# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03747 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.005 0.010 0.066 0.125 0.759 2 T 0.101 0.009 0.010 0.035 0.132 0.713 3 Q 0.190 0.013 0.032 0.054 0.151 0.561 4 S 0.294 0.019 0.099 0.055 0.179 0.354 5 V 0.412 0.018 0.069 0.040 0.154 0.307 6 L 0.349 0.042 0.029 0.035 0.157 0.389 7 L 0.155 0.031 0.007 0.015 0.201 0.590 8 P 0.071 0.012 0.004 0.008 0.371 0.534 9 P 0.031 0.011 0.034 0.044 0.489 0.391 10 G 0.023 0.009 0.033 0.060 0.509 0.367 11 P 0.048 0.023 0.056 0.125 0.457 0.291 12 F 0.046 0.040 0.028 0.191 0.245 0.451 13 T 0.046 0.019 0.015 0.313 0.159 0.447 14 R 0.004 0.001 0.038 0.897 0.038 0.022 15 R 0.017 0.001 0.050 0.851 0.054 0.027 16 Q 0.024 0.002 0.052 0.857 0.045 0.020 17 A 0.057 0.002 0.023 0.826 0.057 0.035 18 Q 0.082 0.002 0.019 0.792 0.059 0.046 19 A 0.231 0.002 0.015 0.672 0.047 0.033 20 V 0.309 0.003 0.007 0.608 0.040 0.033 21 T 0.411 0.006 0.012 0.469 0.058 0.043 22 T 0.509 0.004 0.019 0.263 0.079 0.126 23 T 0.367 0.010 0.022 0.096 0.116 0.389 24 Y 0.333 0.025 0.088 0.077 0.394 0.082 25 S 0.268 0.009 0.054 0.040 0.538 0.091 26 N 0.151 0.005 0.073 0.046 0.607 0.119 27 I 0.603 0.039 0.014 0.015 0.241 0.089 28 T 0.692 0.026 0.006 0.010 0.052 0.214 29 L 0.738 0.029 0.023 0.013 0.098 0.100 30 E 0.599 0.013 0.024 0.013 0.173 0.178 31 D 0.315 0.034 0.038 0.021 0.393 0.199 32 D 0.071 0.020 0.033 0.021 0.732 0.124 33 Q 0.051 0.008 0.050 0.031 0.701 0.159 34 G 0.030 0.005 0.053 0.014 0.787 0.111 35 S 0.114 0.007 0.053 0.016 0.666 0.143 36 H 0.494 0.019 0.036 0.014 0.236 0.200 37 F 0.879 0.010 0.006 0.004 0.051 0.049 38 R 0.954 0.001 0.001 0.002 0.015 0.027 39 L 0.984 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 40 V 0.989 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 41 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 42 R 0.948 0.004 0.001 0.002 0.008 0.037 43 D 0.501 0.013 0.002 0.001 0.451 0.032 44 T 0.016 0.001 0.025 0.002 0.945 0.011 45 E 0.003 0.001 0.027 0.002 0.961 0.007 46 G 0.023 0.004 0.013 0.001 0.950 0.009 47 R 0.393 0.017 0.003 0.003 0.195 0.389 48 M 0.896 0.015 0.001 0.002 0.017 0.069 49 V 0.966 0.004 0.001 0.002 0.007 0.021 50 W 0.969 0.002 0.001 0.002 0.007 0.019 51 R 0.928 0.003 0.005 0.007 0.017 0.040 52 A 0.777 0.005 0.031 0.028 0.079 0.081 53 W 0.527 0.009 0.052 0.038 0.172 0.201 54 N 0.231 0.027 0.041 0.049 0.262 0.390 55 F 0.107 0.044 0.012 0.047 0.254 0.536 56 E 0.047 0.016 0.009 0.037 0.297 0.594 57 P 0.024 0.014 0.082 0.121 0.395 0.363 58 D 0.018 0.016 0.083 0.129 0.442 0.313 59 A 0.013 0.012 0.110 0.403 0.286 0.175 60 G 0.010 0.009 0.030 0.417 0.238 0.296 61 E 0.002 0.001 0.034 0.835 0.092 0.037 62 G 0.003 0.001 0.049 0.840 0.086 0.020 63 L 0.007 0.002 0.029 0.866 0.078 0.018 64 N 0.006 0.001 0.023 0.895 0.050 0.025 65 R 0.006 0.001 0.014 0.926 0.031 0.021 66 Y 0.008 0.002 0.011 0.935 0.022 0.022 67 I 0.012 0.003 0.009 0.926 0.025 0.025 68 R 0.021 0.003 0.014 0.879 0.054 0.028 69 T 0.011 0.002 0.012 0.842 0.084 0.049 70 S 0.009 0.001 0.016 0.667 0.153 0.154 71 G 0.044 0.006 0.030 0.120 0.361 0.440 72 I 0.154 0.040 0.042 0.096 0.250 0.417 73 R 0.188 0.032 0.054 0.112 0.316 0.298 74 T 0.131 0.011 0.060 0.146 0.348 0.303 75 D 0.117 0.010 0.056 0.141 0.344 0.332 76 T 0.135 0.014 0.071 0.204 0.312 0.264 77 A 0.168 0.015 0.072 0.226 0.270 0.248 78 T 0.184 0.018 0.073 0.242 0.213 0.270 79 R 0.181 0.021 0.088 0.341 0.154 0.215 80 L 0.186 0.017 0.100 0.351 0.163 0.183 81 E 0.183 0.011 0.097 0.326 0.192 0.191 82 H 0.123 0.013 0.090 0.396 0.182 0.196 83 H 0.094 0.012 0.093 0.306 0.251 0.245 84 H 0.080 0.011 0.100 0.232 0.259 0.317 85 H 0.066 0.012 0.073 0.165 0.241 0.442 86 H 0.043 0.019 0.024 0.128 0.150 0.637 87 H 0.003 0.001 0.001 0.002 0.023 0.971