# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03747 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.176 0.171 0.092 0.009 0.037 0.082 0.061 0.013 0.009 0.009 0.020 0.016 0.018 0.005 0.050 0.045 0.011 0.052 0.023 0.046 0.024 2 T 0.018 0.199 0.172 0.208 0.008 0.025 0.055 0.056 0.012 0.010 0.012 0.010 0.014 0.020 0.012 0.025 0.015 0.012 0.036 0.012 0.024 0.044 3 Q 0.016 0.153 0.207 0.131 0.009 0.027 0.063 0.056 0.020 0.014 0.019 0.031 0.021 0.033 0.006 0.039 0.021 0.008 0.028 0.025 0.053 0.019 4 S 0.020 0.103 0.240 0.087 0.007 0.015 0.166 0.068 0.025 0.009 0.024 0.019 0.020 0.032 0.017 0.024 0.014 0.007 0.019 0.014 0.026 0.043 5 V 0.031 0.146 0.154 0.042 0.006 0.008 0.136 0.040 0.043 0.016 0.027 0.039 0.024 0.052 0.010 0.051 0.022 0.017 0.027 0.036 0.054 0.019 6 L 0.055 0.186 0.193 0.071 0.008 0.015 0.113 0.009 0.028 0.013 0.021 0.018 0.020 0.032 0.035 0.030 0.022 0.007 0.028 0.011 0.024 0.061 7 L 0.006 0.350 0.129 0.190 0.007 0.014 0.012 0.003 0.026 0.012 0.016 0.018 0.010 0.027 0.005 0.038 0.023 0.008 0.044 0.018 0.030 0.013 8 P 0.002 0.082 0.029 0.810 0.030 0.004 0.004 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.004 0.004 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 9 P 0.005 0.099 0.153 0.629 0.012 0.019 0.027 0.002 0.004 0.003 0.004 0.004 0.002 0.005 0.005 0.004 0.006 0.001 0.001 0.003 0.005 0.005 10 G 0.006 0.276 0.039 0.489 0.042 0.013 0.066 0.009 0.004 0.003 0.004 0.006 0.003 0.003 0.002 0.006 0.004 0.008 0.002 0.005 0.009 0.002 11 P 0.010 0.118 0.225 0.365 0.012 0.140 0.045 0.020 0.004 0.002 0.004 0.003 0.003 0.003 0.010 0.009 0.003 0.003 0.001 0.002 0.004 0.011 12 F 0.020 0.217 0.124 0.099 0.010 0.040 0.286 0.086 0.006 0.006 0.007 0.013 0.004 0.008 0.007 0.014 0.005 0.009 0.004 0.005 0.019 0.009 13 T 0.018 0.224 0.091 0.236 0.008 0.106 0.067 0.151 0.006 0.002 0.004 0.007 0.005 0.005 0.005 0.013 0.008 0.007 0.010 0.003 0.011 0.014 14 R 0.015 0.076 0.207 0.069 0.007 0.306 0.070 0.174 0.005 0.002 0.002 0.005 0.004 0.004 0.003 0.013 0.005 0.003 0.005 0.003 0.010 0.012 15 R 0.009 0.033 0.085 0.037 0.004 0.086 0.152 0.536 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.006 0.006 0.003 0.009 0.005 0.010 0.006 16 Q 0.010 0.032 0.060 0.052 0.001 0.101 0.077 0.602 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.008 0.007 0.001 0.006 0.007 0.009 0.014 17 A 0.005 0.044 0.046 0.054 0.001 0.095 0.026 0.623 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.010 0.017 0.002 0.011 0.013 0.022 0.016 18 Q 0.004 0.013 0.049 0.025 0.001 0.030 0.027 0.725 0.005 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.001 0.013 0.020 0.001 0.017 0.019 0.025 0.014 19 A 0.003 0.015 0.033 0.019 0.001 0.015 0.028 0.722 0.007 0.001 0.002 0.002 0.004 0.007 0.002 0.013 0.035 0.002 0.009 0.011 0.017 0.050 20 V 0.004 0.020 0.085 0.014 0.001 0.022 0.020 0.466 0.013 0.004 0.007 0.013 0.011 0.015 0.002 0.034 0.085 0.006 0.015 0.051 0.076 0.039 21 T 0.007 0.025 0.109 0.028 0.001 0.017 0.027 0.416 0.017 0.004 0.008 0.011 0.013 0.014 0.004 0.041 0.038 0.017 0.013 0.042 0.056 0.094 22 T 0.011 0.024 0.162 0.027 0.002 0.014 0.057 0.255 0.019 0.010 0.011 0.018 0.017 0.018 0.003 0.049 0.043 0.034 0.008 0.067 0.091 0.063 23 T 0.019 0.045 0.192 0.035 0.002 0.011 0.090 0.149 0.023 0.008 0.009 0.013 0.018 0.022 0.005 0.064 0.052 0.014 0.007 0.053 0.074 0.094 24 Y 0.019 0.110 0.171 0.042 0.002 0.011 0.053 0.041 0.019 0.029 0.015 0.014 0.022 0.015 0.011 0.095 0.061 0.018 0.011 0.054 0.144 0.042 25 S 0.027 0.051 0.191 0.045 0.006 0.008 0.083 0.024 0.025 0.032 0.024 0.021 0.024 0.030 0.010 0.097 0.104 0.008 0.015 0.036 0.095 0.043 26 N 0.044 0.065 0.046 0.021 0.007 0.006 0.081 0.010 0.038 0.040 0.035 0.031 0.037 0.040 0.017 0.140 0.117 0.006 0.038 0.045 0.096 0.041 27 I 0.006 0.118 0.032 0.042 0.002 0.007 0.008 0.004 0.034 0.065 0.051 0.019 0.035 0.057 0.049 0.091 0.139 0.015 0.061 0.025 0.071 0.072 28 T 0.004 0.097 0.018 0.038 0.004 0.003 0.005 0.004 0.039 0.064 0.066 0.068 0.053 0.046 0.019 0.095 0.085 0.036 0.015 0.076 0.116 0.049 29 L 0.003 0.131 0.023 0.074 0.002 0.007 0.005 0.003 0.033 0.051 0.043 0.015 0.029 0.028 0.093 0.054 0.020 0.209 0.008 0.016 0.041 0.113 30 E 0.007 0.085 0.061 0.058 0.013 0.014 0.016 0.008 0.039 0.035 0.062 0.104 0.052 0.038 0.012 0.062 0.032 0.172 0.005 0.039 0.055 0.031 31 D 0.017 0.207 0.088 0.128 0.018 0.026 0.035 0.013 0.025 0.015 0.032 0.027 0.019 0.016 0.038 0.039 0.017 0.118 0.004 0.016 0.024 0.075 32 D 0.023 0.101 0.391 0.090 0.024 0.064 0.036 0.020 0.013 0.010 0.017 0.021 0.013 0.010 0.005 0.025 0.018 0.072 0.004 0.009 0.016 0.019 33 Q 0.078 0.085 0.233 0.146 0.028 0.039 0.240 0.024 0.005 0.003 0.010 0.006 0.004 0.005 0.002 0.015 0.010 0.016 0.007 0.006 0.016 0.020 34 G 0.245 0.090 0.065 0.057 0.085 0.066 0.206 0.017 0.004 0.002 0.003 0.005 0.003 0.006 0.002 0.021 0.007 0.010 0.040 0.008 0.031 0.026 35 S 0.017 0.125 0.125 0.134 0.007 0.051 0.054 0.035 0.009 0.004 0.005 0.006 0.007 0.006 0.002 0.057 0.037 0.005 0.208 0.012 0.042 0.051 36 H 0.018 0.103 0.058 0.051 0.004 0.012 0.054 0.030 0.019 0.006 0.005 0.013 0.016 0.011 0.007 0.117 0.107 0.003 0.085 0.036 0.079 0.164 37 F 0.007 0.037 0.018 0.017 0.001 0.008 0.013 0.016 0.019 0.010 0.009 0.008 0.016 0.012 0.011 0.161 0.308 0.002 0.129 0.031 0.091 0.077 38 R 0.002 0.009 0.007 0.004 0.001 0.002 0.004 0.007 0.015 0.012 0.016 0.021 0.026 0.022 0.006 0.152 0.240 0.002 0.082 0.164 0.136 0.069 39 L 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.016 0.023 0.019 0.012 0.014 0.006 0.057 0.408 0.005 0.011 0.255 0.105 0.043 40 V 0.001 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.027 0.015 0.015 0.024 0.027 0.024 0.011 0.122 0.093 0.018 0.005 0.303 0.136 0.160 41 V 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.007 0.004 0.005 0.004 0.005 0.027 0.013 0.742 0.001 0.090 0.052 0.027 42 R 0.004 0.026 0.026 0.014 0.003 0.006 0.006 0.004 0.017 0.017 0.021 0.029 0.021 0.020 0.007 0.084 0.026 0.163 0.002 0.205 0.128 0.169 43 D 0.004 0.109 0.018 0.033 0.005 0.005 0.004 0.004 0.003 0.014 0.006 0.006 0.004 0.004 0.006 0.014 0.004 0.685 0.001 0.017 0.029 0.026 44 T 0.015 0.019 0.715 0.044 0.009 0.077 0.009 0.014 0.003 0.003 0.005 0.008 0.006 0.002 0.001 0.009 0.004 0.030 0.002 0.005 0.009 0.009 45 E 0.092 0.016 0.055 0.016 0.007 0.010 0.764 0.012 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.004 46 G 0.467 0.035 0.015 0.016 0.062 0.037 0.162 0.008 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.013 0.005 0.001 0.138 0.003 0.020 0.004 47 R 0.012 0.078 0.034 0.072 0.002 0.028 0.011 0.027 0.005 0.003 0.006 0.004 0.008 0.009 0.006 0.024 0.018 0.001 0.579 0.005 0.016 0.049 48 M 0.006 0.070 0.022 0.018 0.001 0.014 0.010 0.039 0.017 0.010 0.011 0.030 0.032 0.020 0.005 0.071 0.088 0.003 0.249 0.047 0.091 0.147 49 V 0.002 0.027 0.015 0.015 0.001 0.007 0.005 0.039 0.017 0.006 0.008 0.008 0.017 0.018 0.008 0.083 0.085 0.002 0.464 0.017 0.046 0.111 50 W 0.002 0.018 0.016 0.011 0.001 0.008 0.010 0.068 0.021 0.015 0.019 0.042 0.038 0.028 0.008 0.070 0.130 0.018 0.076 0.176 0.142 0.084 51 R 0.004 0.017 0.027 0.007 0.001 0.012 0.012 0.087 0.022 0.011 0.018 0.028 0.029 0.027 0.010 0.059 0.045 0.017 0.009 0.389 0.103 0.066 52 A 0.005 0.023 0.086 0.019 0.001 0.008 0.043 0.134 0.015 0.012 0.014 0.023 0.025 0.024 0.008 0.064 0.062 0.014 0.003 0.261 0.095 0.061 53 W 0.018 0.056 0.149 0.020 0.003 0.014 0.081 0.080 0.015 0.012 0.015 0.019 0.015 0.020 0.005 0.051 0.028 0.021 0.006 0.186 0.144 0.039 54 N 0.055 0.134 0.247 0.077 0.010 0.023 0.116 0.063 0.008 0.012 0.015 0.010 0.013 0.019 0.010 0.041 0.022 0.017 0.014 0.029 0.042 0.023 55 F 0.049 0.198 0.267 0.090 0.015 0.034 0.108 0.023 0.006 0.008 0.006 0.010 0.006 0.013 0.006 0.022 0.009 0.010 0.026 0.019 0.037 0.038 56 E 0.012 0.346 0.127 0.263 0.015 0.051 0.022 0.033 0.003 0.004 0.005 0.006 0.004 0.007 0.003 0.010 0.004 0.025 0.033 0.005 0.014 0.006 57 P 0.012 0.059 0.369 0.284 0.015 0.086 0.036 0.077 0.003 0.001 0.002 0.006 0.005 0.005 0.002 0.006 0.002 0.002 0.005 0.002 0.003 0.017 58 D 0.013 0.202 0.212 0.095 0.007 0.037 0.236 0.147 0.002 0.001 0.003 0.005 0.002 0.003 0.003 0.005 0.002 0.008 0.004 0.003 0.007 0.003 59 A 0.029 0.084 0.335 0.146 0.008 0.108 0.178 0.072 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 0.005 0.003 0.005 0.003 60 G 0.098 0.053 0.138 0.037 0.049 0.149 0.296 0.135 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.004 0.002 0.005 0.001 0.002 0.007 0.003 0.008 0.003 61 E 0.009 0.040 0.162 0.055 0.004 0.217 0.116 0.336 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 0.029 0.002 0.004 0.003 62 G 0.009 0.050 0.059 0.033 0.002 0.055 0.174 0.581 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.005 0.003 0.004 0.007 63 L 0.006 0.048 0.106 0.056 0.001 0.089 0.042 0.586 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.007 0.008 0.001 0.019 0.003 0.007 0.006 64 N 0.008 0.020 0.070 0.019 0.003 0.070 0.083 0.674 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.005 0.005 0.001 0.009 0.003 0.010 0.006 65 R 0.003 0.011 0.048 0.005 0.001 0.049 0.055 0.788 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 0.001 0.007 0.006 0.005 0.004 66 Y 0.002 0.011 0.047 0.013 0.001 0.018 0.034 0.828 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.007 0.005 0.004 0.003 0.002 0.012 67 I 0.003 0.017 0.060 0.020 0.001 0.016 0.024 0.789 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.005 0.013 0.008 0.004 0.005 0.006 0.017 68 R 0.013 0.028 0.159 0.016 0.002 0.018 0.062 0.570 0.003 0.001 0.003 0.006 0.003 0.006 0.001 0.009 0.013 0.022 0.008 0.010 0.019 0.025 69 T 0.012 0.035 0.457 0.025 0.002 0.017 0.148 0.212 0.002 0.002 0.003 0.007 0.003 0.003 0.002 0.008 0.008 0.013 0.006 0.009 0.011 0.015 70 S 0.107 0.055 0.287 0.079 0.005 0.029 0.320 0.044 0.003 0.002 0.005 0.004 0.003 0.005 0.002 0.008 0.008 0.006 0.007 0.005 0.009 0.008 71 G 0.526 0.041 0.041 0.023 0.091 0.024 0.115 0.026 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.005 0.002 0.007 0.007 0.004 0.058 0.004 0.009 0.007 72 I 0.006 0.213 0.128 0.208 0.002 0.035 0.021 0.046 0.004 0.004 0.006 0.004 0.007 0.006 0.008 0.012 0.015 0.010 0.208 0.005 0.009 0.043 73 R 0.012 0.249 0.140 0.160 0.009 0.027 0.049 0.067 0.006 0.005 0.008 0.037 0.019 0.012 0.004 0.021 0.024 0.026 0.020 0.016 0.029 0.061 74 T 0.021 0.163 0.194 0.181 0.006 0.079 0.065 0.065 0.007 0.004 0.009 0.011 0.008 0.008 0.013 0.017 0.013 0.013 0.059 0.006 0.016 0.042 75 D 0.041 0.118 0.167 0.116 0.014 0.055 0.156 0.117 0.008 0.005 0.007 0.021 0.013 0.010 0.006 0.019 0.024 0.015 0.030 0.014 0.020 0.022 76 T 0.052 0.151 0.115 0.092 0.011 0.091 0.131 0.129 0.006 0.003 0.006 0.013 0.008 0.008 0.013 0.017 0.023 0.007 0.032 0.036 0.019 0.038 77 A 0.018 0.141 0.145 0.136 0.005 0.105 0.050 0.178 0.006 0.004 0.006 0.011 0.012 0.010 0.004 0.022 0.028 0.007 0.033 0.018 0.022 0.039 78 T 0.013 0.085 0.109 0.144 0.006 0.049 0.067 0.299 0.005 0.002 0.004 0.009 0.007 0.007 0.003 0.017 0.032 0.010 0.037 0.020 0.027 0.046 79 R 0.019 0.104 0.095 0.072 0.003 0.059 0.087 0.306 0.006 0.002 0.004 0.008 0.006 0.006 0.005 0.019 0.032 0.011 0.028 0.023 0.028 0.079 80 L 0.009 0.108 0.156 0.086 0.002 0.043 0.052 0.283 0.005 0.002 0.004 0.008 0.007 0.006 0.004 0.022 0.038 0.021 0.026 0.034 0.032 0.052 81 E 0.017 0.065 0.192 0.070 0.006 0.026 0.100 0.275 0.005 0.002 0.004 0.011 0.006 0.006 0.003 0.024 0.029 0.018 0.019 0.041 0.031 0.048 82 H 0.030 0.087 0.183 0.060 0.006 0.033 0.199 0.190 0.004 0.003 0.005 0.008 0.005 0.007 0.005 0.017 0.017 0.021 0.017 0.026 0.029 0.048 83 H 0.039 0.111 0.260 0.080 0.007 0.036 0.126 0.120 0.005 0.003 0.005 0.010 0.006 0.009 0.004 0.022 0.022 0.014 0.023 0.032 0.033 0.032 84 H 0.053 0.120 0.231 0.087 0.011 0.032 0.119 0.097 0.005 0.003 0.006 0.010 0.006 0.009 0.006 0.024 0.016 0.016 0.036 0.032 0.032 0.046 85 H 0.043 0.143 0.235 0.090 0.010 0.034 0.137 0.073 0.006 0.004 0.007 0.013 0.009 0.011 0.006 0.027 0.016 0.015 0.042 0.019 0.029 0.033 86 H 0.043 0.179 0.208 0.121 0.012 0.034 0.141 0.039 0.006 0.004 0.007 0.015 0.008 0.012 0.006 0.022 0.012 0.008 0.043 0.017 0.027 0.036 87 H 0.029 0.254 0.156 0.170 0.018 0.048 0.061 0.034 0.007 0.005 0.007 0.015 0.009 0.011 0.005 0.024 0.014 0.013 0.050 0.018 0.029 0.022