# TARGET T0358 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.93915 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.015 0.086 0.087 0.088 0.004 0.060 0.053 0.006 0.002 0.004 0.003 0.006 0.004 0.057 0.021 0.150 0.061 0.123 0.158 0.002 2 T 0.011 0.016 0.063 0.047 0.153 0.009 0.082 0.061 0.007 0.002 0.004 0.003 0.006 0.009 0.054 0.034 0.146 0.046 0.086 0.159 0.003 3 Q 0.013 0.025 0.062 0.099 0.113 0.010 0.124 0.044 0.008 0.002 0.005 0.005 0.009 0.011 0.050 0.037 0.155 0.057 0.087 0.078 0.005 4 S 0.025 0.038 0.054 0.046 0.243 0.011 0.147 0.038 0.006 0.002 0.007 0.008 0.018 0.016 0.047 0.051 0.071 0.048 0.052 0.068 0.005 5 V 0.035 0.040 0.234 0.180 0.064 0.012 0.040 0.016 0.002 0.001 0.008 0.008 0.017 0.016 0.091 0.020 0.051 0.028 0.051 0.078 0.008 6 L 0.030 0.029 0.022 0.038 0.451 0.002 0.025 0.003 0.002 0.001 0.009 0.009 0.026 0.020 0.028 0.094 0.045 0.038 0.078 0.044 0.007 7 L 0.018 0.016 0.183 0.143 0.030 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.007 0.008 0.013 0.012 0.165 0.013 0.027 0.022 0.096 0.230 0.003 8 P 0.002 0.003 0.017 0.024 0.137 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.059 0.058 0.033 0.153 0.486 0.001 9 P 0.002 0.003 0.030 0.034 0.047 0.004 0.052 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.064 0.026 0.255 0.090 0.123 0.256 0.001 10 G 0.002 0.003 0.043 0.034 0.027 0.008 0.065 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.018 0.139 0.048 0.159 0.399 0.001 11 P 0.002 0.003 0.018 0.016 0.068 0.008 0.067 0.064 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.027 0.343 0.098 0.117 0.146 0.001 12 F 0.003 0.006 0.035 0.038 0.037 0.014 0.118 0.211 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 0.021 0.223 0.061 0.064 0.124 0.001 13 T 0.004 0.007 0.015 0.023 0.076 0.005 0.073 0.386 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.023 0.124 0.048 0.077 0.113 0.001 14 R 0.004 0.004 0.023 0.020 0.029 0.003 0.039 0.458 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.007 0.306 0.026 0.031 0.025 0.001 15 R 0.003 0.005 0.007 0.013 0.023 0.010 0.123 0.679 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.084 0.010 0.010 0.013 0.001 16 Q 0.005 0.006 0.009 0.016 0.026 0.004 0.077 0.679 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.112 0.015 0.015 0.010 0.001 17 A 0.006 0.007 0.011 0.013 0.019 0.004 0.032 0.754 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.093 0.012 0.015 0.010 0.001 18 Q 0.005 0.010 0.008 0.015 0.017 0.008 0.052 0.747 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.004 0.085 0.010 0.005 0.010 0.001 19 A 0.011 0.021 0.010 0.023 0.039 0.008 0.053 0.706 0.007 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.016 0.009 0.056 0.011 0.009 0.009 0.001 20 V 0.038 0.032 0.041 0.050 0.029 0.008 0.034 0.585 0.012 0.002 0.002 0.004 0.007 0.012 0.027 0.006 0.068 0.015 0.017 0.009 0.002 21 T 0.057 0.049 0.032 0.079 0.058 0.015 0.058 0.369 0.031 0.009 0.003 0.007 0.013 0.026 0.030 0.012 0.103 0.014 0.019 0.014 0.004 22 T 0.036 0.056 0.030 0.072 0.067 0.022 0.106 0.185 0.031 0.016 0.003 0.006 0.016 0.048 0.113 0.020 0.097 0.022 0.018 0.032 0.004 23 T 0.030 0.038 0.041 0.069 0.071 0.009 0.094 0.099 0.027 0.010 0.011 0.009 0.015 0.061 0.088 0.029 0.117 0.064 0.053 0.052 0.013 24 Y 0.036 0.032 0.043 0.041 0.112 0.008 0.074 0.045 0.025 0.008 0.013 0.013 0.018 0.063 0.076 0.064 0.097 0.066 0.089 0.063 0.012 25 S 0.035 0.033 0.081 0.059 0.050 0.016 0.090 0.020 0.013 0.004 0.010 0.010 0.026 0.116 0.186 0.033 0.083 0.023 0.032 0.069 0.012 26 N 0.030 0.035 0.022 0.043 0.080 0.004 0.055 0.005 0.005 0.002 0.025 0.023 0.051 0.258 0.093 0.068 0.024 0.028 0.059 0.038 0.050 27 I 0.032 0.036 0.041 0.031 0.063 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.039 0.036 0.066 0.268 0.119 0.083 0.010 0.021 0.063 0.032 0.044 28 T 0.046 0.046 0.072 0.056 0.083 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.033 0.033 0.065 0.248 0.080 0.094 0.015 0.020 0.040 0.030 0.028 29 L 0.036 0.040 0.034 0.045 0.149 0.003 0.008 0.003 0.001 0.001 0.022 0.022 0.048 0.204 0.134 0.143 0.019 0.014 0.029 0.023 0.022 30 E 0.032 0.030 0.058 0.063 0.057 0.003 0.020 0.004 0.001 0.001 0.018 0.019 0.057 0.215 0.243 0.060 0.028 0.014 0.038 0.026 0.013 31 D 0.032 0.026 0.051 0.082 0.156 0.002 0.024 0.004 0.002 0.001 0.013 0.015 0.028 0.096 0.095 0.124 0.054 0.040 0.074 0.077 0.006 32 D 0.014 0.013 0.077 0.060 0.107 0.003 0.033 0.006 0.005 0.004 0.006 0.007 0.008 0.017 0.089 0.077 0.122 0.067 0.105 0.177 0.003 33 Q 0.007 0.009 0.042 0.035 0.107 0.006 0.098 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.051 0.037 0.346 0.052 0.033 0.155 0.001 34 G 0.017 0.026 0.066 0.064 0.162 0.011 0.250 0.012 0.002 0.004 0.002 0.002 0.005 0.003 0.022 0.023 0.075 0.118 0.049 0.086 0.002 35 S 0.061 0.079 0.194 0.148 0.139 0.003 0.039 0.011 0.002 0.001 0.005 0.004 0.010 0.004 0.027 0.019 0.098 0.036 0.041 0.076 0.003 36 H 0.146 0.237 0.064 0.088 0.277 0.002 0.022 0.010 0.001 0.001 0.007 0.010 0.022 0.005 0.014 0.012 0.028 0.012 0.018 0.018 0.007 37 F 0.252 0.420 0.043 0.064 0.107 0.001 0.008 0.006 0.001 0.001 0.006 0.010 0.027 0.006 0.019 0.008 0.007 0.003 0.004 0.003 0.004 38 R 0.345 0.406 0.038 0.069 0.032 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.010 0.012 0.041 0.007 0.011 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.014 39 L 0.377 0.419 0.019 0.022 0.053 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.012 0.020 0.032 0.006 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 40 V 0.353 0.458 0.036 0.051 0.020 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.008 0.032 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 41 V 0.330 0.417 0.022 0.067 0.074 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.009 0.011 0.021 0.005 0.008 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.020 42 R 0.243 0.311 0.058 0.103 0.126 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.006 0.009 0.024 0.008 0.044 0.007 0.014 0.005 0.008 0.009 0.010 43 D 0.140 0.107 0.089 0.172 0.237 0.001 0.015 0.008 0.005 0.003 0.004 0.005 0.009 0.004 0.046 0.012 0.053 0.012 0.028 0.045 0.004 44 T 0.030 0.017 0.051 0.046 0.208 0.003 0.061 0.012 0.009 0.005 0.002 0.002 0.002 0.002 0.039 0.020 0.352 0.032 0.023 0.084 0.001 45 E 0.007 0.012 0.032 0.044 0.068 0.006 0.447 0.014 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.012 0.124 0.057 0.033 0.112 0.001 46 G 0.023 0.043 0.038 0.046 0.276 0.005 0.163 0.018 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.002 0.012 0.032 0.045 0.165 0.050 0.066 0.002 47 R 0.082 0.093 0.302 0.188 0.068 0.002 0.011 0.033 0.001 0.001 0.004 0.004 0.014 0.003 0.043 0.007 0.062 0.015 0.031 0.030 0.006 48 M 0.130 0.161 0.014 0.019 0.504 0.001 0.009 0.035 0.001 0.001 0.011 0.012 0.021 0.004 0.006 0.018 0.015 0.006 0.017 0.005 0.010 49 V 0.165 0.293 0.151 0.135 0.031 0.001 0.007 0.055 0.001 0.001 0.004 0.007 0.029 0.007 0.085 0.003 0.011 0.003 0.004 0.004 0.004 50 W 0.186 0.338 0.013 0.051 0.194 0.001 0.008 0.062 0.001 0.001 0.017 0.015 0.037 0.012 0.008 0.012 0.014 0.005 0.006 0.002 0.016 51 R 0.215 0.242 0.134 0.081 0.033 0.003 0.011 0.097 0.004 0.001 0.009 0.016 0.029 0.014 0.066 0.004 0.021 0.003 0.006 0.004 0.007 52 A 0.134 0.263 0.022 0.091 0.152 0.008 0.064 0.065 0.013 0.006 0.004 0.006 0.020 0.012 0.034 0.015 0.057 0.009 0.007 0.015 0.005 53 W 0.096 0.099 0.098 0.110 0.082 0.011 0.140 0.037 0.013 0.004 0.010 0.007 0.015 0.012 0.074 0.012 0.077 0.027 0.020 0.046 0.008 54 N 0.032 0.030 0.060 0.052 0.109 0.007 0.104 0.023 0.007 0.002 0.008 0.007 0.012 0.012 0.024 0.028 0.138 0.097 0.128 0.118 0.005 55 F 0.009 0.011 0.046 0.037 0.098 0.004 0.061 0.012 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.042 0.034 0.148 0.083 0.104 0.293 0.002 56 E 0.002 0.003 0.039 0.020 0.043 0.003 0.032 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.047 0.018 0.222 0.055 0.168 0.320 0.001 57 P 0.001 0.002 0.016 0.015 0.042 0.010 0.060 0.040 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.033 0.320 0.075 0.106 0.241 0.001 58 D 0.001 0.002 0.023 0.014 0.029 0.013 0.181 0.071 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.022 0.276 0.072 0.100 0.165 0.001 59 A 0.001 0.001 0.018 0.010 0.024 0.004 0.105 0.047 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.017 0.464 0.066 0.064 0.152 0.001 60 G 0.001 0.002 0.010 0.008 0.027 0.012 0.238 0.149 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.021 0.194 0.116 0.047 0.144 0.001 61 E 0.001 0.002 0.028 0.008 0.017 0.005 0.085 0.226 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.463 0.051 0.035 0.054 0.001 62 G 0.002 0.004 0.009 0.008 0.026 0.014 0.218 0.481 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 0.101 0.046 0.024 0.036 0.001 63 L 0.006 0.006 0.025 0.018 0.018 0.004 0.120 0.450 0.006 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.017 0.012 0.202 0.031 0.046 0.027 0.001 64 N 0.008 0.008 0.017 0.019 0.015 0.007 0.053 0.641 0.009 0.001 0.002 0.003 0.006 0.009 0.012 0.006 0.127 0.016 0.025 0.014 0.001 65 R 0.003 0.008 0.007 0.008 0.014 0.012 0.064 0.757 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.007 0.073 0.011 0.007 0.009 0.001 66 Y 0.005 0.010 0.008 0.013 0.020 0.006 0.039 0.773 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.005 0.079 0.010 0.006 0.007 0.001 67 I 0.008 0.011 0.012 0.013 0.024 0.007 0.037 0.721 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.022 0.010 0.078 0.016 0.014 0.011 0.001 68 R 0.009 0.008 0.031 0.026 0.017 0.023 0.069 0.532 0.023 0.005 0.001 0.001 0.002 0.006 0.026 0.006 0.179 0.009 0.010 0.017 0.001 69 T 0.007 0.007 0.009 0.044 0.027 0.015 0.223 0.104 0.119 0.074 0.001 0.003 0.005 0.010 0.017 0.015 0.217 0.028 0.027 0.049 0.001 70 S 0.001 0.002 0.007 0.007 0.042 0.004 0.390 0.057 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.017 0.207 0.045 0.040 0.152 0.001 71 G 0.002 0.002 0.031 0.014 0.026 0.006 0.152 0.064 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.012 0.068 0.474 0.065 0.058 0.001 72 I 0.005 0.005 0.053 0.022 0.112 0.005 0.034 0.080 0.005 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.027 0.075 0.155 0.072 0.197 0.140 0.002 73 R 0.004 0.007 0.063 0.054 0.067 0.009 0.050 0.110 0.007 0.002 0.001 0.002 0.005 0.004 0.124 0.018 0.118 0.041 0.145 0.169 0.002 74 T 0.003 0.003 0.017 0.030 0.122 0.004 0.054 0.067 0.006 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.043 0.035 0.397 0.031 0.071 0.107 0.001 75 D 0.003 0.004 0.034 0.036 0.057 0.012 0.257 0.142 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.056 0.020 0.134 0.065 0.064 0.102 0.001 76 T 0.004 0.005 0.033 0.036 0.070 0.007 0.162 0.141 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.031 0.035 0.185 0.116 0.082 0.075 0.001 77 A 0.007 0.007 0.059 0.049 0.076 0.006 0.069 0.206 0.006 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.039 0.019 0.169 0.044 0.132 0.101 0.001 78 T 0.003 0.009 0.030 0.044 0.068 0.020 0.115 0.321 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.039 0.018 0.130 0.047 0.042 0.102 0.001 79 R 0.006 0.010 0.027 0.056 0.096 0.011 0.109 0.323 0.006 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.028 0.023 0.117 0.054 0.067 0.055 0.001 80 L 0.011 0.010 0.054 0.056 0.073 0.007 0.072 0.299 0.008 0.001 0.003 0.003 0.005 0.004 0.048 0.018 0.130 0.038 0.090 0.068 0.002 81 E 0.009 0.009 0.040 0.050 0.071 0.014 0.118 0.287 0.009 0.002 0.001 0.002 0.004 0.004 0.033 0.017 0.181 0.032 0.052 0.066 0.001 82 H 0.008 0.009 0.029 0.053 0.104 0.014 0.162 0.176 0.012 0.003 0.002 0.002 0.004 0.005 0.034 0.026 0.133 0.064 0.077 0.081 0.001 83 H 0.006 0.007 0.049 0.049 0.072 0.009 0.118 0.140 0.010 0.003 0.002 0.002 0.003 0.004 0.042 0.018 0.174 0.073 0.109 0.111 0.001 84 H 0.006 0.007 0.043 0.052 0.090 0.013 0.130 0.113 0.009 0.003 0.002 0.002 0.003 0.004 0.032 0.026 0.168 0.074 0.100 0.121 0.001 85 H 0.005 0.006 0.044 0.052 0.094 0.014 0.147 0.076 0.010 0.003 0.002 0.002 0.003 0.005 0.041 0.030 0.148 0.079 0.100 0.139 0.001 86 H 0.005 0.006 0.046 0.050 0.102 0.008 0.120 0.057 0.005 0.002 0.002 0.002 0.004 0.004 0.043 0.029 0.152 0.077 0.113 0.172 0.001 87 H 0.006 0.008 0.058 0.057 0.120 0.007 0.086 0.056 0.004 0.001 0.003 0.002 0.005 0.005 0.046 0.035 0.107 0.089 0.134 0.170 0.002