0.021 34 G 0.170 0.111 0.082 0.077 0.059 0.075 0.218 0.027 0.006 0.003 0.004 0.006 0.004 0.007 0.002 0.026 0.008 0.011 0.030 0.008 0.033 0.031 35 S 0.020 0.128 0.138 0.127 0.007 0.057 0.071 0.045 0.011 0.004 0.006 0.008 0.008 0.007 0.003 0.066 0.040 0.006 0.137 0.013 0.049 0.050 36 H 0.019 0.096 0.060 0.046 0.004 0.013 0.063 0.035 0.021 0.007 0.006 0.014 0.015 0.011 0.008 0.130 0.108 0.003 0.078 0.037 0.083 0.143 37 F 0.008 0.035 0.018 0.017 0.001 0.009 0.014 0.018 0.021 0.011 0.010 0.009 0.017 0.013 0.011 0.169 0.317 0.002 0.100 0.031 0.094 0.077 38 R 0.002 0.009 0.008 0.004 0.001 0.002 0.004 0.007 0.016 0.013 0.016 0.021 0.025 0.024 0.006 0.158 0.238 0.002 0.068 0.160 0.147 0.068 39 L 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.017 0.024 0.019 0.013 0.015 0.006 0.061 0.406 0.005 0.011 0.240 0.114 0.043 40 V 0.001 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.028 0.015 0.016 0.024 0.029 0.025 0.011 0.126 0.099 0.017 0.005 0.292 0.134 0.157 41 V 0.001 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.008 0.004 0.006 0.005 0.005 0.028 0.014 0.729 0.001 0.089 0.055 0.028 42 R 0.005 0.028 0.027 0.014 0.003 0.006 0.006 0.004 0.017 0.018 0.022 0.030 0.022 0.021 0.007 0.082 0.027 0.164 0.003 0.198 0.130 0.167 43 D 0.004 0.117 0.020 0.038 0.005 0.005 0.004 0.004 0.004 0.015 0.006 0.006 0.005 0.004 0.006 0.015 0.005 0.662 0.001 0.017 0.030 0.027 44 T 0.017 0.021 0.703 0.046 0.010 0.080 0.010 0.015 0.003 0.003 0.005 0.008 0.006 0.002 0.001 0.009 0.004 0.030 0.002 0.005 0.009 0.009 45 E 0.091 0.018 0.062 0.018 0.007 0.011 0.749 0.014 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.004 46 G 0.463 0.037 0.017 0.017 0.060 0.040 0.170 0.010 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.013 0.005 0.001 0.127 0.003 0.020 0.004 47 R 0.013 0.080 0.037 0.075 0.002 0.032 0.012 0.032 0.005 0.003 0.006 0.004 0.008 0.010 0.006 0.024 0.018 0.001 0.560 0.005 0.017 0.049 48 M 0.006 0.069 0.023 0.019 0.001 0.016 0.010 0.046 0.017 0.009 0.011 0.029 0.031 0.020 0.005 0.071 0.086 0.003 0.250 0.049 0.092 0.139 49 V 0.002 0.028 0.017 0.016 0.001 0.008 0.005 0.047 0.016 0.005 0.007 0.008 0.017 0.018 0.008 0.082 0.084 0.002 0.448 0.018 0.046 0.117 50 W 0.002 0.018 0.017 0.011 0.001 0.008 0.011 0.078 0.021 0.014 0.018 0.040 0.036 0.028 0.007 0.069 0.127 0.017 0.074 0.178 0.145 0.081 51 R 0.004 0.017 0.029 0.008 0.001 0.013 0.013 0.102 0.022 0.010 0.017 0.026 0.027 0.026 0.009 0.058 0.044 0.016 0.010 0.378 0.103 0.066 52 A 0.005 0.022 0.094 0.019 0.001 0.008 0.047 0.154 0.015 0.011 0.013 0.022 0.024 0.023 0.007 0.062 0.059 0.013 0.003 0.250 0.091 0.058 53 W 0.019 0.055 0.156 0.019 0.003 0.014 0.090 0.088 0.015 0.011 0.014 0.018 0.014 0.019 0.005 0.049 0.027 0.019 0.006 0.179 0.140 0.038 54 N 0.058 0.131 0.252 0.075 0.010 0.023 0.117 0.065 0.008 0.012 0.014 0.010 0.012 0.018 0.009 0.040 0.022 0.016 0.014 0.029 0.042 0.022 55 F 0.049 0.195 0.271 0.089 0.014 0.033 0.109 0.024 0.006 0.008 0.006 0.010 0.006 0.013 0.006 0.021 0.009 0.010 0.027 0.018 0.037 0.038 56 E 0.012 0.348 0.126 0.261 0.015 0.051 0.022 0.034 0.003 0.004 0.005 0.006 0.004 0.007 0.003 0.011 0.004 0.026 0.034 0.005 0.014 0.006 57 P 0.011 0.060 0.361 0.294 0.015 0.083 0.035 0.076 0.003 0.001 0.002 0.007 0.005 0.005 0.002 0.006 0.002 0.002 0.005 0.002 0.004 0.018 58 D 0.013 0.208 0.213 0.100 0.007 0.036 0.223 0.146 0.002 0.001 0.003 0.005 0.002 0.003 0.003 0.005 0.003 0.009 0.004 0.003 0.007 0.003 59 A 0.029 0.082 0.341 0.148 0.008 0.106 0.176 0.069 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 0.004 0.003 0.005 0.003 60 G 0.101 0.052 0.136 0.036 0.051 0.150 0.299 0.132 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.004 0.002 0.005 0.001 0.002 0.007 0.003 0.008 0.003 61 E 0.008 0.041 0.165 0.056 0.004 0.222 0.113 0.330 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 0.030 0.002 0.004 0.003 62 G 0.009 0.051 0.059 0.033 0.002 0.054 0.179 0.573 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.005 0.003 0.005 0.008 63 L 0.006 0.049 0.104 0.057 0.001 0.087 0.041 0.585 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.007 0.010 0.001 0.020 0.003 0.007 0.006 64 N 0.009 0.022 0.073 0.021 0.003 0.067 0.087 0.656 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.003 0.001 0.006 0.007 0.002 0.010 0.004 0.011 0.008 65 R 0.003 0.013 0.051 0.006 0.001 0.045 0.059 0.770 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.008 0.002 0.008 0.007 0.006 0.006 66 Y 0.002 0.014 0.055 0.017 0.001 0.019 0.038 0.787 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.005 0.009 0.010 0.004 0.004 0.003 0.020 67 I 0.004 0.024 0.076 0.026 0.001 0.017 0.031 0.701 0.003 0.001 0.002 0.004 0.004 0.005 0.001 0.007 0.019 0.019 0.006 0.009 0.011 0.030 68 R 0.016 0.039 0.187 0.023 0.002 0.016 0.067 0.454 0.004 0.002 0.003 0.008 0.005 0.007 0.002 0.014 0.022 0.040 0.010 0.013 0.026 0.042 69 T 0.016 0.055 0.459 0.037 0.002 0.017 0.152 0.123 0.004 0.003 0.005 0.010 0.005 0.004 0.003 0.014 0.011 0.020 0.007 0.013 0.019 0.021 70 S 0.129 0.053 0.262 0.086 0.008 0.025 0.307 0.025 0.005 0.005 0.008 0.005 0.004 0.008 0.003 0.012 0.015 0.006 0.009 0.005 0.012 0.009 71 G 0.520 0.039 0.029 0.021 0.086 0.016 0.114 0.015 0.003 0.002 0.004 0.005 0.004 0.009 0.003 0.012 0.013 0.002 0.078 0.006 0.012 0.008 72 I 0.004 0.256 0.054 0.188 0.001 0.020 0.011 0.017 0.006 0.009 0.010 0.005 0.011 0.010 0.021 0.019 0.023 0.010 0.248 0.005 0.013 0.060 73 R 0.009 0.195 0.084 0.125 0.008 0.021 0.020 0.031 0.012 0.014 0.021 0.084 0.043 0.026 0.005 0.038 0.039 0.027 0.027 0.031 0.059 0.081 74 T 0.015 0.200 0.092 0.167 0.005 0.053 0.035 0.040 0.014 0.010 0.020 0.018 0.015 0.014 0.039 0.031 0.018 0.020 0.074 0.008 0.027 0.084 75 D 0.023 0.133 0.140 0.096 0.012 0.071 0.068 0.099 0.018 0.012 0.014 0.042 0.032 0.018 0.010 0.035 0.039 0.023 0.026 0.024 0.032 0.034 76 T 0.027 0.130 0.123 0.099 0.009 0.091 0.082 0.176 0.009 0.004 0.010 0.016 0.012 0.011 0.016 0.022 0.030 0.011 0.017 0.044 0.022 0.040 77 A 0.022 0.074 0.146 0.068 0.006 0.117 0.070 0.287 0.007 0.004 0.007 0.013 0.013 0.010 0.004 0.021 0.026 0.007 0.015 0.021 0.022 0.042 78 T 0.012 0.070 0.105 0.080 0.003 0.045 0.075 0.413 0.004 0.002 0.004 0.006 0.004 0.006 0.002 0.016 0.030 0.010 0.025 0.022 0.029 0.037 79 R 0.022 0.081 0.099 0.060 0.003 0.054 0.078 0.366 0.004 0.002 0.003 0.006 0.004 0.005 0.003 0.018 0.029 0.010 0.025 0.027 0.028 0.075 80 L 0.012 0.098 0.171 0.069 0.002 0.045 0.057 0.318 0.004 0.002 0.003 0.005 0.004 0.004 0.003 0.020 0.029 0.017 0.031 0.027 0.031 0.050 81 E 0.019 0.061 0.208 0.066 0.006 0.026 0.107 0.303 0.004 0.001 0.003 0.007 0.004 0.005 0.002 0.020 0.022 0.015 0.023 0.031 0.026 0.041 82 H 0.032 0.084 0.190 0.059 0.006 0.033 0.200 0.204 0.003 0.002 0.004 0.006 0.003 0.005 0.003 0.016 0.015 0.018 0.020 0.027 0.026 0.044 83 H 0.040 0.109 0.260 0.081 0.007 0.037 0.137 0.129 0.004 0.002 0.004 0.009 0.005 0.007 0.003 0.019 0.019 0.013 0.027 0.029 0.030 0.029 84 H 0.053 0.118 0.232 0.088 0.011 0.033 0.129 0.102 0.005 0.002 0.005 0.009 0.005 0.007 0.005 0.022 0.015 0.015 0.038 0.032 0.030 0.043 85 H 0.043 0.142 0.233 0.091 0.010 0.034 0.142 0.074 0.006 0.003 0.007 0.012 0.008 0.010 0.005 0.026 0.016 0.015 0.043 0.021 0.029 0.032 86 H 0.044 0.177 0.207 0.123 0.012 0.034 0.144 0.040 0.006 0.004 0.006 0.014 0.008 0.012 0.006 0.021 0.012 0.008 0.045 0.017 0.026 0.034 87 H 0.030 0.253 0.159 0.172 0.018 0.048 0.062 0.035 0.007 0.004 0.007 0.014 0.008 0.011 0.005 0.023 0.013 0.013 0.050 0.017 0.028 0.021