# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.86819 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.033 0.032 0.069 0.095 0.119 0.125 0.499 2 T 0.110 0.048 0.037 0.050 0.096 0.091 0.140 0.427 3 Q 0.113 0.028 0.027 0.060 0.102 0.119 0.068 0.483 4 S 0.035 0.007 0.037 0.036 0.073 0.101 0.059 0.652 5 V 0.017 0.004 0.081 0.095 0.145 0.163 0.054 0.440 6 L 0.019 0.003 0.048 0.025 0.057 0.104 0.027 0.718 7 L 0.116 0.007 0.070 0.077 0.056 0.142 0.080 0.453 8 P 0.034 0.007 0.022 0.012 0.020 0.124 0.023 0.757 9 P 0.047 0.008 0.012 0.007 0.015 0.088 0.050 0.773 10 G 0.098 0.066 0.024 0.023 0.021 0.131 0.129 0.508 11 P 0.078 0.162 0.016 0.011 0.020 0.150 0.039 0.524 12 F 0.044 0.166 0.024 0.019 0.021 0.087 0.051 0.587 13 T 0.083 0.718 0.006 0.006 0.010 0.022 0.057 0.097 14 R 0.066 0.785 0.007 0.004 0.006 0.020 0.031 0.081 15 R 0.016 0.828 0.007 0.010 0.011 0.019 0.019 0.089 16 Q 0.025 0.889 0.003 0.002 0.006 0.008 0.020 0.048 17 A 0.017 0.467 0.009 0.012 0.022 0.029 0.347 0.097 18 Q 0.002 0.072 0.007 0.015 0.024 0.013 0.844 0.023 19 A 0.004 0.186 0.009 0.016 0.025 0.018 0.698 0.044 20 V 0.026 0.669 0.017 0.055 0.073 0.019 0.081 0.060 21 T 0.059 0.174 0.041 0.061 0.152 0.056 0.215 0.242 22 T 0.015 0.050 0.073 0.059 0.071 0.101 0.405 0.225 23 T 0.073 0.077 0.107 0.057 0.093 0.109 0.203 0.281 24 Y 0.042 0.020 0.067 0.043 0.042 0.167 0.100 0.518 25 S 0.012 0.016 0.123 0.043 0.087 0.147 0.078 0.494 26 N 0.023 0.014 0.185 0.051 0.119 0.106 0.104 0.399 27 I 0.011 0.006 0.266 0.116 0.118 0.101 0.081 0.301 28 T 0.025 0.008 0.334 0.072 0.112 0.080 0.070 0.299 29 L 0.111 0.014 0.125 0.090 0.099 0.112 0.101 0.347 30 E 0.035 0.009 0.076 0.035 0.063 0.136 0.060 0.585 31 D 0.082 0.010 0.023 0.014 0.036 0.137 0.076 0.621 32 D 0.107 0.024 0.021 0.029 0.035 0.158 0.135 0.490 33 Q 0.067 0.049 0.016 0.021 0.057 0.154 0.031 0.604 34 G 0.046 0.063 0.025 0.038 0.152 0.119 0.039 0.518 35 S 0.015 0.052 0.042 0.177 0.371 0.076 0.049 0.218 36 H 0.013 0.053 0.055 0.175 0.428 0.046 0.062 0.168 37 F 0.006 0.021 0.028 0.337 0.461 0.021 0.040 0.086 38 R 0.003 0.006 0.031 0.343 0.523 0.014 0.035 0.045 39 L 0.002 0.004 0.034 0.318 0.574 0.011 0.018 0.040 40 V 0.001 0.001 0.027 0.380 0.550 0.006 0.012 0.021 41 V 0.003 0.002 0.038 0.383 0.480 0.013 0.025 0.056 42 R 0.016 0.005 0.039 0.284 0.409 0.039 0.034 0.175 43 D 0.273 0.012 0.015 0.059 0.083 0.073 0.035 0.450 44 T 0.186 0.038 0.009 0.023 0.025 0.098 0.031 0.590 45 E 0.025 0.049 0.009 0.011 0.049 0.100 0.013 0.744 46 G 0.018 0.090 0.024 0.053 0.186 0.091 0.108 0.430 47 R 0.006 0.078 0.030 0.341 0.325 0.039 0.076 0.105 48 M 0.006 0.069 0.044 0.278 0.377 0.022 0.073 0.132 49 V 0.005 0.047 0.062 0.365 0.393 0.015 0.060 0.052 50 W 0.010 0.024 0.104 0.235 0.440 0.017 0.092 0.078 51 R 0.040 0.027 0.039 0.373 0.336 0.027 0.073 0.086 52 A 0.060 0.026 0.046 0.128 0.253 0.085 0.039 0.364 53 W 0.048 0.019 0.023 0.085 0.156 0.119 0.032 0.518 54 N 0.020 0.019 0.031 0.065 0.114 0.118 0.057 0.575 55 F 0.110 0.049 0.017 0.034 0.047 0.133 0.041 0.568 56 E 0.156 0.071 0.029 0.069 0.062 0.120 0.081 0.412 57 P 0.077 0.040 0.009 0.007 0.014 0.111 0.017 0.725 58 D 0.230 0.146 0.019 0.022 0.025 0.092 0.101 0.365 59 A 0.073 0.217 0.006 0.008 0.014 0.098 0.029 0.556 60 G 0.099 0.277 0.020 0.015 0.028 0.067 0.146 0.349 61 E 0.042 0.413 0.021 0.050 0.043 0.086 0.074 0.273 62 G 0.077 0.519 0.023 0.018 0.036 0.058 0.047 0.221 63 L 0.079 0.496 0.018 0.033 0.047 0.054 0.073 0.201 64 N 0.049 0.426 0.020 0.024 0.059 0.051 0.157 0.216 65 R 0.028 0.143 0.040 0.078 0.099 0.052 0.328 0.234 66 Y 0.013 0.043 0.079 0.089 0.134 0.066 0.448 0.128 67 I 0.051 0.033 0.150 0.100 0.115 0.094 0.182 0.275 68 R 0.303 0.019 0.039 0.036 0.054 0.092 0.052 0.407 69 T 0.047 0.008 0.011 0.009 0.016 0.070 0.039 0.800 70 S 0.011 0.007 0.052 0.018 0.062 0.216 0.038 0.598 71 G 0.019 0.011 0.075 0.037 0.091 0.156 0.096 0.517 72 I 0.018 0.016 0.081 0.113 0.061 0.125 0.069 0.517 73 R 0.046 0.075 0.108 0.033 0.060 0.093 0.101 0.485 74 T 0.061 0.100 0.049 0.033 0.042 0.093 0.301 0.321 75 D 0.046 0.207 0.093 0.037 0.040 0.082 0.164 0.332 76 T 0.088 0.536 0.027 0.015 0.029 0.050 0.050 0.206 77 A 0.075 0.476 0.040 0.029 0.041 0.055 0.051 0.233 78 T 0.048 0.359 0.034 0.047 0.074 0.060 0.102 0.275 79 R 0.085 0.316 0.027 0.033 0.047 0.072 0.146 0.274 80 L 0.102 0.235 0.034 0.048 0.055 0.083 0.133 0.310 81 E 0.100 0.124 0.028 0.046 0.061 0.086 0.096 0.459 82 H 0.091 0.069 0.024 0.028 0.047 0.092 0.091 0.558 83 H 0.109 0.044 0.031 0.048 0.068 0.108 0.083 0.509 84 H 0.116 0.015 0.017 0.028 0.043 0.098 0.051 0.632 85 H 0.062 0.010 0.012 0.024 0.035 0.108 0.042 0.707 86 H 0.030 0.008 0.015 0.019 0.037 0.116 0.037 0.738 87 H 0.044 0.011 0.020 0.032 0.054 0.115 0.049 0.675