# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.86819 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.113 0.076 0.012 0.023 0.028 0.037 0.059 0.005 0.001 0.005 0.643 2 T 0.046 0.057 0.006 0.028 0.042 0.063 0.143 0.003 0.001 0.006 0.607 3 Q 0.070 0.062 0.006 0.034 0.044 0.063 0.137 0.003 0.001 0.007 0.574 4 S 0.085 0.118 0.003 0.038 0.048 0.055 0.145 0.003 0.001 0.005 0.501 5 V 0.138 0.111 0.003 0.045 0.070 0.083 0.168 0.009 0.001 0.011 0.362 6 L 0.283 0.137 0.018 0.036 0.031 0.062 0.081 0.006 0.001 0.009 0.338 7 L 0.102 0.073 0.023 0.072 0.058 0.117 0.062 0.010 0.001 0.005 0.477 8 P 0.014 0.004 0.003 0.016 0.008 0.017 0.015 0.001 0.001 0.001 0.922 9 P 0.006 0.001 0.002 0.007 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.974 10 G 0.058 0.002 0.003 0.065 0.009 0.034 0.137 0.001 0.001 0.003 0.689 11 P 0.013 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.969 12 F 0.062 0.018 0.001 0.081 0.016 0.030 0.225 0.001 0.001 0.003 0.565 13 T 0.110 0.072 0.001 0.039 0.009 0.018 0.199 0.001 0.001 0.003 0.548 14 R 0.055 0.345 0.001 0.039 0.014 0.013 0.063 0.001 0.001 0.002 0.467 15 R 0.068 0.471 0.003 0.003 0.003 0.011 0.078 0.001 0.001 0.005 0.356 16 Q 0.058 0.661 0.003 0.009 0.015 0.035 0.057 0.007 0.001 0.004 0.153 17 A 0.040 0.866 0.003 0.005 0.004 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.060 18 Q 0.011 0.897 0.001 0.003 0.006 0.008 0.002 0.009 0.001 0.001 0.062 19 A 0.026 0.915 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.041 20 V 0.013 0.936 0.002 0.003 0.006 0.009 0.002 0.006 0.001 0.001 0.023 21 T 0.021 0.888 0.004 0.005 0.015 0.029 0.004 0.009 0.001 0.001 0.025 22 T 0.033 0.818 0.008 0.009 0.028 0.044 0.008 0.012 0.001 0.001 0.040 23 T 0.075 0.667 0.009 0.021 0.046 0.063 0.013 0.034 0.001 0.002 0.069 24 Y 0.078 0.360 0.077 0.042 0.070 0.091 0.033 0.036 0.001 0.005 0.209 25 S 0.059 0.121 0.042 0.104 0.133 0.182 0.077 0.032 0.001 0.011 0.238 26 N 0.146 0.038 0.067 0.083 0.084 0.133 0.102 0.022 0.001 0.019 0.306 27 I 0.076 0.023 0.053 0.154 0.219 0.174 0.056 0.005 0.001 0.007 0.232 28 T 0.013 0.007 0.012 0.158 0.200 0.246 0.087 0.001 0.001 0.004 0.272 29 L 0.008 0.003 0.003 0.087 0.320 0.336 0.041 0.001 0.001 0.002 0.199 30 E 0.006 0.002 0.001 0.090 0.187 0.329 0.065 0.001 0.001 0.003 0.316 31 D 0.013 0.003 0.001 0.051 0.154 0.263 0.223 0.001 0.001 0.010 0.282 32 D 0.064 0.005 0.002 0.031 0.040 0.046 0.298 0.001 0.001 0.034 0.479 33 Q 0.058 0.007 0.002 0.012 0.017 0.019 0.437 0.001 0.001 0.035 0.413 34 G 0.235 0.012 0.005 0.014 0.017 0.019 0.328 0.001 0.001 0.083 0.285 35 S 0.199 0.032 0.015 0.017 0.047 0.044 0.311 0.001 0.001 0.032 0.303 36 H 0.024 0.025 0.009 0.019 0.112 0.184 0.153 0.001 0.001 0.007 0.465 37 F 0.008 0.009 0.001 0.024 0.231 0.589 0.032 0.001 0.001 0.002 0.103 38 R 0.005 0.010 0.001 0.030 0.234 0.615 0.018 0.001 0.001 0.002 0.085 39 L 0.004 0.008 0.001 0.040 0.396 0.479 0.008 0.001 0.001 0.001 0.063 40 V 0.007 0.012 0.001 0.093 0.308 0.463 0.015 0.001 0.001 0.001 0.099 41 V 0.003 0.005 0.001 0.082 0.354 0.484 0.010 0.001 0.001 0.001 0.058 42 R 0.004 0.005 0.001 0.097 0.262 0.500 0.025 0.002 0.001 0.002 0.102 43 D 0.012 0.007 0.001 0.071 0.313 0.390 0.066 0.002 0.001 0.004 0.132 44 T 0.012 0.006 0.002 0.027 0.082 0.097 0.134 0.001 0.001 0.006 0.632 45 E 0.020 0.003 0.001 0.009 0.016 0.029 0.376 0.001 0.001 0.022 0.522 46 G 0.509 0.006 0.007 0.010 0.013 0.013 0.146 0.002 0.001 0.139 0.154 47 R 0.335 0.030 0.042 0.023 0.035 0.025 0.287 0.001 0.001 0.038 0.184 48 M 0.016 0.016 0.017 0.047 0.161 0.201 0.160 0.001 0.001 0.005 0.377 49 V 0.003 0.007 0.001 0.091 0.245 0.567 0.028 0.001 0.001 0.001 0.057 50 W 0.002 0.008 0.001 0.044 0.261 0.504 0.024 0.001 0.001 0.001 0.155 51 R 0.002 0.008 0.001 0.043 0.333 0.533 0.015 0.001 0.001 0.001 0.063 52 A 0.010 0.017 0.001 0.073 0.214 0.407 0.040 0.001 0.001 0.002 0.233 53 W 0.022 0.018 0.002 0.129 0.204 0.345 0.086 0.004 0.001 0.007 0.184 54 N 0.057 0.013 0.005 0.070 0.086 0.134 0.139 0.009 0.001 0.014 0.473 55 F 0.120 0.023 0.068 0.089 0.056 0.101 0.121 0.007 0.001 0.016 0.400 56 E 0.042 0.008 0.009 0.062 0.084 0.105 0.202 0.003 0.001 0.006 0.478 57 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.988 58 D 0.007 0.001 0.001 0.021 0.020 0.036 0.202 0.001 0.001 0.002 0.710 59 A 0.334 0.008 0.001 0.011 0.005 0.011 0.084 0.001 0.001 0.019 0.527 60 G 0.189 0.067 0.001 0.019 0.013 0.020 0.184 0.003 0.001 0.011 0.495 61 E 0.235 0.038 0.006 0.011 0.004 0.008 0.128 0.001 0.001 0.010 0.559 62 G 0.150 0.089 0.003 0.021 0.014 0.016 0.164 0.003 0.001 0.007 0.532 63 L 0.085 0.218 0.019 0.020 0.024 0.054 0.131 0.003 0.001 0.013 0.433 64 N 0.027 0.315 0.003 0.023 0.060 0.108 0.095 0.007 0.001 0.005 0.358 65 R 0.111 0.396 0.002 0.017 0.040 0.055 0.056 0.010 0.001 0.008 0.304 66 Y 0.175 0.496 0.007 0.011 0.030 0.037 0.042 0.011 0.001 0.004 0.188 67 I 0.056 0.508 0.013 0.053 0.072 0.128 0.029 0.012 0.001 0.003 0.126 68 R 0.032 0.442 0.006 0.075 0.089 0.166 0.030 0.018 0.001 0.003 0.140 69 T 0.166 0.356 0.009 0.022 0.025 0.059 0.026 0.027 0.001 0.003 0.307 70 S 0.213 0.238 0.016 0.030 0.035 0.043 0.045 0.043 0.001 0.005 0.334 71 G 0.257 0.064 0.038 0.026 0.028 0.032 0.139 0.021 0.001 0.020 0.376 72 I 0.085 0.052 0.195 0.040 0.058 0.073 0.119 0.004 0.001 0.008 0.368 73 R 0.021 0.045 0.006 0.106 0.116 0.205 0.129 0.003 0.001 0.004 0.366 74 T 0.055 0.039 0.004 0.049 0.065 0.105 0.079 0.002 0.001 0.006 0.597 75 D 0.062 0.070 0.003 0.042 0.058 0.084 0.143 0.003 0.001 0.008 0.525 76 T 0.069 0.058 0.005 0.024 0.040 0.060 0.249 0.004 0.001 0.018 0.474 77 A 0.126 0.117 0.008 0.039 0.045 0.073 0.221 0.005 0.001 0.030 0.334 78 T 0.100 0.157 0.008 0.030 0.069 0.080 0.247 0.006 0.001 0.021 0.282 79 R 0.100 0.214 0.011 0.021 0.042 0.060 0.111 0.005 0.001 0.009 0.427 80 L 0.070 0.261 0.010 0.024 0.085 0.134 0.078 0.005 0.001 0.006 0.325 81 E 0.055 0.226 0.007 0.026 0.086 0.166 0.083 0.007 0.001 0.006 0.338 82 H 0.092 0.194 0.006 0.016 0.066 0.115 0.071 0.012 0.001 0.005 0.423 83 H 0.184 0.193 0.009 0.022 0.045 0.056 0.056 0.016 0.001 0.005 0.413 84 H 0.139 0.129 0.013 0.018 0.032 0.048 0.104 0.011 0.001 0.008 0.497 85 H 0.102 0.076 0.019 0.020 0.024 0.041 0.110 0.009 0.001 0.008 0.592 86 H 0.140 0.057 0.012 0.019 0.023 0.033 0.109 0.006 0.001 0.007 0.596 87 H 0.091 0.039 0.008 0.015 0.015 0.023 0.092 0.003 0.001 0.006 0.709