# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03747 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.114 0.188 0.059 0.019 0.193 0.021 0.052 0.124 0.086 0.093 0.051 2 T 0.126 0.217 0.079 0.018 0.221 0.019 0.035 0.114 0.065 0.058 0.048 3 Q 0.078 0.201 0.080 0.021 0.198 0.016 0.028 0.140 0.110 0.092 0.036 4 S 0.176 0.127 0.029 0.008 0.292 0.012 0.030 0.120 0.098 0.059 0.049 5 V 0.123 0.193 0.042 0.007 0.335 0.008 0.029 0.113 0.067 0.049 0.035 6 L 0.166 0.177 0.080 0.013 0.271 0.010 0.040 0.061 0.042 0.087 0.054 7 L 0.058 0.393 0.272 0.024 0.172 0.006 0.015 0.029 0.009 0.009 0.013 8 P 0.019 0.370 0.377 0.051 0.087 0.019 0.014 0.033 0.014 0.009 0.006 9 P 0.019 0.054 0.043 0.045 0.031 0.075 0.221 0.244 0.155 0.090 0.022 10 G 0.038 0.139 0.300 0.144 0.091 0.038 0.026 0.073 0.044 0.064 0.043 11 P 0.065 0.153 0.058 0.016 0.115 0.021 0.045 0.188 0.156 0.144 0.039 12 F 0.074 0.151 0.093 0.025 0.139 0.015 0.023 0.125 0.083 0.210 0.062 13 T 0.037 0.351 0.185 0.035 0.106 0.016 0.013 0.147 0.049 0.046 0.014 14 R 0.007 0.013 0.009 0.008 0.015 0.013 0.024 0.672 0.204 0.026 0.007 15 R 0.018 0.017 0.009 0.003 0.020 0.005 0.032 0.718 0.123 0.037 0.017 16 Q 0.009 0.013 0.004 0.003 0.013 0.004 0.017 0.638 0.180 0.114 0.006 17 A 0.022 0.027 0.005 0.002 0.038 0.002 0.009 0.736 0.133 0.019 0.007 18 Q 0.010 0.019 0.006 0.003 0.022 0.007 0.037 0.788 0.094 0.011 0.003 19 A 0.026 0.019 0.004 0.003 0.044 0.005 0.034 0.781 0.061 0.017 0.006 20 V 0.077 0.031 0.004 0.004 0.105 0.009 0.020 0.591 0.096 0.047 0.017 21 T 0.091 0.033 0.005 0.006 0.096 0.011 0.040 0.516 0.118 0.055 0.030 22 T 0.104 0.111 0.023 0.010 0.204 0.013 0.045 0.323 0.086 0.055 0.026 23 T 0.137 0.084 0.022 0.010 0.198 0.021 0.107 0.252 0.076 0.057 0.036 24 Y 0.313 0.076 0.024 0.016 0.209 0.012 0.016 0.073 0.057 0.096 0.107 25 S 0.015 0.123 0.040 0.073 0.064 0.159 0.200 0.213 0.085 0.022 0.006 26 N 0.262 0.046 0.010 0.003 0.184 0.003 0.013 0.029 0.041 0.234 0.174 27 I 0.201 0.209 0.023 0.002 0.489 0.002 0.004 0.011 0.015 0.013 0.031 28 T 0.152 0.203 0.036 0.002 0.538 0.002 0.006 0.017 0.010 0.011 0.022 29 L 0.318 0.122 0.020 0.006 0.306 0.007 0.014 0.047 0.031 0.035 0.093 30 E 0.053 0.198 0.073 0.047 0.176 0.065 0.072 0.103 0.088 0.091 0.033 31 D 0.219 0.112 0.095 0.018 0.234 0.011 0.022 0.043 0.039 0.093 0.112 32 D 0.111 0.092 0.080 0.031 0.123 0.013 0.027 0.190 0.158 0.115 0.060 33 Q 0.013 0.112 0.069 0.070 0.030 0.087 0.188 0.177 0.160 0.083 0.011 34 G 0.038 0.050 0.055 0.105 0.036 0.054 0.052 0.080 0.091 0.347 0.093 35 S 0.055 0.110 0.061 0.030 0.128 0.059 0.120 0.181 0.127 0.095 0.034 36 H 0.249 0.118 0.029 0.010 0.348 0.010 0.020 0.045 0.032 0.068 0.070 37 F 0.328 0.108 0.012 0.006 0.461 0.005 0.005 0.012 0.007 0.017 0.040 38 R 0.249 0.070 0.008 0.007 0.608 0.007 0.012 0.012 0.003 0.004 0.019 39 L 0.260 0.065 0.005 0.001 0.650 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.009 40 V 0.264 0.066 0.004 0.002 0.614 0.003 0.003 0.013 0.001 0.004 0.026 41 V 0.223 0.183 0.019 0.001 0.505 0.001 0.001 0.009 0.001 0.010 0.046 42 R 0.079 0.356 0.053 0.010 0.386 0.007 0.009 0.018 0.008 0.045 0.031 43 D 0.116 0.187 0.417 0.014 0.163 0.004 0.007 0.028 0.020 0.011 0.033 44 T 0.003 0.007 0.015 0.007 0.003 0.014 0.090 0.655 0.191 0.014 0.002 45 E 0.002 0.655 0.178 0.039 0.030 0.010 0.040 0.022 0.007 0.015 0.002 46 G 0.085 0.048 0.024 0.016 0.041 0.012 0.004 0.012 0.017 0.381 0.359 47 R 0.068 0.320 0.064 0.008 0.352 0.011 0.018 0.093 0.030 0.022 0.014 48 M 0.463 0.041 0.005 0.001 0.440 0.001 0.001 0.007 0.002 0.004 0.035 49 V 0.162 0.188 0.038 0.021 0.502 0.020 0.017 0.029 0.005 0.005 0.013 50 W 0.344 0.094 0.012 0.004 0.445 0.003 0.007 0.032 0.004 0.008 0.047 51 R 0.248 0.140 0.031 0.014 0.341 0.014 0.021 0.058 0.014 0.033 0.086 52 A 0.169 0.199 0.066 0.022 0.274 0.021 0.035 0.096 0.031 0.043 0.044 53 W 0.077 0.130 0.054 0.052 0.148 0.094 0.113 0.136 0.082 0.072 0.043 54 N 0.198 0.106 0.045 0.017 0.231 0.009 0.023 0.045 0.035 0.146 0.147 55 F 0.077 0.198 0.096 0.027 0.129 0.016 0.027 0.087 0.094 0.182 0.066 56 E 0.049 0.328 0.237 0.028 0.207 0.010 0.014 0.058 0.029 0.024 0.017 57 P 0.024 0.061 0.048 0.026 0.038 0.065 0.167 0.368 0.166 0.025 0.013 58 D 0.033 0.047 0.047 0.035 0.041 0.025 0.053 0.220 0.108 0.307 0.083 59 A 0.036 0.160 0.073 0.038 0.070 0.054 0.076 0.241 0.106 0.117 0.027 60 G 0.020 0.044 0.073 0.108 0.028 0.044 0.020 0.288 0.100 0.227 0.049 61 E 0.018 0.065 0.038 0.031 0.042 0.045 0.083 0.532 0.093 0.041 0.013 62 G 0.012 0.025 0.024 0.015 0.014 0.008 0.018 0.709 0.079 0.079 0.018 63 L 0.006 0.012 0.005 0.003 0.010 0.005 0.012 0.815 0.098 0.029 0.005 64 N 0.008 0.012 0.003 0.002 0.015 0.002 0.006 0.829 0.099 0.019 0.005 65 R 0.005 0.011 0.004 0.002 0.011 0.003 0.014 0.871 0.069 0.009 0.002 66 Y 0.003 0.008 0.004 0.001 0.007 0.002 0.021 0.871 0.059 0.020 0.002 67 I 0.017 0.012 0.002 0.001 0.019 0.003 0.015 0.787 0.103 0.032 0.009 68 R 0.019 0.026 0.013 0.005 0.020 0.012 0.047 0.662 0.141 0.044 0.011 69 T 0.014 0.052 0.037 0.020 0.035 0.033 0.120 0.506 0.099 0.077 0.008 70 S 0.024 0.354 0.296 0.054 0.083 0.009 0.022 0.046 0.024 0.067 0.020 71 G 0.014 0.039 0.103 0.280 0.013 0.088 0.025 0.102 0.064 0.222 0.049 72 I 0.101 0.263 0.065 0.010 0.223 0.013 0.034 0.148 0.059 0.046 0.037 73 R 0.132 0.180 0.071 0.018 0.236 0.016 0.022 0.125 0.048 0.079 0.072 74 T 0.046 0.254 0.117 0.031 0.157 0.025 0.040 0.192 0.087 0.034 0.017 75 D 0.126 0.076 0.049 0.010 0.137 0.011 0.042 0.258 0.099 0.117 0.076 76 T 0.039 0.126 0.048 0.016 0.069 0.013 0.034 0.361 0.135 0.132 0.025 77 A 0.070 0.154 0.049 0.017 0.156 0.014 0.025 0.329 0.094 0.059 0.033 78 T 0.045 0.111 0.039 0.011 0.104 0.023 0.059 0.462 0.096 0.034 0.016 79 R 0.089 0.099 0.041 0.008 0.125 0.006 0.019 0.434 0.078 0.067 0.034 80 L 0.079 0.063 0.016 0.008 0.102 0.011 0.023 0.465 0.145 0.058 0.030 81 E 0.043 0.065 0.024 0.016 0.070 0.027 0.073 0.482 0.133 0.048 0.019 82 H 0.069 0.078 0.035 0.015 0.100 0.017 0.059 0.339 0.130 0.118 0.038 83 H 0.091 0.094 0.040 0.020 0.127 0.024 0.059 0.243 0.133 0.122 0.047 84 H 0.087 0.109 0.037 0.019 0.122 0.021 0.047 0.214 0.151 0.143 0.051 85 H 0.086 0.103 0.041 0.020 0.129 0.021 0.058 0.188 0.140 0.161 0.052 86 H 0.077 0.131 0.071 0.030 0.126 0.027 0.061 0.154 0.118 0.150 0.057 87 H 0.087 0.192 0.104 0.030 0.163 0.020 0.038 0.146 0.086 0.088 0.047