# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.93915 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.167 0.197 0.097 0.005 0.041 0.064 0.101 0.013 0.008 0.008 0.020 0.017 0.016 0.005 0.043 0.050 0.010 0.035 0.021 0.040 0.025 2 T 0.017 0.146 0.209 0.201 0.007 0.023 0.070 0.091 0.011 0.009 0.012 0.010 0.013 0.018 0.011 0.023 0.019 0.014 0.023 0.011 0.023 0.039 3 Q 0.030 0.104 0.204 0.071 0.011 0.021 0.135 0.081 0.022 0.012 0.018 0.033 0.020 0.032 0.006 0.041 0.025 0.007 0.026 0.027 0.053 0.021 4 S 0.023 0.149 0.207 0.079 0.004 0.015 0.145 0.054 0.026 0.011 0.025 0.014 0.019 0.035 0.025 0.027 0.016 0.009 0.027 0.012 0.026 0.054 5 V 0.028 0.180 0.154 0.051 0.007 0.008 0.070 0.025 0.041 0.019 0.028 0.043 0.025 0.056 0.009 0.054 0.021 0.020 0.033 0.041 0.063 0.022 6 L 0.041 0.237 0.162 0.118 0.008 0.012 0.069 0.007 0.027 0.015 0.022 0.013 0.018 0.030 0.038 0.028 0.019 0.008 0.032 0.008 0.023 0.061 7 L 0.006 0.325 0.123 0.237 0.009 0.013 0.013 0.002 0.028 0.014 0.015 0.019 0.012 0.026 0.005 0.033 0.019 0.008 0.034 0.016 0.029 0.013 8 P 0.003 0.101 0.035 0.767 0.033 0.005 0.006 0.002 0.004 0.002 0.004 0.003 0.004 0.003 0.003 0.004 0.005 0.004 0.002 0.002 0.003 0.004 9 P 0.005 0.109 0.177 0.586 0.011 0.019 0.029 0.002 0.005 0.004 0.005 0.005 0.003 0.006 0.005 0.005 0.006 0.001 0.001 0.003 0.005 0.006 10 G 0.007 0.280 0.041 0.476 0.048 0.014 0.059 0.010 0.004 0.003 0.005 0.006 0.003 0.004 0.002 0.007 0.004 0.008 0.002 0.004 0.009 0.002 11 P 0.009 0.107 0.236 0.376 0.013 0.140 0.039 0.020 0.004 0.002 0.004 0.003 0.003 0.003 0.009 0.009 0.003 0.002 0.001 0.002 0.004 0.011 12 F 0.020 0.212 0.123 0.096 0.010 0.039 0.298 0.091 0.006 0.006 0.007 0.012 0.004 0.007 0.007 0.014 0.005 0.009 0.003 0.006 0.018 0.009 13 T 0.018 0.223 0.091 0.231 0.008 0.108 0.070 0.154 0.005 0.002 0.004 0.006 0.004 0.005 0.004 0.014 0.008 0.007 0.010 0.004 0.012 0.013 14 R 0.016 0.078 0.202 0.073 0.007 0.292 0.074 0.181 0.005 0.002 0.002 0.004 0.004 0.004 0.003 0.014 0.005 0.003 0.005 0.003 0.010 0.013 15 R 0.009 0.035 0.084 0.037 0.004 0.086 0.154 0.531 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.006 0.006 0.003 0.009 0.005 0.010 0.007 16 Q 0.010 0.033 0.061 0.053 0.001 0.099 0.079 0.597 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.008 0.008 0.001 0.006 0.008 0.009 0.014 17 A 0.005 0.045 0.047 0.055 0.001 0.095 0.026 0.616 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.010 0.018 0.002 0.011 0.014 0.023 0.016 18 Q 0.004 0.013 0.050 0.025 0.001 0.030 0.028 0.719 0.005 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.001 0.014 0.021 0.001 0.017 0.019 0.026 0.014 19 A 0.003 0.015 0.035 0.020 0.001 0.015 0.029 0.713 0.008 0.001 0.003 0.002 0.005 0.007 0.002 0.014 0.036 0.002 0.009 0.012 0.018 0.051 20 V 0.004 0.021 0.086 0.014 0.001 0.022 0.020 0.454 0.013 0.004 0.007 0.013 0.011 0.015 0.002 0.035 0.087 0.007 0.015 0.053 0.078 0.039 21 T 0.007 0.026 0.110 0.028 0.001 0.017 0.028 0.403 0.017 0.005 0.008 0.011 0.013 0.014 0.004 0.043 0.039 0.018 0.013 0.042 0.057 0.096 22 T 0.011 0.024 0.161 0.027 0.002 0.014 0.057 0.247 0.019 0.010 0.011 0.019 0.017 0.018 0.003 0.049 0.044 0.035 0.008 0.067 0.092 0.063 23 T 0.019 0.046 0.190 0.036 0.002 0.012 0.089 0.144 0.023 0.008 0.009 0.014 0.018 0.022 0.005 0.065 0.053 0.015 0.007 0.053 0.074 0.096 24 Y 0.019 0.111 0.168 0.042 0.002 0.011 0.052 0.040 0.019 0.029 0.015 0.014 0.023 0.015 0.012 0.096 0.062 0.019 0.011 0.054 0.143 0.042 25 S 0.027 0.051 0.189 0.046 0.006 0.008 0.082 0.023 0.025 0.032 0.024 0.022 0.024 0.030 0.010 0.097 0.105 0.008 0.015 0.036 0.095 0.043 26 N 0.045 0.065 0.045 0.021 0.007 0.006 0.082 0.010 0.037 0.040 0.035 0.031 0.037 0.039 0.017 0.140 0.118 0.006 0.038 0.045 0.095 0.041 27 I 0.006 0.118 0.031 0.042 0.002 0.007 0.008 0.004 0.033 0.065 0.051 0.019 0.035 0.056 0.049 0.091 0.141 0.016 0.061 0.025 0.071 0.072 28 T 0.004 0.098 0.018 0.038 0.005 0.003 0.005 0.004 0.038 0.063 0.066 0.068 0.052 0.045 0.019 0.095 0.085 0.037 0.015 0.077 0.116 0.050 29 L 0.003 0.131 0.023 0.074 0.002 0.007 0.005 0.003 0.032 0.050 0.043 0.015 0.029 0.027 0.092 0.054 0.020 0.215 0.008 0.016 0.041 0.113 30 E 0.007 0.086 0.061 0.058 0.013 0.014 0.017 0.008 0.038 0.035 0.061 0.104 0.052 0.037 0.012 0.062 0.032 0.174 0.005 0.039 0.055 0.032 31 D 0.017 0.207 0.088 0.127 0.019 0.027 0.035 0.013 0.025 0.014 0.032 0.027 0.019 0.016 0.037 0.038 0.017 0.121 0.004 0.016 0.024 0.075 32 D 0.023 0.098 0.399 0.088 0.023 0.064 0.037 0.020 0.013 0.009 0.017 0.020 0.013 0.010 0.005 0.024 0.018 0.070 0.004 0.008 0.015 0.019 33 Q 0.079 0.084 0.230 0.142 0.027 0.038 0.248 0.024 0.005 0.003 0.010 0.006 0.004 0.005 0.002 0.015 0.010 0.016 0.007 0.006 0.016 0.020 34 G 0.250 0.088 0.064 0.057 0.087 0.066 0.204 0.017 0.004 0.002 0.003 0.005 0.003 0.006 0.002 0.021 0.006 0.010 0.042 0.008 0.030 0.026 35 S 0.017 0.124 0.124 0.134 0.007 0.050 0.053 0.035 0.009 0.004 0.005 0.006 0.007 0.006 0.002 0.056 0.037 0.005 0.213 0.013 0.042 0.052 36 H 0.018 0.103 0.058 0.051 0.003 0.012 0.054 0.030 0.019 0.006 0.005 0.013 0.016 0.010 0.007 0.116 0.107 0.003 0.087 0.037 0.079 0.166 37 F 0.007 0.037 0.018 0.017 0.001 0.008 0.013 0.015 0.019 0.010 0.009 0.008 0.016 0.012 0.011 0.160 0.308 0.002 0.131 0.031 0.090 0.078 38 R 0.002 0.009 0.007 0.004 0.001 0.002 0.004 0.007 0.015 0.012 0.015 0.021 0.026 0.022 0.006 0.151 0.240 0.002 0.082 0.165 0.136 0.069 39 L 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.016 0.023 0.019 0.012 0.014 0.006 0.057 0.406 0.005 0.011 0.258 0.105 0.043 40 V 0.001 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.027 0.015 0.015 0.023 0.027 0.024 0.011 0.122 0.094 0.018 0.005 0.305 0.136 0.159 41 V 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.007 0.004 0.005 0.004 0.005 0.027 0.013 0.740 0.001 0.090 0.052 0.027 42 R 0.004 0.026 0.026 0.014 0.003 0.006 0.006 0.004 0.017 0.017 0.021 0.029 0.021 0.020 0.007 0.083 0.026 0.164 0.002 0.205 0.128 0.169 43 D 0.004 0.109 0.018 0.034 0.005 0.005 0.004 0.004 0.003 0.014 0.006 0.006 0.004 0.004 0.006 0.014 0.004 0.684 0.001 0.017 0.029 0.026 44 T 0.016 0.019 0.715 0.044 0.009 0.077 0.009 0.014 0.003 0.003 0.005 0.008 0.006 0.002 0.001 0.009 0.004 0.030 0.002 0.005 0.009 0.009 45 E 0.092 0.016 0.055 0.016 0.007 0.010 0.764 0.012 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.004 46 G 0.468 0.035 0.015 0.015 0.062 0.037 0.162 0.008 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.013 0.004 0.001 0.137 0.003 0.020 0.004 47 R 0.012 0.078 0.034 0.073 0.002 0.029 0.011 0.028 0.005 0.003 0.006 0.004 0.008 0.009 0.006 0.024 0.018 0.001 0.579 0.005 0.016 0.049 48 M 0.006 0.070 0.022 0.018 0.001 0.014 0.010 0.040 0.017 0.009 0.011 0.030 0.032 0.020 0.005 0.071 0.087 0.003 0.249 0.048 0.091 0.146 49 V 0.002 0.027 0.016 0.015 0.001 0.007 0.005 0.040 0.017 0.006 0.008 0.008 0.017 0.018 0.008 0.083 0.084 0.002 0.463 0.017 0.045 0.111 50 W 0.002 0.018 0.016 0.011 0.001 0.008 0.010 0.069 0.021 0.015 0.019 0.042 0.038 0.028 0.008 0.070 0.130 0.018 0.076 0.176 0.141 0.083 51 R 0.004 0.017 0.027 0.008 0.001 0.012 0.012 0.089 0.022 0.010 0.018 0.028 0.028 0.027 0.010 0.059 0.045 0.017 0.009 0.387 0.103 0.066 52 A 0.005 0.023 0.088 0.019 0.001 0.008 0.044 0.138 0.015 0.011 0.014 0.023 0.025 0.023 0.008 0.063 0.062 0.014 0.003 0.258 0.094 0.060 53 W 0.018 0.056 0.150 0.020 0.003 0.014 0.083 0.081 0.015 0.012 0.015 0.019 0.015 0.020 0.005 0.051 0.028 0.020 0.006 0.185 0.143 0.039 54 N 0.056 0.134 0.248 0.077 0.010 0.023 0.116 0.063 0.008 0.012 0.015 0.010 0.013 0.018 0.010 0.041 0.022 0.017 0.014 0.029 0.042 0.023 55 F 0.049 0.198 0.268 0.090 0.015 0.034 0.108 0.023 0.006 0.008 0.006 0.010 0.006 0.013 0.006 0.022 0.009 0.010 0.027 0.019 0.037 0.038 56 E 0.012 0.347 0.126 0.263 0.015 0.051 0.022 0.033 0.003 0.004 0.005 0.006 0.004 0.007 0.003 0.010 0.004 0.025 0.033 0.005 0.014 0.006 57 P 0.012 0.059 0.368 0.286 0.015 0.086 0.036 0.076 0.003 0.001 0.002 0.006 0.005 0.005 0.002 0.006 0.002 0.002 0.005 0.002 0.003 0.017 58 D 0.013 0.203 0.212 0.096 0.007 0.037 0.234 0.147 0.002 0.001 0.003 0.005 0.002 0.003 0.003 0.005 0.002 0.008 0.004 0.003 0.007 0.003 59 A 0.029 0.084 0.335 0.146 0.008 0.108 0.177 0.072 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 0.005 0.003 0.005 0.003 60 G 0.098 0.053 0.138 0.037 0.049 0.149 0.296 0.136 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.004 0.002 0.005 0.001 0.002 0.007 0.003 0.008 0.003 61 E 0.009 0.041 0.162 0.055 0.004 0.216 0.117 0.335 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.006 0.002 0.001 0.029 0.002 0.004 0.003 62 G 0.009 0.051 0.059 0.034 0.002 0.055 0.175 0.579 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.004 0.003 0.001 0.005 0.003 0.004 0.007 63 L 0.006 0.049 0.107 0.057 0.001 0.089 0.043 0.583 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.007 0.009 0.001 0.019 0.003 0.007 0.006 64 N 0.008 0.020 0.070 0.019 0.003 0.070 0.084 0.671 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.005 0.005 0.001 0.009 0.003 0.010 0.006 65 R 0.003 0.012 0.048 0.006 0.001 0.049 0.055 0.785 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 0.001 0.007 0.006 0.005 0.005 66 Y 0.002 0.012 0.047 0.013 0.001 0.018 0.034 0.825 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.007 0.006 0.004 0.003 0.003 0.013 67 I 0.003 0.017 0.060 0.020 0.001 0.016 0.024 0.786 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.005 0.014 0.008 0.004 0.005 0.006 0.018 68 R 0.013 0.029 0.159 0.016 0.002 0.018 0.061 0.567 0.003 0.001 0.003 0.006 0.004 0.006 0.001 0.010 0.014 0.023 0.008 0.010 0.020 0.026 69 T 0.012 0.036 0.455 0.026 0.002 0.017 0.147 0.212 0.002 0.002 0.003 0.007 0.003 0.003 0.002 0.008 0.008 0.013 0.006 0.009 0.011 0.016 70 S 0.107 0.055 0.284 0.079 0.005 0.029 0.321 0.043 0.003 0.003 0.005 0.004 0.003 0.005 0.002 0.008 0.009 0.006 0.007 0.005 0.009 0.009 71 G 0.524 0.042 0.040 0.023 0.090 0.024 0.115 0.026 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.005 0.002 0.007 0.007 0.004 0.059 0.004 0.009 0.007 72 I 0.006 0.216 0.124 0.209 0.002 0.033 0.021 0.044 0.004 0.004 0.006 0.004 0.007 0.006 0.008 0.012 0.015 0.010 0.209 0.005 0.009 0.044 73 R 0.012 0.252 0.136 0.161 0.009 0.026 0.047 0.065 0.006 0.005 0.008 0.038 0.019 0.012 0.004 0.021 0.024 0.027 0.021 0.016 0.029 0.062 74 T 0.020 0.165 0.192 0.184 0.006 0.078 0.062 0.063 0.007 0.004 0.010 0.011 0.008 0.008 0.014 0.017 0.013 0.014 0.060 0.006 0.016 0.043 75 D 0.041 0.117 0.168 0.116 0.015 0.055 0.154 0.116 0.008 0.005 0.007 0.021 0.014 0.010 0.006 0.019 0.025 0.015 0.029 0.014 0.020 0.023 76 T 0.053 0.150 0.115 0.091 0.011 0.090 0.133 0.127 0.006 0.003 0.007 0.013 0.008 0.008 0.013 0.017 0.023 0.007 0.032 0.036 0.019 0.038 77 A 0.018 0.143 0.144 0.137 0.005 0.104 0.050 0.175 0.006 0.004 0.006 0.011 0.011 0.010 0.004 0.022 0.029 0.007 0.033 0.018 0.022 0.039 78 T 0.013 0.086 0.109 0.149 0.007 0.049 0.066 0.295 0.005 0.002 0.004 0.009 0.006 0.007 0.003 0.017 0.032 0.010 0.038 0.020 0.027 0.047 79 R 0.019 0.105 0.095 0.072 0.003 0.059 0.087 0.302 0.006 0.002 0.004 0.008 0.006 0.006 0.005 0.019 0.032 0.011 0.028 0.023 0.029 0.080 80 L 0.010 0.108 0.156 0.086 0.002 0.043 0.053 0.281 0.005 0.002 0.004 0.008 0.007 0.006 0.003 0.022 0.038 0.021 0.027 0.035 0.032 0.053 81 E 0.017 0.066 0.191 0.071 0.006 0.026 0.100 0.274 0.005 0.002 0.004 0.011 0.006 0.006 0.003 0.024 0.029 0.018 0.019 0.042 0.031 0.048 82 H 0.030 0.087 0.182 0.060 0.006 0.033 0.199 0.190 0.004 0.003 0.005 0.008 0.005 0.007 0.005 0.017 0.017 0.021 0.017 0.026 0.029 0.048 83 H 0.039 0.111 0.259 0.080 0.007 0.036 0.127 0.120 0.005 0.003 0.005 0.010 0.006 0.009 0.004 0.022 0.022 0.014 0.023 0.032 0.034 0.032 84 H 0.053 0.120 0.230 0.087 0.011 0.032 0.119 0.097 0.005 0.003 0.006 0.010 0.006 0.009 0.006 0.024 0.016 0.016 0.036 0.032 0.032 0.047 85 H 0.043 0.143 0.234 0.090 0.010 0.034 0.137 0.073 0.006 0.004 0.007 0.013 0.009 0.011 0.006 0.026 0.016 0.015 0.043 0.019 0.029 0.033 86 H 0.044 0.179 0.207 0.121 0.012 0.034 0.141 0.039 0.006 0.004 0.007 0.015 0.008 0.012 0.006 0.022 0.012 0.008 0.044 0.017 0.027 0.036 87 H 0.029 0.254 0.156 0.171 0.018 0.048 0.061 0.034 0.007 0.005 0.007 0.015 0.008 0.011 0.005 0.024 0.014 0.013 0.050 0.018 0.029 0.022