# TARGET T0358 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 T 0.094 0.037 0.004 0.025 0.004 0.013 0.823 3 Q 0.109 0.043 0.038 0.093 0.112 0.050 0.554 4 S 0.134 0.012 0.102 0.094 0.105 0.086 0.466 5 V 0.228 0.016 0.127 0.083 0.137 0.103 0.306 6 L 0.192 0.058 0.082 0.071 0.151 0.086 0.360 7 L 0.061 0.021 0.022 0.015 0.236 0.046 0.600 8 P 0.021 0.007 0.018 0.010 0.230 0.354 0.361 9 P 0.009 0.023 0.017 0.010 0.393 0.335 0.213 10 G 0.008 0.016 0.007 0.014 0.530 0.036 0.389 11 P 0.024 0.022 0.013 0.039 0.184 0.103 0.616 12 F 0.068 0.042 0.022 0.114 0.220 0.093 0.442 13 T 0.080 0.025 0.015 0.259 0.113 0.019 0.489 14 R 0.008 0.002 0.019 0.913 0.016 0.011 0.031 15 R 0.003 0.001 0.011 0.952 0.008 0.010 0.015 16 Q 0.002 0.001 0.004 0.977 0.002 0.007 0.006 17 A 0.002 0.001 0.001 0.986 0.003 0.004 0.004 18 Q 0.004 0.001 0.001 0.987 0.002 0.003 0.003 19 A 0.003 0.001 0.001 0.989 0.001 0.003 0.002 20 V 0.003 0.001 0.002 0.986 0.002 0.006 0.001 21 T 0.008 0.001 0.004 0.966 0.003 0.015 0.003 22 T 0.012 0.001 0.009 0.869 0.006 0.097 0.007 23 T 0.034 0.002 0.011 0.692 0.019 0.201 0.040 24 Y 0.073 0.008 0.029 0.498 0.082 0.159 0.151 25 S 0.088 0.005 0.033 0.271 0.226 0.251 0.126 26 N 0.127 0.009 0.031 0.078 0.218 0.231 0.306 27 I 0.325 0.040 0.020 0.089 0.107 0.049 0.369 28 T 0.595 0.018 0.010 0.053 0.045 0.039 0.240 29 L 0.364 0.010 0.082 0.187 0.064 0.165 0.128 30 E 0.332 0.006 0.068 0.137 0.142 0.172 0.143 31 D 0.282 0.020 0.058 0.099 0.198 0.106 0.237 32 D 0.219 0.021 0.023 0.027 0.196 0.083 0.429 33 Q 0.121 0.016 0.046 0.023 0.091 0.469 0.232 34 G 0.105 0.020 0.105 0.023 0.210 0.334 0.203 35 S 0.183 0.014 0.089 0.027 0.293 0.172 0.222 36 H 0.468 0.020 0.030 0.018 0.117 0.090 0.257 37 F 0.696 0.007 0.005 0.008 0.032 0.006 0.244 38 R 0.949 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.033 39 L 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 40 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 41 V 0.942 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.047 42 R 0.879 0.011 0.001 0.001 0.014 0.002 0.092 43 D 0.400 0.004 0.007 0.003 0.031 0.024 0.531 44 T 0.087 0.005 0.033 0.007 0.169 0.596 0.103 45 E 0.025 0.003 0.026 0.009 0.194 0.705 0.038 46 G 0.097 0.004 0.015 0.006 0.436 0.197 0.246 47 R 0.398 0.012 0.003 0.003 0.069 0.015 0.500 48 M 0.868 0.018 0.001 0.001 0.017 0.003 0.092 49 V 0.934 0.004 0.001 0.002 0.011 0.001 0.047 50 W 0.963 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.026 51 R 0.946 0.003 0.002 0.003 0.006 0.002 0.038 52 A 0.885 0.002 0.004 0.004 0.010 0.005 0.090 53 W 0.778 0.007 0.012 0.007 0.042 0.023 0.131 54 N 0.550 0.009 0.013 0.010 0.124 0.035 0.258 55 F 0.175 0.030 0.023 0.019 0.204 0.050 0.500 56 E 0.042 0.032 0.036 0.036 0.257 0.055 0.541 57 P 0.008 0.006 0.091 0.062 0.184 0.493 0.156 58 D 0.003 0.005 0.072 0.046 0.146 0.601 0.128 59 A 0.006 0.010 0.084 0.131 0.190 0.306 0.273 60 G 0.008 0.007 0.053 0.198 0.188 0.240 0.306 61 E 0.007 0.004 0.093 0.578 0.126 0.127 0.064 62 G 0.011 0.010 0.049 0.735 0.039 0.088 0.066 63 L 0.007 0.005 0.023 0.893 0.013 0.041 0.019 64 N 0.007 0.001 0.021 0.923 0.008 0.024 0.016 65 R 0.007 0.001 0.018 0.935 0.007 0.025 0.008 66 Y 0.014 0.002 0.024 0.902 0.007 0.039 0.012 67 I 0.027 0.006 0.021 0.850 0.018 0.057 0.021 68 R 0.039 0.004 0.031 0.709 0.032 0.133 0.052 69 T 0.036 0.006 0.036 0.440 0.114 0.276 0.092 70 S 0.020 0.005 0.018 0.166 0.131 0.563 0.096 71 G 0.034 0.008 0.014 0.064 0.258 0.379 0.241 72 I 0.173 0.051 0.010 0.035 0.141 0.057 0.534 73 R 0.286 0.054 0.008 0.033 0.107 0.045 0.467 74 T 0.154 0.043 0.009 0.044 0.166 0.058 0.526 75 D 0.074 0.014 0.010 0.056 0.290 0.090 0.466 76 T 0.072 0.014 0.029 0.249 0.230 0.224 0.182 77 A 0.071 0.013 0.034 0.488 0.101 0.138 0.154 78 T 0.059 0.009 0.038 0.588 0.074 0.118 0.114 79 R 0.082 0.015 0.036 0.569 0.059 0.083 0.156 80 L 0.066 0.021 0.070 0.589 0.046 0.086 0.123 81 E 0.072 0.008 0.101 0.517 0.075 0.087 0.140 82 H 0.091 0.015 0.106 0.455 0.079 0.107 0.147 83 H 0.109 0.023 0.086 0.331 0.102 0.134 0.214 84 H 0.097 0.020 0.047 0.213 0.175 0.209 0.238 85 H 0.060 0.014 0.023 0.137 0.205 0.216 0.345 86 H 0.028 0.016 0.010 0.050 0.024 0.136 0.736 87 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996