# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03747 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.024 0.005 0.044 0.049 0.078 0.133 0.006 0.001 0.063 0.577 2 T 0.078 0.021 0.002 0.023 0.038 0.042 0.125 0.007 0.001 0.045 0.619 3 Q 0.041 0.019 0.002 0.094 0.105 0.130 0.108 0.019 0.001 0.062 0.419 4 S 0.034 0.007 0.001 0.082 0.033 0.076 0.121 0.002 0.001 0.052 0.592 5 V 0.008 0.001 0.001 0.138 0.104 0.124 0.107 0.001 0.001 0.045 0.471 6 L 0.003 0.001 0.001 0.195 0.036 0.071 0.133 0.001 0.001 0.024 0.535 7 L 0.141 0.005 0.002 0.111 0.051 0.047 0.098 0.004 0.002 0.076 0.464 8 P 0.077 0.008 0.002 0.058 0.012 0.016 0.146 0.004 0.001 0.078 0.598 9 P 0.015 0.004 0.001 0.010 0.007 0.011 0.119 0.002 0.001 0.037 0.794 10 G 0.116 0.097 0.002 0.019 0.022 0.031 0.125 0.015 0.001 0.065 0.506 11 P 0.101 0.133 0.006 0.011 0.011 0.015 0.091 0.008 0.002 0.061 0.562 12 F 0.100 0.200 0.009 0.008 0.018 0.027 0.077 0.014 0.004 0.054 0.490 13 T 0.185 0.480 0.001 0.003 0.008 0.013 0.038 0.009 0.001 0.030 0.233 14 R 0.100 0.370 0.009 0.011 0.009 0.022 0.059 0.006 0.004 0.055 0.356 15 R 0.040 0.370 0.005 0.018 0.028 0.059 0.082 0.004 0.002 0.052 0.340 16 Q 0.029 0.391 0.002 0.013 0.037 0.058 0.074 0.003 0.001 0.075 0.318 17 A 0.017 0.276 0.002 0.031 0.072 0.093 0.070 0.002 0.001 0.274 0.162 18 Q 0.005 0.137 0.001 0.040 0.039 0.101 0.031 0.001 0.001 0.568 0.077 19 A 0.003 0.154 0.003 0.044 0.101 0.101 0.031 0.001 0.001 0.412 0.149 20 V 0.008 0.496 0.012 0.043 0.092 0.128 0.020 0.009 0.001 0.078 0.112 21 T 0.053 0.128 0.008 0.040 0.078 0.088 0.023 0.007 0.002 0.378 0.194 22 T 0.037 0.045 0.021 0.045 0.048 0.059 0.060 0.005 0.017 0.371 0.290 23 T 0.257 0.048 0.010 0.033 0.028 0.051 0.104 0.015 0.008 0.108 0.338 24 Y 0.095 0.024 0.012 0.077 0.025 0.032 0.127 0.013 0.011 0.067 0.517 25 S 0.038 0.016 0.001 0.052 0.032 0.034 0.202 0.004 0.001 0.038 0.583 26 N 0.011 0.013 0.001 0.114 0.027 0.049 0.173 0.004 0.001 0.068 0.539 27 I 0.018 0.009 0.002 0.148 0.057 0.079 0.181 0.006 0.001 0.109 0.392 28 T 0.017 0.010 0.002 0.389 0.031 0.079 0.100 0.002 0.001 0.111 0.259 29 L 0.063 0.019 0.005 0.259 0.041 0.078 0.097 0.001 0.003 0.117 0.318 30 E 0.031 0.013 0.006 0.145 0.033 0.082 0.142 0.003 0.005 0.072 0.466 31 D 0.169 0.029 0.004 0.037 0.014 0.027 0.118 0.006 0.004 0.073 0.518 32 D 0.234 0.043 0.005 0.020 0.011 0.022 0.117 0.010 0.003 0.124 0.410 33 Q 0.065 0.010 0.004 0.015 0.014 0.037 0.140 0.004 0.002 0.061 0.647 34 G 0.030 0.005 0.003 0.015 0.086 0.194 0.129 0.003 0.001 0.067 0.468 35 S 0.016 0.001 0.001 0.021 0.156 0.262 0.117 0.002 0.001 0.066 0.357 36 H 0.002 0.001 0.001 0.040 0.139 0.442 0.078 0.001 0.001 0.052 0.243 37 F 0.001 0.001 0.001 0.036 0.210 0.563 0.032 0.001 0.001 0.058 0.100 38 R 0.001 0.001 0.001 0.039 0.274 0.562 0.014 0.001 0.001 0.044 0.067 39 L 0.001 0.001 0.001 0.055 0.316 0.557 0.006 0.001 0.001 0.029 0.036 40 V 0.001 0.001 0.001 0.068 0.377 0.457 0.007 0.001 0.001 0.042 0.048 41 V 0.001 0.001 0.001 0.078 0.419 0.402 0.012 0.001 0.001 0.037 0.051 42 R 0.015 0.001 0.002 0.069 0.246 0.356 0.045 0.001 0.003 0.058 0.203 43 D 0.325 0.011 0.003 0.034 0.056 0.071 0.070 0.011 0.005 0.078 0.336 44 T 0.212 0.014 0.003 0.015 0.012 0.024 0.090 0.006 0.003 0.060 0.563 45 E 0.029 0.019 0.002 0.023 0.024 0.058 0.115 0.003 0.001 0.029 0.697 46 G 0.031 0.037 0.002 0.022 0.142 0.196 0.103 0.005 0.001 0.047 0.414 47 R 0.018 0.029 0.002 0.039 0.234 0.202 0.074 0.003 0.001 0.084 0.314 48 M 0.009 0.040 0.002 0.048 0.205 0.324 0.058 0.003 0.001 0.069 0.242 49 V 0.021 0.038 0.003 0.044 0.269 0.363 0.039 0.002 0.001 0.048 0.172 50 W 0.020 0.031 0.005 0.068 0.230 0.335 0.048 0.002 0.002 0.055 0.205 51 R 0.038 0.039 0.004 0.063 0.215 0.305 0.059 0.007 0.003 0.077 0.191 52 A 0.112 0.045 0.004 0.063 0.102 0.178 0.084 0.014 0.003 0.076 0.319 53 W 0.088 0.008 0.001 0.053 0.090 0.149 0.111 0.005 0.001 0.061 0.432 54 N 0.009 0.008 0.001 0.069 0.066 0.165 0.120 0.001 0.001 0.035 0.527 55 F 0.011 0.012 0.004 0.070 0.039 0.055 0.115 0.001 0.002 0.037 0.654 56 E 0.180 0.027 0.005 0.025 0.061 0.041 0.136 0.012 0.004 0.123 0.385 57 P 0.083 0.032 0.002 0.013 0.005 0.008 0.103 0.006 0.001 0.058 0.689 58 D 0.303 0.075 0.003 0.009 0.004 0.009 0.090 0.008 0.001 0.056 0.440 59 A 0.083 0.117 0.003 0.014 0.005 0.012 0.100 0.008 0.001 0.070 0.587 60 G 0.089 0.117 0.003 0.010 0.014 0.022 0.119 0.003 0.001 0.103 0.518 61 E 0.026 0.252 0.002 0.031 0.074 0.083 0.092 0.007 0.001 0.063 0.367 62 G 0.051 0.509 0.003 0.015 0.028 0.044 0.065 0.006 0.001 0.029 0.250 63 L 0.026 0.710 0.003 0.016 0.042 0.049 0.028 0.010 0.001 0.008 0.108 64 N 0.039 0.465 0.002 0.025 0.032 0.082 0.044 0.011 0.001 0.063 0.237 65 R 0.022 0.089 0.008 0.035 0.064 0.078 0.035 0.004 0.002 0.543 0.120 66 Y 0.032 0.084 0.031 0.083 0.062 0.111 0.082 0.005 0.012 0.290 0.207 67 I 0.105 0.038 0.061 0.061 0.072 0.088 0.081 0.009 0.028 0.127 0.330 68 R 0.150 0.031 0.005 0.050 0.057 0.069 0.075 0.009 0.003 0.062 0.488 69 T 0.119 0.037 0.001 0.016 0.013 0.033 0.104 0.007 0.001 0.048 0.621 70 S 0.028 0.007 0.002 0.025 0.014 0.049 0.138 0.010 0.001 0.073 0.653 71 G 0.031 0.027 0.005 0.057 0.023 0.062 0.144 0.004 0.002 0.099 0.548 72 I 0.081 0.013 0.004 0.055 0.044 0.064 0.105 0.003 0.001 0.097 0.533 73 R 0.059 0.049 0.003 0.079 0.050 0.074 0.116 0.006 0.002 0.086 0.476 74 T 0.137 0.028 0.003 0.029 0.025 0.038 0.105 0.004 0.002 0.090 0.540 75 D 0.039 0.068 0.003 0.042 0.027 0.053 0.140 0.019 0.002 0.076 0.531 76 T 0.149 0.157 0.003 0.014 0.013 0.025 0.086 0.009 0.002 0.035 0.507 77 A 0.110 0.146 0.009 0.030 0.034 0.048 0.084 0.015 0.003 0.055 0.467 78 T 0.084 0.174 0.002 0.015 0.041 0.064 0.094 0.009 0.001 0.042 0.472 79 R 0.096 0.199 0.014 0.023 0.034 0.058 0.078 0.012 0.006 0.054 0.425 80 L 0.161 0.141 0.008 0.019 0.048 0.052 0.092 0.012 0.004 0.043 0.419 81 E 0.116 0.089 0.005 0.015 0.035 0.064 0.090 0.008 0.003 0.042 0.532 82 H 0.061 0.045 0.007 0.020 0.019 0.039 0.094 0.006 0.003 0.038 0.668 83 H 0.131 0.026 0.006 0.018 0.027 0.045 0.087 0.010 0.003 0.064 0.582 84 H 0.085 0.009 0.002 0.012 0.016 0.026 0.081 0.003 0.001 0.043 0.722 85 H 0.033 0.005 0.001 0.012 0.017 0.025 0.085 0.002 0.001 0.030 0.789 86 H 0.023 0.007 0.001 0.012 0.018 0.020 0.113 0.002 0.001 0.028 0.777 87 H 0.037 0.008 0.001 0.012 0.027 0.028 0.145 0.008 0.001 0.040 0.693