# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0358/T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03747 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.096 0.052 0.193 0.275 0.012 0.065 0.026 0.008 0.030 0.023 0.027 0.033 0.091 0.006 0.006 0.058 2 T 0.080 0.098 0.212 0.294 0.007 0.130 0.010 0.013 0.005 0.004 0.028 0.038 0.062 0.002 0.007 0.010 3 Q 0.016 0.094 0.131 0.452 0.005 0.099 0.002 0.013 0.008 0.004 0.070 0.031 0.055 0.002 0.004 0.012 4 S 0.025 0.065 0.109 0.517 0.013 0.090 0.007 0.005 0.006 0.003 0.036 0.042 0.066 0.004 0.003 0.008 5 V 0.015 0.064 0.153 0.507 0.012 0.039 0.011 0.015 0.004 0.002 0.041 0.024 0.088 0.006 0.009 0.009 6 L 0.011 0.059 0.147 0.575 0.013 0.038 0.015 0.008 0.011 0.004 0.009 0.014 0.053 0.006 0.006 0.033 7 L 0.026 0.039 0.175 0.651 0.009 0.025 0.008 0.003 0.004 0.003 0.005 0.006 0.029 0.001 0.003 0.012 8 P 0.012 0.015 0.056 0.160 0.388 0.222 0.082 0.003 0.002 0.006 0.013 0.006 0.014 0.015 0.001 0.006 9 P 0.007 0.275 0.039 0.363 0.005 0.017 0.001 0.217 0.003 0.001 0.035 0.007 0.007 0.001 0.019 0.002 10 G 0.005 0.018 0.015 0.112 0.035 0.300 0.012 0.005 0.133 0.253 0.020 0.056 0.019 0.002 0.001 0.015 11 P 0.151 0.137 0.054 0.085 0.005 0.038 0.004 0.034 0.003 0.002 0.390 0.030 0.054 0.001 0.007 0.004 12 F 0.010 0.046 0.061 0.112 0.008 0.072 0.006 0.008 0.022 0.016 0.048 0.519 0.052 0.004 0.002 0.013 13 T 0.026 0.021 0.052 0.056 0.011 0.204 0.008 0.017 0.003 0.004 0.099 0.123 0.358 0.002 0.010 0.004 14 R 0.004 0.025 0.018 0.033 0.004 0.067 0.005 0.009 0.007 0.003 0.330 0.095 0.385 0.004 0.003 0.011 15 R 0.008 0.047 0.017 0.048 0.001 0.013 0.003 0.003 0.003 0.001 0.033 0.417 0.393 0.001 0.007 0.006 16 Q 0.008 0.013 0.069 0.050 0.001 0.021 0.007 0.001 0.003 0.001 0.015 0.030 0.743 0.003 0.004 0.033 17 A 0.007 0.013 0.091 0.046 0.001 0.043 0.005 0.001 0.001 0.001 0.019 0.024 0.743 0.001 0.003 0.004 18 Q 0.003 0.133 0.062 0.249 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.029 0.467 0.001 0.002 0.014 19 A 0.012 0.007 0.051 0.505 0.002 0.040 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.011 0.343 0.002 0.001 0.008 20 V 0.003 0.114 0.191 0.307 0.001 0.034 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.323 0.001 0.001 0.003 21 T 0.001 0.023 0.022 0.812 0.003 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.092 0.002 0.001 0.004 22 T 0.004 0.032 0.081 0.628 0.013 0.061 0.005 0.003 0.001 0.001 0.008 0.007 0.148 0.001 0.003 0.004 23 T 0.005 0.052 0.061 0.606 0.050 0.075 0.005 0.006 0.002 0.003 0.017 0.006 0.087 0.005 0.002 0.019 24 Y 0.007 0.024 0.016 0.151 0.509 0.088 0.061 0.007 0.001 0.001 0.016 0.006 0.023 0.084 0.003 0.003 25 S 0.004 0.135 0.030 0.136 0.003 0.033 0.004 0.468 0.005 0.003 0.012 0.008 0.018 0.002 0.133 0.005 26 N 0.011 0.070 0.033 0.269 0.001 0.008 0.001 0.003 0.357 0.042 0.007 0.007 0.010 0.001 0.002 0.180 27 I 0.609 0.005 0.147 0.219 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 28 T 0.008 0.008 0.517 0.416 0.005 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 29 L 0.001 0.017 0.010 0.596 0.169 0.178 0.005 0.002 0.001 0.001 0.011 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 30 E 0.001 0.171 0.007 0.400 0.055 0.171 0.003 0.105 0.006 0.003 0.047 0.017 0.008 0.002 0.003 0.002 31 D 0.006 0.109 0.020 0.089 0.066 0.214 0.014 0.043 0.094 0.080 0.112 0.089 0.042 0.003 0.006 0.013 32 D 0.034 0.041 0.039 0.016 0.167 0.048 0.160 0.025 0.009 0.010 0.246 0.072 0.031 0.081 0.011 0.009 33 Q 0.010 0.060 0.054 0.020 0.001 0.007 0.002 0.240 0.007 0.002 0.032 0.040 0.014 0.002 0.494 0.014 34 G 0.031 0.018 0.059 0.030 0.002 0.015 0.005 0.001 0.285 0.054 0.007 0.014 0.019 0.003 0.003 0.454 35 S 0.689 0.053 0.107 0.058 0.001 0.033 0.004 0.002 0.002 0.001 0.010 0.013 0.023 0.001 0.001 0.004 36 H 0.010 0.227 0.437 0.243 0.001 0.038 0.001 0.002 0.003 0.001 0.008 0.014 0.012 0.001 0.001 0.007 37 F 0.009 0.013 0.133 0.788 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 38 R 0.001 0.017 0.198 0.768 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.010 0.978 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 40 V 0.001 0.009 0.026 0.937 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 41 V 0.001 0.016 0.004 0.901 0.030 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 42 R 0.001 0.072 0.017 0.712 0.031 0.116 0.002 0.033 0.001 0.002 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 43 D 0.001 0.022 0.002 0.022 0.024 0.864 0.001 0.010 0.004 0.013 0.024 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 44 T 0.003 0.029 0.002 0.004 0.029 0.006 0.011 0.008 0.002 0.001 0.869 0.015 0.004 0.017 0.001 0.001 45 E 0.004 0.079 0.019 0.016 0.001 0.007 0.001 0.098 0.008 0.001 0.008 0.357 0.009 0.001 0.388 0.003 46 G 0.013 0.006 0.078 0.017 0.001 0.008 0.002 0.001 0.126 0.025 0.012 0.006 0.063 0.001 0.003 0.639 47 R 0.550 0.095 0.153 0.133 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.023 0.026 0.001 0.001 0.007 48 M 0.015 0.007 0.427 0.427 0.001 0.079 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.029 0.001 0.001 0.002 49 V 0.001 0.094 0.121 0.702 0.004 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.027 0.001 0.001 0.001 50 W 0.001 0.007 0.007 0.948 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 51 R 0.003 0.019 0.058 0.685 0.054 0.091 0.005 0.004 0.001 0.001 0.010 0.007 0.056 0.002 0.001 0.002 52 A 0.005 0.054 0.027 0.560 0.082 0.109 0.012 0.020 0.002 0.003 0.029 0.008 0.064 0.012 0.004 0.007 53 W 0.009 0.103 0.035 0.428 0.040 0.111 0.022 0.054 0.014 0.009 0.044 0.032 0.050 0.014 0.020 0.015 54 N 0.024 0.193 0.080 0.297 0.009 0.116 0.015 0.027 0.036 0.015 0.020 0.030 0.061 0.003 0.015 0.060 55 F 0.070 0.105 0.194 0.426 0.004 0.021 0.004 0.007 0.019 0.009 0.038 0.021 0.034 0.001 0.004 0.042 56 E 0.053 0.019 0.138 0.121 0.117 0.357 0.058 0.002 0.003 0.006 0.016 0.037 0.047 0.017 0.001 0.006 57 P 0.007 0.102 0.054 0.136 0.011 0.083 0.003 0.137 0.001 0.002 0.337 0.023 0.079 0.002 0.020 0.003 58 D 0.003 0.051 0.008 0.061 0.084 0.134 0.041 0.008 0.067 0.042 0.055 0.310 0.067 0.043 0.002 0.023 59 A 0.040 0.042 0.040 0.039 0.003 0.028 0.007 0.116 0.003 0.002 0.140 0.080 0.314 0.002 0.139 0.006 60 G 0.008 0.018 0.072 0.018 0.017 0.042 0.053 0.006 0.068 0.057 0.058 0.147 0.225 0.067 0.005 0.141 61 E 0.149 0.019 0.037 0.036 0.002 0.016 0.007 0.041 0.002 0.002 0.097 0.082 0.410 0.003 0.092 0.008 62 G 0.006 0.022 0.066 0.021 0.005 0.061 0.015 0.003 0.027 0.023 0.037 0.115 0.423 0.018 0.003 0.154 63 L 0.037 0.012 0.023 0.023 0.002 0.056 0.011 0.005 0.001 0.001 0.056 0.079 0.675 0.003 0.013 0.004 64 N 0.003 0.023 0.046 0.021 0.001 0.038 0.004 0.006 0.003 0.003 0.053 0.112 0.661 0.003 0.008 0.015 65 R 0.009 0.009 0.013 0.051 0.001 0.009 0.001 0.002 0.002 0.001 0.078 0.048 0.760 0.002 0.003 0.011 66 Y 0.007 0.012 0.049 0.032 0.001 0.016 0.010 0.001 0.002 0.001 0.008 0.057 0.783 0.006 0.002 0.015 67 I 0.002 0.014 0.064 0.056 0.002 0.023 0.035 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.768 0.002 0.005 0.007 68 R 0.002 0.031 0.055 0.077 0.016 0.064 0.022 0.005 0.001 0.001 0.015 0.015 0.647 0.014 0.008 0.028 69 T 0.005 0.009 0.012 0.017 0.067 0.017 0.102 0.008 0.002 0.002 0.024 0.005 0.081 0.627 0.008 0.013 70 S 0.004 0.036 0.034 0.016 0.001 0.004 0.006 0.083 0.003 0.001 0.012 0.011 0.051 0.003 0.725 0.011 71 G 0.019 0.011 0.042 0.022 0.001 0.012 0.010 0.001 0.083 0.038 0.012 0.014 0.083 0.004 0.004 0.644 72 I 0.715 0.028 0.094 0.058 0.001 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.013 0.020 0.043 0.001 0.002 0.009 73 R 0.012 0.074 0.367 0.166 0.016 0.192 0.020 0.005 0.003 0.004 0.014 0.041 0.066 0.007 0.003 0.012 74 T 0.010 0.069 0.070 0.265 0.010 0.270 0.007 0.026 0.003 0.003 0.129 0.022 0.099 0.002 0.011 0.005 75 D 0.007 0.184 0.054 0.179 0.006 0.112 0.006 0.010 0.019 0.009 0.164 0.134 0.094 0.002 0.003 0.015 76 T 0.042 0.121 0.114 0.226 0.004 0.052 0.007 0.006 0.008 0.002 0.057 0.169 0.163 0.003 0.008 0.018 77 A 0.016 0.027 0.318 0.131 0.011 0.103 0.028 0.004 0.003 0.002 0.037 0.048 0.240 0.007 0.005 0.018 78 T 0.012 0.124 0.115 0.227 0.004 0.092 0.008 0.019 0.002 0.002 0.053 0.049 0.270 0.002 0.011 0.011 79 R 0.011 0.059 0.041 0.296 0.009 0.134 0.009 0.006 0.016 0.006 0.060 0.059 0.250 0.008 0.004 0.033 80 L 0.020 0.036 0.123 0.167 0.014 0.065 0.020 0.009 0.003 0.001 0.088 0.060 0.368 0.006 0.010 0.009 81 E 0.008 0.075 0.116 0.191 0.019 0.060 0.022 0.020 0.005 0.004 0.037 0.066 0.311 0.023 0.013 0.029 82 H 0.017 0.033 0.070 0.223 0.022 0.077 0.026 0.024 0.009 0.005 0.042 0.031 0.334 0.023 0.031 0.033 83 H 0.018 0.060 0.128 0.131 0.023 0.067 0.040 0.024 0.012 0.009 0.062 0.036 0.291 0.022 0.027 0.050 84 H 0.044 0.062 0.096 0.142 0.023 0.074 0.035 0.033 0.016 0.010 0.063 0.067 0.234 0.023 0.029 0.048 85 H 0.043 0.079 0.137 0.129 0.033 0.071 0.043 0.024 0.019 0.011 0.059 0.059 0.185 0.029 0.025 0.055 86 H 0.037 0.068 0.134 0.104 0.052 0.090 0.076 0.031 0.013 0.010 0.060 0.060 0.156 0.036 0.033 0.039 87 H 0.030 0.089 0.122 0.095 0.028 0.094 0.045 0.066 0.017 0.014 0.088 0.069 0.136 0.019 0.050 0.039