# TARGET T0358 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.86819 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.190 0.234 0.287 0.113 0.053 0.051 0.036 0.007 0.026 0.003 0.001 2 T 0.160 0.394 0.236 0.070 0.069 0.033 0.008 0.003 0.023 0.003 0.001 3 Q 0.273 0.321 0.223 0.066 0.057 0.022 0.010 0.002 0.023 0.003 0.001 4 S 0.342 0.190 0.274 0.098 0.038 0.029 0.010 0.005 0.012 0.002 0.001 5 V 0.172 0.495 0.146 0.081 0.058 0.018 0.007 0.001 0.022 0.001 0.001 6 L 0.094 0.244 0.488 0.044 0.020 0.053 0.019 0.001 0.033 0.002 0.002 7 L 0.019 0.201 0.620 0.001 0.010 0.014 0.005 0.001 0.128 0.001 0.001 8 P 0.029 0.002 0.887 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 9 P 0.152 0.005 0.649 0.035 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 10 G 0.054 0.105 0.314 0.003 0.281 0.003 0.017 0.038 0.022 0.163 0.001 11 P 0.344 0.017 0.391 0.084 0.003 0.042 0.003 0.001 0.002 0.001 0.113 12 F 0.094 0.401 0.221 0.091 0.116 0.035 0.013 0.006 0.020 0.003 0.001 13 T 0.078 0.375 0.357 0.022 0.086 0.050 0.001 0.001 0.026 0.003 0.001 14 R 0.937 0.016 0.016 0.018 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 R 0.923 0.011 0.021 0.031 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 16 Q 0.905 0.009 0.011 0.064 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 17 A 0.876 0.029 0.057 0.015 0.006 0.006 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 18 Q 0.942 0.012 0.016 0.023 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.862 0.058 0.025 0.031 0.017 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 20 V 0.693 0.174 0.025 0.069 0.016 0.008 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 21 T 0.450 0.303 0.112 0.053 0.032 0.024 0.006 0.002 0.017 0.001 0.001 22 T 0.363 0.303 0.081 0.093 0.121 0.017 0.006 0.002 0.012 0.002 0.001 23 T 0.182 0.471 0.111 0.086 0.105 0.021 0.005 0.003 0.014 0.001 0.001 24 Y 0.071 0.535 0.172 0.041 0.080 0.036 0.011 0.001 0.049 0.002 0.001 25 S 0.184 0.432 0.200 0.060 0.085 0.013 0.006 0.002 0.010 0.007 0.001 26 N 0.079 0.210 0.126 0.085 0.102 0.083 0.237 0.009 0.067 0.002 0.001 27 I 0.043 0.685 0.171 0.022 0.031 0.021 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 28 T 0.044 0.605 0.224 0.011 0.035 0.053 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 29 L 0.061 0.628 0.148 0.040 0.033 0.041 0.003 0.001 0.043 0.001 0.001 30 E 0.081 0.478 0.224 0.030 0.082 0.049 0.010 0.003 0.038 0.005 0.001 31 D 0.126 0.168 0.177 0.162 0.070 0.128 0.071 0.004 0.086 0.007 0.001 32 D 0.134 0.104 0.221 0.105 0.085 0.132 0.102 0.011 0.082 0.014 0.010 33 Q 0.341 0.053 0.128 0.388 0.012 0.026 0.029 0.005 0.012 0.002 0.005 34 G 0.081 0.018 0.084 0.034 0.103 0.002 0.061 0.393 0.003 0.219 0.001 35 S 0.144 0.176 0.396 0.113 0.095 0.032 0.017 0.008 0.008 0.006 0.006 36 H 0.062 0.543 0.179 0.066 0.083 0.029 0.012 0.003 0.020 0.003 0.001 37 F 0.044 0.650 0.124 0.027 0.128 0.012 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 38 R 0.024 0.721 0.174 0.007 0.033 0.018 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 39 L 0.015 0.487 0.431 0.002 0.016 0.034 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 40 V 0.023 0.734 0.160 0.003 0.012 0.034 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 41 V 0.013 0.718 0.201 0.004 0.011 0.028 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 42 R 0.043 0.407 0.389 0.034 0.027 0.066 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 43 D 0.030 0.141 0.551 0.023 0.094 0.095 0.016 0.002 0.038 0.008 0.001 44 T 0.814 0.020 0.013 0.125 0.008 0.005 0.006 0.003 0.003 0.002 0.001 45 E 0.241 0.037 0.085 0.569 0.012 0.007 0.034 0.004 0.009 0.003 0.001 46 G 0.049 0.010 0.058 0.036 0.075 0.001 0.064 0.573 0.001 0.132 0.001 47 R 0.152 0.314 0.394 0.045 0.038 0.029 0.011 0.001 0.014 0.002 0.001 48 M 0.072 0.344 0.493 0.011 0.016 0.046 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 49 V 0.088 0.729 0.089 0.021 0.033 0.021 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 50 W 0.053 0.609 0.241 0.006 0.035 0.039 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 51 R 0.118 0.560 0.153 0.028 0.054 0.045 0.006 0.001 0.034 0.001 0.001 52 A 0.149 0.349 0.253 0.046 0.132 0.024 0.015 0.005 0.023 0.004 0.001 53 W 0.253 0.292 0.170 0.142 0.084 0.015 0.012 0.006 0.013 0.011 0.001 54 N 0.129 0.117 0.123 0.220 0.066 0.084 0.186 0.021 0.044 0.009 0.001 55 F 0.144 0.232 0.294 0.130 0.056 0.049 0.039 0.011 0.033 0.010 0.001 56 E 0.138 0.119 0.572 0.008 0.022 0.023 0.016 0.004 0.080 0.017 0.002 57 P 0.500 0.003 0.409 0.013 0.001 0.011 0.001 0.002 0.001 0.005 0.054 58 D 0.424 0.041 0.135 0.207 0.032 0.041 0.059 0.026 0.025 0.006 0.001 59 A 0.498 0.032 0.198 0.219 0.017 0.009 0.013 0.004 0.004 0.005 0.001 60 G 0.502 0.009 0.061 0.067 0.026 0.003 0.048 0.208 0.003 0.072 0.001 61 E 0.575 0.028 0.211 0.143 0.011 0.016 0.006 0.003 0.004 0.001 0.001 62 G 0.606 0.035 0.132 0.057 0.041 0.008 0.028 0.050 0.009 0.035 0.001 63 L 0.904 0.012 0.030 0.042 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 N 0.878 0.020 0.032 0.050 0.004 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 65 R 0.898 0.034 0.022 0.028 0.006 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 66 Y 0.882 0.033 0.033 0.034 0.002 0.008 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 67 I 0.751 0.089 0.076 0.045 0.004 0.021 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 68 R 0.825 0.043 0.044 0.060 0.008 0.012 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 69 T 0.585 0.122 0.050 0.167 0.047 0.008 0.006 0.002 0.009 0.002 0.001 70 S 0.192 0.064 0.076 0.560 0.039 0.004 0.039 0.010 0.011 0.004 0.001 71 G 0.031 0.006 0.039 0.013 0.067 0.002 0.123 0.532 0.003 0.184 0.001 72 I 0.110 0.406 0.359 0.040 0.043 0.030 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 73 R 0.108 0.312 0.314 0.068 0.031 0.101 0.014 0.003 0.043 0.004 0.001 74 T 0.179 0.420 0.173 0.062 0.115 0.025 0.006 0.001 0.016 0.003 0.001 75 D 0.226 0.124 0.203 0.111 0.065 0.137 0.050 0.004 0.074 0.002 0.002 76 T 0.504 0.150 0.084 0.202 0.036 0.012 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 77 A 0.582 0.119 0.119 0.093 0.038 0.016 0.010 0.007 0.011 0.005 0.001 78 T 0.488 0.212 0.101 0.119 0.045 0.011 0.004 0.002 0.013 0.003 0.001 79 R 0.427 0.198 0.174 0.060 0.036 0.041 0.026 0.004 0.030 0.002 0.001 80 L 0.444 0.200 0.210 0.066 0.017 0.035 0.006 0.001 0.018 0.002 0.001 81 E 0.512 0.188 0.138 0.058 0.038 0.023 0.022 0.005 0.012 0.003 0.001 82 H 0.373 0.193 0.123 0.174 0.053 0.025 0.027 0.005 0.024 0.003 0.001 83 H 0.305 0.203 0.143 0.181 0.043 0.032 0.048 0.008 0.031 0.004 0.001 84 H 0.330 0.181 0.136 0.163 0.044 0.045 0.058 0.007 0.029 0.007 0.001 85 H 0.282 0.187 0.168 0.207 0.039 0.042 0.035 0.007 0.028 0.004 0.001 86 H 0.212 0.171 0.208 0.224 0.033 0.052 0.050 0.009 0.036 0.005 0.001 87 H 0.184 0.199 0.257 0.119 0.077 0.036 0.062 0.021 0.025 0.020 0.001