# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.86819 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.082 0.100 0.016 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.131 0.013 0.078 0.566 2 T 0.053 0.132 0.008 0.002 0.006 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.010 0.087 0.528 3 Q 0.043 0.129 0.011 0.003 0.015 0.007 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.254 0.009 0.053 0.454 4 S 0.043 0.101 0.007 0.001 0.006 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.237 0.011 0.085 0.488 5 V 0.100 0.076 0.006 0.001 0.005 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.003 0.002 0.301 0.015 0.067 0.405 6 L 0.072 0.100 0.013 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.341 0.013 0.058 0.379 7 L 0.060 0.065 0.015 0.003 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.006 0.003 0.004 0.347 0.010 0.049 0.420 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 10 G 0.029 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.003 0.113 0.701 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 12 F 0.037 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.003 0.091 0.743 13 T 0.086 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.005 0.157 0.674 14 R 0.034 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.006 0.053 0.671 15 R 0.029 0.104 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.009 0.269 0.538 16 Q 0.066 0.191 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.009 0.356 0.334 17 A 0.024 0.730 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.008 0.014 0.181 18 Q 0.018 0.704 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.006 0.019 0.126 19 A 0.021 0.737 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.006 0.016 0.136 20 V 0.025 0.706 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.150 0.008 0.006 0.087 21 T 0.016 0.709 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.136 0.006 0.007 0.112 22 T 0.026 0.617 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.117 0.013 0.017 0.172 23 T 0.061 0.257 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.372 0.031 0.035 0.222 24 Y 0.106 0.205 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.029 0.060 0.364 25 S 0.066 0.100 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.434 0.036 0.047 0.283 26 N 0.052 0.021 0.017 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.343 0.029 0.100 0.429 27 I 0.129 0.010 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.460 0.012 0.041 0.311 28 T 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.014 0.008 0.635 0.002 0.056 0.239 29 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.007 0.074 0.200 0.127 0.032 0.277 0.002 0.029 0.230 30 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.009 0.025 0.011 0.008 0.004 0.638 0.003 0.056 0.222 31 D 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.171 0.066 0.015 0.026 0.007 0.003 0.001 0.142 0.006 0.047 0.392 32 D 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.162 0.006 0.180 0.606 33 Q 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.007 0.382 0.541 34 G 0.163 0.014 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.072 0.220 0.457 35 S 0.133 0.040 0.010 0.005 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.016 0.285 0.439 36 H 0.036 0.043 0.012 0.004 0.151 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.222 0.008 0.111 0.384 37 F 0.023 0.026 0.005 0.002 0.017 0.259 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.357 0.005 0.069 0.215 38 R 0.010 0.016 0.001 0.001 0.031 0.019 0.109 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.582 0.003 0.052 0.150 39 L 0.012 0.014 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.780 0.003 0.023 0.128 40 V 0.009 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.024 0.017 0.768 0.002 0.023 0.100 41 V 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.141 0.494 0.180 0.021 0.122 0.001 0.003 0.026 42 R 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.025 0.009 0.032 0.006 0.001 0.001 0.712 0.002 0.016 0.167 43 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.832 0.052 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.002 0.023 44 T 0.015 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.197 0.013 0.178 0.553 45 E 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.678 0.290 46 G 0.258 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.418 0.113 0.159 47 R 0.106 0.031 0.029 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.034 0.440 0.265 48 M 0.006 0.005 0.057 0.006 0.075 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.312 0.002 0.096 0.426 49 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.880 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.001 0.009 0.028 50 W 0.002 0.008 0.001 0.001 0.004 0.005 0.091 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.637 0.001 0.028 0.201 51 R 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.851 0.003 0.025 0.098 52 A 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.006 0.659 0.008 0.047 0.246 53 W 0.009 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.010 0.018 0.645 0.010 0.047 0.228 54 N 0.027 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.014 0.088 0.021 0.430 0.018 0.064 0.308 55 F 0.136 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.011 0.004 0.007 0.263 0.022 0.065 0.449 56 E 0.026 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.051 0.007 0.016 0.007 0.010 0.005 0.173 0.008 0.227 0.425 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 58 D 0.051 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.007 0.234 0.628 59 A 0.443 0.047 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.017 0.065 0.408 60 G 0.068 0.131 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.011 0.219 0.545 61 E 0.154 0.047 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.015 0.141 0.603 62 G 0.080 0.201 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.014 0.094 0.571 63 L 0.122 0.342 0.013 0.001 0.006 0.005 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.013 0.059 0.366 64 N 0.032 0.626 0.004 0.001 0.004 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.008 0.035 0.192 65 R 0.066 0.656 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.012 0.023 0.187 66 Y 0.049 0.768 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.034 0.010 0.016 0.116 67 I 0.029 0.803 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.055 0.006 0.011 0.079 68 R 0.027 0.699 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.010 0.016 0.121 69 T 0.053 0.587 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.021 0.017 0.240 70 S 0.104 0.323 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.075 0.027 0.366 71 G 0.237 0.052 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.048 0.085 0.425 72 I 0.035 0.019 0.157 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.001 0.126 0.005 0.198 0.424 73 R 0.010 0.013 0.001 0.007 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.420 0.003 0.094 0.424 74 T 0.015 0.016 0.001 0.001 0.009 0.007 0.003 0.002 0.008 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.137 0.004 0.101 0.681 75 D 0.016 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.285 0.007 0.103 0.542 76 T 0.026 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.011 0.297 0.544 77 A 0.059 0.122 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.109 0.025 0.328 0.348 78 T 0.031 0.300 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.014 0.235 0.324 79 R 0.053 0.354 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.013 0.108 0.354 80 L 0.041 0.512 0.012 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.006 0.049 0.259 81 E 0.041 0.464 0.006 0.001 0.003 0.003 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.124 0.009 0.059 0.271 82 H 0.082 0.448 0.007 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.018 0.034 0.309 83 H 0.126 0.437 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.072 0.018 0.028 0.287 84 H 0.105 0.341 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.059 0.020 0.037 0.400 85 H 0.106 0.218 0.037 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.070 0.020 0.046 0.487 86 H 0.123 0.134 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.072 0.020 0.066 0.544 87 H 0.111 0.093 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.060 0.017 0.068 0.617