# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03747 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.041 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.069 0.106 0.624 2 T 0.089 0.037 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.092 0.062 0.085 0.612 3 Q 0.066 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.004 0.002 0.195 0.064 0.078 0.550 4 S 0.042 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.121 0.045 0.096 0.674 5 V 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.006 0.244 0.049 0.109 0.557 6 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.019 0.141 0.741 7 L 0.032 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.039 0.140 0.693 8 P 0.047 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.035 0.148 0.719 9 P 0.029 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.067 0.098 0.781 10 G 0.057 0.134 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.132 0.114 0.534 11 P 0.091 0.178 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.041 0.106 0.543 12 F 0.019 0.252 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.066 0.081 0.517 13 T 0.036 0.804 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.043 0.014 0.090 14 R 0.042 0.633 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.121 0.025 0.149 15 R 0.016 0.725 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.041 0.025 0.159 16 Q 0.044 0.661 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.046 0.025 0.198 17 A 0.024 0.279 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.392 0.060 0.172 18 Q 0.011 0.158 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.516 0.077 0.160 19 A 0.019 0.127 0.045 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.169 0.348 0.091 0.186 20 V 0.061 0.182 0.013 0.006 0.006 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.229 0.092 0.074 0.321 21 T 0.061 0.036 0.023 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.255 0.212 0.064 0.332 22 T 0.014 0.025 0.016 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.149 0.098 0.139 0.544 23 T 0.034 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.405 0.057 0.089 0.387 24 Y 0.054 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.104 0.132 0.557 25 S 0.004 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.333 0.110 0.104 0.425 26 N 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.540 0.098 0.051 0.285 27 I 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 0.002 0.012 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.696 0.079 0.036 0.131 28 T 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.661 0.064 0.029 0.201 29 L 0.021 0.003 0.003 0.004 0.068 0.230 0.157 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.213 0.095 0.029 0.124 30 E 0.017 0.006 0.003 0.005 0.012 0.018 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.253 0.067 0.111 0.490 31 D 0.119 0.004 0.003 0.002 0.034 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.061 0.107 0.599 32 D 0.101 0.010 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.105 0.139 0.588 33 Q 0.048 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.049 0.119 0.737 34 G 0.034 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.055 0.153 0.634 35 S 0.009 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.192 0.003 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.170 0.063 0.101 0.414 36 H 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.013 0.126 0.013 0.074 0.007 0.006 0.001 0.229 0.098 0.068 0.290 37 F 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.023 0.019 0.177 0.015 0.016 0.311 0.100 0.052 0.260 38 R 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.065 0.048 0.183 0.043 0.455 0.088 0.018 0.081 39 L 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.010 0.015 0.814 0.054 0.014 0.059 40 V 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.005 0.019 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.727 0.117 0.018 0.087 41 V 0.003 0.003 0.002 0.005 0.063 0.629 0.041 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.061 0.015 0.050 42 R 0.017 0.014 0.012 0.006 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.407 0.116 0.070 0.332 43 D 0.438 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.119 0.060 0.331 44 T 0.101 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.034 0.109 0.703 45 E 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.014 0.106 0.841 46 G 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.063 0.133 0.632 47 R 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.586 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.067 0.022 0.113 48 M 0.004 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.051 0.005 0.002 0.001 0.431 0.066 0.051 0.328 49 V 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.380 0.017 0.009 0.414 0.035 0.016 0.098 50 W 0.007 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.022 0.561 0.129 0.029 0.134 51 R 0.032 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.575 0.135 0.044 0.186 52 A 0.059 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.485 0.040 0.066 0.338 53 W 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.311 0.049 0.132 0.490 54 N 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.057 0.147 0.650 55 F 0.058 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.046 0.136 0.670 56 E 0.273 0.041 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.082 0.096 0.464 57 P 0.144 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.038 0.113 0.632 58 D 0.094 0.176 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.076 0.084 0.544 59 A 0.057 0.380 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.065 0.068 0.417 60 G 0.105 0.320 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.365 0.035 0.164 61 E 0.015 0.727 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.085 0.031 0.128 62 G 0.037 0.788 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.045 0.017 0.092 63 L 0.025 0.821 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.032 0.015 0.090 64 N 0.040 0.737 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.070 0.023 0.119 65 R 0.024 0.241 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.491 0.062 0.140 66 Y 0.019 0.207 0.022 0.013 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.475 0.085 0.151 67 I 0.042 0.051 0.240 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.375 0.063 0.191 68 R 0.403 0.017 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.053 0.069 0.412 69 T 0.026 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.032 0.103 0.782 70 S 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.055 0.159 0.696 71 G 0.009 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.112 0.163 0.582 72 I 0.037 0.011 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.136 0.141 0.596 73 R 0.078 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.122 0.092 0.511 74 T 0.115 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.048 0.079 0.106 0.623 75 D 0.006 0.087 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.130 0.054 0.103 0.609 76 T 0.046 0.226 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.036 0.082 0.531 77 A 0.081 0.267 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 0.061 0.072 0.379 78 T 0.044 0.339 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.065 0.071 0.368 79 R 0.088 0.240 0.018 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.108 0.115 0.064 0.352 80 L 0.127 0.184 0.020 0.004 0.006 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.058 0.128 0.074 0.380 81 E 0.119 0.114 0.009 0.006 0.003 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.072 0.073 0.523 82 H 0.096 0.061 0.009 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.079 0.072 0.625 83 H 0.112 0.028 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.077 0.076 0.646 84 H 0.090 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.032 0.076 0.750 85 H 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.019 0.084 0.840 86 H 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.018 0.094 0.847 87 H 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.025 0.113 0.808