# TARGET T0358 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.03747 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.538 0.194 0.109 0.082 0.051 0.023 0.005 2 T 0.457 0.247 0.151 0.087 0.039 0.015 0.003 3 Q 0.544 0.235 0.113 0.067 0.029 0.010 0.002 4 S 0.284 0.220 0.177 0.158 0.099 0.052 0.010 5 V 0.203 0.199 0.202 0.186 0.123 0.072 0.016 6 L 0.206 0.181 0.179 0.181 0.142 0.090 0.020 7 L 0.174 0.123 0.134 0.190 0.200 0.148 0.031 8 P 0.357 0.257 0.176 0.122 0.058 0.023 0.005 9 P 0.494 0.281 0.127 0.065 0.024 0.008 0.002 10 G 0.347 0.264 0.174 0.128 0.060 0.023 0.004 11 P 0.285 0.224 0.179 0.154 0.096 0.051 0.011 12 F 0.139 0.138 0.163 0.218 0.190 0.128 0.025 13 T 0.144 0.204 0.202 0.196 0.137 0.095 0.021 14 R 0.233 0.238 0.212 0.180 0.098 0.035 0.005 15 R 0.245 0.309 0.206 0.139 0.069 0.027 0.005 16 Q 0.095 0.127 0.149 0.221 0.219 0.161 0.027 17 A 0.087 0.114 0.166 0.258 0.233 0.127 0.015 18 Q 0.185 0.287 0.250 0.171 0.075 0.028 0.004 19 A 0.116 0.140 0.173 0.212 0.194 0.139 0.026 20 V 0.053 0.067 0.087 0.149 0.241 0.326 0.078 21 T 0.107 0.160 0.197 0.217 0.172 0.114 0.034 22 T 0.143 0.148 0.154 0.184 0.175 0.149 0.047 23 T 0.099 0.143 0.204 0.239 0.173 0.118 0.025 24 Y 0.096 0.095 0.117 0.192 0.243 0.200 0.057 25 S 0.209 0.257 0.204 0.173 0.094 0.050 0.012 26 N 0.127 0.185 0.206 0.218 0.151 0.093 0.020 27 I 0.064 0.066 0.095 0.178 0.256 0.268 0.073 28 T 0.102 0.151 0.191 0.220 0.178 0.124 0.034 29 L 0.138 0.128 0.139 0.188 0.199 0.161 0.046 30 E 0.215 0.287 0.202 0.166 0.085 0.037 0.008 31 D 0.276 0.276 0.207 0.147 0.063 0.025 0.006 32 D 0.258 0.212 0.179 0.168 0.112 0.061 0.011 33 Q 0.309 0.255 0.181 0.133 0.075 0.039 0.009 34 G 0.232 0.219 0.188 0.159 0.118 0.071 0.013 35 S 0.108 0.178 0.196 0.228 0.180 0.095 0.015 36 H 0.029 0.058 0.115 0.205 0.270 0.252 0.071 37 F 0.010 0.017 0.034 0.085 0.217 0.465 0.171 38 R 0.016 0.050 0.108 0.190 0.245 0.282 0.109 39 L 0.016 0.031 0.060 0.134 0.250 0.379 0.129 40 V 0.011 0.020 0.047 0.123 0.259 0.415 0.125 41 V 0.009 0.015 0.034 0.109 0.285 0.458 0.089 42 R 0.018 0.060 0.143 0.294 0.324 0.146 0.015 43 D 0.184 0.394 0.254 0.129 0.032 0.005 0.001 44 T 0.441 0.347 0.141 0.054 0.014 0.004 0.001 45 E 0.716 0.162 0.055 0.037 0.020 0.009 0.001 46 G 0.439 0.256 0.160 0.095 0.038 0.011 0.001 47 R 0.314 0.294 0.229 0.115 0.038 0.010 0.001 48 M 0.122 0.152 0.159 0.195 0.225 0.129 0.017 49 V 0.038 0.074 0.142 0.227 0.255 0.210 0.053 50 W 0.028 0.041 0.061 0.106 0.200 0.370 0.194 51 R 0.018 0.032 0.056 0.116 0.187 0.317 0.275 52 A 0.023 0.044 0.072 0.126 0.187 0.304 0.244 53 W 0.031 0.053 0.087 0.143 0.197 0.277 0.211 54 N 0.039 0.050 0.068 0.126 0.195 0.299 0.223 55 F 0.066 0.090 0.111 0.161 0.213 0.253 0.105 56 E 0.091 0.158 0.169 0.202 0.181 0.147 0.053 57 P 0.272 0.273 0.184 0.145 0.081 0.036 0.008 58 D 0.196 0.289 0.239 0.168 0.076 0.028 0.005 59 A 0.119 0.092 0.110 0.203 0.250 0.191 0.034 60 G 0.258 0.267 0.210 0.142 0.076 0.040 0.007 61 E 0.319 0.313 0.199 0.112 0.042 0.013 0.002 62 G 0.131 0.197 0.210 0.213 0.158 0.081 0.011 63 L 0.051 0.067 0.087 0.156 0.247 0.326 0.066 64 N 0.071 0.147 0.224 0.242 0.177 0.114 0.025 65 R 0.135 0.261 0.232 0.182 0.113 0.064 0.013 66 Y 0.055 0.092 0.167 0.268 0.241 0.147 0.031 67 I 0.048 0.062 0.077 0.163 0.291 0.301 0.057 68 R 0.110 0.215 0.249 0.234 0.127 0.055 0.010 69 T 0.230 0.270 0.189 0.157 0.093 0.049 0.012 70 S 0.132 0.215 0.261 0.221 0.112 0.050 0.009 71 G 0.168 0.199 0.204 0.208 0.138 0.072 0.010 72 I 0.124 0.116 0.128 0.199 0.234 0.172 0.027 73 R 0.210 0.255 0.215 0.175 0.097 0.042 0.006 74 T 0.363 0.293 0.188 0.105 0.039 0.011 0.002 75 D 0.477 0.263 0.139 0.078 0.031 0.010 0.002 76 T 0.380 0.280 0.167 0.106 0.048 0.018 0.002 77 A 0.215 0.188 0.208 0.220 0.126 0.040 0.003 78 T 0.481 0.297 0.132 0.063 0.020 0.005 0.001 79 R 0.282 0.279 0.213 0.143 0.061 0.021 0.002 80 L 0.233 0.152 0.169 0.210 0.162 0.069 0.005 81 E 0.499 0.276 0.131 0.064 0.022 0.007 0.001 82 H 0.445 0.238 0.157 0.103 0.042 0.013 0.001 83 H 0.462 0.241 0.144 0.096 0.042 0.014 0.001 84 H 0.541 0.227 0.124 0.073 0.027 0.008 0.001 85 H 0.612 0.218 0.102 0.049 0.015 0.003 0.001 86 H 0.668 0.196 0.082 0.039 0.012 0.003 0.001 87 H 0.717 0.171 0.069 0.030 0.010 0.003 0.001