# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.86819 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.065 0.013 0.084 0.062 0.105 0.100 0.010 0.561 2 T 0.059 0.023 0.104 0.115 0.165 0.124 0.009 0.400 3 Q 0.040 0.020 0.130 0.102 0.177 0.077 0.008 0.448 4 S 0.038 0.032 0.080 0.086 0.125 0.105 0.009 0.526 5 V 0.125 0.027 0.180 0.128 0.138 0.073 0.029 0.300 6 L 0.088 0.023 0.106 0.060 0.094 0.068 0.022 0.538 7 L 0.074 0.015 0.177 0.140 0.222 0.057 0.019 0.296 8 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 9 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 10 G 0.128 0.001 0.024 0.032 0.047 0.094 0.007 0.666 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 12 F 0.058 0.006 0.043 0.044 0.083 0.133 0.002 0.631 13 T 0.135 0.029 0.027 0.029 0.038 0.115 0.003 0.625 14 R 0.047 0.045 0.016 0.021 0.073 0.062 0.003 0.733 15 R 0.036 0.115 0.012 0.019 0.032 0.312 0.005 0.469 16 Q 0.125 0.368 0.008 0.014 0.020 0.237 0.017 0.212 17 A 0.044 0.848 0.004 0.013 0.010 0.011 0.007 0.063 18 Q 0.089 0.629 0.017 0.032 0.050 0.045 0.018 0.120 19 A 0.057 0.643 0.026 0.072 0.075 0.027 0.010 0.090 20 V 0.045 0.633 0.017 0.094 0.121 0.013 0.015 0.061 21 T 0.035 0.484 0.063 0.129 0.183 0.017 0.010 0.079 22 T 0.028 0.368 0.049 0.208 0.185 0.023 0.017 0.123 23 T 0.051 0.210 0.064 0.147 0.199 0.049 0.026 0.254 24 Y 0.044 0.207 0.073 0.182 0.258 0.056 0.018 0.161 25 S 0.070 0.123 0.096 0.201 0.251 0.081 0.030 0.149 26 N 0.146 0.031 0.063 0.149 0.183 0.070 0.054 0.304 27 I 0.109 0.017 0.194 0.267 0.202 0.046 0.018 0.148 28 T 0.014 0.009 0.186 0.221 0.266 0.077 0.006 0.220 29 L 0.015 0.004 0.194 0.219 0.345 0.043 0.004 0.175 30 E 0.016 0.004 0.164 0.183 0.234 0.188 0.004 0.205 31 D 0.022 0.007 0.087 0.100 0.217 0.104 0.007 0.456 32 D 0.024 0.005 0.043 0.024 0.060 0.175 0.008 0.662 33 Q 0.010 0.001 0.003 0.004 0.007 0.787 0.006 0.182 34 G 0.165 0.009 0.012 0.024 0.024 0.292 0.048 0.426 35 S 0.221 0.011 0.018 0.032 0.055 0.448 0.012 0.203 36 H 0.046 0.009 0.032 0.113 0.144 0.226 0.009 0.420 37 F 0.043 0.007 0.029 0.222 0.523 0.078 0.004 0.094 38 R 0.011 0.003 0.017 0.374 0.550 0.015 0.001 0.028 39 L 0.004 0.002 0.018 0.369 0.533 0.010 0.001 0.064 40 V 0.002 0.001 0.027 0.373 0.566 0.009 0.001 0.021 41 V 0.003 0.002 0.028 0.404 0.495 0.013 0.001 0.054 42 R 0.002 0.003 0.033 0.369 0.524 0.015 0.001 0.053 43 D 0.007 0.004 0.026 0.212 0.473 0.041 0.005 0.231 44 T 0.032 0.004 0.024 0.068 0.164 0.124 0.013 0.570 45 E 0.030 0.002 0.006 0.023 0.032 0.454 0.017 0.435 46 G 0.114 0.017 0.022 0.106 0.048 0.124 0.123 0.446 47 R 0.454 0.002 0.026 0.034 0.080 0.285 0.010 0.108 48 M 0.006 0.001 0.019 0.095 0.074 0.051 0.001 0.753 49 V 0.005 0.001 0.032 0.329 0.589 0.016 0.001 0.025 50 W 0.006 0.002 0.038 0.273 0.444 0.014 0.001 0.222 51 R 0.001 0.002 0.056 0.382 0.521 0.009 0.001 0.028 52 A 0.003 0.007 0.040 0.265 0.512 0.026 0.001 0.145 53 W 0.005 0.023 0.050 0.297 0.518 0.024 0.003 0.080 54 N 0.056 0.030 0.053 0.180 0.290 0.064 0.022 0.305 55 F 0.162 0.034 0.094 0.099 0.164 0.047 0.061 0.338 56 E 0.130 0.013 0.030 0.062 0.106 0.208 0.009 0.442 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 58 D 0.011 0.010 0.009 0.022 0.060 0.175 0.004 0.709 59 A 0.443 0.020 0.019 0.010 0.014 0.049 0.015 0.432 60 G 0.196 0.064 0.020 0.018 0.029 0.167 0.012 0.494 61 E 0.331 0.077 0.025 0.015 0.028 0.188 0.008 0.327 62 G 0.088 0.324 0.028 0.019 0.023 0.082 0.007 0.428 63 L 0.101 0.349 0.042 0.029 0.067 0.107 0.020 0.285 64 N 0.057 0.490 0.042 0.034 0.041 0.076 0.019 0.241 65 R 0.071 0.562 0.041 0.031 0.039 0.049 0.017 0.192 66 Y 0.069 0.557 0.037 0.030 0.051 0.055 0.014 0.187 67 I 0.053 0.587 0.057 0.055 0.074 0.045 0.018 0.111 68 R 0.035 0.642 0.063 0.047 0.058 0.035 0.016 0.104 69 T 0.065 0.452 0.067 0.034 0.052 0.038 0.039 0.252 70 S 0.131 0.274 0.076 0.056 0.042 0.045 0.057 0.319 71 G 0.210 0.061 0.080 0.034 0.033 0.072 0.066 0.444 72 I 0.089 0.036 0.314 0.062 0.062 0.078 0.019 0.340 73 R 0.035 0.037 0.232 0.114 0.136 0.119 0.010 0.316 74 T 0.016 0.026 0.080 0.039 0.069 0.056 0.005 0.709 75 D 0.029 0.034 0.164 0.067 0.097 0.143 0.010 0.455 76 T 0.058 0.025 0.049 0.030 0.045 0.297 0.010 0.486 77 A 0.068 0.050 0.066 0.040 0.088 0.161 0.010 0.518 78 T 0.048 0.102 0.038 0.066 0.083 0.289 0.011 0.362 79 R 0.082 0.153 0.031 0.039 0.076 0.130 0.012 0.477 80 L 0.097 0.318 0.037 0.053 0.135 0.080 0.009 0.271 81 E 0.082 0.287 0.027 0.067 0.110 0.140 0.024 0.263 82 H 0.153 0.320 0.025 0.041 0.060 0.045 0.029 0.328 83 H 0.215 0.237 0.029 0.035 0.062 0.057 0.032 0.333 84 H 0.149 0.146 0.034 0.039 0.050 0.079 0.035 0.467 85 H 0.142 0.105 0.043 0.035 0.053 0.087 0.034 0.501 86 H 0.113 0.063 0.042 0.029 0.046 0.092 0.020 0.595 87 H 0.074 0.045 0.034 0.028 0.043 0.090 0.013 0.673