# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.86819 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.086 0.008 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.096 0.099 0.521 2 T 0.107 0.067 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.094 0.067 0.074 0.563 3 Q 0.076 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.004 0.002 0.190 0.065 0.069 0.538 4 S 0.047 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.110 0.043 0.093 0.685 5 V 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.188 0.045 0.112 0.621 6 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.017 0.128 0.776 7 L 0.040 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.044 0.124 0.725 8 P 0.039 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.030 0.142 0.743 9 P 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.036 0.093 0.826 10 G 0.027 0.077 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.087 0.133 0.622 11 P 0.056 0.152 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.028 0.105 0.612 12 F 0.019 0.210 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.091 0.052 0.084 0.526 13 T 0.057 0.739 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.049 0.015 0.119 14 R 0.059 0.547 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.136 0.028 0.182 15 R 0.028 0.637 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.034 0.032 0.231 16 Q 0.071 0.550 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.054 0.032 0.249 17 A 0.033 0.209 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.368 0.075 0.225 18 Q 0.011 0.125 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.492 0.084 0.174 19 A 0.019 0.095 0.035 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.204 0.316 0.107 0.207 20 V 0.055 0.131 0.010 0.005 0.006 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.294 0.094 0.079 0.305 21 T 0.060 0.027 0.019 0.005 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.271 0.201 0.065 0.340 22 T 0.013 0.019 0.014 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.174 0.091 0.137 0.534 23 T 0.032 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.416 0.055 0.088 0.385 24 Y 0.055 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.104 0.134 0.555 25 S 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.345 0.104 0.103 0.422 26 N 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.550 0.098 0.051 0.277 27 I 0.001 0.006 0.001 0.001 0.006 0.002 0.011 0.017 0.006 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.683 0.080 0.039 0.139 28 T 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.654 0.060 0.031 0.213 29 L 0.032 0.003 0.003 0.004 0.051 0.170 0.142 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.249 0.107 0.036 0.154 30 E 0.015 0.006 0.002 0.004 0.008 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.230 0.060 0.120 0.528 31 D 0.091 0.004 0.002 0.002 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.058 0.112 0.630 32 D 0.110 0.015 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.119 0.139 0.557 33 Q 0.060 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.057 0.118 0.709 34 G 0.041 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.002 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.060 0.056 0.149 0.635 35 S 0.011 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.134 0.003 0.014 0.001 0.005 0.001 0.001 0.199 0.070 0.102 0.424 36 H 0.006 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.010 0.111 0.011 0.054 0.007 0.006 0.002 0.251 0.106 0.069 0.302 37 F 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.016 0.015 0.123 0.014 0.014 0.333 0.107 0.057 0.293 38 R 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.051 0.039 0.165 0.042 0.484 0.090 0.019 0.088 39 L 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.008 0.012 0.813 0.056 0.015 0.062 40 V 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.005 0.020 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.721 0.119 0.019 0.091 41 V 0.003 0.003 0.002 0.005 0.066 0.631 0.041 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.059 0.015 0.050 42 R 0.018 0.016 0.012 0.006 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.392 0.115 0.072 0.340 43 D 0.421 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.119 0.061 0.343 44 T 0.104 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.035 0.109 0.698 45 E 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.015 0.108 0.837 46 G 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.064 0.133 0.624 47 R 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.580 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 0.068 0.022 0.112 48 M 0.004 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.002 0.055 0.005 0.002 0.001 0.432 0.068 0.050 0.316 49 V 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.382 0.016 0.008 0.411 0.035 0.017 0.098 50 W 0.007 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.104 0.021 0.564 0.131 0.028 0.129 51 R 0.033 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.566 0.140 0.045 0.187 52 A 0.060 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.484 0.041 0.066 0.337 53 W 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.311 0.049 0.132 0.489 54 N 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.057 0.147 0.652 55 F 0.056 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.046 0.138 0.671 56 E 0.266 0.040 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.081 0.097 0.470 57 P 0.144 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.039 0.113 0.633 58 D 0.097 0.169 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.077 0.084 0.547 59 A 0.058 0.368 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.063 0.068 0.429 60 G 0.114 0.314 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.351 0.036 0.173 61 E 0.016 0.701 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.088 0.034 0.143 62 G 0.046 0.749 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.051 0.021 0.109 63 L 0.032 0.776 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.041 0.020 0.110 64 N 0.051 0.675 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.078 0.031 0.150 65 R 0.032 0.265 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.398 0.075 0.172 66 Y 0.025 0.185 0.022 0.025 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.423 0.095 0.193 67 I 0.046 0.024 0.235 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.385 0.062 0.207 68 R 0.414 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.052 0.070 0.408 69 T 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.036 0.116 0.779 70 S 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.031 0.168 0.682 71 G 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.151 0.039 0.155 0.636 72 I 0.012 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.092 0.148 0.617 73 R 0.044 0.044 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.343 0.135 0.081 0.338 74 T 0.104 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.081 0.182 0.115 0.485 75 D 0.013 0.146 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.107 0.104 0.451 76 T 0.061 0.340 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.037 0.074 0.398 77 A 0.070 0.343 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.071 0.058 0.292 78 T 0.042 0.342 0.010 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 0.092 0.061 0.269 79 R 0.070 0.252 0.021 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.124 0.118 0.065 0.325 80 L 0.107 0.192 0.025 0.007 0.007 0.004 0.007 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.004 0.002 0.001 0.070 0.132 0.075 0.351 81 E 0.120 0.118 0.010 0.008 0.004 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.063 0.076 0.078 0.497 82 H 0.098 0.063 0.010 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.083 0.070 0.618 83 H 0.109 0.026 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.075 0.076 0.653 84 H 0.095 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.033 0.075 0.745 85 H 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.020 0.081 0.844 86 H 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.018 0.091 0.852 87 H 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.029 0.025 0.111 0.810