# TARGET T0358 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0358.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.93915 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.029 0.710 0.007 0.012 0.027 0.002 0.001 0.006 0.090 0.034 0.028 0.046 2 T 0.006 0.026 0.699 0.007 0.017 0.025 0.002 0.001 0.006 0.077 0.024 0.031 0.080 3 Q 0.018 0.014 0.264 0.018 0.134 0.126 0.004 0.001 0.014 0.175 0.083 0.079 0.070 4 S 0.036 0.012 0.220 0.030 0.141 0.139 0.012 0.005 0.033 0.085 0.103 0.042 0.141 5 V 0.073 0.040 0.156 0.006 0.056 0.107 0.037 0.011 0.054 0.051 0.066 0.229 0.114 6 L 0.052 0.071 0.287 0.011 0.013 0.055 0.023 0.009 0.058 0.061 0.065 0.032 0.262 7 L 0.003 0.025 0.663 0.011 0.003 0.010 0.002 0.001 0.014 0.173 0.019 0.062 0.015 8 P 0.001 0.008 0.714 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.005 0.180 0.064 0.004 0.014 9 P 0.001 0.015 0.428 0.002 0.019 0.016 0.001 0.001 0.002 0.285 0.224 0.001 0.008 10 G 0.001 0.016 0.460 0.001 0.021 0.033 0.001 0.001 0.002 0.396 0.060 0.009 0.002 11 P 0.001 0.011 0.359 0.001 0.061 0.260 0.001 0.001 0.002 0.098 0.197 0.001 0.010 12 F 0.002 0.029 0.209 0.001 0.055 0.445 0.001 0.001 0.002 0.094 0.148 0.009 0.004 13 T 0.002 0.013 0.154 0.001 0.039 0.642 0.001 0.001 0.003 0.068 0.059 0.004 0.013 14 R 0.001 0.002 0.026 0.001 0.021 0.873 0.001 0.001 0.001 0.020 0.051 0.002 0.002 15 R 0.002 0.002 0.020 0.001 0.012 0.901 0.001 0.001 0.001 0.016 0.039 0.002 0.004 16 Q 0.004 0.002 0.026 0.001 0.009 0.912 0.001 0.001 0.001 0.010 0.024 0.003 0.006 17 A 0.002 0.001 0.016 0.001 0.004 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.002 0.003 18 Q 0.006 0.001 0.017 0.002 0.009 0.931 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.007 0.006 19 A 0.017 0.002 0.010 0.001 0.013 0.905 0.003 0.001 0.003 0.004 0.021 0.007 0.014 20 V 0.022 0.002 0.020 0.003 0.013 0.861 0.003 0.002 0.004 0.010 0.039 0.010 0.012 21 T 0.026 0.005 0.039 0.010 0.024 0.739 0.004 0.003 0.009 0.027 0.066 0.023 0.026 22 T 0.019 0.003 0.067 0.007 0.033 0.601 0.004 0.012 0.013 0.047 0.141 0.024 0.029 23 T 0.045 0.013 0.140 0.008 0.037 0.320 0.015 0.023 0.039 0.085 0.206 0.030 0.040 24 Y 0.045 0.020 0.298 0.006 0.027 0.109 0.027 0.028 0.108 0.079 0.093 0.042 0.116 25 S 0.017 0.015 0.240 0.067 0.027 0.082 0.012 0.025 0.086 0.159 0.185 0.055 0.030 26 N 0.015 0.007 0.182 0.176 0.018 0.018 0.007 0.021 0.050 0.339 0.111 0.020 0.038 27 I 0.026 0.016 0.429 0.019 0.016 0.014 0.031 0.077 0.165 0.070 0.019 0.030 0.086 28 T 0.052 0.026 0.086 0.003 0.010 0.017 0.080 0.322 0.287 0.010 0.016 0.058 0.033 29 L 0.079 0.024 0.087 0.004 0.010 0.021 0.120 0.342 0.190 0.010 0.018 0.031 0.063 30 E 0.047 0.020 0.187 0.034 0.012 0.018 0.048 0.232 0.137 0.076 0.096 0.034 0.059 31 D 0.005 0.016 0.338 0.031 0.005 0.004 0.003 0.005 0.023 0.442 0.062 0.035 0.031 32 D 0.001 0.008 0.306 0.008 0.007 0.003 0.001 0.001 0.005 0.597 0.044 0.007 0.014 33 Q 0.001 0.010 0.098 0.011 0.053 0.011 0.001 0.001 0.001 0.263 0.539 0.005 0.007 34 G 0.007 0.019 0.177 0.004 0.098 0.020 0.001 0.001 0.002 0.186 0.445 0.025 0.017 35 S 0.020 0.025 0.463 0.009 0.057 0.018 0.005 0.001 0.005 0.179 0.094 0.009 0.114 36 H 0.168 0.032 0.243 0.057 0.043 0.015 0.045 0.003 0.012 0.108 0.076 0.135 0.064 37 F 0.319 0.008 0.142 0.005 0.018 0.008 0.028 0.004 0.017 0.024 0.016 0.093 0.318 38 R 0.608 0.001 0.033 0.146 0.008 0.004 0.023 0.002 0.005 0.014 0.005 0.077 0.075 39 L 0.756 0.001 0.004 0.008 0.001 0.002 0.041 0.007 0.006 0.003 0.001 0.114 0.057 40 V 0.810 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.076 0.014 0.006 0.001 0.001 0.017 0.071 41 V 0.801 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.098 0.008 0.005 0.001 0.001 0.045 0.036 42 R 0.600 0.004 0.024 0.022 0.001 0.001 0.061 0.004 0.013 0.003 0.002 0.089 0.178 43 D 0.053 0.002 0.483 0.019 0.003 0.003 0.004 0.001 0.012 0.061 0.062 0.041 0.256 44 T 0.008 0.004 0.106 0.007 0.014 0.006 0.001 0.001 0.002 0.244 0.527 0.049 0.032 45 E 0.001 0.002 0.027 0.003 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.141 0.797 0.004 0.005 46 G 0.002 0.003 0.211 0.006 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.504 0.238 0.014 0.010 47 R 0.052 0.014 0.496 0.005 0.008 0.012 0.007 0.001 0.002 0.085 0.056 0.102 0.160 48 M 0.229 0.020 0.040 0.003 0.001 0.003 0.031 0.001 0.002 0.015 0.002 0.039 0.614 49 V 0.486 0.002 0.026 0.120 0.001 0.003 0.056 0.002 0.003 0.003 0.001 0.254 0.043 50 W 0.642 0.002 0.013 0.001 0.001 0.003 0.059 0.003 0.005 0.001 0.001 0.089 0.182 51 R 0.684 0.002 0.017 0.013 0.002 0.006 0.054 0.002 0.006 0.004 0.002 0.084 0.124 52 A 0.472 0.003 0.051 0.025 0.009 0.011 0.048 0.003 0.011 0.014 0.008 0.193 0.152 53 W 0.096 0.013 0.233 0.019 0.029 0.024 0.018 0.003 0.016 0.122 0.160 0.085 0.183 54 N 0.017 0.014 0.337 0.012 0.018 0.013 0.005 0.001 0.011 0.286 0.216 0.024 0.047 55 F 0.007 0.038 0.332 0.004 0.026 0.028 0.001 0.001 0.005 0.379 0.129 0.028 0.022 56 E 0.001 0.017 0.528 0.001 0.045 0.069 0.001 0.001 0.003 0.224 0.094 0.007 0.011 57 P 0.001 0.009 0.168 0.002 0.147 0.129 0.001 0.001 0.001 0.105 0.430 0.002 0.006 58 D 0.001 0.015 0.201 0.001 0.146 0.118 0.001 0.001 0.001 0.127 0.386 0.001 0.004 59 A 0.001 0.022 0.181 0.001 0.135 0.236 0.001 0.001 0.002 0.108 0.308 0.002 0.004 60 G 0.001 0.005 0.158 0.001 0.091 0.413 0.001 0.001 0.001 0.080 0.246 0.002 0.002 61 E 0.001 0.003 0.075 0.001 0.064 0.577 0.001 0.001 0.001 0.067 0.209 0.001 0.002 62 G 0.002 0.015 0.099 0.001 0.073 0.633 0.001 0.001 0.003 0.041 0.120 0.003 0.009 63 L 0.002 0.010 0.091 0.001 0.039 0.774 0.001 0.001 0.007 0.025 0.036 0.004 0.009 64 N 0.006 0.003 0.054 0.010 0.037 0.810 0.001 0.001 0.005 0.030 0.027 0.006 0.010 65 R 0.005 0.001 0.014 0.002 0.018 0.895 0.001 0.003 0.004 0.015 0.026 0.008 0.006 66 Y 0.006 0.003 0.016 0.001 0.015 0.896 0.003 0.007 0.007 0.007 0.026 0.005 0.009 67 I 0.011 0.006 0.026 0.001 0.012 0.863 0.005 0.018 0.010 0.008 0.021 0.006 0.011 68 R 0.008 0.007 0.047 0.005 0.015 0.825 0.002 0.007 0.010 0.016 0.039 0.009 0.009 69 T 0.004 0.004 0.093 0.003 0.034 0.669 0.001 0.002 0.005 0.048 0.120 0.008 0.010 70 S 0.001 0.004 0.064 0.002 0.028 0.357 0.001 0.001 0.002 0.073 0.462 0.002 0.004 71 G 0.001 0.010 0.184 0.003 0.029 0.134 0.001 0.001 0.004 0.102 0.518 0.008 0.005 72 I 0.006 0.050 0.499 0.003 0.033 0.121 0.003 0.002 0.009 0.110 0.089 0.018 0.058 73 R 0.011 0.032 0.411 0.008 0.043 0.156 0.003 0.003 0.013 0.125 0.111 0.047 0.037 74 T 0.006 0.010 0.237 0.007 0.102 0.247 0.002 0.002 0.006 0.132 0.204 0.013 0.032 75 D 0.003 0.009 0.250 0.005 0.072 0.218 0.001 0.001 0.004 0.151 0.258 0.013 0.015 76 T 0.004 0.015 0.359 0.005 0.064 0.264 0.001 0.001 0.006 0.099 0.139 0.014 0.028 77 A 0.005 0.018 0.388 0.004 0.038 0.341 0.001 0.001 0.006 0.095 0.050 0.017 0.036 78 T 0.005 0.014 0.352 0.005 0.036 0.374 0.002 0.001 0.007 0.075 0.058 0.041 0.028 79 R 0.011 0.019 0.214 0.004 0.049 0.490 0.003 0.002 0.010 0.052 0.062 0.020 0.065 80 L 0.013 0.019 0.240 0.007 0.054 0.457 0.003 0.002 0.010 0.052 0.058 0.040 0.046 81 E 0.011 0.012 0.175 0.009 0.073 0.424 0.002 0.001 0.005 0.074 0.138 0.029 0.046 82 H 0.012 0.012 0.139 0.005 0.091 0.373 0.002 0.001 0.005 0.087 0.206 0.026 0.041 83 H 0.009 0.019 0.224 0.005 0.093 0.275 0.001 0.001 0.003 0.108 0.204 0.026 0.032 84 H 0.007 0.018 0.259 0.004 0.099 0.194 0.001 0.001 0.002 0.118 0.248 0.020 0.029 85 H 0.005 0.016 0.281 0.003 0.070 0.119 0.001 0.001 0.003 0.160 0.295 0.021 0.025 86 H 0.002 0.022 0.477 0.003 0.038 0.062 0.001 0.001 0.002 0.175 0.188 0.010 0.020 87 H 0.001 0.011 0.808 0.001 0.010 0.018 0.001 0.001 0.001 0.113 0.024 0.006 0.008